湖泊沉积物中DNA提取与PCR扩增

对湖泊沉积物中保存的生物大分子—DNA进行研究分析,以探讨湖泊生态系统随环境改变而演变的过程。根据前人对土壤和海洋沉积物DNA的提取方法,针对湖泊沉积物的特点进行改进,在此基础上对太湖梅梁湾湖泊沉积岩芯进行DNA提取和扩增。结果表明：不同深度湖泊沉积物均能获得DNA,且纯度较高,OD²⁶⁰/ OD²⁸⁰均大于1.4、OD²⁶⁰/ OD²³⁰大于1.1,可直接用于PCR（polymerase chain reaction ）扩增。对微囊藻的16S rRNA基因进行PCR扩增,结果发现在前5个沉积物样品中,均得到了200 bp左右的微囊藻16S rRNA基因片段,表明微囊藻或已降解的微囊藻基因片段存在于这5个层位的湖泊沉积物中。这为利用湖泊沉积物中的生物分子来推断历史湖泊生物群落结构,判断湖泊生态演变的历史提供了新的研究思路。     

鱼类致病鰤鱼诺卡氏菌(Nocardia seriolae)的LAMP检测技术建立与应用

针对鲫鱼诺卡氏菌16S-23S rRNA基因内转录间隔序列,设计了四条LAMP引物,在外内引物浓度比1:8、dNTP浓度0.8-1.2mmol/L、Mg<'2>浓度10-14mmol/L、反应温度60-65℃、反应时间60min的优化条件下,扩增产物经电泳后呈现特异性的LAMP梯形条带,建立的LAMP法具有高灵敏度,达...     

虾夷扇贝选育群体与野生群体基因组DNA甲基化的MSAP分析

基因组DNA甲基化作为表观遗传学研究的重要手段之一,在水产科学领域得到越来越广泛的应用。为从表观遗传学角度探讨虾夷扇贝选育群体-"玉贝"和普通虾夷扇贝群体的DNA甲基化差异,本文运用甲基化敏感扩增多态性(Methylation-sensitive amplification polymorphism,MSAP)技术分析了两群体的DNA序列中CCGG位点的甲基化情况。结果表明,筛选得到11对引物组合能够在两个群体中得到稳定扩增、清晰且多态性丰富的片段;11对引物在"玉贝"和对照群体中分别共检测到1432和1442个位点,其中发生甲基化的位点分别为306和341个,总甲基化率分别为21.5%和23.65%,"玉贝"总甲基化率下降2.15%;全甲基化位点分别为152和236个,全甲基化率为10.68%和16.37%,"玉贝"全甲基化率下降5.69%;半甲基化位点分别为154和105个,半甲基化率为10.82%和7.28%,"玉贝"半甲基化率上升3.54%;"玉贝"群体的甲基化多态性条带所占比例高于对照群体,分别为31%和29.167%,尤其是B类型条带链,"玉贝"群体明显高于对照群体。这说明,通过对虾夷扇贝生长和耐热性状的累代选育导致了DNA甲基化水平和模式的改变,本研究为进行虾夷扇贝抗逆基因的筛查提供了参考数据,丰富了表观遗传学在扇贝中的研究资料。     

逆转录-PCR扩增文昌鱼LIM类同源框基因片段

于1997年6月在青岛市沙子口海域采集文昌鱼样品，采用RT－PCR方法进行青岛文昌鱼LIM类同源框基因片段的扩增研究。结果表明，用一对引物一次PCR扩增的方法未能得到特异的PCR产物，用一对引物两次PCR扩增的方法也同样未果。在对套式PCR进行研究时发现，用普遍PCR方法进行的套式PCR结果不够理想，而用三步两段法和四步两段法套式PCR则可进行成功的扩增。用这两种方法扩增的PCR产物具有高度特异性。相比之下，用简并的引物对未知的基因片段进行PCR扩增时，三步两段法和四步两段法的套式PCR应是首选方法。     

条斑紫菜(Porphyra yezoensis)dbEST中筛选微卫星位点及引物种间转移扩增

采用电子查询的方法，借助Blast软件从条斑紫菜表达序列标签数据库的20979条序列中筛选微卫星位点，共发现非冗余微卫星位点211个，占整个条斑紫菜EST数据库的1．01％。其中双碱基重复微卫星位点共有35个，占查找微卫星序列总数的16．6％；三碱基微卫星有176个，占83．4％。双碱基重复微卫星中AG／CT形式最多，而三碱基中GGC／GCC最多。从筛选出的微卫星位点中选取序列设计合成引物，用在坛紫菜上进行引物种间转移扩增研究。在总共15对引物中有13对引物在两个种间都有扩增产物。结果表明，微卫星位点在这两种紫菜之间具有很高的同源性。获得的微卫星引物可用来进行种群遗传多样性研究、谱系鉴定和遗传图谱的构建。而微卫星标记的共显性可用来进行紫菜二倍体丝状体纯合性检验，为纯系紫菜品系的鉴定提供分子生物学鉴定方法。     

一种快速制备甲藻细胞PCR扩增DNA模板的方法

报道了一种快速制备PCR扩增甲藻细胞模板DNA的方法。以赤潮甲藻塔玛亚历山大藻（Alexandrium tamarense）和链状亚历山大藻（Acatenella）为目标藻，对藻液预处理后直接用于PCR扩增，获得5,8S核糖体RNA基因及其两侧的核糖体RNA基因转录单元内基因间隔区（internal transcribed spacer，ITS）序列片段，成功测序。此方法避免了复杂的DNA提取过程。     

海带“901”配子体DNA随机扩增反应条件的优化

用小规模提取法从海带“90l”,品系的配于体中提取基因组DNA,用于随机扩增多态DNA(RAPD)的重复性及稳定性研究。通过对扩增体系中各因子和扩增程序的梯度试验,确定其优化反应体系为：50ng模板DNA,2.0mmol/LMgCl2,0.2mmol/L dNIP,0.2μmol/L引物,1．5UTaq酶;所得PCR反应程序为：94℃预变性5min,45个循环：变性94℃30s,退火36℃1min,延伸72℃2min,最后72℃延伸10min。本研究条件获得的RAPD图谱有较好的重复性和特异性,为深入研究海带“901”品系的遗传和变异提供了方法依据。     

竹?鱼微卫星标记开发及跨物种扩增

【目的】筛选高多态性竹?鱼(Trachurusjaponicus)微卫星(SSR)标记,并验证其在鲹科鱼类中的通用性。【方法】采用SLAF-seq技术识别竹?鱼基因组SSR标记,利用聚丙烯酰胺凝胶电泳和毛细管电泳筛选高多态性位点,并进行跨物种PCR扩增。【结果与结论】识别出43 264个二至六碱基重复SSR标记,二、三碱基重复SSR标记较多(90.33%)。筛选出37个多态性的二、三碱基SSR位点,各位点的等位基因数为4～26,期望杂合度为0.481～0.935,多态信息含量为0.440～0.934。有30个位点符合哈迪-温伯格平衡,且各位点间不存在连锁不平衡现象。共有28个竹?鱼SSR标记可在1种以上鲹科鱼类中有效扩增,分别有24、21、20、19和11个SSR位点可在蓝圆鲹(Decapterus maruadsi)、长身圆鲹(Decapterus macrosoma)、无斑圆鲹(Decapterus kurroides)、颌圆鲹(Decapterus macarellus)及金带细鲹(Selaroides leptolepis)中稳定扩增,可为竹?鱼遗传资源评估和部分鲹科鱼类的系统进化分析提供重要遗传物质基础及有力的分析手段。     

文蛤、青蛤和四角蛤蜊的随机扩增多态性DNA(RAPD)的比较分析

利用随机扩增多态性DNA(RAPD)技术,对吕四海区的三种重要的水产贝类：文蛤、青蛤和四角蛤蜊的遗传多样性进行了分析和比较。用60个随机引物对三种贝类共24个样品进行随机扩增,从中选取了45个扩增效果比较稳定的引物用于群体分析,共得到了250个位点。根据Nei氏公式计算出3种贝类种间和种内的遗传相似性指数和相对遗传距离,并进行聚类分析。通过比较分析,3种贝类之间的遗传距离差异不大。相对与青蛤和四角蛤蜊,文蛤种内的遗传距离要小。     

淇河鲫的RAPD标记及遗传多样性

利用40条随机引物对淇河鲫种群进行了RAPD扫描，并与彭泽鲫、普通野鲫鱼进行了比较；共有31条引物有扩增产物，扩增的DNA片段长度在250～1000bp之间；引物S42、S50和S184对三种群的扩增产物有显著差异，可作为其分子遗传标记。用10条引物对10尾淇河鲫鱼的遗传多样性进行了分析，其平均遗传相似率为0．782。