别样玫瑰变色杆菌(Aliiroseovarius sp.)Z3基因组测序及比较基因组分析

菌株Z3是一株从凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)肠道样品中分离出的细菌。本研究利用Illumina HiSeq测序平台对其进行了测序, 用SOAPdenovo等软件进行基因组组装、系统发育分析、基因预测和功能注释, 并与别样玫瑰变色杆菌属(Aliiroseovarius)已知的5个种的模式株进行了比较基因组分析。基因组注释结果显示, Z3基因组大小为3525503bp, GC(guanylate and cytidylic acid)含量为59.4%, 预测包含3509个编码蛋白基因。通过16S rRNA基因全长序列比对、平均核苷酸一致性(ANI)、DNA-DNA杂交(DDH)和共线性分析发现, 菌株Z3与Aliiroseovarius crassostreae CV919-312T的16S rRNA基因全长序列相似度最高, 为98.20%, 与Aliiroseovarius sediminilitoris DSM 29439T的DDH和ANI值最高, 分别为26.80%和84.95%, 属于Alliroseovarius属的新种, 将其命名为Aliiroseovarius sp. Z3。经比较基因组分析发现, Aliiroseovarius sp. Z3与5个近缘的模式株细菌共享2005个直系同源核心基因簇; Z3拥有的413个独立基因经注释, 主要与碳水化合物转运与代谢、氨基酸转运与代谢、复制、重组及修复等功能相关。功能注释发现Z3具有进行完整的反硝化途径的相关基因, 其利用的可能是环境中的硝酸盐、亚硝酸盐等。本研究对Z3全基因序列的注释、功能和比较基因组的分析, 不仅丰富了Aliiroseovarius属细菌基因组资源, 还为深入研究其反硝化特性等提供了基础。     

肠道靶向药物缓释功能叶酸插层水滑石的制备与结构表征

采用共沉淀法和离子交换法成功制备了叶酸插层Mg/Al水滑石(LDHs-FA)复合材料,通过粉末X射线衍射、红外光谱和热重-差热分析等手段对合成材料进行结构表征。结果表明得到的LDHs-FA结构完整、晶相单一,并比较了2种方法对材料物化性质的影响。采用盐酸为介质模拟胃液,混合磷酸盐缓冲溶液为介质模拟肠液,研究了叶酸插层水滑石在模拟胃液和肠液中的释放特征,结果表明叶酸插层复合材料在模拟胃液和肠液中均具有较好的缓释性能。海藻酸钙包覆后的样品在胃液中释放速率极慢,但在肠液中具有较好的缓释性能,实现了药物的肠道靶向释放。     

九孔鲍肠道及其养殖水体中弧菌抗药性的研究

为更好地防治鲍鱼病害的发生和流行,我们对分离自广东汕尾粤顺鲍鱼养殖场九孔鲍肠道及其养殖水体的弧菌菌株的耐药性进行了研究。对所分离鉴定的菌株进行了16种抗生素药物敏感性试验。结果表明,对绝大多数分离的菌株,四环素、青霉素G、卡那霉素、丁胺卡那霉素和新生霉素都不敏感或无作用,氟哌酸、红霉素、氯霉素以及环丙沙星等则均比较敏感：复方新诺明、链霉素和多粘霉素B对所有所实验的菌株均有作用。     

凡纳滨对虾肠道上皮细胞微胞子虫PCR检测方法的建立与应用

根据Gen Bank中对虾肠道上皮细胞微胞子虫(Enterocytozoon hepatopenaei,EHP)的基因保守序列,设计一对特异性引物,通过优化PCR扩增条件,建立快速检测凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)EHP的PCR方法。用该方法对EHP阳性虾进行PCR扩增,得到与实验设计相符的330 bp特异性扩增条带,而对白斑综合症病毒(WSSV)、桃拉病毒(TSV)、传染性皮下及造血器官坏死病毒(IHHNV)、对虾杆状病毒(BP)、"棉花虾"微孢子虫、黏孢子虫的阳性虾,以及健康虾的扩增结果为阴性。测序比对发现,PCR产物序列与Gen Bank EHP基因序列的同源性为99.8%,表明该PCR方法检测结果准确。敏感性试验表明,该方法最低可检测出约100 fg的EHP质粒DNA。用该PCR方法检测广东、广西、江苏、山东、海南等地的755份临床样品,共检出阳性样品21份。该PCR方法可用于凡纳滨对虾EHP的快速检测。     

藻蓝蛋白对博来霉素肺纤维化小鼠肠道菌群的影响

博来霉素(bleomycin,BLM)是目前用于治疗头颈癌等多种癌症的药物之一,但会产生一系列副作用,例如肺纤维化(pulmonary fibrosis,PF),这大大降低了患者的生活质量。藻蓝蛋白(phycocyanin,PC)作为一种色素蛋白对包括PF在内的多种疾病具有调节作用。研究发现,慢性肠道疾病通常伴有肺部疾病,患者的肠道菌群会发生紊乱。针对上述线索,研究了PC对BLM诱导的PF小鼠肠道菌群的影响。通过尾静脉将BLM注入小鼠体内,以构建肺纤维化模型。然后通过16S r RNA高通量基因测序技术,分析了PC对BLM引起的PF小鼠肠道菌群的影响。结果表明,PC降低了BLM诱导的PF程度并调节了小鼠的肠道菌群。通过尾静脉注射BLM后,小鼠肺部受到损伤,肠道菌群发生紊乱。口服藻蓝蛋白干预后,小鼠的肺组织切片显示其胶原蛋白沉积减少,肺泡间隔和炎性细胞浸润减少,小鼠PF程度减轻。此时,小鼠肠道菌群中Alistipes、Lachnospiraceae等有益菌的丰度增加,Rikenella等有害菌的丰度降低,肠道菌群趋于正常。推测PC可以通过增加肠道中有益细菌的数量并减少肠道中有害细菌的数量...     

中国近海洄游日本鳗鲡(Anguilla japonica)玻璃鳗肠道微生物菌群分析

为研究长江口日本鳗鲡玻璃鳗肠道菌群的结构与多样性特征,初步探究野生鳗鲡仔鱼的营养需求,分别采集浙江台州市、舟山市以及江苏盐城市邻近海域的玻璃鳗样品,利用16S rDNA扩增子测序技术,分析三个采样点玻璃鳗肠道优势菌群及营养代谢相关的功能差异。结果显示,三个采样点的玻璃鳗肠道菌群均以变形菌门(Proteobacteria, 68.7%～82.0%)和放线菌门(Actinobacteria,4.2%～19.0%)为主要优势菌门。在属分类水平上,不动杆菌属(Acinetobacter, 12.4%～17.3%)和假单胞菌属(Pseudomonas, 8.07%～13.03%)丰度较高,属固定优势菌属。此外,每个采样点样本中都含有丰富的独特细菌群,包括台州市的气单胞菌属(Aeromonas)、舟山市的内生单胞属(Endozoicomonas)和丙酸杆菌属(Cutibacterium)以及盐城市的嗜冷杆菌属(Psychrobacter)和稳杆菌属(Empedobacter),推测是受采样点不同水环境因素影响。不动杆菌、假单胞菌、内生单胞菌等菌属在多种鱼类肠道中有着消化蛋白质的功能,气单胞菌虽属于...