纤毛虫单细胞基因组DNA微量提取方法的比较及优化

在纤毛虫的分子生物学研究中,单细胞基因组DNA的微量提取是后续基因分析的关键。本研究以海洋纤毛虫红色伪角毛虫为材料,采用直接取完整虫体、裂解法以及3种改良后的试剂盒微量提取DNA方法,分别提取了新鲜样品与4种不同方法保存样品的基因组DNA,比较了9种组合在PCR产物质量、提取所需时间、成本及便捷性方面的优劣,并进一步比较、讨论和探索了4种样品保存方法和5种DNA微量提取方法在纤毛虫单细胞基因组PCR扩增中的可行性。本工作旨在为后续的纤毛虫分子生物学研究提供可资借鉴的技术路线和方法。     

电晕电场将大豆Gy3基因导入花棒愈伤组织及植株再生

以花棒幼胚诱导的愈伤组织为受体材料,利用针-板电晕电场将pBI121质粒(含GUS基因和卡那霉素抗性基因)导入花棒愈伤组织,利用组织化学定位实验检测到GUS基因在受体组织中的瞬时表达。用80 mg\5L-1卡那霉素筛选转基因花棒愈伤组织中含有的大豆Gy3基因,获得了38株再生植株,含大豆Gy3基因3株,再生植株经PCR、RT-PCR检测初步证实大豆Gy3基因已转入花棒植物基因组DNA中并发生转录。     

基于线粒体cox1片段序列胶州湾浮游动物物种组成分析

基于cox1片段序列的DNA条形码为浮游动物种类鉴定提供了新的可靠手段,构建了胶州湾网采浮游动物DNA条形码文库,在国内首次使用宏遗传组学方法研究夏季胶州湾海洋浮游动物的群落组成。共获得环境样品DNA条形码149条;以6%为阈值共检出37个OUT,其中19个与DNA条形码数据库中序列程度非常高（〉97%）,可以鉴定到种...     

中国对虾胰蛋白酶基因的克隆和结构分析

克隆中国对虾（Fenneropenaeus chinensis）胰蛋白酶基因,参考多种生物的胰蛋白酶基因序列设计出1对简并PCR引物.利用PCR技术从中国对虾基因组DNA中扩增出1条DNA带,经PCR产物回收、纯化,连接到载体质粒,转化细菌,蓝百斑筛选等操作获得了1个阳性克隆.序列分析表明,该序列包含1个内含子和2个不完整的外显子,与已报道的凡纳滨对虾（Litopenaeus vannamei）胰蛋白酶基因Ⅲ有较高的相似度（identity=79.2%）.综合多种分析,可以推定该序列为对虾的胰蛋白酶基因序列.系统进化分析表明该基因属于胰蛋白酶第三家族.     

三种鳜鱼(Siniperca)生长激素基因的克隆及序列比较

采用长片段PCR及T-A克隆技术,从基因组DNA成功克隆翘嘴鳜、大眼鳜和斑鳜含完整阅读框的生长激素（Growth Hormone,GH）基因DNA全序列,翘嘴鳜序列全长5548bp,大眼鳜序列全长5483bp,斑鳜序列全长5789bp,提交GenBank数据库后获得注册号分别为EF205280、EF205281、EF441623。三种鳜鱼GH基因均由六个外显子、五个内含子组成;均在第二内含子中相同位置发现“AG”微卫星重复序列;均在第三内含子末端发现一处剪接位点序列的相邻重复。三种GH基因在第一、二、三内含子处存在碱基长度差异。序列间差异主要表现为邻近序列的重复、DNA片段的缺失或插入及单核苷酸多态性（SNP）。翘嘴鳜与大眼鳜GH基因编码氨基酸序列完全相同,两者与斑鳜序列在第150位有一个氨基酸残基差异。采用MEGA软件对三种鳜鱼GH基因DNA序列及编码氨基酸序列分别构建UPGMA系统发育树,结果表明,在系统发育中,斑鳜可能最先从共有祖先物种中分化出来。     

可口革囊星虫(Phascoloma esculenta)铁结合蛋白基因的研究

根据已报道的铁结合蛋白基因的保守序列设计引物,用cDNA末端快速扩增(RACE)法,成功地从可口革囊星虫体液中获得铁结合蛋白基因的全长序列.结果表明,该基因cDNA全长1017bp,5'-端非编码区为15lbp,3'一非编码区为341bp,开放阅读框长度为525bp(括一个终止密码子),可编码175个氨基酸(GenBank:EU091352).该序列与加洲海兔、皱纹盘鲍、刺参、微小牛蜱、叉尾鲴、非洲爪蟾、小家鼠、人等的铁结合蛋白基因有67%-75%的同源性,而相应的氨基酸同源性为59%-76%.氨基酸相似性为74%*-89%%.分析结果表明,铁结合蛋白基因在动物进化中是高度保守的.     

我国南部海域条纹斑竹鲨线粒体DNA控制区遗传多态性研究

摘要:在对我国南部沿海闽东、闽南、粤西、海南、北部湾5个海域的条纹斑竹鲨群体线粒体控制区多态性研究中,获得长度为1 094~1 096 bp的线粒体控制区完整序列。序列比对发现了6个多态性核苷酸位点,定义了8个单倍型。5个群体的单倍型多样度(h=0.542 5~0.744 8)和核苷酸多样度(π=0.000 571~0.000 980)均处于较低水平,说明条纹斑竹鲨的线粒体DNA进化速率较低。分子方差分析(AMOVA)结果显示群体间的遗传差异较小(Fst=0.216 26,P<0.000 1),变异主要发生在群体内部。10 000步Markov链计算的群体间遗传分化概率及单倍型系统地理学分析结果将5个群体分成两个地理种群(台湾海峡种群、南海北部种群)。综合分析表明条纹斑竹鲨的基因流主要在浅海近岸水域扩散,遗传变异程度受地理结构和距离隔离影响。     

三种不同生境的桐花树种群的遗传多样性和遗传分化

采用垂直板型聚丙烯酰胺凝胶电泳测定了三种不同生境的桐花树（Ａｅｇｉｃｅｒａｓ ｃｏｒ ｎｉｃｕｌａｔｕｍ）种群的遗传多样性和遗传分化。桐花树和种群水平都维持有较高的遗传变异性,观察杂合度分别为０．２５２和０．２４４。期望杂合度分别为０．２６６、０．２４０。种群间遗传分化系数为０．１２７,表明总的遗传变异中有１２．７％来自种群间,种群间遗传距离和遗传一致度均值分别为０．０６０和０．９６４,基因流畅,Ｎｍ＝２．１８７。     

3种不同来源的鲑鱼降钙素基因的克隆及其序列比较

以 3种不同来源的鲑鱼基因组 DNA为模板 ,采用 PCR方法获得完整的 s CT基因。与Genbank中 Pink Salmon(Oncorhynchus gorbuscha)的降钙素基因序列进行比较 ,结果显示 :实验组的 Pink Salmon(O.gorbuscha)降钙素基因有 2个碱基差异 (第 39位 C→ A;第 5 1位 T→ C) ,氨基酸没有变化 ;Chum Salmon(O.keta)有 1个碱基的差异 (第 86位 G→ A) ,且引起 1个氨基酸的变化(第 2 9位 S→ N) ;而中国黑龙江产的鲑鱼 (Oncorhynchus sp.)降钙素基因序列与 Genbank中 PinkSalmon(O.gorbuscha)的降钙素序列完全相同 ,没有碱基差别。