基于形态学特征和DNA条形码对中国沿海银口天竺鲷属(Jaydia)分类研究

本研究针对中国沿海银口天竺鲷属鱼类分类鉴定不清晰,同种异名多,种类误鉴等分类问题,结合形态特征比较与DNA条形码技术对其分类鉴定问题进行梳理。2014—2019年间于南海北部沿海采集101尾银口天竺鲷属鱼类标本,经形态学特征鉴定为：横带银口天竺鲷Jaydia striata（Smith&Radcliffe,1912）,特征为体侧有7—11褐色宽横带,腹鳍、臀鳍浅灰色;印度洋银口天竺鲷J.striatodes（Gon,1997）,特征为体侧有7—11褐色宽横带,臀鳍后缘黑色;白边银口天竺鲷J.novaeguineae（Valenciennes,1832）,特征为臀鳍、尾鳍最下缘为白边;黑边银口天竺鲷J.truncata（Bleeker,1855）特征为第二背鳍、臀鳍中部有一平行基底的黑色带,尾鳍后缘黑色带略宽;史密斯银口天竺鲷J.smithi Kotthaus,1970,特征为第二背鳍中部有一平行基底的黑色纵带,尾鳍后缘黑色带略细;斑鳍银口天竺鲷J.carinatus （Cuvier,1828）,特征为第二背鳍最末软条基底有一大黑斑;黑鳃银口天竺鲷J.poeciloptera （Cuvier,1828）,特征为臀鳍淡黄色,鳍膜间有一暗点。研究发现Apogon arafurae并不是J.truncata同种异名,学名应更正为Jaydia poeciloptera。基于线粒体COI基因K2P遗传距离显示,J.striata、J.smithi、J.truncata种内遗传距离大于2%。构建NJ系统发育树发现红海、阿拉伯海和北部湾的J.smithi分成2个单系支。结合NJ树分析发现,J.smithi和J.poeciloptera均出现错误鉴定,认为GenBank上传的序列（MH085808、JQ681491）存在误鉴,实为J.poeciloptera。     

适宜浓度的维生素E促进半滑舌鳎生长激素基因的表达

本实验旨在探究维生素E对半滑舌鳎垂体组织中生长激素基因表达的影响。作者在每千克等氮等能的基础饲料中分别添加0、400和1 600mg的DL-α-生育酚乙酸酯(维生素E)投喂半滑舌鳎(Cynoglossus semilaevis)成鱼(464±2.6) g,进行为期8周的养殖实验;另外,在L-15培养基中添加0、18和54μmol/L的维生素E,对半滑舌鳎成鱼(464±2.6) g的垂体细胞进行为期3 d的体外原代培养实验。分别取垂体组织和原代细胞,通过荧光实时定量PCR分析其gh mRNA的相对表达量。实验结果表明:垂体组织中gh mRNA的相对表达量随着饲料中维生素E含量的增加而呈现先升高后下降的变化趋势,在400 mg/kg组时显著高于其他各组(P0.05);随着细胞培养液中维生素E浓度的升高, gh mRNA的相对表达量显著增加(P0.05)。由此可见,适宜浓度的维生素E能够促进半滑舌鳎垂体组织中生长激素基因的表达。     

远洋梭子蟹ITS-1基因片段的序列分析

采用PCR扩增和序列测定等技术,对远洋梭子蟹Portunus pelagicus核rDNA的第一内转录间隔区(internal transcribed spacer 1,ITS-1)的基因片段进行了初步研究。经PCR扩增和序列测定,得到ITS-1基因片段的碱基序列。该物种ITS-1基因片段的大小为552 bp,碱基A、T、G和C的含量分别为23.00%、25.54%、23.91%和27.54%。同时还对近年来ITS-1在十足目动物分子系统学研究中的应用作一概述并列举了已测出ITS-1序列的十足目动物种类。     

传统村落景观基因信息链与自动识别模型构建——以陕西省为例

传统村落作为活的文化遗产,承载了大量历史记忆,是地域文化景观基因识别与模型构建研究的重要切入点。以陕西省71个国家级传统村落为例,基于景观基因理论建立陕西省传统村落景观基因识别体系,识别出陕西省传统村落景观基因特征;运用类型学原理和N级编码理论对景观基因进行编码,构建陕西省传统村落景观基因信息链并生成基因谱系;借鉴生物学中“胞-链-形”DNA碱基序列模型,提取出环境基因、建筑基因、农耕文化基因和宗族文化基因四个公共基因作为景观基因元（胞）,以村内道路系统作为基因链,构建传统村落景观基因DNA模型与自动识别模型,以此对传统村落的区位、类型、特征和文化基因进行自动识别。为传统村落景观基因信息有效传承与存储,以及乡村建设动态发展提供理论借鉴。     

用于海洋沉积物中厌氧氨氧化细菌分子生态学研究的引物比较

为比较厌氧氨氧化细菌16SrRNA基因的2对特异性引物(Amx368F/Amx820R、Brod541F/Amx820R)在其分子生态学研究方面的优点与不足,本研究采用高通量测序和qPCR技术对长江口及其邻近海域沉积物中厌氧氨氧化细菌细菌的群落组成、多样性和丰度进行比较分析,结果表明,引物Amx368F/Amx820R特异性较高,能够较为完整地反映沉积物中厌氧氨氧化细菌的多样性信息,且其覆盖的厌氧氨氧化细菌丰度与功能基因hzo丰度正相关(P<0.01);而引物Brod541F/Amx820R特异性较低,覆盖部分厌氧氨氧化细菌及其他多个门的细菌,其量化的厌氧氨氧化细菌与功能基因hzo丰度无明显相关关系(P>0.05)。因此,引物Amx368F/Amx820R能够更加真实地反映厌氧氨氧化细菌在海洋沉积物中的群落特征,在其分子生态学研究中更具优势。     

青蛤(Cyclina sinensis)IKK基因的克隆及其在鳗弧菌(Vibrio anguillarum)刺激下的表达分析

利用构建的青蛤(Cyclina sinensis)转录组文库,筛选到青蛤IKK基因的类似序列。经设计引物克隆比对后确认为CsIKK基因。利用生物信息学软件在线对该基因进行结构分析。采用PCR技术克隆基因,并使用实时荧光定量PCR技术克隆得到CsIKK基因在青蛤五个不同组织中的表达情况及在鳗弧菌(Vibrioanguillarum)的刺激下IKK基因在青蛤血淋巴中的时序性表达情况。综合结果得到, CsIKK基因序列开放阅读框长2298bp,编码765个氨基酸。IKK基因在青蛤的血淋巴、外套膜、闭壳肌、肝脏、性腺和鳃六个组织中均表达,在血淋巴中表达量最高。青蛤IKK基因在鳗弧菌胁迫下表达量在6h时达到最大值,与对照组相比差异极显著(P0.01),表明该基因所指导的蛋白是青蛤重要的免疫信号通路蛋白。     

基于线粒体COI和16S rRNA基因的中国沿海相手蟹系统发育研究

相手蟹科的诸多种类因其形态极其相似成为方蟹总科分类中疑问较多的一个类群。通过对中国沿海相手蟹线粒体COI和16S rRNA基因序列进行分子系统发育分析,结果表明14种相手蟹COI和16S rRNA基因序列之间差异分别为5.7%～14.5%和1.5%～12.1%,均达到了种间差异水平。构建的系统发育树显示,14种相手蟹分别为独立有效物种,但分属于拟相手蟹属和近相手蟹属的4种拟相手蟹和3种近相手蟹,没有分别形成2个独立的支系,而是混合聚成一大支系。而属于螳臂相手蟹属的无齿螳臂相手蟹则首先与属于中相手蟹属的中华中相手蟹聚成一支,再与红螯螳臂相手蟹聚为一大支,表现出与形态分类的不一致。错综复杂的分子系统关系预示着相手蟹类为多系起源,也表明它们之间的种间关系乃至于属间关系尚有诸多问题有待进一步厘定。     

急性高温胁迫对虹鳟二倍体和三倍体幼鱼hsps基因表达的影响

本文以二倍体和三倍体虹鳟(Oncorhynchus mykiss)幼鱼为实验对象,探究急性高温胁迫下,不同倍性虹鳟热休克蛋白家族(hsps)基因表达水平。选取二倍体和三倍体虹鳟幼鱼,分别进行常温处理(14℃)和高温胁迫(22℃),并在高温胁迫48h后,将虹鳟置于常温(14℃)恢复48h。分别在实验开始的0,12,24,48,72和96h进行取样,测定实验虹鳟肝脏和肌肉组织中的hsp70s(hsp70a,hsp70b),hsp90s (hsp90a1a,hsp90a2a,hsp90a1b,hsp90a2a,hsp90b1,hsp90b2)mRNA水平。结果表明:hsp70s和hsp90s的各个亚型均能对热胁迫做出反应,并具有应答幅度的组织特异性和时间特异性。在胁迫6和24h后,上述基因mRNA水平达到最高,随后降低。三倍体幼鱼肝脏和肌肉hsps mRNA表达水平的峰值显著高于二倍体幼鱼。研究结果显示,三倍体虹鳟对高温环境更为敏感,需要消耗更多的能量用于适应高温环境。     

Expression of putative zinc-finger protein lcn61 gene in lymphocystis disease virus China （LCDV-cn） genome

An open reading frame (lcn61) of lymphocystis disease virus China (LCDV-cn), probably responsible for encoding putative zinc-finger proteins was amplified and inserted into pET24a (+) vector. Then it expressed in E. coli BL21 (DE3), and His-tag fusion protein of high yield was obtained. It was found that the fusion protein existed in E. coli mainly as inclusion bodies. The bioinformatics analysis indicates that LCN61 is C2H2 type zinc-finger protein containing four C2H2 zinc-finger motifs. This work provides a theory for functional research of lcn61 gene. Supported by High Technology Research and Development Program of China (863 Program, No. 2006AA100309)     

Isolation and identification of bacteria associated with the surfaces of several algal species

We conducted this study to assess the diversity of bacteria associated with the surfaces of algae based on 16S rDNA sequence analyses.Twelve strains of bacteria were obtained from the surfaces of the following four species of algae:Gracilaria textorii,Ulva pertusa,Laminaria japonica,and Polysiphonia urceolata.The isolated strains of bacteria can be divided into two groups:Halomonas and Vibrio,in physiology,biochemical characteristics and 16S rDNA sequence analyses.The phylogenetic tree constructed based on ...