基于形态学与核糖体DNA及其cDNA高通量测序的海洋沉积物中纤毛虫多样性比较

高通量测序技术广泛应用于环境真核微生物多样性的研究,可检获较之传统形态学方法更高的多样性。然而,检获的高分子多样性与基于形态的物种多样性在构成上的差异仍然不明。本研究首次对比分析了基于形态学的南黄海沉积物中的纤毛虫物种多样性与基于核糖体18S DNA和c DNA高通量测序的多样性异同。结果表明:形态鉴定获得8纲、20目、30科、36属共97种纤毛虫;DNA测序检获10纲、28目、55科、76属共174个OTUs;而通过c DNA测序获取的纤毛虫多样性最高,获10纲、31目、68科、99属共284个OTUs。研究发现,形态学方法检获的纤毛虫均为底栖生纤毛虫;两种分子手段检获的多样性更高,群落结构更为近似,覆盖了形态鉴定所获的绝大部分类群。但DNA测序还检获了序列比例高达90%的浮游类群,可能源于包囊或死亡沉降的物种;而c DNA测序检获了约7%的浮游纤毛虫序列。较之DNA测序,c DNA法检获的底栖纤毛虫在群落结构上与形态学结果更为接近。本研究表明,分子手段有助于更全面地揭示沉积物中的纤毛虫多样性,DNA测序可同时揭示休眠包囊、胞外DNA及过去群落的信息,而c DNA测序在研究活动纤毛虫多样性上更有优势。     

南海东北部冷泉区沉积物中有机质来源的生物标志物分析与环境指示意义

Multi-biomarker indexes were analyzed for two piston cores from potential cold seep areas of the South China Sea off southwestern Taiwan. Total organic carbon(TOC) normalized terrestrial(n-alkanes) and marine(brassicasterol, dinosterol, alkenones and iso-GDGTs) biomarker contents and ratios(TMBR, 1/Pmar-aq, BIT) were used to evaluate the contributions of terrestrial and marine organic matter(TOM and MOM respectively) to the sedimentary organic matter, indicating that MOM dominated the organic sources in Core MD052911 and the sedimentary organic matter in Core ORI-_(86)0-22 was mainly derived from terrestrial inputs, and different morphologies were the likely reason for TOM percentage differences. BIT results suggested that river-transported terrestrial soil organic matter was not a major source of TOM of sedimentary organic matter around these settings.Diagnostic biomarkers for methane-oxidizing archaea(MOA) were only detected in one sample at 172 cm depth of Core ORI-_(86)0-22, with abnormally high iso-GDGTs content and Methane Index(MI) value(0.94). These results indicated high anaerobic oxidation of methane(AOM) activities at or around 172 cm in Core ORI-_(86)0-22.However in Core MD052911, MOA biomarkers were not detected and MI values were lower(0.19–0.38), indicated insignificant contributions of iso-GDGTs from methanotrophic archaea and the absence of significant AOM activities. Biomarker results thus indicated that the discontinuous upward methane seepage and insufficient methane flux could not induce high AOM activities in our sampling sites. In addition, the different patterns of TEX_(86) and U_(37)~(K′) temperature in two cores suggested that AOM activities affected TEX_(86)37 temperature estimates with lower values in Core ORI-_(86)0-22, but not significantly on TEX_(86) temperature estimates in Core MD052911.     

广西北部湾海洋腐木产孢真菌的分离鉴定和抗菌活性菌株筛选

采集广西北部湾钦州附近月亮湾、钦州港和茅尾海海域海洋腐木,采用稀释法分离纯化得到32株产孢真菌,对真菌的菌落、孢子和菌丝形态进行研究,32株真菌可被分为5种真菌类型,其中第I、II和III种类型的真菌仅分离于月亮湾,第IV和V种类型在3个样品采集地均有分离.通过ITS基因测序表明,32株真菌为5个不同的种,其分别属于子囊菌门(Ascomycota)和接合菌门(Zygomycota),可以确定种属的包括伞状霉属(Umbelopsis)和青霉菌属(Penicillium),其中分离的青霉菌属在数量上具有优势,占分离菌株总数的75%,属于优势种属.采用4种指示菌大肠杆菌(E.coli)、蜡样芽孢杆菌(Bacillus cereus)、烟草节杆菌(Arthrobacter nicotianae)、副溶血弧菌(Vibrio parahaemolyticus)检测抑菌活性,发现两株伞状霉属真菌Umbelopsis sp.B10和Umbelopsis sp.B9菌丝体提取物对四种指示菌均具有较强的抑制作用,另外两株青霉属真菌Penicillium sp.A5和Penicillium sp.B7的菌丝浸出物分别对革兰氏阳性细菌和革兰氏阴性副溶血弧菌具有较强的抑制活性.本研究为首次报道广西北部湾海洋腐木真菌及其抗菌活性.     

车载激光彩色点云的道路标志线提取方法

以车载激光扫描点云数据为研究对象,提取了车载激光扫描系统获取的路面道路标志信息;利用点云数据的坐标、RGB、强度等属性信息,提出了一种适用于城区街道道路标志线的自动提取方法流程;提出了点云高差法、灰度差值法、强度差值法和动态网格密度法配合使用解决问题,实现了目标物的提取。通过SSW激光建模测量车扫描的多个路段的点云数据试验,道路标志线点云的提取成功率达到90%以上,达到了算法的预期目标,具有较高的实际应用价值。     

渤海湾盆地古近纪海侵问题研究进展及展望

有关渤海湾盆地古近纪是否发生过海侵的问题争论了二十多年,至今尚无定论。尽管“海侵”论者提供了矿物学、岩石学、古生态学以及地球化学等多种标志,但是因为这些标志与标准海相标志比较,都有一定差别,而且至今没有发现确实可靠的海侵通道和明显的海相性递增现象,所以又出现了“海泛”论、“海啸”论和“陆相”论。几种观点长期并存,笔者认为要解决这一问题,可以从四方面入手①深入研究渤海湾盆地的构造背景,推断海侵通道存在的可能性;②进一步厘定已有的海相标志的准确性;③寻求新的、唯一的能区分海陆相成因的证据;④搜集国外在相关层位有类似沉积的地区,进行对比研究,并探索其成因。     

天然晶质富Ti和Fe2+硅钛铈矿的晶体结构

对产于内蒙白云鄂博晶态富Ti和Fe2 的硅钛铈矿Ce4Fe2 (Ti,Fe2 )2Ti2Si4O22进行了晶体结构的精测,求得晶胞参数:a=1.34656(15)nm,b=0.57356(6)nm,c=1.10977(12)nm,β=100.636°(2),晶胞体积V=0.84239(16)nm3。单位晶胞中的分子数Z=2。晶体结构测定中分别用P21/a和C2/m空间群来进     

甘肃侏罗纪植物化石Ginkgo huttonii角质层地球化学特征

对甘肃民和盆地侏罗纪植物化石Ginkgo huttonii(Sternb．)Heer的角质层与现生银杏Ginkgo biloba的角质层进行了地球化学特征对比分析,结果表明植物化石角质层有机物特征符合石油形成中沥青的演化特点。通过有机物组分含量分析,它们相当于中国中、新生代油源岩有机质类型中的腐泥型一腐殖腐泥型。对烃组分三角图进行投点,落入Ⅱ型干酪根范围内。通过有机质中的一些指标分析,发现Ginkgo huttonii的角质层处于低成熟阶段,与煤中显微组分角质体的成烃模式基本一致。另外,角质层的可溶有机质分布特征表明,植物化石角质层对陆相高蜡原油的形成有一定的作用,证明高等植物对蜡质有贡献。当前研究及古植物学资料表明,银杏是一种有利于煤成油的植物。     

山东部分海域红藻的鉴定与多样性分析

在山东青岛、威海和烟台近海海域的潮间带进行采样调查,共采取36株红藻样本,对其形态学特征进行了详细的观察.结果显示,所采集的样本在色泽、大小、形态、叶状体形状等外观上均有一定差异,但部分样本间差别并不明显.同时作者采用分子系统学的方法,从藻类样本中分离了rbcL基因片段,并进行了序列分析,利用 rbcL 基因建立了分子系统进化树,对样品间的亲缘关系及多样性进行了系统分析.结果表明,本研究采得的红藻样本有很好的多样性,分别与 GenBank 中已报道的红藻门中的16个属亲缘关系较近.在青岛、烟台和威海3个海域的红藻样本呈现不同的多样性,并且同一属的样品表现出很好的属内种间多样性.     

基于线粒体基因的石珊瑚分子系统学研究

以广东徐闻地区常见的6科10属17种石珊瑚的21个样本为研究对象,对线粒体COⅠ、16SrRNA和mtSSU三基因片段数据进行了联合分析,并计算了属间和科间遗传距离;利用邻接法、最大简约法和最大似然法分别构建了分子系统树。序列分析结果显示,石珊瑚线粒体基因碱基构成同样具有AT偏倚特征;石珊瑚属间的遗传距离显著大于属内遗传距离,而所有石珊瑚与两个外类种群的距离均大于石珊瑚之间的遗传距离;在系统发育树中,分子系统分类结果与形态学分类阐述的遗传进化关系略有差别,暗示传统形态学分类可能受珊瑚骨骼生长可塑性限制。     

MOLECULAR TAXONOMY OF SYMBIOTIC DINOFLAGELLATES IN SCLERACTINIAN CORALS

通过nlsrDNA（nuclearlarge．subunitribosomalDNA）及nssrDNAfnuclearsmall．subunitri．bosomalDNA）的PCR—RFLP研究广东徐闻地区8科15属25种62个造礁石珊瑚样本的共生藻。结果表明,共生藻nlsrDNA的RsaI酶切基因型只存在一种,属于C系群共生藻;而nssrDNA的MobI和TaqI两种酶切都存在两种基因型。实验进一步通过PCR直接测序法得到62个造礁石珊瑚样品的共生藻ITS序列,与GenBank上的4种虫黄藻ITS序列构建Neighbor．Joining系统发育树,结果表明该区的造礁石珊瑚共生两种不同种类（亚系群）的共生藻,分别为c1亚系群与C15亚系群共生藻,两个亚系群间的遗传距离为0．019。广东徐闻地区造礁石珊瑚共生藻多样性偏低,暗示该地区珊瑚礁生态系统应对环境变化的能力可能较弱。