Observations of freak waves in random wave field in 2D experimental wave flume

Long time series of wave field are experimentally simulated by JONSWAP spectra with random phases in a 2D wave flume. Statistic properties of wave surface, such as significant wave height, skewness and kurtosis, are analyzed, and the freak wave occurrence probability and its relations with Benjamin-Feir index （BFI） are also investigated. The results show that the skewness and the kurtosis are significantly dependent on the wave steepness, and the kurtosis increases along the flume when BFI is large. The freak waves are observed in random wave groups. They occur more frequently than expected, especially for the wave groups with large BFI.     

基于图相似性匹配的海水溶解氧辅助评价方法

海水溶解氧评价的正确性对于维护海洋生态系统的稳定性具有重要意义。海水溶解氧数据属于非线性时间序列,可视图方法(时间序列转化为图)是分析这类数据较有效的方法,但仍存在未同时考虑数据的时间演变特性以及变量间相互影响的问题。针对现存问题,本研究提出基于图相似性匹配的海水溶解氧辅助评价方法。首先,同时考虑海温、盐度对海水溶解氧的影响以及数据的不可逆性,提出溶氧温盐-转移概率(dissolved oxygen temperature salinity-transition probability, DOTS-TP)有向可视图方法,实现了多变量时间序列到单变量溶解氧图的转化;然后,在将墨西哥湾溶解氧图作为评价参照的基础上,综合利用图的多层次信息,提出子图节点全局(subtree node global, SNG)图相似性匹配方法,通过计算SNG评价指数实现对海水溶解氧的辅助评价。实验结果表明DOTS-TP有向可视图方法能更准确地表达海水溶解氧信息,SNG图相似性匹配方法适用于所有海水溶解氧数据,并能得出正确的辅助评价结果。     

渔获量时间序列长度对基于CMSY方法的资源评估结果的影响

大多数渔业种类由于数据缺乏,无法使用传统的渔业资源评估方法开展评估和管理。越来越多的研究采用CMSY等基于有限数据的评估方法,但CMSY方法在渔获量数据时间序列长度有限、存在误差等情况下的评估可靠性尚有待验证。本研究运用CMSY方法对黄海3种产量较高的经济鱼类开展资源评估,探索渔获量数据时间序列长度、不同渔业发展阶段,以及观测误差水平对评估结果的影响。结果表明,鲐、带鱼和银鲳在2000年后均出现产量高于最大可持续产量（MSY）的情况,资源处于过度利用状况（B/B_MSY<1、F/F_MSY>1）,近10年来开发强度降低,但生物量仍处于较低水平（B/B_MSY<1）。评估模型的回溯性分析结果差异较小,表明评估结果稳定。从数据长度上看,使用遍历产量上升和下降过程的长时间序列数据,其评估结果更为稳定。在观测误差大于20%的情况下,模型对MSY和B_MSY出现高估,但结果仍较为稳健。在CMSY方法的应用中应注意选取长时间序列的产量数据,在评估结果不确定性高的情况下应采取相对保守的渔业管理措施。     

现代黄河三角洲的结构、发展过程和形成模式

对现代黄河三角洲典型河道－钓口流路的不同钻孔剖面分析，阐明现代黄河三角洲单个流路所形成的三角洲叶片体的沉积物与沉积相的空间分布特征。结合单流路河道的小循环演化规律，划分现代黄河三角洲的发育过程为四个阶段，提出了三角洲的河口坝沉积相间分布的横向沉积序列、主河道型与同汊口河道型两个不同的纵向沉积序列及河口坝型与口坝侧湾型两个不同的垂向沉积序列。在此基础上，提出了现代黄河三角洲的形成模式。     

耐高温酸性α-淀粉酶基因部分序列的克隆与分析

利用已报道的α-淀粉酶基因序列的保守区域设计引物,通过聚合酶链式反应(PCR)获得了高温球菌Thermococcus sp. HJ21的耐高温酸性α-淀粉酶基因的部分序列。通过对该序列的同源性比较分析发现,高温球菌Thermococcus sp. HJ21与热水高温球菌Thermococcus hydrothermalis和Thermococcus sp. OGL-20P的亲缘关系最近,序列相似度达到95%以上;利用Swiss Model预测该基因产物的3级结构,显示其具有典型的(β/α)8桶状结构;通过分析密码子的使用情况得知,该α-淀粉酶存在着密码子的兼并性和使用的偏向性问题。     

我国主要海洋产业发展规模预测分析

通过收集整理1952—2002年50a的海洋经济统计数据,结合计量经济学手段进行时间序列分析。依样本空间和分析对象的不同,运用趋势外推法分别建立了线性模型、抛物线模型、生长曲线模型3种预测外延模型结构。并对预测外延模型结构进行了数据拟合与相关参数分析,总结出了适合预测海洋经济发展的线性模型和抛物线模型。根据海洋渔业、海洋油气业、海滨砂矿业、海洋盐业、海洋船舶工业、海洋交通运输业、滨海国际旅游业等7个主要海洋产业各自发展特点,用预测模型分别进行拟合,建立适合各海洋产业的预测模型。最终对2010年全国6个主要海洋产业、分产业总产值进行了预测。     

Gene cloning and sequence analysis of the cold-adapted chaperones DnaK and DnaJ from deep-sea psychrotrophic bacterium Pseudoalteromonas sp.SM9913

Pseudoalteromonas sp.SM9913 is a phychrotrophic bacterium isolated from the deep-sea sediment.The genes encoding chaperones DnaJ and DnaK of P.sp.SM9913 were cloned by normal PCR and TAIL-PCR(GenBank accession Nos DQ640312,DQ504163).The chaperones DnaJ and DnaK from the strain SM9913 contain such conserved domains as those of many other bacteria,and show some cold-adapted characteristics in their structures when compared with those from psychro-,meso-and themophilic bacteria.It is indicated that chaperones DnaJ and DnaK of P.sp.SM9913 may be adapted to low temperature in deep-sea and function well in assisting folding,assembling and translocation of proteins at low temperature.This research lays a foundation for the further study on the cold-adapted mechanism of chaperones DnaJ and DnaK of cold-adapted microorganisms.     

栉孔扇贝核糖体RNA转录间区域的序列测定

栉孔扇贝 (Ｃｈｌａｍｙｓｆａｒｒｅｒｉ)在我国主要分布于北方沿海海域 ,是我国北方沿海主要的养殖贝类之一。近些年来 ,广泛的半人工采苗 ,人工育苗及苗种转移等养殖活动增加了各种群间的交流 ,从而给各种群种质资源的管理、利用和保护带来一定困难 ;同时 ,近几年来扇贝的养殖业出现了病害流行、养殖环境恶化等严重问题 ,使人们迫切要求进行优质良种的培育 ,而这两方面的工作都要求对各种群的遗传特征有充分的认识和研究。近些年来 ,运用等位基因酶电泳方法开展了栉孔扇贝的遗传变异研究［４］,提供了一些非常有用的信息 ,但由于等位基因…     

有害藻华的宏条形码分析:机会与挑战

宏条形码分析(metabarcoding analysis)是通过对野外样本的分子标记(即条形码)进行PCR扩增、测序,并利用测序结果分析野外样本物种组成、物种相对丰度,及其时空动态变化。这项在近20年里逐步发展起来的分子技术,得益于DNA测序技术的快速发展,包括测序通量的提升和测序成本的降低以及生物信息学分析方法的快速开发。基于可操作分类单元(operational taxonomic units,OTUs)分析方法,特别是最近的扩增子序列变异(amplicon sequence variants,ASVs)方法的开发,极大促进了宏条形码分析的应用。在世界及我国的海洋生态领域,宏条形码分析的应用还处于起步阶段。随着分析方法的日趋成熟,可适用于不同应用领域的分子标记不断增加,以及参考数据库的不断完善,宏条形码分析将释放出广阔的应用潜力。可以预期,宏条形码分析将在系统分析我国近岸海域有害藻华物种(及其他浮游生物物种)的组成和相对丰度中起关键作用,通过发现新物种,辨别隐存种,跟踪物种的生物地理学,进而帮助解析有害藻华暴发机理。     

海南万泉河口尖鳍鲤线粒体基因组测序与结构特征分析

为了解海南尖鳍鲤(Cyprinus acutidorsalis)线粒体基因组结构特征及其与鲤科(Cyprinidae)鱼类的进化关系,本文通过二代测序获得海南万泉河口尖鳍鲤线粒体基因组全序列,并对结构特征进行分析,结果显示具有典型的环状闭环双链分子,全长16581bp,碱基组成为A(31.96%)、G(15.69%)、C(27.53%)和T(24.82%),包含13个蛋白质编码基因(protein-codinggenes,PCGs)、2个r RNA基因、22个tRNA基因和1个可变控制区D环。对碱基含量分析发现尖鳍鲤的碱基组成中具有较高AT含量的偏向性,13个PCGs中有不少的偏好性密码子,如CGA(RSCU>3.506)、CCA(RSCU>2.208)等。除tRNA^Gln、tRNA^Ala、tRNA^Asn、tRNA^Cys、tRNA^Leu(CUN)、tRNA^Tyr、tRNA^Ser(UCN)、tRNA^Pro