大黄鱼IL-7-Rα基因的克隆与表达分析

白细胞介素7受体α链(IL-7Rα,CD127)是一个重要的多效性细胞因子受体.本研究克隆得到大黄鱼(Larimichthys crocea)的IL-7Rα(LycIL-7Rα),其开放阅读框全长1 242 bp,编码413个氨基酸.通过氨基酸序列分析和多序列比对发现,LycIL-7Rα多肽具有I型细胞因子受体的典型特征,包括4个保守的半胱氨酸、1个信号肽、1个单次跨膜结构域、1个胞外的fibronectin type III(FN IIIlike)结构域、1个Trp-Ser-X-Trp-Ser(WSXWS)基序以及胞内Box1结构域.系统进化分析表明,LycIL-7Rα与其他鱼类的IL-7Rα聚在一起,与鲈鱼(Lates calcarifer)IL-7Rα的亲缘关系最近.Realtime PCR结果表明,LycIL-7Rα在健康大黄鱼中为组成型表达,在脾脏中的表达量最高,在心脏中的表达量最低.大黄鱼经聚肌苷酸胞苷酸[Poly(I:C)]或溶藻弧菌(Vibrio alginolyticus)刺激后,其脾脏中LycIL-7Rα的mRNA转录水平均显著上调.这些结果表明LycIL-7Rα可能在大黄鱼免疫反应中发挥重要作用.     

原生动物单细胞PCR应用初探——以天蓝喇叭虫为例

以天蓝喇叭虫(Stentor coeruleus)为研究对象,探索了单细胞单基因PCR扩增及单细胞全基因组PCR扩增技术在原生动物中的应用.经过不断探索和优化条件后,试验取得了理想的结果.在40例单细胞单基因(SSU rDNA基因全序列)PCR的一次性扩增中,新鲜细胞和经过中性红染色的细胞都获得了100%的成功率,室温下酒精(95%)保存一周的细胞获得了82.5%的成功率.在单细胞全基因组PCR扩增中,采用高效高保真的phi29 DNA聚合酶结合随机引物(Random Primer)进行扩增,获得了丰富且质量较高的PCR产物.以全基因组扩增产物(稀释10倍)对四个常用的基因位点(TEF1、SSU rRNA、18S-ITS1-5.8S、a-tubulin)进行扩增,均成功获得相应的基因片断.     

湛江湾沉积物中反硝化和厌氧氨氧化细菌的丰度、多样性及分布特征

采用实时荧光定量PCR、高通量测序等方法对湛江湾沉积物中四个月份的反硝化细菌与厌氧氨氧化细菌的多样性和丰度进行了分析。结果表明:湛江湾沉积物中反硝化细菌和厌氧氨氧化细菌丰度在四个月份的变化和空间分布趋势为:nirS型反硝化细菌在二月份最高,四月份最低,且其平均丰度有从湛江湾湾内向湾口附近呈现先升高再降低的趋势;nirK型反硝化细菌丰度在九月份最高,十一月份最低;nosZ型反硝化细菌在四月份最高,其余月份变化不大;厌氧氨氧化细菌丰度在九月份最高,二月份最低。通过相关性分析结果表明,亚硝酸盐、铵盐等共同调控着湛江湾沉积物中反硝化和厌氧氨氧化细菌丰度变化。系统发育分析表明:湛江湾中存在着一些广泛分布的反硝化细菌,但也生活着一些新奇的nirK型和nosZ型反硝化细菌。对于厌氧氨氧化细菌而言,其主要属于浮霉菌门及Candidatus Scalindua属,具有较高的耐盐性,另外湛江湾海区的厌氧氨氧化细菌也生活着一类在其他地方没有的新分支。典范对应分析分析结果表明:硝酸盐显著影响湛江湾反硝化细菌和厌氧氨氧化细菌的群落结构。湛江湾沉积物中反硝化细菌和厌氧氨氧化细菌存在特殊的竞争与共存的关系,且由亚硝...     

宁波沿海陆源排污口细菌结构多样性和铁代谢相关的毒力基因的研究

应用多重PCR技术对肠杆菌铁代谢相关毒力基因fhuA、irp2、sltA和sodB进行同步检测, 研究宁波沿海陆源排污口人畜共患致病菌群落结构在人类活动影响下的分布差异及对环境因子变化的响应趋势。通过16S rRNA 基因的PCR扩增和限制性片段长度多态性(restriction fragment length polymorphism, RFLP)分析技术, 研究了东海重要陆源排污口的细菌群落多样性; 建立肠杆菌铁载体外膜受体蛋白fhuA、铁调节蛋白irp2、类志贺样毒素sltA、含铁超氧物歧化酶sodB基因多重PCR体系, 并用该体系检测铁代谢相关毒力基因在陆源排污口的分布情况。2011年3、5、8、10月份, 在宁波沿海陆源排污口中共分离纯化1000余株、98种细菌, 16S rRNA 基因序列分析表明, 它们分属于4个门5个纲13个科21个属, 其中?-变形杆菌纲(67株, 68.4%)和芽孢杆菌纲(16株, 16.3%)分别为变形菌门、厚壁菌门中主要纲。98株细菌中, fhuA+irp2+sodB+基因型检出率为35.71%; fhuA+irp2+ sltA+的基因型检出率为25.27%; irp2的基因型检出率为13.19%; fhuA基因型检出率为12.09%; fhuA+ irp2+ 基因型检出率为9.89%; sltA+sodB+基因型检出率为8.79%; fhuA+irp2+sodB+sltA+基因型检出率为8.79%。     

对虾白斑症病毒(WSSV)部分克隆片段的序列测定及PCR扩增

对克隆的 WSSV基因组 Xba 1.8kb片段进行序列测定 ,根据所测定的核酸序列 ,通过计算机软件分析 ,设计出一对 PCR引物。所设计的 PCR引物能从纯化 WSSV及患白斑症的对虾组织中扩增出长为 92 1bp的目的 DNA片段 ,并且能检测出 0 .2～ 0 .4μg病虾肌肉组织中的 WSSV。健康对虾、感染MBV的斑节对虾仔虾及 SINPV的扩增结果均为阴性。表明所建立的 WSSV PCR检测法灵敏而且特异。     

凡纳滨对虾卵黄蛋白原和血蓝蛋白mRNA在卵巢不同发育时期的半定量和实时荧光定量PCR分析

卵黄蛋白原和血蓝蛋白是凡纳滨对虾(Litopenaeusvannamei)卵巢和/或肝胰腺合成的重要蛋白。利用半定量和荧光定量PCR技术分别检测了亲虾卵巢不同发育期卵黄蛋白原和血蓝蛋白mRNA在卵巢和肝胰腺的相对表达量。结果显示,卵黄蛋白原mRNA在卵巢和肝胰腺中均有表达,其相对表达量随着卵巢发育持续增加,在第五期达到最高,在恢复期迅速下降。根据卵巢和肝胰腺质量的综合计算,凡纳滨对虾的卵黄蛋白中,卵巢的贡献率占主导地位,约占80%,而肝胰腺仅为卵巢的四分之一。血蓝蛋白mRNA主要在肝胰腺中表达,随着卵巢的发育,表达量呈增加趋势,至第三期达到高峰,其后稍有下降,但仍然维持在较高水平,在第六期恢复到初始水平。血蓝蛋白是否直接或间接参与了卵黄发生和卵巢发育有待进一步探讨研究。     

关中地区地理条件与生产投入对粮食生产的影响

基于陕西关中地区半干旱的地理条件,针对1980—2017年农业生产的实际统计数据,以5年为计算时间尺度单元,建立了关中地区农业生产的主成分回归(PCR)分析模型,定量地研究了陕西关中地区地理环境和生产投入对农业生产的绩效贡献。结果表明:(1)对各时段的PCR方程模型自变量平均弹性系数的计算分析表明,促进农业生产效益提高的主要指标有Y₃(实际灌溉农田面积,0.117)、Y₄(高产稳产农田面积,0.509)、Y₇(农用施用化肥总量,0.793)、Y₈(农用机械总动力,0.091)、Y₉(总农业用电量,0.478)、Y₁₀(农业劳动力人数,0.106);减少效益的主要指标有Y₁(农田面积,-0.763)、Y₅(受灾农田面积,-0.052)、Y₆(成灾农田面积,-0.062)。(2)自然灾害对关中地区农业粮食生产的影响处于非常显著位置,但影响总的而言比较平稳。(3)在这些指标因素的综合影响下,关中农业粮食生产产量呈现高低起伏、周期性循环、持续增长的趋势。     

真蛸FAXDC2基因的克隆及其表达分析

FAXDC2(fatty acid hydroxylase domain-containing protein 2)是脂肪酸羟化酶家族中的成员,在脂肪酸的合成与代谢中发挥重要功能。真蛸(Octopus vulgaris)是中国南方近海的经济种类,为了研究饥饿对真蛸FAXDC2(OvFAXDC2)基因表达的影响,本研究从课题组真蛸转录组数据库中筛选获得OvFAXDC2基因序列。采用从头至趾方法进行验证,最终获得OvFAXDC2的cDNA全长序列共1384 bp。它包含100 bp的5′非编码区(UTR)、228 bp的3′UTR和1056 bp的开放阅读框(ORF), ORF共编码351个氨基酸,预测其分子量为3.98 kDa,理论等电点为8.93。系统进化树分析显示,真蛸和加州双斑蛸(O. bimaculoides)聚为一支,而与其他无脊椎动物分开。实时荧光定量PCR分析表明, OvFAXDC2在消化腺中表达量最高,在鳃和鳃心中次之。在幼体饥饿试验中,随着时间的推移, OvFAXDC2表达量先升后降,在第三天达到最高,表明OvFAXDC2表达量的变化趋势可作为幼体代谢是否正常的一个指标。     

刺参真核翻译起始因子基因(eif2s1)的cDNA 克隆及表达分析

夏眠是刺参(Apostichopusjaponicas)应对夏季高温低氧等不良环境的重要生存策略,而抑制高耗能的蛋白合成则是夏眠期机体有效降低能耗的重要环节。真核翻译起始因子eIF2是启动蛋白翻译的关键因子,在蛋白合成调控中发挥了重要作用。本研究克隆分析了刺参翻译起始因子eIF2α亚基(eif2s1基因)全长cDNA序列及结构特征,并测定了其在夏眠期间的时空表达模式。结果表明:刺参eif2s1基因序列较保守,与紫海胆该基因同源性最高。同时,刺参eif2s1基因在深度夏眠期组织中出现了不同程度的表达抑制,可能参与了刺参夏眠蛋白抑制调控。