凡纳滨对虾肠道微生物宏基因组Solexa 测序及其初步分析

CTAB-酚/氯仿法提取新鲜凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)肠道微生物宏基因组 DNA.结果表明: CTAB-酚/氯仿法提取总 DNA 的浓度达到92.5 ng/μL,半定量 PCR 法检测微生物基因组相对含量为69.9%.凡纳滨对虾肠道微生物宏基因组用于 Solexa 测序,生物信息学分析结果显示宏基因数据中64.1%的数据属于未知序列,35.5%属于真核生物,而已知的微生物和病毒序列所占比例仅有0.4%     

中性环境中微生物介导下的厌氧铁氧化及生物矿化效应

铁是地球上最丰富也是生物圈利用最频繁的过渡金属元素。它是许多细胞化合物的组成成分,参与了众多的生理功能。在自然界中,随着水体pH和化学组分(如氧浓度)的不同,铁的存在形式和循环途径也大不相同(图1),它既能形成稳定的二价铁化学组分,也能形成稳定的三价铁化学组分。在有氧情况     

一滴海水中的微生物奥秘

科学家揭示出一滴海水中微生物之间的关系,让人感慨：海洋处处有故事。每一滴海水中都有无数的故事在发生或者已经结束,但是故事的情节比我们看电视剧要复杂和深奥得多,很多奥秘我们人类到目前还难以掌握。     

珠江三角洲及珠江口海区的空气微生物含量

１９９４年６，７月，调查了广州、深圳、珠海及珠江口海区的空气微生物粒子沉降量状况。发现空气微生物粒子总量、真菌粒子量、真菌粒子数／总菌粒子数百分比在三市中不一致。这三种数据一般是陆上的高于海上。随着距陆的增加，都市影响的减弱和海面的开阔，空气微生物含量呈减少之势，显示出海洋新鲜空气对陆上污染空气的调节、净化作用。文中还分析了空气微生物有关参数与气温、风力或相对湿度间的相关关系。     

“868”作鱼用饲料添加的研究：Ⅰ.鱼的增产效果及经济效益

“８６８”含有丰富的多糖、蛋白质、氨基酸、维生素及及矿物元素等。菌液粘稠、白色、无异味，其中多糖是鱼类易吸收利用的碳水化合物，同时增强鱼体抵抗力。其经济效益随试验时间长短及鱼品种不同而异。     

大洋火山玻璃的蚀变：微生物活动的结构证据

在陆地和大洋中均已发现微生物生活在沉积物、沉积岩和火山岩之中。在大洋热液泉口微生物和微生物产物非常丰富,被认为是在海底下发现的喜温和喜高温微生物群落的代表。我们的先期研究支持这种假说：微生物参入了大洋火山壳的矿物转换、地壳的元素提取以及地壳中元素的沉...     

对虾一帖的研究进展

对虾是全世界海水养殖国家、地区集约化规模养殖对象之一,其经济价值颇高,但连年来对虾养殖面临严重病害,这包括4类病毒、7种细菌、2属真菌等病原生物引起的疾病。对对虾疾病病理学研究已做了许多工作,但就病原生物的寄主反应方面的研究仍相当有限。最近几年来发现了被命名为Penaeidins的对虾抗微生物肽类。     

T-RFLP技术及其在微生物群落结构研究中的应用

微生物是生态系统的重要组成部分,在各种元素的生物地化循环中起关键作用。因此研究微生物的群落结构,借此了解微生物和环境的关系就尤为重要。长久以来微生物群落结构的调查方法一直是建立在分离和培养的方法上。这种方法不但费时费力,而且不够准确。这反映在如下几个方面：(1)微生物群落组     

西南印度洋深海热液硫化物区沉积物微生物群落结构和固氮基因多样性

A sediment sample was collected from a deep-sea hydrothermal vent field located at a depth of 2 951 m on the Southwest Indian Ridge. Phylogenetic analyses were performed on the prokaryotic community using polymerase chain reaction（PCR） amplification of the 16 S rRNA and nifH genes. Within the Archaea, the dominant clones were from marine benthic group E（MBGE） and marine group I（MGI） belonging to the phyla Euryarchaeota and Thaumarchaeota, respectively. More than half of the bacterial clones belonged to the Proteobacteria, and most fell within the Gammaproteobacteria. No epsilonproteobacterial sequence was observed. Additional phyla were detected including the Actinobacteria, Bacteroidetes, Planctomycetes, Acidobacteria, Nitrospirae, Chloroflexi, Chlorobi, Chlamydiae, Verrucomicrobia, and candidate divisions OD1, OP11, WS3 and TM6, confirming their existence in hydrothermal vent environments. The detection of nifH gene suggests that biological nitrogen fixation may occur in the hydrothermal vent field of the Southwest Indian Ridge. Phylogenetic analysis indicated that only Clusters I and III NifH were present. This is consistent with the phylogenetic analysis of the microbial 16 S rRNA genes, indicating that Bacteria play the main role in nitrogen fixation in this hydrothermal vent environment.     

细菌活的非可培养状态研究进展

细菌活的非可培养状态(Viable but nonculturable state,VBNC)是指某些细菌在不良环境中所形成的休眠状态,常规条件培养下不能繁殖,却仍然保持代谢活性。VBNC细菌的形态、生理生化、遗传特征等都会发生变化,且能在适宜条件下复苏为可培养状态。这一概念是1982年中国海洋大学徐怀恕在美国马里兰大学访问期间,与Rita R. Colwell等首次提出的,在国内外引起了极大反响和关注。迄今为止,国际上已发表VBNC相关论文10 800余篇。本文在这些文献的基础上,针对VBNC细菌近40年的研究成果进行系统阐述,包括VBNC细菌的发现、主要类群和诱导因素、形成机制、生物学特征、检测和复苏方法以及环境VBNC细菌的分离培养等。目前绝大多数海洋微生物尚未获得纯培养,对VBNC细菌进行复苏或将成为分离培养海洋环境中未培养微生物的重要手段。