鳗草WRKY基因家族的筛选与生物信息学分析

为全面了解鳗草基因组中WRKY基因家族信息,本文采用生物信息学手段,鉴定出44个ZmWRKYs基因,基因数目低于大多数陆生高等植物.系统发育分析表明,ZmWRKYs分为Ⅰ组、Ⅱ组和Ⅲ组3个类群,Ⅱ组可进一步划分为5个亚组(Ⅱa、Ⅱb、Ⅱc、Ⅱd和Ⅱe).顺式作用元件分析表明,ZmWRKYs基因很可能受到激素、生物和非生...     

不同水交换量下皱纹盘鲍转录组测序与分析

养殖过程的循环水交换量能够显著影响皱纹盘鲍(Haliotis discus hannai)的生理状态, 进而影响其养殖存活率和生长率, 然而不同循环水量对于皱纹盘鲍的生理状态影响的分子机制尚不明确。本实验以皱纹盘鲍(Haliotis discus hannai)为研究对象, 将鲍分别置于循环水交换频率为1次/d、2次/d、4次/d的条件下(编号为C0、T2和T4组)暂养3 d, 然后利用Illumina Hiseq 2500技术测定不同处理组鲍鱼的肌肉组织中转录组表达情况。结果表明, 单次换水组(C0)和多次换水组(T2和T4)间差异表达的基因个数较多, 分别为4 095和3 617个, 而T2与T4组之间的差异表达基因个数则较少, 仅为232个。对差异表达基因进行GO和KEGG功能分析显示, 单次换水组(C0)和多次换水组(T2和T4)间差异表达的基因主要集中在能量代谢和免疫反应相关通路或基因, 随机选取10个差异基因进行荧光定量PCR验证, 定量PCR结果与转录谱结果一致, 证实了转录组测序结果的可靠性。本研究说明了更高的水交换量下, 鲍的代谢和免疫相关通路被激活, 可能有助于鲍鱼维持较好的生理和免疫状态, 从而表现出更好的生长、存活等表型。     

雌雄文昌鱼差异表达基因的转录组分析

本文用转录组学技术系统考察了雌雄文昌鱼的差异表达基因。将性腺发育成熟的青岛文昌鱼(Branchiostoma belcheri)雌雄分离,分别对排卵前雌鱼(F1组)和释精前的雄鱼(M1组),以及排卵后雌鱼(F2组)和释精后的雄鱼(M2组)进行了转录组测序。分析显示:排卵与释精前的雌雄文昌鱼(F1组与M1组)有13 434个显著差异表达的基因,排卵与释精后的雌雄文昌鱼(F2组与M2组)有5 957个显著差异表达的基因;不论排卵与释精前还是后,相比于雄性,雌性文昌鱼低表达的基因均多于高表达的基因。对各组间差异表达基因进行KEGG通路聚类分析,发现排卵与释精前(F1组与M1组),雌雄文昌鱼中差异表达的基因极显著地富集到7个KEGG通路中,分别为神经活性配体-受体相互作用(Neuroactive ligand-receptor interaction)、细胞粘附分子(Cell adhesion molecules)、造血细胞系(Hematopoietic cell lineage)、肥大型心肌病(Hypertrophic cardiomyopathy)、细胞外基质相互作用(ECM-receptor interaction)、PI3K-Akt信号通路和金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)感染;而排卵与释精后(F2组与M2组),雌雄文昌鱼中差异表达的基因极显著地富集到3个KEGG通路中,包括神经活性配体-受体相互作用、细胞粘附分子、病毒性心肌炎(Viral myocarditis)。进一步分析发现,与血管内皮生成相关的基因如F11R、JAM2、CDH5等,雌性都比雄性文昌鱼呈显著的高表达。     

Phylogenetic analysis of Pectinidae(Bivalvia) based on the ribosomal DNA internal transcribed spacer region

The ribosomal DNA internal transcribed spacer (ITS) region is a useful genomic region for understanding evolutionary and genetic relationships. In the current study, the molecular phylogenetic analysis of Pectinidae (Mollusca: Bivalvia) was performed using the nucleotide sequences of the nuclear ITS region in nine species of this family. The sequences were obtained from the scallop species Argopecten irradians, Mizuhopecten yessoensis, Amusium pleuronectes and Mimachlamys nobilis, and compared with the published sequences of Aequipecten opercularis, Chlamys farreri, C. distorta, M. varia, Pecten maximus, and an outgroup species Perna viridis. The molecular phylogenetic tree was constructed by the neighbor-joining and maximum parsimony methods. Phylogenetic analysis based on ITS1, ITS2, or their combination always yielded trees of similar topology. The results support the morphological classifications of bivalve and are nearly consistent with classification of two subfamilies (Chlamydinae and Pectininae) formulated by Waller. However, A. irradians, together with A. opercularis made up of genera Amusium, evidences that they may belong to the subfamily Pectinidae. The data are incompatible with the conclusion of Waller who placed them in Chlamydinae by morphological characteristics. These results provide new insights into the evolutionary relationships among scallop species and contribute to the improvement of existing classification systems.     

真核藻质粒状DNA的研究进展

已在绿藻,红藻与硅藻等真核藻中发现有质粒状ＤＮＡ,其结构一般是环状或线状的双链ＤＮＡ小分子。结藻与硅藻的质粒状ＤＮＡ中有可读框架,某些ＯＲＦ有转录活性或与已知基因有明显的同源性,表明藻类质粒状ＤＮＡ是一种功能活跃的新型基因组。研究还发现质粒状ＤＮＡ是有用的分子分类标记,同时也是藻类基因工程潜在的载体。     

转录因子CREB对合浦珠母贝无定型碳酸钙结合蛋白启动子的调节作用

【目的】研究无定型碳酸钙结合蛋白(ACCBP)基因的上游调控机制。【方法】以合浦珠母贝(Pinctada fucata)为研究对象,利用基因组步移技术克隆合浦珠母贝ACCBP基因(PfACCBP)的启动子。设计启动子截短实验,通过双荧光素酶标记法确定启动子与转录因子CREB的结合位点,定位启动子中的功能元件。克隆转录因子环腺苷效应元件结合蛋白(CREB),并通过共转染实验和凝胶迁移率分析检测启动子的相对转录活性。【结果】获得合浦珠母贝ACCBP基因的启动子序列,ACCBP启动子在HEK-293T细胞系中转录活性较高;该启动子上存在CRE元件,该元件可在转录过程中与CREB蛋白直接结合,大幅上调ACCBP启动子的转录效率。【结论】转录因子CREB可通过与ACCBP启动子上的CRE元件结合而增强转录活性的调控作用。     

鳗弧菌(Vibrio anguillarum)侵染对青蛤(Cyclina sinensis)髓样分化因子88基因表达的影响

经转录组测序后筛选并克隆得到青蛤(Cyclina sinensis)髓样分化因子88(myeloid differenttiation factor 88,My D88)的c DNA序列。在鳗弧菌(Vibrio anguillarum)胁迫下,采用荧光定量PCR法分析了My D88基因在青蛤体内的表达过程。结果显示,青蛤My D88基因的开放阅读框为1521bp,编码506个氨基酸,分子量约为57.14k Da,氨基酸N段存在DEATH结构域,C段存在TIR结构域(Toll/Interleukin-1 receptor domain)。My D88基因在青蛤血淋巴、肝脏、外套膜、鳃和闭壳肌等组织中普遍表达,但在血淋巴中表达量最高,与其它组织出现显著性差异(P0.05)。通过检测鳗弧菌刺激下My D88基因在青蛤血淋巴中的表达值,发现My D88基因在24h开始升高,48h达到最大值,约为对照组的10倍,实验组与对照组及空白组均出现了极显著性差异(P0.01);研究结果表明,该基因在软体动物的免疫应答反应中对革兰氏阴性菌有识别作用。     

脱水对条斑紫菜叶状体psbA和psbD基因表达量的影响

从处于不同脱水复水阶段的条斑紫菜(Porphyra yezoensis Ueda)叶状体中提取总RNA,用荧光定量PCR技术检测条斑紫菜不同脱水和复水过程中psbA和psbD基因的转录水平上的相对表达量的变化.实验结果表明,psbA和psbD基因转录水平上的相对表达量的变化趋势相似但变化幅度不一致.在相对含水量约为71...