利用ITS 基因研究徐闻滨珊瑚的系统发生关系

分别研究了徐闻3种滨珊瑚的ITS1和ITS2基因的碱基组成和G+C含量,并和已上传至Genbank上的其他9种滨珊瑚的ITS序列进行比较,研究了徐闻3种滨珊瑚的系统发生关系.序列分析结果显示,3种滨珊瑚的ITS1的长度为205 bp～209 bp,G+C含量为37.6％～45.5％,ITS2的长度为192 bp～226 bp,G+C含量为45.1％～50.7％,利用MEGA4.1软件计算滨珊瑚属基于ITS1和ITS2基因的平均遗传距离分别为0.097和0.200.基于ITS1和ITS2的NJ系统进化树都显示出,灰黑滨珊瑚位于进化树的基部,是原始的类群,普格滨珊瑚是进化类群,澄黄滨珊瑚是过渡类群.     

柄海鞘共附生细菌的分离培养与系统发育多样性研究

通过纯培养和16SrRNA基因序列的相似性比对,并构建系统发育树对威海海域柄海鞘共附生细菌的多样性进行了研究。用2216E培养基从柄海鞘样品中分离到78株细菌,通过形态学特征和TCBS培养基选择性筛选后,选取30株具有代表性的菌株进行了16SrRNA基因测序和基于16SrRNA基因序列的系统发育多样性分析。结果表明,30株菌株分别属于细菌域的4个系统发育类群(Actinobacteria,Bacteroidetes,Firmicutes,Gro-teobacteria)的11个科,11个属。根据16SrRNA基因序列,大多数菌株与其系统发育关系最密切的模式菌株之间存在一定的遗传差异(16SrRNA基因序列相似性为91.82%～98.93%)。其中菌株HQW7,HQYD1,HQWD4,HQE1和HQE2与相关模式菌株的16SrRNA基因最高相似度仅分别为91.82%,92.51%,92.99%,93.52%,93.87%,这5株菌可能代表新的分类单元。威海海域柄海鞘共附生细菌存在着较为丰富的物种多样性和系统发育多样性,并可能存在新的物种。     

低盐胁迫对大黄鱼非特异性免疫酶活力的影响

以大黄鱼(Larimichthys crocea)为研究对象,研究急性、慢性低盐度胁迫对大黄鱼存活状况及非特异性免疫酶活力的影响。结果表明：急性低盐(15、8)胁迫下,在7 d的实验周期中,大黄鱼肝脏的超氧化物歧化酶(superoxide dismutase, SOD)活力呈先上升后下降的趋势,在第1天显著上升(p<0.05)后逐渐下降至显著低于对照组水平;肝脏的过氧化氢酶(catalase, CAT)活力整体呈先下降后上升再下降的趋势,在第1天显著下降后开始升高,第3天后开始下降,至第7天时CAT活力仍显著低于对照组水平;血清中的酸性磷酸酶(acid phosphatase, ACP)活力呈下降后逐渐升高的趋势,在第1天时显著下降后逐步升高,至第7天时仍显著低于对照组;而血清中的碱性磷酸酶(alkaline phosphatase, ALP)活力在实验开始的第1天到第3天逐渐升高,且均显著高于对照组,至第7天时开始下降至对照组水平;血清中的溶菌酶(lysozyme, LZM)含量呈波动变化,整体呈先上升后下降趋势。慢性低盐(8)养殖14 d后,大黄鱼的各项非特异性免疫酶活力均与...     

两种混养方式对异枝江蓠(Gracilaria bailinae)生长性能、表面附生细菌群落及抗生素抗性基因的影响

为揭示"鱼-藻"和"鱼-虾-藻"混养对异枝江蓠(Gracilaria bailinae)生长性能、表面附生细菌群落和抗生素抗性基因(antibiotic resistance genes,ARGs)的影响,阐明异枝江蓠表面附生细菌群落与生长性能、ARGs之间的关系,利用16S rDNA高通量测序技术和Real-time qPCR技术分析了异枝江蓠表面附生细菌群落和ARGs的组成与差异,冗余分析(RDA)探讨细菌群落与生长性能、ARGs之间的关联。结果表明:(1)"鱼-虾-藻"混养会促进异枝江蓠的生长性能,增加表面附生细菌群落的多样性。(2)异枝江蓠表面附生细菌群落主要属于变形菌门、蓝藻门、浮霉菌门和拟杆菌门,不同混养方式中优势菌属组成不同,"鱼-虾-藻"混养优势菌属多样性较高。(3)"鱼-虾-藻"混养的异枝江蓠ARGs/MGEs的相对丰度大多高于"鱼-藻"混养。(4)RDA分析表明,生长性能主要与Ralstonia、Blastopirellula等显著相关,ARGs/MGEs主要与Nitrosomonas、Alteromonas、Pleurocapsa;CC-7319等显著相关。"鱼-虾-藻"混养能够增强异枝江蓠的生长性能,提高异枝江蓠表面附生细菌群落的多样性。但"鱼-虾-藻"混养能够增加异枝江蓠ARGs/MGEs的相对丰度,存在一定的生态风险。因此,在注重经济效益的同时也要关注可能存在的对人类健康的危害。研究结果将有助于海水养殖环境的优化,为大型海藻在海水养殖业中的应用与推广提供理论基础。     

过硫酸氢钾复合物对对虾养殖底泥硝化作用、氨氧化微生物丰度和群落结构的影响

采用在模拟池塘中投放过硫酸氢钾复合物（KMPS）进行对比实验的方法,探究KMPS对养殖底质硝化作用的影响。通过对氨氮和亚硝态氮含量的检测,探究对不同时期氮素转化的影响,低频率高剂量投放组中的氨氮和亚硝态氮含量显著降低,而高频率低剂量组中氨氮和亚硝态氮的含量显著上升。高频率低剂量KMPS的投放使氨氧化古菌（AOA）和氨氧化细菌（AOB）丰度降低,而低频率高剂量KMPS的投放不会造成丰度降低,而且还表现出部分时期AOB丰度的上升。进一步对群落结构进行分析发现KMPS的投放使AOA群落中Nitrosopumilu属相对丰度降低,Nitrososphaera属的相对丰度上升,这种相对丰度的变化与KMPS的投放方式无关;但AOB群落受到KMPS投放方式的影响,低频率高剂量的KMPS投放下AOB群落优势属相对丰度显著提高。以上结果均说明低频率高剂量KMPS的投放起到了促进底质硝化作用的效果。同时,可为KMPS用于对虾养殖池塘底质改良开辟一个新的途径。     

低氧胁迫对军曹鱼幼鱼免疫相关基因转录水平表达的影响

为研究低氧胁迫对军曹鱼幼鱼免疫功能的影响,将幼鱼暴露于溶氧浓度为(3.15±0.21) mg/L的水体28 d,测定不同时间点肿瘤坏死因子α (TNFα)、肿瘤坏死因子α诱导蛋白3 (TNFAIP3)、白细胞介素1β (IL-1β)、白细胞介素1受体2 (IL-1R2)、白细胞介素17C (IL-17C)和热休克蛋白70 (HSP70)等免疫相关基因在幼鱼鳃、肝脏、肠道和脾脏中的转录水平表达量。结果显示:(1)在幼鱼的鳃中,TNFα 和 IL-1R2 基因转录水平表达量在胁迫1 d和14 d时极显著低于对照组(p<0.01),胁迫 28 d则分别表现为极显著(p<0.01)和显著下降(p<0.05);TNFAIP3在胁迫1 d时极显著升高(p<0.01),在胁迫7 d和14 d时则分别表现为显著(p<0.05)和极显著(p<0.01)下降;IL-1β在胁迫1 d时极显著下降(p<0.01)后极显著升高 (p<0.01);IL-17C在胁迫7 d和14 d时极显著下降(p<0.01);HSP70 在胁迫1 d时显著下降(p<0.05),在胁迫14 d和28 d时均极显著降低(p<0.01);(2)在肝脏中,TNFα 和 IL-1R2 基因转录水平表达量在胁迫1 d和28 d时显著下降(p<0.05),在胁迫14 d时则极显著降低(p<0.01);TNFAIP3在胁迫1 d时极显著上升(p<0.01),在胁迫14 d和28 d时则极显著下降(p<0.01);IL-1β在所有胁迫时间点均极显著上升(p<0.01);IL-17C 在胁迫7 d、14 d和28 d时均极显著低于对照水平(p<0.01);HSP70基因表达量持续上升,并于胁迫28 d时达到顶峰(p<0.01);(3)在肠道中,TNFα、IL-1β、IL-1R2、IL-17C和HSP70基因转录水平表达量在胁迫的所有时间点均极显著高于对照组(p<0.01),TNFAIP3在胁迫1 d时表达量极显著升高(p<0.01)后下降,在胁迫7 d和14 d时分别与对照组具有显著(p<0.05)和极显著差异(p<0.01);(4)在脾脏中,TNFα和IL-17C 基因转录水平表达量在胁迫1 d、7 d和14 d时极显著下降(p<0.01),在胁迫28 d时则显著降低(p<0.05);IL-1β在胁迫1 d和28 d时极显著下降(p<0.01),在胁迫7 d和14 d时则显著降低(p<0.05);IL-1R2在胁迫1 d、7 d和28 d时极显著下降(p <0.01),在胁迫14 d时则显著下降(p<0.05);HSP70基因表达量在胁迫1 d、7 d和28 d时均极显著下降(p<0.01)。研究结果表明,28 d的低氧胁迫后,军曹鱼幼鱼免疫基因的转录表达水平发生显著性变化,预示长时间的低氧可能抑制了军曹鱼的免疫功能,引发肠道炎症,并增加了军曹鱼感染病原菌的风险。     

长牡蛎繁殖期糖原含量与类胰岛素基因表达的相关性分析

为探究长牡蛎在繁殖期间的糖原含量与类胰岛素基因(cgMIP123、cgMIP4、cgMILP7、cgILP)和相关转录调控因子(cgPdx)相对表达量的相关性,自2020年5月至2020年10月采集了山东胶南养殖海区的长牡蛎,测定了血糖含量、糖原含量、条件指数、类胰岛素基因相对表达量及环境因子(酸度、温度、盐度)等数据,采用多元统计方法对数据进行分析。logistic回归分析结果显示,长牡蛎配子排放前后血糖含量和内脏团糖原含量具有显著差异。构建的回归模型可以通过血糖含量和内脏团糖原含量准确判断配子是否已经排放,区分度C-index为0.903,Hosmer-Lemeshow拟合优度检验χ²值为9.06,P>0.05,验证结果显示该模型可靠。多元线性回归分析结果显示:条件指数与cgMIP123和cgMIP4基因的相对表达量具有相关性,R²为0.91,P值为0.0076,极显著相关;内脏团和唇瓣组织的糖原含量与ILPs和cgPdx相对表达量具有一定的相关性,其中cgMILP7的相对表达量与内脏团和唇瓣组织的糖原含量呈负相关,cgPdx相对表达量与唇瓣组织的糖原含量呈负相关,cgMIP4和cgILP的相对表达量与糖原含量呈正相关。     

大口黑鲈(Micropterus salmoides)致病性维氏气单胞菌的分离鉴定及其特性分析

大口黑鲈(Micropterus salmoides)是我国重要的淡水养殖经济鱼类品种,目前包括细菌性疾病在内的诸多因素影响了其养殖业的健康发展。维氏气单胞菌是引起淡水鱼败血症和溃疡综合征的重要病原菌。从患病大口黑鲈肝脏组织中分离到1株病原菌,通过形态学观察、生理生化特性分析、16S rRNA序列和特定毒力基因分析对其进行鉴定,并通过人工回归感染试验和药敏试验分析其致病性和耐药性。结果表明该菌为致病性维氏气单胞菌(Aeromonas veronii),含有aer、act、lip、fla、gcaT和OMPA I等毒力基因;药敏试验显示其对头孢曲松、氯霉素、氟苯尼考、强力霉素、四环素、多粘菌素、复方新诺明、左氟沙星等8种抗生素高度敏感,对新霉素、恩诺沙星、庆大霉素、链霉素、阿齐霉素、环丙沙星等6种抗生素中度敏感,对其他8种抗生素具有一定耐药性;人工回归感染实验表明该菌具有较高的致病性,对大口黑鲈的半致死浓度为1.4×10⁶ CFU/mL。维氏气单胞菌是水产养殖中的条件性致病菌,研究结果揭示了该菌株的部分生物学特性,有利于丰富维氏气单胞菌属的基础数据,同时也为鲈鱼养殖过程中的病害防控提供了一定的参考依据。     

雌雄文昌鱼差异表达基因的转录组分析

本文用转录组学技术系统考察了雌雄文昌鱼的差异表达基因。将性腺发育成熟的青岛文昌鱼(Branchiostoma belcheri)雌雄分离,分别对排卵前雌鱼(F1组)和释精前的雄鱼(M1组),以及排卵后雌鱼(F2组)和释精后的雄鱼(M2组)进行了转录组测序。分析显示:排卵与释精前的雌雄文昌鱼(F1组与M1组)有13 434个显著差异表达的基因,排卵与释精后的雌雄文昌鱼(F2组与M2组)有5 957个显著差异表达的基因;不论排卵与释精前还是后,相比于雄性,雌性文昌鱼低表达的基因均多于高表达的基因。对各组间差异表达基因进行KEGG通路聚类分析,发现排卵与释精前(F1组与M1组),雌雄文昌鱼中差异表达的基因极显著地富集到7个KEGG通路中,分别为神经活性配体-受体相互作用(Neuroactive ligand-receptor interaction)、细胞粘附分子(Cell adhesion molecules)、造血细胞系(Hematopoietic cell lineage)、肥大型心肌病(Hypertrophic cardiomyopathy)、细胞外基质相互作用(ECM-receptor interaction)、PI3K-Akt信号通路和金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)感染;而排卵与释精后(F2组与M2组),雌雄文昌鱼中差异表达的基因极显著地富集到3个KEGG通路中,包括神经活性配体-受体相互作用、细胞粘附分子、病毒性心肌炎(Viral myocarditis)。进一步分析发现,与血管内皮生成相关的基因如F11R、JAM2、CDH5等,雌性都比雄性文昌鱼呈显著的高表达。     

基于COI序列的翡翠股贻贝Perna viridis线粒体遗传特性分析及其近缘种间的系统关系探讨

应用通用引物 COIL 1490和 COIH 2198对翡翠股贻贝Perna viridis的性腺和体细胞线粒体DNA进行PCR扩增,获得661bp长度的COI基因片段,经过比对性腺与体细胞的COI片段,发现雄性性腺与体细胞COI基因均为一个单倍型,即体内只有一种线粒体DNA类型,没有发现双单性遗传现象,雌、雄性腺的COI基因片段变异率很低（0.31%）。应用PAUP构建了NJ树、MP树以及贝叶斯法构建了贝叶斯树,对股贻贝属3种间的系统关系进行了分析,结果表明,翡翠股贻贝P. viridis与P. canaliculus 和 P. perna 之间的分化与分歧年代的估算是相吻合的。