对虾传染性皮下及造血组织坏死病毒衣壳蛋白基因的克隆表达及抗体制备

本文根据GenBank登录的对虾传染性皮下及造血组织坏死病毒(IHHNV)的全基因组序列(NC-002190),设计出主要结构蛋白基因的相应引物,从厦门发病的对虾中,提取DNA,以此为模板,利用PCR扩增目的基因.再将目的基因分别与pGEX-6p1载体和pET-28a载体连接,构建重组表达载体pGEX-Ⅳ、pET-Ⅳ,重组子经酶切和测序鉴定后导入表达型大肠杆菌BL21,IPTG诱导表达,SDS-PAGE检测,大小约为62KDa和41KDa,与预测大小一致.将pET-Ⅳ表达重组蛋白经纯化,免疫小鼠,Western免疫印迹反应结果表明其抗体均可与pGEX-Ⅳ和pET-Ⅳ表达的蛋白发生特异性反应.本研究的结果为对虾IHHNV的快速检测及其免疫提供了研究基础.     

Cloning and sequence analysis of a full-length cDNA of <Emphasis Type="Italic">SmPP1cb</Emphasis> encoding turbot protein phosphatase 1 beta catalytic subunit

Reversible protein phosphorylation, catalyzed by protein kinases and phosphatases, is an important and versatile mechanism by which eukaryotic cells regulate almost all the signaling processes. Protein phosphatase 1 （PP1） is the first and well-characterized member of the protein serine/threonine phosphatase family. In the present study, a full-length cDNA encoding the beta isoform of the catalytic subunit of protein phosphatase l（PPlcb）, was for the first time isolated and sequenced from the skin tissue of flatfish turbot Scophthalmus maximus, designated SmPPlcb, by the rapid amplification of cDNA ends （RACE） technique. The cDNA sequence of SmPPlcb we obtained contains a 984 bp open reading frame （ORF）, flanked by a complete 39 bp 5＇ untranslated region and 462 bp 3＇ untranslated region. The ORF encodes a putative 327 amino acid protein, and the N-terminal section of this protein is highly acidic, Met-Ala-Glu-Gly-Glu-Leu-Asp-Val-Asp, a common feature for PP1 catalytic subunit but absent in protein phosphatase 2B （PP2B）. And its calculated molecular mass is 37 193 Da and pI 5.8. Sequence analysis indicated that, SmPPlcb is extremely conserved in both amino acid and nucleotide acid levels compared with the PPlcb of other vertebrates and invertebrates, and its Kozak motif contained in the 5＇UTR around ATG start codon is GXXAXXGXXATGG, which is different from mammalian in two positions A6 and G3, indicating the possibility of different initiation of translation in turbot, and also the 3＇UTR of SmPPlcb is highly diverse in the sequence similarity and length compared with other animals, especially zebraf＇lsh. The cloning and sequencing of SmPPlcb gene lays a good foundation for the future work on the biological functions of PP1 in the flatfish turbot.     

Genetic diversity analysis with ISSR PCR on green algae Chlorella vulgaris and Chlorella pyrenoidosa

In the present study, genetic polymorphism and diversity in unicellular clones of Chlorella vulgaris Beijerinck and Chlorella pyrenoidosa Chick were studied with Inter Simple Sequence Repeats PCR (ISSR PCR). Samples including four clones of C. vulgaris and three clones of C. pyrenoidosa were purified by single-clone-choice method. For four C. vulgaris unicellular clones, the total number of the bands scored for 18 primers was 298; and the number of the polymorphic bands was 118, of which 39.6% were polymorphic. The size of PCR products ranged from 200 to 2 500 bp. The total number of bands scored for 18 primers, the number of polymorphic bands and the percentage of three C. pyrenoidosa unicellular clones was 194.83 and 30.8%, respectively. POPGENE analysis show that the average Nei genetic diversity (h *) and Shannon index of diversity (I *) in the four C. vulgaris unicellular clones was 0.2181 and 0.3208, respectively, which is slightly higher than those of the three C. pyrenoidosa unicellular clones (0.190 3 and 0.274 8), which agreed with the percentage of polymorphic bands in the mixed samples of the two species. The results suggest that ISSR is a useful method to Chlorella for intra-species genetic analysis.     

冲绳日本绒螯蟹线粒体DNA 12S rRNA序列的研究

采集日本冲绳源河川和边野古川的日本绒螯蟹样品 ,参考果蝇与蚤状氵蚤线粒体 DNA12 Sr RNA基因片段序列进行了其相同片段的引物设计、PCR扩增及序列测定。结果表明冲绳两河川 4只日本绒螯蟹的碱基序列完全相同 ,为 4 58bp,其 A、T、G、C含量分别为 16 0 bp(34.94 % )、 179bp(39.0 8% )、4 9bp(10 .70 % )、70 bp(15.2 8% ) ,同果蝇与蚤状氵蚤相同基因片段的序列含量相似。     

GNSS变形监测网短基线时间序列噪声特性分析

利用时间跨度为5 a的GNSS短基线时间序列对噪声特性进行分析,发现长周期噪声分量(随机游走噪声)。选取最优噪声模型,评估不同噪声模型对测站周期振幅和线性速度估值的影响。结果表明,短基线时间序列中有色噪声应顾及闪烁噪声和随机游走噪声,对于表现出随机游走噪声的分量,可能与测站的真实运动有关;假设只有白噪声时求得的速度估值与最优噪声模型下求得的速度估值存在0.4～0.6 mm/a的偏差,对周期振幅的影响可以忽略。     

胶莱盆地东缘早白垩世莱阳群沉积序列及岩相古地理

胶莱盆地东缘早白垩世早期莱阳群沉积体现了湖盆由开始形成—鼎盛—萎缩消亡的全过程,发育由冲洪积相—湖相—三角洲相—河流相沉积的完整序列,且由东至西,由湖相到河流相逐渐过渡;古水流方向显示莱阳期盆地中心位于朱吴断裂、海阳断裂带之间,以断裂带为界,以西水流方向大致为由NW至SE向,以东水流方向则为由SE至NW向;早白垩世早期莱阳期盆地的形成与演化明显受区域性牟(平)-即(墨)断裂带活动所控制。     

1960-2015年青海三江源地区降水时空特征

青海三江源地区是中国生态系统最为敏感和脆弱的地区,其降水特别是生长季降水的波动,是影响本区及江河中下游水资源安全、生态系统可持续发展的关键因素。综合线性趋势、Mann-Kendall检验、BG分割算法、R/S、EEMD等多方法细致辨识了1960-2015年研究区降水量序列的时空特征。结果显示：① 三江源降水量总体呈现弱增趋势,21世纪以来降水量显著增加,各子源区气候倾向率不尽相同;② 年、季降水量自东南向西北递减,澜沧江源区夏季降水和黄河源区秋季降水呈弱减趋势,雨量弱减区在空间上呈斑块状分布;③ 年、季降水量年代际变化和增湿率的空间差异较明显,春夏季降水气候倾向率与经纬度、海拔的复相关性显著高于冬季;④ 20世纪90年代中后期,各子源区降水总体显现增强信号,并于2002年前后发生突变;⑤ 年际和低值年代际显著周期是造成降水量变动的主要因素;⑥ 除澜沧江源区夏季降水趋于减少外,其他年、季降水量变化呈现增幅不一的转湿趋势;⑦ 横向比较各子源区可见,长江源区降水变化更能表征高原气候变化。研究结果显示,研究区降水时空序列变化具有明显的区域和季节差异性特征,与以往类似研究存在些许差异,可见为有效提高气候序列演变过程及突变诊断的准确性,仍需进一步融合多方法实施集成分析。     

单环刺螠soxb基因的克隆及其在幼虫发育中的表达特征

SOXB作为重要的转录因子,参与了动物内胚层分化、消化道形成、神经细胞和感官细胞分化的调控。本研究利用RACE技术克隆了单环刺螠(Urechis unicinctus)2个soxb亚族基因soxb1(Uu-soxb1)和soxb2(Uu-soxb2)的cDNA全长序列,大小分别是1871 bp和2906 bp。在两个推导的氨基酸序列中均包含SOX家族的HMG-box结构和SOXB亚族蛋白特有的Group B homology序列,进化树分析它们分别与SOXB1和SOXB2聚类。原位杂交结果显示,Uu-soxb1和Uu-soxb2为母源表达基因;二者在担轮幼虫中的表达图式存在差异,其中早期担轮幼虫中Uu-soxb1 mRNA广泛分布于虫体中,Uu-soxb2 mRNA则集中于顶纤毛束基部和虫体后部(口后纤毛环之后),中期担轮幼虫中,Uu-soxb2阳性信号主要位于纤毛环及虫体的下半球;而Uu-soxb1 mRNA主要位于虫体下半球;之后的发育中二者的表达位点基本一致,即:晚期担轮幼虫中主要位于虫体后部,体节幼虫和蠕虫状幼虫中主要分布于消化道和体壁处。本研究结果表明,单环刺螠soxb在消化道发育过程中的表达模式与其他已报道动物类似,提示其在消化道发育中具有保守的功能。     

深圳杨梅坑海域造礁石珊瑚共生藻分类和遗传多样性研究

通过核糖体ITS(Internal Transcribed Spacer)的核苷酸序列研究了深圳杨梅坑海域20种47个造礁石珊瑚样本的共生藻。通过ITS序列分析,与GenBank上的4种不同的共生藻构建Neighbor-Joining聚类树,进行石珊瑚共生藻分类和遗传多样性分析。结果表明,该海域的造礁石珊瑚共生藻属于2种不同的种类(亚系群),19个样品属于C1亚系群共生藻,1个样品属于C15亚系群共生藻,C1和C15两个亚系群共生藻之间的遗传距离为0. 01。将深圳杨梅坑海域得到的ITS序列与NCBI数据库上的福建东山海域、广东徐闻地区的C1系共生藻进行比对,只有深圳杨梅坑海域藻类样本平均(A+T)碱基含量为49. 4%,(A+T)含量小于(G+C)含量。构建Neighbor-Joining聚类树表明,深圳杨梅坑海域石珊瑚共生藻与福建东山海域的亲缘关系较近,而与广东徐闻地区的亲缘关系较远,地理隔离是主要的因素。     

GPS坐标时间序列分析研究

近20年来,以GPS为代表的空间大地测量技术观测精度不断提高,已累积了丰富的、高精度、全球覆盖的坐标时间序列数据。这些数据为研究不同时空尺度下的各类地球物理现象提供了重要的数据支撑和大地测量几何约束。然而,由于GPS坐标时间序列中同时包含了各类“信号”和“噪声”,而且噪声来源复杂,信号类型多样,水平和高程分量上信号与噪声的表现形式差异较大。如何从原始序列中提取可靠的“信号”、分离出“误差”是目前地学界研究的热点和难点之一。