长石莼(缘管浒苔)(Ulva linza)rbcL全长基因的克隆与序列分析

克隆分离了长石莼(缘管浒苔)光合作用第一关键酶Rubisco大亚基全长基因(rbcL)。首先应用PCR和RT-PCR方法扩增rbcL大片段DNA序列和大片段cDNA序列,结果表明,获得的2个克隆序列完全相同,该rbcL大片段基因不存在内含子。其次应用基因步移方法分别对rbcL基因的5′上游未知序列和3′下游未知序列进行扩增,在此基础上,将3个片段序列进行拼接,获得了rbcL全长基因序列(NCBI登陆号:DQ813497)。序列全长2124bp,其中编码区序列长1425bp,为单外显子基因,编码474个氨基酸;5′非翻译区序列长225bp,转录起始位点为位于翻译起始密码子ATG上游第47个核苷酸G,在距离转录起始位点-9bp—-48bp的范围内有推测的类似原核生物的启动子序列(-10区:TAAAAT、-35区:TTGAAA);3′非翻译区序列长474bp,在距离转译终止密码子TAA下游54—98bp处有一段较长的回文序列,可形成一个22bp的茎结构。密码子偏好性分析结果表明,长石莼(缘管浒苔)rbcL基因偏向使用第三位核苷酸碱基为A和T的密码子。     

东海三叶原甲藻的形态特征及其ITS序列分析

报道了首次分离于东海海域的三叶原甲藻(Prorocentrum triestinum Schiller)藻株号(LAMB100721),通过利用光学显微镜、荧光显微镜、扫描电镜及分子生物学方法,对其形态特征、显微结构和分子系统进化进行了详尽描述和鉴定。细胞长卵形或披针形,后端细长且尖,前端圆,最宽部位于细胞中央。顶刺长而显,三角状。壳面光滑,无刺或突起物。刺丝胞孔稀疏而不规则地分布于壳面边缘。叶绿体无具体形状,分布于整个细胞中,细胞核球形,位于中下部。老化的细胞可见细胞边缘的间接带,且间接带表面光滑。细胞长为19~25 μm,平均值为(22.6±0.9)μm;宽为11~16 μm,平均值为(13.2±1.1) μm。所测目标藻株的rDNA ITS序列长度为569 bp,其中GC含量为47.6%。三叶原甲藻系赤潮种,为东海原甲藻春季大规模赤潮的伴随种。加强有害赤潮的预防和监测工作是减少危害的有效途径,而对赤潮原因种的准确识别和鉴定则是基础和关键。     

不同地区毛蚶群体的形态差异的比较研究

运用多变量形态度量学分析方法,采用13个形态性状,对山东省4个地区:青岛红岛、威海乳山、东营河口、东营广饶,以及辽宁省葫芦岛和海南省三亚6个不同地区的毛蚶(Scapharca subcrenata)群体间的形态差异进行了比较研究。聚类分析和主成分分析结果表明:河口群体和广饶群体形态最为接近,海南群体的趋异程度最大。主成分分析建立了3个主成分—壳质量、楯面长、前端到腹缘,其贡献率分别为:31.25%,24.46%,12.39%,积累贡献率为68.10%。判别分析结果显示,6个毛蚶群体的形态差异显著(P<0.01)。建立了6个毛蚶群体的判别函数,其判别准确率P1为82.76%～98.63%,P2为80.00%～100%,综合判别率为91.7%。研究结果为毛蚶的地理群体识别、遗传特征研究、种质资源保护与恢复提供重要的依据。     

冬、夏季渤黄海表层沉积物粒度特征差异及其成因分析

对渤海、黄海海域冬、夏两季表层沉积物取样,通过激光粒度仪得出粒度参数,进而分析讨论冬季强的沿岸流的作用、黄海暖流、夏季冷水团的影响以及地形、海底地貌特征、物源特征等对表层沉积物分布造成的影响。结果表明,冬、夏两季渤黄海表层沉积物粒度特征总体上相差不大,但部分海域如渤海中北部、渤海中南部、北黄海西北部近渤海海峡北部海域、山东半岛东北部海域、南黄海中部沉积物粒度特征存在明显季节性差异。表层沉积物粒度特征季节性差异与地形地貌、沿岸流、黄海暖流、黄海冷水团及物源密切相关。本研究对于探讨渤黄海不同季节表层沉积物沉积特征的影响机制、了解渤黄海区海洋动力过程的季节差异有积极意义。     

桑沟湾沉积碳库年汇入速率的长期变化及其区域性差异

对取自桑沟湾北西南三根柱样近200 a碳来源及埋藏通量的解析,分析了湾内不同站位各形态碳的差异性,进而对全湾碳埋藏进行了估算。湾内环流、贝藻养殖等造成湾内不同区域碳埋藏的差异;桑沟湾总碳（TC）平均量1.79%,有机碳（TOC）平均量0.54%,无机碳（TIC）平均量1.25%,TOC含量相对较小,为海陆混合来源,以陆源有机碳（C_t）为主,大规模人工养殖后,海源有机碳（C_a）有明显增加的趋势。桑沟湾碳埋藏通量平均为228.9 g/（m2·a）,以无机碳为主要埋藏形式（约占70%）,高的沉积速率及生物残骸沉降使桑沟湾养殖区碳的来源及埋藏区别于其他陆架海域。     

日本(虫寻)和底栖短桨蟹线粒体DNA 12SrRNA基因序列的初步研究

以相应引物对日本和底栖短桨蟹的线粒体 DNA1 2 S r RNA基因片段进行了 PCR扩增和序列测定 ,分析比较了 2种间序列差异。结果表明 :日本 1 2 S r RNA基因片段长度为 41 4 bp,底栖短桨蟹为 41 5bp,2种的 A,T,G,C含量分别为 1 51 bp(36.47% ) ,1 53bp(36.96% ) ,43bp(1 0 .39% ) ,67bp(1 6.1 8% )和 1 50 bp(36.1 4 % ) ,1 55bp(37.35% ) ,44bp(1 0 .60 % ) ,66bp(1 5.90 % )。 2种间共出现了 3个碱基的缺失 /插入和 38bp的序列差异 ,其碱基转换与碱基颠换比约为 2 .1 7。     

基于案例推理的海洋涡旋特征信息空间相似性研究

目前对海洋涡旋的分析主要采用水团、近海海流分析和数值模拟方法,这些方法结合不同的区域资料已经有过很多成功的研究。但面对日益增长的多源、大面积海洋遥感数据,在快速自动化提取海洋涡旋的空间信息方面还存在很多难题。因此该文针对海洋涡旋空间信息的快速定量分析问题,提出了基于案例推理(Case-Based Reasoning,CBR)的海洋涡旋空间相似性研究方法。该方法首先采用多源数据(遥感数据、遥感反演数据、观测数据等)进行历史涡旋案例定量分析,并构建基于CBR的海洋涡旋案例表达模型和历史案例库;继而采用“基于重心矢径的序列分析方法”进行历史涡旋空间相似性分析,并结合典型的海洋涡旋区域给出具体实例。研究结果表明该方法是可行的。     

AFLP analysis revealed differences in genetic diversity of four natural populations of Manila clam(Ruditapes philippinarum) in China

1 IntroductionManila clam (Ruditapes philippinarum) is aworldwide distributed species. In China, it is foundfrom the northern to southern seashores (Wang etal., 1993; Zhuang, 2001). This species is eura-line with the salinity tolerance ranging from 20 to4…     

中国卤虫早期胚胎发育相关基因的研究--mRNA差异显示技术的三种不同染色方法比较

利用mRNA差异显示技术研究中国孤雌生殖卤虫胚胎发育的相关基因，并对中国孤雌生殖卤虫差异显示中SYBR Green Ⅰ、硝酸银和溴化乙锭三种染色方法进行了比较。以三种单碱基锚定引物对发育0h，4h，8h，12h，16h和10天的中国孤雌生殖卤虫的RNA进行逆转录和26种随机引物进行PCR反应，经非变性的6％聚丙稀酰胺凝胶电泳后，分别用SYBR Green Ⅰ、硝酸银和溴化乙锭染色，最后进行差异条带的回收和再扩增。结果表明：(1)6种样本的DD-PCR产物显示长200-3．0k不等的扩增片段，条带清晰，并呈现出有无和强弱的变化(2)SYBR Green Ⅰ和硝酸银染色的灵敏度比溴化乙锭染色的灵敏度高(3)经SYBR Green Ⅰ和溴化乙锭染色的凝胶的回收和再扩增效率比硝酸银染色的高(4)水煮法和NAP-25过柱法对凝胶片段的回收效果几乎相当。利用mRNA差异显示技术研究中国孤雌生殖卤虫胚胎发育相关基因时，得到了较好的扩增片段；三种染色方法中SYBR Green Ⅰ染色灵敏度较高，并且SYBR Green Ⅰ染色有利于凝胶片段的回收和再扩增。     

Phaeocystis globosa与Phaeocystis antarctica叶绿体psbA基因的比较

测定了2株球形棕囊藻Phaeocystis globosa P1、P2的psbA基因序列。发现得到的2个序列完全相同。以P2序列对比分析了P．globosa和P．antarctica的psbA基因在DNA序列、氮基酸序列和RNA二级结构上的差异性，发现2种棕囊藻psbA基因DNA序列和氨基酸序列非常保守，无插入／缺失，其核苷酸和氨基酸变异率分别为1．88％和1．13％。与核基因核苷酸的碱基替换不同，psbA基因核苷酸的碱基替换主要发生在密码子的第1位上。且不引起氨基酸的变化，引起氨基酸变化的碱基替换都发生在密码子的第2位和第3位上。在RNA二级结构上两序列的1～4茎环结构完全相同，表现出明显的棕囊藻属的特异性，其它结构区域差异较大。种间差异表现明显。由于psbA基因DNA序列和氨基酸序列非常保守，可能不适宜棕囊藻属的系统发育分析。但其RNA二级结构可能对于棕囊藻的分子分类有一定的参考价值。