帘蛤科4种养殖蛤群体遗传多样性和种间关系的fAFLP分析

利用荧光标记扩增片段长度多态性(fAFLP)技术对文蛤(Meretrix meretrix)、青蛤(Cyclina sinensis)、菲律宾蛤仔(Ruditapes philippinarum)和硬壳蛤(Mercenaria mercenaria)4种帘蛤科贝类的群体遗传多样性和种间关系进行了研究。选择EcoRⅠ/MseⅠ进行酶切,使用6个E 3/M 3引物组合进行扩增,共获得1 096个位点,多态位点比率95.1%,片段长度50~456 bp。其中,文蛤、青蛤、菲律宾蛤仔和硬壳蛤分别得到681,715,702和694个位点,相应的多态位点比率为76.8%,81.7%,83.0%和75.1%,得到17个种特异性位点,可作为4物种特征标记。分析了群体遗传相似系数和遗传多样性指数以及种间遗传相似系数。结果表明,硬壳蛤群体遗传相似系数最高(0.670 9),遗传多样性指数最低(0.236 0);菲律宾蛤仔群体遗传相似系数最低(0.592 5),遗传多样性指数最高(0.261 8);根据遗传相似系数采用UPGMA法构建了4物种32个体的聚类图,表明文蛤与菲律宾蛤仔遗传关系最近,青蛤与其他3物种遗传关系较远。     

CPA-核酸试纸条快速检测副溶血性弧菌(Vibrio parahaemolyticus)方法的建立及其在海产品检测中的应用

本研究将交叉引物恒温扩增技术(cross priming amplification,CPA)与核酸试纸条相结合建立一种副溶血性弧菌(Vibrio parahaemolyticus)快速可视化检测方法。针对副溶血性弧菌特有的不耐热溶血素基因tlh的六个不同区域设计两对特异性引物和一对检测探针,通过优化反应条件确定了最佳反应体系。CPA-核酸试纸条方法对副溶血性弧菌的检测具有较强的特异性,对纯培养物的检测灵敏度达到58 cfu/m L,对污染牡蛎中副溶血性弧菌的检测灵敏度为5.2 cfu/g,比传统的PCR技术灵敏度提高了10倍,且具有较高的稳定性。交叉引物恒温扩增技术与核酸试纸条相结合的方法操作简便、特异性强、灵敏度高且能有效防止污染,可用于现场及基层单位副溶血性弧菌的快速检测。     

中国对虾一种C型杆状病毒随机扩增多态性DNA分析

于１９９４年和１９９５两年的７月从青岛崂山上马镇养虾场中染病的中国地虾中分离纯化出一种Ｃ型杆状病毒。为建立中国对虾病毒的鉴别和检测技术，利用随机扩增多态性ＤＮＡ技术对电泳纯化的病毒ＤＮＡ进行分析和研究。将病虾匀浆、经差速离心和蔗糖密度梯度离心纯化获得完整病毒粒子；从病毒中提取ＤＮＡ后再进行电泳纯化，收集长度完整，均一的病毒ＤＮＡ：在其他参数保持不变的情况下，对Ｏｐｅｒｏｎ生产的１０碱基随机引物Ｋ试     

环介导等温扩增联合横向流动试纸条快速检测扁浒苔(Ulva compressa)的研究

本研究将环介导等温扩增技术(loop-mediated isothermal amplification,LAMP)与横向流动试纸条(lateral flow dipstick,LFD)的可视化检测方法结合,建立了扁浒苔(Ulva compressa)的LAMPLFD快速检测技术。该方法以扁浒苔的内转录间隔区(ITS1-5.8S-ITS2)序列为检测靶标,设计了3对特异性引物(其中,上游内引物由生物素标记)和1条异硫氰酸荧光素标记的探针。结果表明,LAMP最适反应温度为63°C,扩增时间为60 min,从核酸扩增到LFD结果判读需70 min。利用LAMP-LFD可特异性检出扁浒苔,对浒苔、曲浒苔、缘管浒苔和孔石莼等石莼属绿藻以及塔玛亚历山大藻、无纹环沟藻、东海原甲藻、锥状斯克里普藻和赤潮异弯藻等常见微藻的检测结果为阴性。该方法最低可检测到0.1 pg的扁浒苔基因组DNA,是以Uco ITS-F3和Uco ITS-B3为特异性引物的PCR方法的100倍。对实际样品的检测结果表明,LAMP-LFD方法检测扁浒苔与传统的形态学观察的结果一致。因此,该方法可快速、特异地检测出扁浒苔,而且操作简单,仪器设备依赖性低,有潜力成为扁浒苔现场检测的常规技术手段。     

处理有色观测噪声的粒子滤波算法

针对经典Kalman滤波无法直接处理有色噪声的问题,采用多项式长除法将有色观测噪声模型展开成无穷级数,截断取其有限项获得有色噪声的先验信息;然后利用粒子滤波能够处理非高斯噪声的特点对有色观测噪声进行处理。通过一个GPS定位算例,将此新方法与观测扩增方法进行了分析和比较。结果证明,利用该方法能有效地控制有色观测噪声的影响。     

冈村枝管藻叶绿体psbA基因的克隆及序列分析

psbA基因编码光合系统Ⅱ反应中心的D1蛋白,是叶绿体基因组中一个重要的光调控基因.根据网管藻(Dictyosiphon foeniculaceus)、髋藻(Myelophycus simplex)、粗粒藻(Asperococcus fistulosus)、索藻(Chordaria flagelliformis)、点叶藻(Punctaria latifolia)、水云(Ectocarpus siliculosus)、铁钉菜(Ishige okamurae)、绳藻(Colpomenia sinuosa)、网胰藻(Hydroclathrus clathratus)、幅叶藻(Petalonia fascia)等10种藻类的psbA基因高度保守序列,设计引物,利用PCR方法从冈村枝管藻(Cladosiphon okamuranus)基因组DNA中扩增出约750 bp的片段,将该片段连接到pMD18-T载体上进行序列测定.结果表明:片段长度为737bp,推导的245个氨基酸序列与网管藻、髋藻、粗粒藻、索藻、点叶藻、水云、铁钉菜、绳藻、网胰藻、幅叶藻的D1蛋白相对应的氨基酸序列的同源性均高于96%.该基因序列已被GenBank收录,登录号为EU332142.     

江蓠总DNA提取及其PCR扩增方法的建立

通过对CTAB法、SDS法和植物基因组提取试剂盒3种方法提取江蓠Gracilaria总DNA的得率比较,并将得到的总DNA用于限制性酶切和PCR扩增反应进行纯度检测,选择出适合江蓠属总DNA的提取方法,建立了江蓠RAPD、ISSR和ITS等遗传多样性和系统学研究的分子生物学方法.实验结果表明,SDS法和植物基因组提取试剂盒均适用于江蓠总DNA的提取;其中SDS法适用于新鲜和冰冻材料的总DNA提取,不仅得率和纯度高,且方法稳定性好,提取时间较短,在本实验中是江蓠总DNA提取的最佳方法.植物基因组提取试剂盒的得率低,但质量好,操作快速简便,适用于大量新鲜样本总DNA的提取.CTAB法由于相对耗时长且产物稳定性差,不推荐在江蓠中使用.     

应用RAPD技术对裙带菜七个配子体克隆的遗传分析

对裙带菜７个单克隆进行了ＲＡＰＤ分析,从２０个引物中筛选出１６个能产生稳定的扩增片段的引物,共产６４条扩增片段,其中５６条呈现多态,多态位点比例高达８７．５％,根据这些引物扩增的指纹图谱,计算了各材料之间的遗传距离（Ｄ）,并由此进行了聚类分析,结果显示,各品系之间的遗传距离在０．４４１９－０．７４２之间,裙带菜种内遗传变异丰富,其遗传距离与地理分布没有必然的联系。     

曼氏无针乌贼(Sepiella maindroni)-肌动蛋白基因的 cDNA 全长克隆与序列分析

采用RT-PCR和快速扩增cDNA末端(rapid amplification of cDNA ends, RACE)技术首次克隆了曼氏无针乌贼?-肌动蛋白基因的 cDNA 全序列, 该序列全长为 2000bp, 由长 197bp 的 5’非翻译区(untranslated region, UTR), 669bp 的 3’非翻译区, 和 1134bp 的开放阅读框(open reading frame, ORF)组成。阅读框共编码 377 个氨基酸, 推算的分子量约为 42.0kDa, 理论等电点为 5.16。曼氏无针乌贼-actin 氨基酸序列中 Ile12、Ser172、Ser174、Gln223、His227、Ile231、Gly232、Ser320、Glu328、 Thr360等10个氨基酸残基具有特异性, 以及2个特殊的氨基酸残基位点和2个软体动物特有的氨基酸残基。曼氏无针乌贼?-actin 氨基酸序列与软体动物、节肢动物、脊椎动物的相似性高达 97%。NJ法系统进化分析显示曼氏无针乌贼首先与软体动物聚在一起, 然后与节肢动物聚在一起, 再与鱼类、两栖类、哺乳类聚在一起。