基于Cyt b基因序列的南海北部蓝圆鲹群体遗传多样性研究

为了解南海北部蓝圆鲹(Decapterus maruadsi)的群体遗传变异特征,本研究利用线粒体DNA Cyt b基因部分序列对9个群体共203个个体进行群体遗传多样性和遗传结构分析.结果显示:在722 bp长的Cyt b部分序列中,共检测出52个多态位点,定义25个单倍型;群体的单倍型多样性(h)为0.577±0.036,核苷酸多样性(π)为0.001 55±0.001 12,整体遗传多样性呈中等偏低水平,其中雷州半岛和海南岛以东5个群体的遗传多样性水平明显高于以西的4个北部湾群体.单倍型系统发育树和网络图均未表现出与地理位置相对应的谱系结构,单倍型网络图呈以主体单倍型为中心的星状结构.群体间的Fst值为-0.077~0.018,且统计检验均不显著(p0.05).分子方差分析(AMOVA)表明,遗传变异全部来源于群体内个体间.Tajima's D值和Fu's Fs值均为显著负值,核苷酸不配对分布呈明显的单峰分布.南海北部蓝圆鲹群体约在29 000a前可能发生过扩张事件,导致遗传多样性呈现高h、低π模式;9个群体间的遗传分化并不显著,符合是一个随机交配种群的假设,但9个群体的遗传多样性水平却表现出明显的地理趋势,提示将南海北部蓝圆鲹作为单一种群进行渔业管理需持谨慎态度.     

同种罗非鱼(Tilapia)不同地区选育群体的遗传多样性分析

采用微卫星标记分析技术,选用36对微卫星引物对罗非鱼原始群体和引种群体进行遗传多样性分析,原始群体为中国水产科学研究院淡水渔业研究中心保种的奥利亚罗非鱼("夏奥1号",ZA)、埃及尼罗罗非鱼("99品系",ZN),引种群体为广西水产研究所从淡水渔业研究中心引进培育的奥利亚罗非鱼群体(GA)和埃及尼罗罗非鱼群体(GN)。结果显示19对引物具备多态性,比率为52.8%,ZA与GA两个群体的平均观测杂合度、平均期望杂合度、平均多态信息含量分别为0.10、0.15、0.12,遗传相似性系数为0.9867,平均近交系数(FST)与基因流(Nm)分别为0.0379、6.3408;而ZN与GN两个群体平均观测杂合度、平均期望杂合度、平均多态信息含量分别为0.37、0.49、0.43,遗传相似性系数为0.7696,平均近交系数(FST)与基因流(Nm)分别为0.1146、1.9309。分析结果表明:(1)两个奥利亚群体中ZA与GA遗传多样性小,群体间遗传距离小,相似度较高,选育出的奥利亚群体遗传结构相对稳定;(2)两个尼罗群体中ZN与GN遗传多样性适中,群体间存在一定的遗传距离,相似度低,ZN与GN两个埃及尼罗群体具备进一步选育出新品系的潜力;(3)基因座UNH896、UNH995、UNH999可应用为鉴别奥利亚群体与埃及尼罗群体的特异性标记。     

黄渤海松江鲈鱼线粒体控制区结构与序列多态性分析

测定了辽宁丹东、盘锦与河北秦皇岛35尾松江鲈鱼线粒体控制区序列977bp。共检出单倍型30个,多态位点35个,简约信息位点27个,绝大多数变异集中在192-342bp、594-783bp区段,同时识别出了线粒体控制区5’端终止序列区、中央保守区和3’端保守序列区的关键序列。3个群体总的单倍型多样性为0.990,核苷酸多样性为0.00718,丹东群体核苷酸多样性最高(0.00959)。群体间、群体内平均遗传距离低(分别为0.0067和0.0063);在NJ树上不同地理来源的个体混杂分布;Fst分析显示丹东与秦皇岛群体间遗传分化相对较大(0.14222,p0.05),其余不明显(0.02865-0.05616,p0.1),表明3个群体有可能隶属同一个种群。核苷酸不配对分布图表明松江鲈鱼可能未经历过大规模的种群扩张。     

Inheritance Pattern of Microsatellite Loci and Their Use for Kinship Analysis in the Japanese Scallop Patinopecten yessoensis

The inheritance mode of seven microsatellite markers was investigated in Patinopecten yessoensis larvae from four con-trolled crosses,and the feasibility of using these markers for kinship estimation was also examined. All the seven microsatellite loci were compatible with Mendelian inheritance. Neither sex-linked barriers to transmission nor major barriers to fertilization between gametes from the parents were evident. Two of the seven loci showed the presence of null alleles in two families,suggesting the...     

近江牡蛎两个野生种群的遗传多样性分析

采用RAPD分子标记和rDNA-ITS1序列分析了近江牡蛎Crassostrea rivularis湛江官渡和阳江程村野生种群的遗传多样性。12个RAPD引物共扩增出8838条片段,157个位点,平均每个引物可产生13个位点,片段长度在200～2200bp之间。湛江种群和阳江种群的多态位点比例分别为89.62%和89.57%,遗传多样性指数分别为0.4170和0.4334。种群间平均遗传距离为0.0327,平均遗传相似性为0.9681,平均遗传分化系数为0.0437。得到近江牡蛎18S、5.8S部分序列和ITS1全部序列,其中ITS1序列片段长度为478～485bp,共有11个变异位点,两个为转换(A/G),其他为插入/缺失(A/-、T/-)。湛江和阳江种群各获得8个单倍型,其中有一个单倍型为两个种群共享。两个种群的CG碱基平均含量较高,分别为58.29%和58.41%。种群间的遗传分化系数0.0254。结果说明,近江牡蛎湛江种群和阳江种群间具有较高的遗传多样性和较低的遗传分化。     

广西文蛤(Meretrix)的fAFLP 及ITS 分析

利用fAFLP标记技术和PCR-RFLP技术,对采集于广西的形态和壳色变异很大的2个文蛤群体(G、W)以及山东文蛤(S)群体进行了遗传结构和亲缘关系研究.fAFLP分析显示:在457个总扩增位点中存在53个W群体的特异性位点(其中9个为100%显性)、21个G群体的特异性位点、14个S群体的特异性位点,这些位点可作为群体鉴别的特征性标记;通过计算群体间相对遗传距离和聚类分析,发现S和G间的遗传距离最小(0.0424),在系统树上首先聚在一起,而W与S、G的相对遗传距离均很大(0.2308和0.2305),单独分出一支.对文蛤核糖体ITS的PCR-RFLP结果显示:W的三个不同壳色类群(WX、WC、WH)的酶切结果完全一致,而与G和S群体差别较大;G和S群体基本一致,但也稍有差别.进一步的ITS序列分析显示:W的ITS序列长度为1266-1269bp.而G和S分别为1614bp和1520bp;W群体内部序列比较保守,而与G和S群体之间在ITSl和ITS2开始和结尾处均存在多处插入/缺失;在依据序列构建的系统树上,WX、WC、WH三个类群聚在一起,S和G聚为另一支,两支相距甚远.本研究结果表明,fAFLP标记分析、PCR-RFLP分析和ITS序列分析结果一致,W群体和G、S群体的差异较大,已超出种内群体间的遗传变异,S和G尽管存在遗传分化,但仍应同属Meretrix meretrix-个物种.     

人工育珠对三角帆蚌(Hyriopsis cumingii)遗传基因影响的初步研究

采用酚-氯仿和试剂盒两种提取法对三角帆蚌怀珠群与非怀珠群各6个个体进行基因组DNA的提取,然后在优化RAPD(随机扩增多态性DNA)检测条件基础上,从80个随机引物中筛选出12个扩增较好且多态性强的引物进行RAPD扩增,产物通过水平板琼脂糖凝胶电泳和垂直板聚丙烯酰胺凝胶电泳两种方法进行检验并对DNA的多态性进行分析。结果显示在怀珠群和非怀珠群检测到的位点数、多态位点比例、平均Shannon多态性信息指数、平均Nei's基因多样性指数、群体内个体间平均遗传相似率和平均遗传距离分别为100、33%、0.1927、0.1324、0.904、0.096,95、47.37%、0.2711、0.1879、0.861、0.139,群体间的平均遗传距离为0.821,非怀珠群的变异性大于怀珠群;本研究还获得了两群体各自的特异扩增谱带及两群体间表达差异较大谱带,这些位点很可能是由人工育珠所引起。根据MEGA4.0软件的UPGMA和NJ程序构建的分子系统树可直观地将两群体分开。     

花鲈皮肤溃疡病抗性和敏感群体的RAPD分析

采用随机扩增多态性DNA技术,对花鲈(Lateolabrax japonicus)皮肤溃疡病抗性和敏感两个群体的遗传多样性进行了研究.从100个10 bp随机引物中筛选出25个随机引物,在两个群体中共扩增了326个位点,抗性群体多态住点比率为44.24%,遗传变异度为0.123 7,Shannon多样性值为0.1149,分别比敏感群体高3.87%,5.82%和2.68%,表明花鲈抗病群体比敏感群体具有更丰富的遗传多样性.25条随机引物中,7条引物在两群体中的扩增结果存在差异,其中S11,S15,S4,S414,S416,S9在抗性群体的扩增结果比敏感群体多1个多态住点,S52多2个多态位点.在这8个特异多态位点中,S52-1,S4-1,S414-6,S9-2在敏感群体中全部出现,呈单态性;S15-5,S11-6,S416-6,S52-5只在抗性群体中出现,出现频率分别为38.5%,30.8%,23.1%和23.1%.说明这8个位点在两群体中存在较大的差异.研究表明,花鲈皮肤溃疡病在遗传上是比较复杂的,并不是简单地与某个遗传标记有关,可能与多个遗传因素相关.     

虾类遗传多样性的研究现状

同工酶技术已经被广泛应用于虾类群体遗传学及标记辅助选择育种等研究方面.同工酶电泳显示对虾有相应的亚群差异,暖水性虾类的遗传多样性水平高于冷温性种类;连续分布的且在不同生活史阶段所处的栖息地环境变化幅度大的种类往往表现出较低的遗传多态性,虾类群体的多态位点比例和杂合度都较低,养殖群体比野生群体更低.但同工酶电泳技术往往检测不出一些"隐性"或"中性"变异而低估了遗传多样性水平.随着分子生物学技术的发展,从20世纪90年代开始,虾类遗传多样性的研究逐渐向线粒体DNA和核DNA的多态性方向发展.限制性片断长度多态性(RFLP)在虾类线粒体多倍型、物种标记以及比较野生和养殖群体线粒体COI 基因的多态性比较等方面应用普遍.随机扩增多态性(RAPD)技术主要应用于虾类不同地理群体遗传多态性调查,养殖群体与野生群体之间、养殖群体世代之间的遗传多态性比较,该技术得到的虾类遗传多样性水平高于同工酶电泳技术.扩增片断长度多态性(AFLP)技术在虾类中主要应用于遗传连锁图谱的构建,有关虾类的AFLP遗传多样性分析的报道不多.利用AFLP技术对连续选育群体的遗传多样性研究显示,随着选育世代的增加,选育群体的遗传多样性呈现下降趋势,但随着选育时间的延长,群体之间的分化逐渐降低,群体的遗传结构开始趋于稳定,成为一个品系.单一重复序列(SSR)技术主要用于标记种群遗传特异性、不同地理群体间以及野生和养殖群体间的遗传多样性差异.DNA序列分析技术特别是线粒体序列分析技术近年来在虾类遗传多样性研究中的应用逐渐增多.mtDNACOI、mtDNA12S rRNA和mtDNA16S rRNA的基因序列差异被应用于形态相近物种的鉴别、亚属分类、确定个体间亲缘关系和野生与养殖群体间的遗传多样性差异等.为了实现对虾类种群遗传差异的更深入了解,人们把种群遗传结构的研究和系统地理学相结合,即用分子系统地理学的方法来研究遗传谱系空间分布的历史特征,通过种群遗传结构的分析来探讨种内系统地理格局的形成机制、系统发育关系以及现有分布特征,并结合种群的地理分布状况来发现和验证与其相关的地质事件,追溯和揭示种群的进化历程.从育种、养殖以及资源保护的角度出发,人们开始研究野生群体的种质基因库,希望根据群体遗传结构确定合理的增殖策略,制定科学的保护措施,确保虾类养殖业的持续发展.     

罗非鱼4个选育群体遗传结构SSR分析

采用SSR分子标记分析了吉富品系罗非鱼的两个家系(GF1和GF2)以及奥利亚罗非鱼(Fo)和奥本尼罗罗非鱼(Fn)群体的遗传结构。结果显示,扩增后等位基因数为3～8个,随引物不同而异,14对引物共扩增60个等位基因,扩增片断大小在102～267 bp之间。微卫星分析表明,奥本尼罗罗非鱼(Fn)的平均观测杂合度(0.764 3)和平均期望杂合度(0.519 6)均最高,吉富尼罗罗非鱼(GF1)平均多态信息含量(0.419 5)最高;吉富尼罗罗非鱼(GF2)平均观测杂合度(0.614 2),奥利亚罗非鱼(Fo)的平均期望观测度(0.446 6)、平均多态信息含量(0.359 2)最低;因此,吉富鱼(GF1)的遗传多样性最高,奥利亚的遗传多样性最低。Hardy-Weinberg平衡遗传偏离指数(D)奥利亚(Fo)和尼罗(Fn)(0.463 4和0.478 9)明显高于吉富的两家系(0.234 1和0.250 0)。Fo与GF2间遗传距离(0.477 0)最大;而GF1和GF2间的遗传距离(0.302 7)最小,遗传相似系数(0.607 3)最大,可推断新一代吉富罗非鱼与本地选育群体有相对较远的亲缘关系,更具杂种优势。