曼氏无针乌贼(Sepiella maindroni)-肌动蛋白基因的 cDNA 全长克隆与序列分析

采用RT-PCR和快速扩增cDNA末端(rapid amplification of cDNA ends, RACE)技术首次克隆了曼氏无针乌贼?-肌动蛋白基因的 cDNA 全序列, 该序列全长为 2000bp, 由长 197bp 的 5’非翻译区(untranslated region, UTR), 669bp 的 3’非翻译区, 和 1134bp 的开放阅读框(open reading frame, ORF)组成。阅读框共编码 377 个氨基酸, 推算的分子量约为 42.0kDa, 理论等电点为 5.16。曼氏无针乌贼-actin 氨基酸序列中 Ile12、Ser172、Ser174、Gln223、His227、Ile231、Gly232、Ser320、Glu328、 Thr360等10个氨基酸残基具有特异性, 以及2个特殊的氨基酸残基位点和2个软体动物特有的氨基酸残基。曼氏无针乌贼?-actin 氨基酸序列与软体动物、节肢动物、脊椎动物的相似性高达 97%。NJ法系统进化分析显示曼氏无针乌贼首先与软体动物聚在一起, 然后与节肢动物聚在一起, 再与鱼类、两栖类、哺乳类聚在一起。     

广东省粤西地区凡纳滨对虾3种主要病毒的PCR与LAMP检测及流行病学特点分析

应用聚合酶链式反应(Polymerase Chain Reaction,PCR)和环介导等温扩增(Loop-Mediated Isothermal Ampli-cation,LAMP)两种检测技术分别对2009年广东省粤西地区养殖体系中凡纳滨对虾Litopenaeus vannamei白斑综合症病毒(White Spot Syndrome,WSSV)、桃拉病毒(Taura Syndrome Virus,TSV)和传染性皮下及造血组织坏死病毒(Infectious Hypodermal and Hematopoietic Necrosis Virus,IHHNV)的携带情况进行了调查。结果显示,WSSV和TSV的携带率较高,是该地区凡纳滨对虾的主要流行病毒种类;LAMP检测方法与PCR方法具有相当的灵敏度和特异性,但LAMP检测方法更加简单方便、快速且成本低。     

大亚湾紫红笛鲷野生群体遗传多样性的RAPD分析

紫红笛鲷野生群体样品取自广东大亚湾海区,取背部肌肉,提取DNA,用RAPD技术检测遗传多样性。40个随机引物当中,有11个引物得到了条带清晰、位点较多且重复性好的电泳图谱。11个引物共得到76个条带,其中48个多态位点,多态位点比例为63.16%。平均遗传距离为0.2144。遗传多样性指数为0.1876。结果显示,大亚湾海区的紫红笛鲷具有较丰富的遗传多样性,工程建设以及人为捕捞等对紫红笛鲷的遗传结构影响不明显。在该海区进行紫红笛鲷的养殖,可以选择野生紫红笛鲷作为亲本培育种苗,但应该注意合理的保护,防止遗传多样性的丧失。     

固定标本的DNA提取及PCR扩增

报道福尔马林、酒精固定的日本绒螯蟹标本的 DNA提取及 PCR扩增 ,并与冷冻、煮沸标本进行了比较。结果表明 ,福尔马林固定标本与酒精固定标本一样可以提取 DNA,加入的蛋白酶 K量越多 ,DNA的回收率越高。以提取的 DNA为模板 ,进行了线粒体 DNA12 S r RNA和 D- loop基因片段的 PCR扩增 ,经琼脂糖凝胶电泳 PCR扩增产物后均得到了与期待的碱基长度相一致的清晰谱带。     

斜带髭鲷养殖群体遗传多样性RAPD分析

采用随机扩增多态性DNA（RAPD）技术对广东饶平海水网箱养殖的斜带髭鲷（Hapalogenys nitens Richardson）人工苗养殖群体DNA多样性进行检测。首先从40个引物（S461～S480,S501～S520）中快速筛选出32个引物,它们均能扩增出清晰稳定的DNA片段。再将该32个引物对46尾斜带髭鲷进行RAPD分析,共检测到177个位点,其中多态位点55个（分别由18个引物获得）,占31．07％。由此得出该群体的平均多态性为31．07％,平均遗传差异度为0．089,表明该养殖群体遗传多样性水平较高。     

Primers to block the amplification of symbiotic apostome ciliate 18S rRNA gene in a PCR-based copepod diet study

Pelagic copepods play an important role in the marine food web. However, a full understanding of the ecological status of this zooplankton group depends on the careful study of their natural diets. In previous PCR-based copepod diet studies, we found many apostome ciliates that live symbiotically under the exoskeleton of the copepods, and their sequences were often over-represented in the 18S rRNA gene （18S rDNA） libraries. As a first step to address this issue, we designed three apostome ciliate 18S rDNA blocking primers, and tested their blocking efficiency against apostome ciliate 18S rDNA under various PCR conditions. Using a semi-quantitative PCR method, we optimized the conditions to efficiently amplify the 18S rDNA of the prey while simultaneously excluding the symbiotic apostome ciliates. This technique will facilitate PCR-based diet studies of copepods and other zooplankton in their natural environments.     

利用RAPD和ISSR引物对三系杂交水稻及其父母本的鉴定

为了鉴定杂交种子与父母本的亲缘关系，用20条随机引物和21条ISSR引物在供试的一组三系杂交水稻F1、父母本及对照进行扩增。20条RAPD引物共扩增出78个条带，其中28条为多态性条带；21条ISSR引物共扩增出72个条带，其中多态性条带为20条。将这些多态性条带进行聚类分析，F1与父、母亲缘关系较近归为一类．随后它们才与对照归为一类。结果表明RAPD和ISSR引物的PCR扩增均能有效地鉴定三系杂交水稻的杂种F1与组合中父、母本的遗传关系。与RAPD相比ISSR引物在三系杂交水稻及其父母本的鉴定中具有稳定性更好的优点。     

鱼类环境DNA metabarcoding片段的近缘物种识别差异

已知的鱼类环境DNA（eDNA）metabarcoding片段均未被针对性考察其对近缘物种的适用性,实际使用过程中存在“物种丢失”风险。为筛选出物种识别率最高的片段,本研究比较了15个主流片段对106属（共935种）鱼类的识别差异。研究结果如下:（1）蛋白质编码基因（COI,片段15）的物种识别率最高,但其引物通用性最差;片段09、片段11、片段07、片段03、片段12的引物序列总平均遗传距离也较大,均存在eDNA低效扩增的风险;（2）片段长度影响物种识别率,核糖体基因中片段05、片段06、片段01、片段02及片段13的物种识别率较高;（3）非度量多维尺度分析（NMDS）显示,不同基因、同一基因不同片段的识别结果存在较大差异,应考虑多片段、多基因组合应用;片段01与片段02、片段05与片段06等在NMDS图上距离较近,存在相互替代性;（4）物种类群影响识别结果,eDNA研究仍需要进一步开发高识别率片段。综合物种识别率、引物通用性、NMDS分析等多方面因素,本研究推荐2×150 bp测序平台使用片段01（MiFish-U）、2×250 bp测序平台使用片段05（Ac12S）,辅以片段13（Vert-16S-eDNA）等进行近缘鱼类多样性调查。本研究旨在为提高鱼类eDNA调查结果准确性提供一定技术支撑。     

基于AFLP技术的海南三亚野生和养殖牡蛎遗传多样性研究

2008年夏季,从海南三亚分别采集26份养殖牡蛎和32份野生牡蛎样品(1份样品代表1个体),开展扩增片断长度多态性(AFLP)和数量性状分析,采用POPGENE 32软件计算多态性位点百分率、遗传多样性指数、Hardy-Weinberg遗传偏离指数、群体遗传相似度和遗传距离。基于AFLP分析获得的遗传距离和线粒体细胞色素氧化酶I亚基(CO I)基因序列,采用邻接法构建养殖和野生牡蛎的系统发育树。结果表明,选择性引物对牡蛎品种具有较好的鉴别效率;相比养殖牡蛎,野生牡蛎多样性丰富、品种间同源性较低、亲缘关系相差较远、遗传基础较宽;通过CO I基因序列分析可知,养殖牡蛎均为香港巨牡蛎Crassostrea hongkongensis,而野生牡蛎属于囊牡蛎属Saccostrea,主要为僧帽牡蛎Saccostrea cucullata。目前海南三亚牡蛎种质资源多样性相对丰富,引种还未对三亚自然环境的牡蛎资源造成明显影响。     

4种笛鲷AFLP引物筛选及其遗传多样性分析

以湛江近海的勒氏笛鲷Lutjanus russellii、紫红笛鲷L. argentimaculatus、红鳍笛鲷L. erythropterus、千年笛鲷L. sebae为研究对象,采用EcoR /ⅠMselⅠ双酶切组合,对4种笛鲷进行扩增片段长度多态性(amplified fragment length polymorphism, AFLP)标记的开发和筛选,并对其进行遗传多样性分析.从50对引物中筛选适合4种笛鲷的AFLP引物,其中勒氏笛鲷筛选出24对,获得位点1431个,多态位点比例为22.85%;紫红笛鲷筛选出20对,获得位点1370个,多态位点比例为17.08%;红鳍笛鲷筛选出22对,获得位点1403个,多态位点比例为17.18%;千年笛鲷筛选出22对,获得位点1349个,多态位点比例为12.90%.Nei氏遗传距离法计算每种笛鲷30个个体之间的平均遗传距离,勒氏笛鲷为0.1035,紫红笛鲷为0.0719,红鳍笛鲷为0.0805,千年笛鲷为0.0572.选取2对引物对4种笛鲷群体间遗传多样性进行分析,获得总位点140个,多态位点104个.4种笛鲷种群间遗传距离分布在0.3773—0.6650,明显高于各笛鲷种群内遗传距离,其中紫红笛鲷和千年笛鲷的遗传距离最远,为0.6650,勒氏笛鲷和红鳍笛鲷的遗传距离最近,为0.3773.