Sequence analysis and quantitative detection of Norwalk-like viruses in cultured oysters of China

We isolated 4 Norwalk-like viruses (NLVs) contaminated oysters from 33 Chinese oysters collected from local commer-cial sources of Shandong Province. After amplification of the RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) region of NLVs genomes with RT-PCR, the open reading frame 1 (ORF1) of the RdRp was sequenced and subjected to multiple-sequence alignment. The re-suits showed that NLVs in the four isolates belong to genogroup Ⅱ. The sequence comparison showed that the similarity between four Chinese oyster isolates were higher than 99.0%, which indicated that NLVs prevalent in close areas have high homogeneity in genome sequences. In addition, the most conserved sequences between diverse NLVs were used to design primers and TaqMan probes, then the real-time quantitative PCR assay was performed. According to the standard curve of GII NLVs, the original amounts (copies) of NLVs in positive patient's fecal isolate, positive Japanese oyster isolate, and the Chinese oyster isolate were 8.9×108, 1.25×108 and 4.7×101 respectively. The detecting limit of NLVs was 1×101 copies. This study will be helpful for routine diagnosis of NLVs pathogens in foods and thus for avoiding food poisoning in the future.     

辽西金羊盆地南部髫髻山组陆相火山岩及旋回层序划分

辽西金羊盆地（金岭寺－羊山盆地）南部髫髻山组陆相火山岩发育,为一套以中性为主的基性、中基性、中性火山岩组合。火山岩碱度主要为钙碱性。火山岩形成环境为活动大陆边缘区,这与本区所处大地构造位置相吻合。根据当前火山岩的研究现状,尝试性地对该盆地髫髻山组火山岩进行了火山喷发旋回层序的划分,共划分了四级火山喷发旋回层序。其中 A-A′剖面Ⅰ级 1个,Ⅱ级 5个,Ⅲ级 17个,Ⅳ级 21个; B-B′剖面Ⅰ级 1个,Ⅱ级 5个,Ⅲ级 18个,Ⅳ级 24个。     

鄂尔多斯盆地中部石炭系层序地层分析

鄂尔多斯盆地石炭系厚 0～ 6 0 0m ,属潮坪三角洲相。从鄂尔多斯沉积特征出发 ,由地表露头结合井下剖面讨论了该盆地石炭系层序地层特点。识别出两类层序界面。依层序界面特征划分出两个层序 ,分属于本溪期及太原期 ,每个层序由海进体系域和高水位体系域组成 ,缺失低水位体系域。讨论了凝缩段及体系域的分布。     

胶莱盆地东缘早白垩世莱阳群沉积序列及岩相古地理

胶莱盆地东缘早白垩世早期莱阳群沉积体现了湖盆由开始形成—鼎盛—萎缩消亡的全过程,发育由冲洪积相—湖相—三角洲相—河流相沉积的完整序列,且由东至西,由湖相到河流相逐渐过渡;古水流方向显示莱阳期盆地中心位于朱吴断裂、海阳断裂带之间,以断裂带为界,以西水流方向大致为由NW至SE向,以东水流方向则为由SE至NW向;早白垩世早期莱阳期盆地的形成与演化明显受区域性牟(平)-即(墨)断裂带活动所控制。     

上扬子地区双河露头五峰组—龙马溪组下段化学层序地层分析

综合地球化学、高分辨层序地层学理论方法,利用双河露头资料及样品分析测试,采用多元统计方法优选出陆源输入强度相关元素组合Al-K-Ti-Mg-Rb-Cr-Zr、自生沉淀强度相关元素组合Ca-Mn-Ba-Co、有机质吸附及还原强度相关元素组合V-Ni-M0-U-Cu-Zn作为化学层序地层划分指标体系,将双河露头五峰组划分为...     

三株赤潮硅藻5.8S rDNA及转录间隔区(ITS)的克隆及序列分析

对引发赤潮的3株硅藻——1株尖刺拟菱形藻(Pseudo-nitzshia pungens)和2株中肋骨条藻(Skeletonema costatum)的5.8SrDNA和ITS(internal transcribed spacers)序列进行了PCR扩增、克隆和序列测定,并分析了硅藻门10株赤潮藻(7株从GenBank获得)的系统进化关系.研究结果表明,尖刺拟菱形藻的ITS和5.8SrDNA的长度为693bp,SK-1(分离自东海赤潮暴发区)测序得到715bp,除ITS和5.8SrDNA外,还包含部分18SrDNA和28SrDNA;SK-2(分离自青岛养殖场)的ITS和5.8SrDNA的长度为331bp,尖刺拟菱形藻与从GenBank中获得的2株尖刺拟菱形藻相似程度最高,为100%,与该属的多列拟菱形藻相似程度稍低,为82.9%.SK-2的ITS序列与SK-1的相似程度很低,只有51%,但与拟中肋骨条藻的ITS序列相似程度高,为95.5%.SK-1的ITS序列与拟中肋骨条藻的相似程度也低,为56.7%.系统进化树反映的结果与相似性反映的结果一致.研究的该株尖刺拟菱形藻从根据ITS序列研究的结果与形态鉴定的结果看是一致的;SK-2可能属于拟中肋骨条藻;SK-1比较特殊,有待于用其他的方法进一步研究确定其分类地位.     

济阳坳陷博兴洼陷西部沙三段层序地层

选取以基准面为参照面的高分辨率层序地层学的理论与分析技术,对博兴洼陷西部沙三段开展层序地层分析工作。在博兴洼陷沙三段识别出5个层序界面和4个较大规模的洪泛面,由此将研究层段划分为4个长期基准面旋回(相当于3级层序),并通过长期旋回内部次级转换面的识别,细分出8个中期旋回(大致相当于4级层序)。通过对比建立了研究区的高分辨率层序地层格架,并分析了各层序的地层发育特征。以层序格架为基础,探讨了研究区各层序的沉积演化特征,建立了辫状三角洲—浊积扇层序发育模式,认为研究区辫状三角洲和浊积扇均具有加积作用特点;斜坡区为辫状三角洲发育区,而洼陷区为浊积扇发育区;中期基准面旋回下降期辫状三角洲发育,上升期浊积扇发育;浊积扇体的发育规模与湖泛规模相关。综合分析认为,浊积扇是形成岩性圈闭的主要储集砂体类型,其发育的有利层位是MSC8、MSC7、MSC6、MSC5旋回的上升半旋回,岩性圈闭发育的有利区是博兴南部斜坡坡折带之下的洼陷区。     

云南楚雄盆地上三叠统沉积及地球化学的海相特征

楚雄盆地为中生代形成的典型前陆盆地。三叠纪是其形成的主体阶段和盆山转换的重要时期,也是由海相向陆相沉积环境的转折期,同时上三叠统是楚雄盆地最重要的油气资源层系。通过对楚雄盆地上三叠统进行系统的沉积学、层序地层学和波动地质学分析,在上三叠统识别出3个三级层序,建立了层序地层格架和高频波动曲线。对层序地层格架内的碳、氧同位素和微量元素的特征进行分析,发现楚雄盆地晚三叠世诺利晚期—瑞替期沉积具有海相沉积环境的地球化学特征,同时综合多学科的研究成果,指出楚雄盆地该时期为一与海域相接的近海湖盆,并受到间歇性海侵的影响。而海相烃源岩与陆相烃源岩在生烃能力、分布规律等方面均具有较大的差异。因此,这一认识对于重新评价楚雄盆地晚三叠世烃源岩具有重要意义。     

井资料高分辨率层序地层学

在准层序中进行层组一级地层单元的识别和对比是高分辨率层序地层学研究的主要难点.提出了一种综合应用井资料进行层组界面识别和对比的新方法.通过测井曲线形态特征、岩心观察、铸体薄片、X衍射、扫描电镜分析、FMI测井资料, 对工区内钙质夹层成因、泥岩电阻率差异、储层电阻率和海拔深度关系进行了研究.结果表明: 钙质夹层单层厚度在0.5~2m之间, 靠近风化壳和断层位置单层厚度大, 分布在水下分支河道底部和河口坝顶部; 低阻泥岩(4~5Ω·m)和高阻泥岩(> 10Ω·m) 分别来源于不同的沉积物源或者形成于不同的沉积相带; 储层电阻率随着海拔深度的增加而增加.因此, 钙质夹层可以作为层组界面识别和对比的标志, 利用泥岩电阻率差异可以确定层组的叠置关系, 判断储层连通性.据此, 建立了准噶尔盆地石南地区西山窑组含油层段等时地层格架, 确定了格架内储层的连通性及油水界面, 并且通过MDT测井资料进行了验证.在此等时地层格架内, 层组的发育顺序、叠置关系、空间展布形态、以及彼此之间的连通性都被定性、定量的表征出来.      

燕山地区新元古界青白口系沉积层序与地层格架研究

燕山地区是中国新元古界青白口系出露最好、层序较为完整的地区。从沉积特征研究入手,确定了各种沉积相、微相及沉积序列,在区内青白口系划分出4种沉积体系及5种沉积相、12种沉积亚相、16种微相。对副层序的主要类型及其特征进行了分析,结合层序界面和最大海泛面的研究,将区内青白口系划分出3个层序。在层序划分和对比基础上建立了燕山地区青白口纪的地层沉积格架并对其古地理演化进行了探讨。认为燕山青白口纪的沉积为华北陆块上真正的盖层沉积。