淇河鲫的RAPD标记及遗传多样性

利用40条随机引物对淇河鲫种群进行了RAPD扫描，并与彭泽鲫、普通野鲫鱼进行了比较；共有31条引物有扩增产物，扩增的DNA片段长度在250～1000bp之间；引物S42、S50和S184对三种群的扩增产物有显著差异，可作为其分子遗传标记。用10条引物对10尾淇河鲫鱼的遗传多样性进行了分析，其平均遗传相似率为0．782。     

淡水鱼类环境DNA宏条形码引物的筛选及其在千岛湖的应用

基于环境DNA(eDNA)技术的鱼类多样性监测方法因具有灵敏度高、对目标生物无伤害以及成本低等特点,近年来在国内外得到了广泛应用。eDNA方法的有效性往往取决于宏条形码引物的选择,尽管目前已经有一些鱼类环境DNA宏条形码引物,但较少有研究综合评估这些引物的检出效果。本研究评估了来自COI、Cytb、12S rRNA和16S rRNA基因的29对鱼类eDNA宏条形码引物(包括本研究设计的2对和从国内外文献中引用的27对引物),首先基于计算机模拟PCR(in silico PCR)进行了初步分析,随后通过高通量测序对其中效果较好的17对引物开展了更进一步的验证,结果显示:计算机模拟PCR结果良好的引物在进行高通量测序时并非全部表现良好,表明引物的筛选不能仅仅依靠计算机模拟PCR;具有更长扩增片段长度的宏条形码引物并没有获得理想中更好的扩增效果,表现效果好的引物大多是扩增片段长度处于200~300 bp之间的引物;相对于COI和Cytb而言,12S rRNA引物与16S rRNA引物均具有良好的扩增效果,适宜作为鱼类环境DNA宏条形码而用于鱼类多样性研究;同时,鉴于当前的鱼类DNA条形码数据库尚不完备以及不同引物的特性不同,使用多对引物将大大增加物种的检出概率和eDNA研究的可信性。本研究展示了eDNA在评估生物多样性方面的潜力,有助于将来的鱼类eDNA研究,从而为鱼类多样性的保护提供参考。     

青岛近海球形棕囊藻的宏条形码分析

自1997年球形棕囊藻(Phaeocystis globosa)赤潮首次在我国南海海域暴发以来,该赤潮在我国南海和渤海的多个海域频繁暴发,表明球形棕囊藻在我国海域的分布比较广泛。尽管如此,在此之前开展的分类和生态调查研究均未发现我国海域球形棕囊藻的存在。近年来基于分子标记扩增和高通量测序的宏条形码分析检测到了球形棕囊藻,显示出宏条形码分析对球形棕囊藻鉴定的优势。然而,由于包括球形棕囊藻在内的定鞭藻的18S rDNA序列具有较高的G(Guanine,鸟嘌呤)C(Cytosine,胞嘧啶)含量等特点,导致针对球形棕囊藻的宏条形码分析结果在很大程度上依赖分子标记的选择或PCR扩增引物的选择。以青岛栈桥海域样本为研究对象,评估了扩增通用分子标记18S rDNA V4的两套常用PCR引物(即Stoeck引物和Song引物)对球形棕囊藻的宏条形码分析结果的影响,并利用Song引物对青岛近海2021年冬季突发性球形棕囊藻赤潮样本开展了宏条形码分析。分析发现不同引物对定鞭藻门物种的分析结果具有显著影响。利用Stoeck引物的宏条形码分析没有获得任何对应的定鞭藻的ASV(ampliconsequence...     

中国南部沿海尖头斜齿鲨遗传多样性研究

采用随机引物扩增多态性DNA(RAPD)技术,对中国南部沿海闽东霞浦-浙南瑞安海域(MD)、闽南-台湾浅滩渔场(MN)、粤西湛江-阳江海域(YX)、北部湾海域(BBW)4个尖头斜齿鲨地理群体遗传多样性进行分析,29个随机引物在4个群体中共检测出282个位点.4个群体各自检测出的位点数分别为273、274、272、276,其中多态位点数分别为54、57、52、45,多态位点比例分别为19.78%、20.80%、19.12%、16.30%.Shannon多样性指数分别为0.104、0.107、0.103、0.090,表明尖头斜齿鲨群体的遗传多样性水平较低.遗传距离和UPGMA聚类分析结果显示尖头斜齿鲨的基因交流模式属于距离隔离模式,遗传差异大小与地理距离远近相关.进行分子方差分析(AMOVA)得到遗传变异固定指数(Fst＝0.019,p＜0.05),显示大部分变异(98.06%)发生在群体内部,群体间变异较小(1.94%).     

南海海域4种笛鲷的微卫星DNA分析

采用聚丙烯酰胺凝胶电泳技术,从20对西大西洋笛鲷(Lutjanus campechanus)的微卫星引物中筛选适用于红鳍笛鲷(L.erythopterus)、勒氏笛鲷(L.russellii)、紫红笛鲷(L.argentimaculatus)和约氏笛鲷(L.johnii)基因组分析的微卫星引物,分析4种笛鲷的遗传多样性及系统发生。经反应条件的优化,从20对引物中筛选出17对可稳定扩增出特异片段的引物。通过测序证实扩增产物含微卫星位点后,以该17对引物对4个种的群体进行遗传多样性分析。其中16对可在约氏笛鲷、勒氏笛鲷、紫红笛鲷基因组中扩增出重复性好的特异性条带,分别有65%、65%、60%呈现出种内多态;15对可在红鳍笛鲷中扩增出重复性好的特异性条带,并且全部呈现出种内多态。四种笛鲷中,红鳍笛鲷的多态性最高,高度多态基因座占检测座位的66.67%;勒氏笛鲷的多态性最低,低度多态基因座占43.75%。获得3个种间特异性分子标记。用DS和DA两种方法计算4种笛鲷的遗传距离,构建了系统发生树。