东、黄海鲐鱼群体遗传差异的RAPD分析

利用随机扩增多态DNA(RAPD)技术分别分析了五岛西部日本鲐、东海西部日本鲐和澳洲鲐三群体的样本,共产生226个分子标记,其中143个为多态性标记,多态百分率达到63.3%,每条引物产生的平均标记数为7.29。五岛西部日本鲐、东海西部日本鲐和澳洲鲐群体内遗传相似度分别为0.949、0.877和0.936,而群体间遗传距离依次为:五岛西部日本鲐-东海西部日本鲐(0.2357)<东海西部日本鲐-澳洲鲐(0.3030)<五岛西部日本鲐-澳洲鲐(0.3528),五岛西部日本鲐与东海西部日本鲐个体在UPGMA系统树独立聚类为两个类群,初步支持东、黄海的日本鲐存在东海西部和五岛西部的两个种群的观点。Shannon多样性指数表明,其遗传多样性大小依次为东海西部日本鲐、澳洲鲐、五岛西部日本鲐。     

星洲银罗非鱼线粒体DNA的RFLP研究

用EcoRⅤ、MboⅡ、NaeⅠ、PvuⅡ、StyⅠ、KpnⅠ、SacⅠ、HindⅢ、DraⅠ、HpaⅡ等10种限制性核酸内切酶对星洲银罗非鱼线粒体DNA(mtDNA)进行酶切分析,其中StyⅠ、SacⅠ和DraⅠ表现出多态性,HpaⅡ酶切后产生零碎片段,EcoRⅤ、NaeⅠ、PvuⅡ、KpnⅠ只有一个切点,HindⅢ有两个切点,MboⅡ有5个切点但有小片段丢失。在星洲银罗非鱼中共发现4种单倍型,单倍型间平均遗传距离为0.008 0,其mtDNA多态度为0.002 4,遗传多样性较丰富。     

奥尼罗非鱼杂交子代及亲本mtDNA D-loop基因序列的多态性

利用PCR技术扩增奥利亚罗非鱼(Oreochromis aureus)、尼罗罗非鱼(O.niloticus)及其杂交子代(O.aureus♂×O.niloticus♀)3个群体mtDNA控制区全序列,分析其变异和遗传结构。结果显示:3个群体的mtDNA控制区序列长度多态性并不十分明显,全长921～933bp;3个群体间存在丰富的DNA序列多态性,共检测到138个变异位点(14.9%),44个个体具有44种单倍型(haplotype);3群体间的序列差异平均为4%,Tamura-Nei遗传距离平均为5.1%;采用NJ法和ME法构建的分子系统树中,奥利亚罗非鱼群体内所有的单倍型聚成一支,尼罗罗非鱼与其杂交子代的单倍型混杂在一起,聚成一支,表明杂交后代mtDNAD-loop表现为母系遗传。     

长江中华鲟遗传多样性变化

采用随机扩增多态性DNA(RAPD)技术对2000年共30尾长江中华鲟(Acipenser sinensis)幼鲟遗传多样性进行了分析。共用40个10bp长的随机引物,在25个可分析的引物中,只有OPK01,OPK02,OPK03,OPK09和OPK14RAPD-PCR产物有多态现象,多态引物占20%。25个引物共扩增出101条稳定的DNA带。其中12条为多态带,多态座位比例为9.9%。香农遗传多样性指数(H0)为2.6332,遗传多样性指数(H)为0.0261,遗传相似性指数平均为0.9824,遗传距离平均为0.0176。其遗传多样性明显低于葛洲坝截流以前。     

长兴岛刀鲚群体的遗传多样性分析

用随机扩增多态DNA(RAPD)技术对长兴岛刀鲚(Coilia ectenes)38个个体的遗传多样性进行了检测,从40个随机引物中筛选出13个对刀鲚的DNA进行扩增,结果为:13个引物共检测到112条清晰且重复性好的条带,分子质量在200~2000 bp之间,其中多态位点为74个,占66.07%;群体的Shannon多样性指数为0.3164,Nei基因多样性指数为0.2075,结果表明中国刀鲚遗传多样性处于较高水平。刀鲚成熟年龄早,对产卵条件要求不甚严格,产卵率和孵化率都比较高,具有较强的种群恢复能力;另外,由于长江中下游和湖泊刀鲚的捕食者和饵料竞争者的减少,客观上为刀鲚提供了良好的繁殖和幼鱼索饵条件,因此,结合刀鲚自身的生物学特征及生活环境特点,采取合理的保护和管理措施,中国刀鲚资源有望得到恢复。     

基于线粒体控制区的中国近海竹荚鱼种群遗传结构和种群历史动态分析

竹荚鱼(Trachurus japonicus)是中国近海主捕鱼种之一, 在海洋食物网中扮演了重要角色, 然而环境污染和过度捕捞导致其出现种群数量衰退以及个体趋于小型化等现象。为了解中国近海竹荚鱼的种群遗传格局, 文章以线粒体DNA控制区为遗传标记研究了东海大陆架、福建近海和南海北部湾竹荚鱼群体的遗传结构以及种群历史动态。结果表明, 中国近海竹荚鱼整体呈现高单倍型多态性(H_d=0.998±0.001)和高核苷酸多态性(π=0.01259±0.00041)的遗传多样性特征。单倍型网络图呈现为星形辐射状的单一谱系, 利用最大似然法构建的系统进化树也未发现谱系分化。不同海区地理群体的分子方差分析显示东海群体和南海北部湾群体间无遗传分化, 遗传变异主要来源于群体内部(99.39%)。中性检验和核苷酸歧点分布分析结果暗示各海区竹荚鱼群体(东海、南海北部湾)以及整个群体均经历过近期的种群扩张。中国近海竹荚鱼群体呈现为遗传均匀的种群结构, 可以作为一个单一的种群加以管理, 人类高强度捕捞压力尚未影响其种群恢复潜力。     

军曹鱼响应低氧胁迫转录组SNP位点鉴定及其功能注释分析

为了研究低氧胁迫下军曹鱼肠道转录组中单核苷酸多态性(SNP)标记位点及SNP所在基因SNP-Unigene的作用,通过SOAPsnp软件对军曹鱼幼鱼对照组和低氧胁迫转录组测序结果进行SNP检测,并将其比对到GO、KOG、KEGG数据库进行功能注释。结果显示,军曹鱼转录组SNP位点分布在26 120条SNP-Unigene上,共检测到431 845个SNP位点,SNP平均发生频率约为1/171 bp;SNP-Unigene功能注释发现,在低氧胁迫条件下,军曹鱼SNP-Unigene主要涉及信号转导、传染病、癌症和内分泌系统等信号通路。进一步筛选到3 417条SNP-Unigene被注释到MAPK信号通路等35条与免疫相关的通路中。基于转录组差异基因分析,检测了其中7个重要免疫通路中18个免疫相关基因的SNP位点分布情况。同时,也检测了HIF-1信号通路中PIK3CA等8个差异基因的SNP位点分布情况。研究结果将为进一步挖掘免疫及低氧相关SNP的分子遗传标记奠定基础,为军曹鱼低氧适应机制的深入研究提供科学参考。     

凡纳滨对虾CTSL基因与生长相关的SNP位点的特征

对3个凡纳滨对虾品系的CTSL基因进行单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism,SNP）筛查,发现在生长指标差异的对虾中存在特征较为显著的7个SNP位点,其中3个属于外显子上的突变,4个属于内含子上的突变．B210对虾品系体重月平均生长量约为7．58g,体长月平均生长量约为2．31cm,B310对虾品系体重月平均生长量约为3．96g,体长月平均生长量约为1．48cm,HNIT对虾品系体重月平均生长量约为3．04g,体长月平均生长量约为2．18em．从市场价值来看,B210和B310品系比HNTr品系生长相对好些．进一步的PCR产物直接测序比较分析表明在生长指标较好的对虾品系,这7个SNP位点表现为纯合子;而在生长指标较差的对虾品系,在这7个SNP位点上31．6％表现为杂合子．虽然国内外有不少关于CTSL基因SNP位点的报道,但是与生长快慢的相关分析还鲜有报道,且这些SNP位点与前人发现的位点有所不同．本研究发现的CTSL基因的SNP位点与对虾生长快慢相关,将为凡纳滨对虾生长研究提供有用信息,从而有助于为对虾选育提供可靠的分子标记．     

流沙湾卵鳎微卫星标记的遗传多样性分析

为分析湛江流沙湾海域优势渔种卵鳎的遗传多样性,应用微卫星标记技术,选用15对微卫星引物,以等位基因数、基因杂合度、多态信息含量、固定指数等遗传参数为指标,评估卵鳎群体内的遗传多态性。结果表明:共检测到90个等位基因,等位基因数从1~12不等,平均为6.0;有效等位基因数从1.0~8.4,平均为4.0,多态性位点比例为53%,显示其具有中等杂合子水平,其中8个多态位点的期望杂合度(He)为0.670~0.881,平均为0.800,观测杂合度(Ho)为0.353~1.000,平均为0.773,多态信息含量(PIC)值为0.616~0.870,平均为0.773,群体内固定指数F为-0.199~0.564,平均为0.046;流沙湾卵鳎群体具有高度遗传多样性。     

印尼3个地区热泉中可培养细菌的分子鉴定与系统发育分析

采用MSM寡营养培养基从印度尼西亚Pantai cermin,Kalianda和Banyu wedang地区的热泉水样、泥样以及沉积物中根据菌落的形态学特征共分离获得69株细菌,通过菌株的16S rDNA的限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)分析、序列比对和生理生化分析,对其进行鉴定并构建系统发育树.结果表明,分离...