A comparative analysis of β-mannanases of bacteria from Antarctica and Malaysia

β-mannanase is an enzyme that is commonly expressed in environmental bacteria. It degrades hemicellulose found in plant material and recycles nutrients back into the environment. Because this enzyme significantly contributes to biodegradation and has recently been applied in industry, we conducted a comparative analysis of bacterial isolates found in soil samples from Schirmacher Oasis, Antarctica, and Sabah, Malaysia that were capable of degrading mannan. A total of 9 bacterial isolates from Antarctica and 30 bacterial isolates from Malaysia exhibited β-mannanase activity. These bacteria were differentiated and clustered using their random amplified polymorphic DNA （RAPD） profiles, and the β-mannanase activity of these isolates was tested at different temperatures and pH. Five out of 9 Antarctica isolates and seven out of 30 Malaysian isolates were identified based on their 16S rDNA sequences. Identified bacterial isolates from Antarctica were： MP1 （Bacillus amyloliquefaciens）, MP2 （Bacillus pumilus）, MP5 （Bacilluspumilus）, A40 （Arthrobacter sp.）, and C27 （Arthrobacter oxydans）. Identified bacterial isolates from Ma- laysia were： Y1 （Paenibacillus sp.）, Y2 （Bacillus sp.）, Y16 （Paenibacillus sp.）, Y18 （Paenibacillus sp.）, A7 （Paenibacillus sp.）, B26 （Streptomyces sp.）, and D4 （Paenibacillus amylolyticus）. β-mannanases produced by the Antarctica bacterial isolates MP1 （Bacillus amyloliquefaciens） and A40 （Arthrobacter sp.） were active at 5℃ and 20℃, respectively, while the β-mannanase pro- duced by the bacterial isolate from Malaysia, A7 （Paenibacillus sp.）, was active at 35 ℃.     

孔石莼(Ulva pertusa)LAMP-LFD快速检测方法的建立

采用环介导等温扩增技术(loop-mediated isothermal amplification,LAMP)进行核酸扩增,凭借横向流动试纸条(lateral flow dipstick,LFD)完成扩增产物检测,建立了可快速检测孔石莼(Ulva pertusa)的LAMP-LFD方法。该方法首先在孔石莼的内转录间隔区序列(internal transcribed spacer,ITS)的8个种内保守区域设计6条特异性引物(上游内引物由生物素标记),进行由生物素标记的LAMP反应;同时,在两条外引物的有效扩增区段内设计1条异硫氰酸荧光素(fluorescein isothiocyanate,FITC)标记的探针,生物素标记的LAMP产物与FITC标记的探针特异性杂交后,在LFD上完成结果显示。优化后LAMP的反应条件为63°C反应50min,加上探针杂交与LFD检测共需60min。结果表明,利用该LAMP-LFD方法可特异性地检出孔石莼,对浒苔(Ulva prolifera)等9种常见藻类的检测均呈阴性。利用该方法最低可检测到3.04×10~(–2) pg/μL的孔石莼基因组DNA,是以LAMP外引物进行的常规PCR方法的1000倍。针对一定数量的实际样本的检测结果表明,LAMP-LFD方法与传统的形态学观察的结果一致。因此,本研究建立的孔石莼LAMP-LFD快速检测方法,具有特异性强、灵敏度高、操作简便等优点,有望成为我国东部沿海孔石莼快速检测和定期监测的有效技术手段。     

半滑舌鳎(Cynoglossus semilaevis)Patched 1基因的克隆和表达分析

Hedgehog(Hh)信号通路在脊椎动物和非脊椎动物发育过程中细胞信号传导方面发挥重要的作用。Patched 1 (Ptc1)基因是Hh的受体,通过和Hh配体结合调节Hh信号通路。本研究克隆和鉴定了半滑舌鳎的Ptc1基因(csptc1),该基因cDNA全长为5212 nt,编码蛋白包括1543个氨基酸残基,序列比对和进化分析显示该蛋白在进化过程中较为保守。荧光定量显示该基因在脑,肝脏,心脏,鳃,肠,脾脏、肾脏和性腺组织中普遍表达,在精巢中的表达水平显著高于卵巢。精巢中的原位杂交信号主要位于该基因主要在初级精母细胞,次级精母细胞和支持细胞中,而在卵母细胞中的信号较弱。Csptc1基因在卵巢中的甲基化水平高于在雄鱼和伪雄鱼精巢中。这一研究结果可能说明csptc1基因参与了 Desert Hedgehog (DHH)基因维持雄鱼和伪雄鱼的生殖细胞系以及精子发生等生物学过程。     

三种笛鲷属鱼类的随机扩增多态性DNA初步研究

RAPD技术是由 Williams[1]和 Welsh[2 ]领导的两个科研小组于 1 990年几乎同时独立创立的一种 DNA多态性分析技术 ,它的原理是利用一系列随机排列的寡核苷酸单链引物 ,以研究对象的基因组 DNA为模板进行 PCR扩增 ,通过扩增产物 DNA片段的多态性来检测基因组 DNA的多态性。该技术已被广泛地应用于种质鉴定、遗传多样性、亲缘关系及系统分类研究 [3～ 6]。但对海水鱼类RAPD研究报道较少。红鳍笛鲷 (L utjanus erythopterus Bloch)、紫红笛鲷 (L utjanus argentimaculatus Forskal)和勒氏笛鲷 (L utjanus russelli Bleeker)具有…     

三种笛鲷属鱼类的随机扩增多态性DNA初步研究

RAPD技术是由Williams和Welsh领导的两个科研小组于1990年几乎同时独立创立的一种DNA多态性分析技术，它的原理是利用一系列随机排列的寡核苷酸单链引物，以研究对象的基因组DNA为模板进行PCR扩增，通过扩增产物DNA片段的多态性来检测基因组DNA的多态性。