降低交叉反应的鱼类病原菌检测抗体芯片初步研究

采用菌体吸附法对海豚链球菌(Streptococcus iniae)、迟缓爱德华氏菌(Edwardsiella tarda)、鳗弧菌(Vibrio anguillarum)、杀鲑气单胞菌(Aeromonas salmonicida)、荧光假单胞菌(Psedomonas fluo-rescens)和海洋分支杆菌(Mycobacterium marinum)6种养殖鱼类病原菌的兔抗血清进行吸附,以减小抗血清与其它菌株的交叉反应;吸附纯化后的抗体作为捕获抗体构建了病原菌检测抗体芯片。实验结果显示,与未经过吸附的纯化抗血清构建的抗体芯片相比,血清吸附实验能有效减少交叉反应,降低抗体的非特异性吸附,提高细菌检测的特异性。同时,以迟缓爱德华氏菌为例,采用吸附纯化后抗体制备的抗体芯片检测人工感染迟缓爱德华氏菌和自然发病的牙鲆,均观察到迟缓爱德华氏菌的特异性显色反应,得到了较理想的检测结果。本文结果说明优化后的病原菌检测抗体芯片可用于水产养殖鱼类常见的上述6种细菌性疾病的有效检测。     

杭州湾海域春、秋季鱼类种类组成和数量分布

采用底层拖网法,用渔获率作为鱼类资源数量分布的指标,进行了杭州湾调查海域2012年5月(春季)、10月(秋季)2个季节的鱼类种类组成、区系特点、数量分布等研究。结果表明:(1)杭州湾海域春、秋两季共获得并鉴定出的鱼类有31种,隶属于9目15科,其中以石首鱼科和■虎鱼科的种类为最多,各有5种,分别占总种数的16.7%;鳀科鱼类次之,有4种,占总种数的13.3%,优势种有睛尾蝌蚪■虎鱼、龙头鱼、刀鲚、棘头梅童鱼;(2)根据鱼类适温性可将该海域的鱼类分为暖水性、暖温性和冷温性3种适温类型,以暖温性种类为主,暖水性种类次之,而冷温性种类极少,仅有1种;(3)根据其生态习性,可分为河口性、沿岸性和近海性3种生态类群;(4)渔获数量分布规律是春季在调查海域的内侧或者说中西部较高,而湾口较低,秋季则正好相反。     

大连沿海排污口及邻近水域细菌动态分析

于2011年3月、5月、8月和10月对大连沿海10个排污口及部分排污口的邻近水域分别采集水样, 对样本进行细菌总数3M试纸计数、2216E培养基和TCBS培养基培养并菌落计数, 对不同菌株进行16S rRNA基因克隆测序, 鉴定种属, 对细菌时间、空间的动态分布与群落结构及细菌分布与生态因子的相关性进行了分析。结果表明, 不同的排污口之间细菌总数差别很大, 数量在(1.6—500.0)×104cfu/mL之间; 排污口与其邻近水域差异明显, 排污口、邻近5m、100m和500m距离的细菌总数全年平均分别为77.94×104、 34.00×104、 4.520×104和0.448×104 cfu/mL。不同季节之间, 远距离水样季节性差异较大, 而排污口间季节性差异相对较小。在群落构成上, 假交替单胞菌属、肠杆菌科、假单胞菌属、弧菌属和希瓦氏菌属为优势菌属, 检出率较高, 数量较大。细菌分布与多种生态因子具有不同程度的相关。     

黄海中南部近岸海域春季鱼类浮游生物群落空间格局研究

根据2015年春季在黄海中南部近岸海域进行的鱼类浮游生物大型浮游生物网水平拖网数据,采用生态多样性指数和多元统计分析等方法,研究了该海域鱼类浮游生物的种类组成和群落空间格局及其与环境因子的关系。结果表明,本次调查共采集到鱼类浮游生物35种,其中鱼卵21种,仔稚鱼23种。鱼类浮游生物隶属于8目18科34属,优势种为鳀（Engraulis japonicus）、鲬（Platycephalus indicus）、鱼衔属（Callionymus spp.）和小黄鱼（Pseudosciaena polyactis）。其中,鳀和鱼衔属主要分布于海州湾渔场海域,鲬主要分布于吕泗渔场海域,小黄鱼多分布于吕泗渔场北部海域。生态类型包括半咸水型、沿岸型和近海型种类。聚类分析表明,鱼类浮游生物群落可划分为以鱼衔属、鳀为优势种的站位组A（主要分布于海州湾海域）、以小黄鱼、黄鲫（Setipinna taty）等为优势种的站位组B（主要位于江苏沿岸海域）和以鲬为优势种的站位组C（主要位于江苏沿岸-近海海域）,以站位组B的群落物种多样性指数和均匀度指数最高。各站位组的鱼类浮游生物的生态类型和适温类型组成不同,这与其所处的海域生境有关。典范对应分析（CCA）表明,影响春季黄海中南部鱼类浮游生物群落空间结构的主要环境因子为水深和表层温度。同时也受洋流、底质类型等多种因素的综合影响。研究结果初步揭示了黄海中南部近岸海域鱼类浮游生物群落的空间格局,可为今后科学制定该海域水产种质资源保护区、资源量化管理等资源养护管理措施提供科学依据与技术支撑。     

一种基于16S rRNA基因检测海洋浮游细菌群落的微阵列基因芯片

A better understanding of bacterioplankton community shifts following change in marine environments is critical to predict the marine ecosystem function. In order to get a snapshot of the microbial taxonomy profiling of a wide range marine area, a quick, convenient and low cost method would be favorable. In this study, we developed a 16S rRNA gene-based microarray using ARB software, which contained 447 probes targeting 160 families of marine bacteria. The specificity, sensitivity and quantitative capability of this microarray were assessed by single cloned16S rRNA genes. The reliability of this microarray was tested by eight environmental samples. The results showed that the microarray was specific, only 1.16% false results were detected in five single-clone hybridization tests. The microarray could detect DNA samples as few as 1 ng/μL and the signal intensity could reflect the relative abundance of the bacteria in the range of 1 ng/μL to 100 ng/μL of DNA concentration. Hybridization with environmental samples showed that it can discriminate bacterioplankton communities by sites and time. High throughput sequencing results from the eight samples confirmed the hybridization results. It indicated that this developed microarray could be used as a convenient tool to monitor the bacterioplankton community in marine environment.     

胶州湾西北部潮滩湿地2009年春季大型底栖动物群落结构

根据2009年春季在胶州湾西北部潮滩湿地进行的7个断面35个站位的大型底栖动物调查数据,应用单变量指数法、多元统计分析等方法研究了2009年春季大型底栖动物群落结构及其与环境因子的关系。研究表明,采集到的51种大型底栖动物中,多毛类18种、软体类17种、甲壳类11种、其它种类5种,大型底栖动物平均丰度111.5ind·m-2,平均生物量124.7g·m-2,优势种为凸壳肌蛤(Musculus senhousei)、菲律宾蛤仔(Ruditapes philippinarum)、缢蛏(Sinonovac-ula constricta)和日本大眼蟹(Macrophthalmus japonicus)。用等级聚类分析(CLUSTER)和多维尺度排序分析(NMDS)划分出大型底栖动物群落4个,包括潮滩湿地西南群落Ⅰ、潮滩湿地东北群落Ⅱ、潮滩湿地中部群落Ⅲ和潮滩湿地低潮群落Ⅳ。相似性百分比(SIMPER)分析表明,群落Ⅰ和群落Ⅱ的特征种为日本大眼蟹,群落Ⅲ的特征种为缢蛏,群落Ⅳ的特征种为菲律宾蛤仔,且菲律宾蛤仔也是群落Ⅳ与群落Ⅰ、Ⅱ和Ⅲ的分歧种。群落Ⅲ的生物多样性最高,而群落Ⅳ的最低。生物-环境(BIOENV)分析表明,影响胶州湾西北部潮滩湿地大型底栖动物群落结构的相关环境因子主要为海水盐度、沉积物粒径、滩涂养殖种菲律宾蛤仔丰度以及污染因子重金属汞、镉等。     

鱼类甲状腺轴对胚胎发育、仔鱼变态及性别分化的调控作用研究进展

鱼类甲状腺轴由下丘脑、垂体、甲状腺组成,下丘脑通过分泌促甲状腺激素释放激素、促肾上腺皮质激素释放激素调节垂体促甲状腺激素的合成和分泌,促甲状腺激素促进甲状腺滤泡合成并释放甲状腺激素(主要为甲状腺素—T4),T4运输至肝脏等外周组织中,经过脱碘转化形成生物活性更强的三碘甲腺原氨酸(T3),T3主要通过同核受体结合发挥生物学功能。甲状腺激素对鱼类胚胎发育、仔鱼变态及性别分化等早期生长发育过程具有重要调控作用:甲状腺激素为鱼类胚胎发育期所必须,外加适量甲状腺激素能够提高胚胎或仔鱼存活率;仔鱼变态过程中,某些外部形态变化及相关组织分化依赖甲状腺激素的调控,牙鲆等仔鱼变态期体内甲状腺激素水平及其受体表达量会显著升高;性腺发育期,甲状腺激素对调控鱼类性别分化方向可能具有一定作用。     

红树植物拟海桑及其亲本的根际细菌群落特征分析

植物根际微生物群落能够从亲本传递给子代, 从而影响植物的表型。野外调查发现, 海桑属(Sonneratia)红树植物自然杂交杂种拟海桑在野外通常比亲本生长更为强壮, 表现出极强的生存优势。为探究这一现象的原因, 本研究从根际微生物角度出发, 利用细菌16S rRNA基因高通量测序技术, 对采自海南省东寨港的三种红树植物拟海桑(S. × gulngai)及其亲本海桑(S. caseolaris)和杯萼海桑(S. alba)的根际土壤进行根际细菌群落特征分析。结果表明, 三种红树植物根际细菌群落多样性高, 种类丰富, 分属于30门242科351属, 其中变形菌门(Proteobacteria)为最优势门, 在各个样本中丰度超过40%, 子代拟海桑继承亲本的根际微生物多数都属于这一类群。研究发现, 子代拟海桑与两亲本的根际细菌类群组成在门水平存在显著差异, 其中酸杆菌门(Acidobacteria)和放线菌门(Actinobacteria)在子代拟海桑中丰度分别为4.3%和6.5%, 显著高于亲本1%~2%的含量; 在亲本杯萼海桑中, 丰度高达19.8%的栖热菌门(Thermi)在子代中丰度仅有1%, 而热袍菌门(Thermotogae)(5%)甚至消失。总之, 子代拟海桑与亲本杯萼海桑的根际微生物群落组成相对于亲本海桑表现出更大的差异性。土壤理化性质分析发现, 子代拟海桑的土壤全氮(total nitrogen, TN)含量显著低于亲本, 含量相差3倍以上, 相关性分析表明, TN浓度与菌群中的浮霉菌门(Planctomycetes)、放线菌门(Actinobacteria)、酸杆菌门(Acidobacteria)丰度显著负相关。通过功能预测分析发现, 子代拟海桑微生物群落中与基础代谢相关的碳水化合物、氨基酸、能量以及脂质代谢相关的功能基因丰度显著都高于亲本, 表现出代谢能力的增强。本研究认为, 子代拟海桑对亲本的根际土壤微生物进行了选择性继承, 菌群组成更为合理, 在保持菌群高度多样性的同时, 一些根际促生菌的含量增加, 使菌群基础代谢能力增加, 更有利于子代拟海桑的生长。     

T-RFLP技术及其在微生物群落结构研究中的应用

微生物是生态系统的重要组成部分,在各种元素的生物地化循环中起关键作用。因此研究微生物的群落结构,借此了解微生物和环境的关系就尤为重要。长久以来微生物群落结构的调查方法一直是建立在分离和培养的方法上。这种方法不但费时费力,而且不够准确。这反映在如下几个方面：(1)微生物群落组     

蓝色新事

<正>被严重低估深海鱼量捕鱼Fishing近日科学家们表示人们严重低估了海洋里鱼的数量——大多数鱼类从未被捕捞过。西澳大利亚大学的卡洛斯·杜阿尔特教授表示海洋中层鱼,也就是生活在海洋表面下方100~1000米深处的鱼类,组成了全世界鱼类生物量的95%,且从未受到渔业的影响,秘诀在于它们躲避渔网的能力。杜阿尔特教授搭乘西班牙考察船赫斯珀里得斯进行了为期7个月的全球旅行,他带领的科学家小组收集了海洋中层鱼的回声探测。他表示,大多数海洋中层鱼在夜间会在靠近海洋表面处进食,而白天进入更深水域以避免鸟类攻击,它们能够在5米远的范围内探测到渔网并设法避开。