渤海湾肠道病毒的季节分布及其污染类型分析

肠道病毒是一类水传播胃肠道疾病的重要病原体。为了解感染性肠道病毒在海水环境中的季节分布规律、污染类型以及与流行病学的关系,于2010年12月到2011年10月应用能够提供病毒感染性信息的细胞培养结合实时定量PCR（ICC-qPCR）方法,分4个季节对渤海湾天津近岸海域表层海水中肠道病毒进行了监测。500 mL海水经超滤浓缩,48 h细胞培养,然后用qPCR检测得到四季海水样品中感染性肠道病毒的浓度为0.2~196 PFU/L,平均值为60 PFU/L,其中夏季和秋季肠道病毒浓度较高,其平均值分别为82 PFU/L和110 PFU/L。秋季阳性检出率最高（85.7%）,其次是冬季（71.4%）。经测序分析,其主要污染类型是脊髓灰质炎 Ⅰ 型疫苗株,此外,还检测出危及公众健康的一株类口服脊灰 Ⅰ 型疫苗脊灰和一株脊灰疫苗衍生株。由此可见,肠道病毒的季节分布和主要污染类型与临床上的流行趋势基本一致,海洋作为一个天然的受纳水体为病毒提供了良好的栖息场所和传播机会,对公众健康存在着潜在的威胁。因此,为减少相关疾病的暴发,应重点加强肠道病毒流行季节的海洋水质监测。     

中国对虾(Fenneropenaeus chinensis) “黄海2号”人工感染WSSV的荧光定量分析

采用人工投喂的方法对人工选育的104个"黄海2号"中国对虾(Fenneropenaeus chinensis)家系的5557尾个体[体重(2.1±0.7)g]进行WSSV感染实验,分别选取存活时间最长(342h)和存活时间最短(45h)的48尾个体,定义为抗病组和敏感组。用荧光定量PCR方法检测两组对虾体内WSSV含量,结果表明,抗病组和敏感组对虾体内WSSV含量范围分别为(2.64×104)—(3.13×106)和23.2—1.92×106copies/ngDNA,平均值分别为8.71×105和3.19×105copies/ng DNA,抗病组对虾WSSV含量显著高于敏感组(P<0.05),显示抗病组比敏感组具有更强的抗病性能。对感染测试的所有对虾的死亡情况进行统计分析,结果表明,其死亡曲线不符合数量性状的正态分布特征,提示中国对虾对WSSV的抗性可能由少数几个主基因决定。本研究可为揭示中国对虾抗WSSV性状的基因决定机制提供依据。     

Oceanic circulation in the head of the Hikurangi trench,east coast,New Zealand

The geostrophic flow and direct current measurements in the inflow of the Southland Current into the Hikurangi Trench east of New Zealand confirm the geostrophic circulation pattern previously found. The northwards inflow of the Southland Current at the latitude of the Chatham Rise (44°S) is estimated at 1.7 × 10⁶ m³.s^‐1, which compares favourably with that of 1.2 × 10⁶ m³.s^‐1 calculated previously off Kaikoura.     

Quantitation of metallothionein mRNA from the New Zealand common bully (Gobiomorphus cotidianus) and its implications for biomonitoring

Metallothionein (MT) is a protein found in most eukaryotes where its primary role is the regulation of homeostasis of the essential metals copper and zinc. MTs have an additional protective role through their binding of toxic metals such as cadmium and mercury. Increased expression of MT in response to harmful levels of these metals has been demonstrated for several aquatic species. In this study, the expression of MT in the liver tissue of the New Zealand common bully Gobiomorphus cotidianus was measured by quantifying MT mRNA. A statistically significant increase in MT expression was observed in fish exposed to copper for 48 h, but not those exposed to zinc. Field sampling of common bullies showed a wide variation in individual hepatic MT mRNA levels which did not correlate with fish age, sex, or sampling location. A comparison of two populations of common bullies from a polluted and a control site showed a two‐fold higher mean MT mRNA level in fish from the polluted site. Implications for using MT expression in the common bully as a bio‐monitoring tool are discussed.     

淡水湖泊中类蛭弧菌的分离方法

从贵州阿哈湖、百花湖及云南滇池不同深度的湖水中筛选出2株宿主菌株。经16SrRNA基因序列分析,这2株宿主菌分别鉴定为肠杆菌(Enterobacteriales)和黄色单胞菌(Xanthomonadales)。分别利用这2株宿主菌,从湖水样品中获得到了类蛭弧菌噬菌斑。通过吸光度分析、用淡水类蛭弧菌的特异性引物进行基因扩增、DNA序列分析等一系列方法,证实了所分离的菌株为类蛭弧菌。建立了用同一生长环境中的宿主菌来分离类蛭弧菌的方法,并用该方法从淡水湖泊中分离出了不同类群的类蛭弧菌菌株。     

实时荧光定量PCR检测鳜IgM mRNA标准品质粒的构建

利用SYBR Green I荧光定量PCR技术,建立鳜IgM-DNA定量标准品的制备方法。从浸泡免疫后的鳜头肾中提取总RNA逆转录合成cDNA,对目的片段进行PCR扩增、电泳纯化、T-A克隆及测序鉴定。将所得预期质粒梯度稀释后构建标准曲线并进行融解曲线分析。结果表明,当标准品的浓度在3.29×102～3.29×108拷贝/μL时,模板浓度与循环阈值(Ct)间的线性关系良好,相关系数r2达到0.999;融解曲线分析显示具特异的单个峰,表明扩增产物特异性非常好。此法制备的重组质粒标准品可用于对鳜IgM基因的转录水平进行测定。     

抗草甘磷转基因大豆多重PCR检测及假阳性问题探讨

以大豆病基因类似物(RGA)基因为对照,用RR大豆中的外源CaMV35S启动子、CP4-EPSPS引物,应用多重PCR方法,从RR大豆中扩增出预期大小的DNA片段。结果表明:将扩增产物回收后测序,经同源性分析扩增产物为CaMV35S启动子和CP4-EPSPS的一部分序列;多重PCR检测的灵敏度为0.08%;PCR检测过程中产生假阳性的原因是污染和非特异性扩增。     

实时荧光定量PCR分析中不同铁浓度处理下玛氏骨条藻内参基因的筛选

实时荧光定量PCR(qRT-PCR)是定量分析基因表达的常用方法,选择合适的内参基因对准确分析目的基因表达水平至关重要。本研究以不同铁浓度培养条件下的玛氏骨条藻为材料,定量分析Cytb、EF-1α、HPRT、UBC、GAPDH、β-actin以及β-tubulin 7个内参基因的表达情况,并利用GeNorm、NormFinder和BestKeeper软件对这些内参基因的稳定性进行综合评价。结果表明,Cytb和EF-1α的表达稳定性较好,EF-1α+Cytb组合的稳定性最佳,是玛氏骨条藻基因表达研究的理想内参基因,而其他基因的表达稳定性较差,不适合作为内参基因。本研究为玛氏骨条藻基因表达研究过程中内参基因的选择提供了方法学上的依据。     

湛江湾沉积物中反硝化和厌氧氨氧化细菌的丰度、多样性及分布特征

采用实时荧光定量PCR、高通量测序等方法对湛江湾沉积物中四个月份的反硝化细菌与厌氧氨氧化细菌的多样性和丰度进行了分析。结果表明:湛江湾沉积物中反硝化细菌和厌氧氨氧化细菌丰度在四个月份的变化和空间分布趋势为:nirS型反硝化细菌在二月份最高,四月份最低,且其平均丰度有从湛江湾湾内向湾口附近呈现先升高再降低的趋势;nirK型反硝化细菌丰度在九月份最高,十一月份最低;nosZ型反硝化细菌在四月份最高,其余月份变化不大;厌氧氨氧化细菌丰度在九月份最高,二月份最低。通过相关性分析结果表明,亚硝酸盐、铵盐等共同调控着湛江湾沉积物中反硝化和厌氧氨氧化细菌丰度变化。系统发育分析表明:湛江湾中存在着一些广泛分布的反硝化细菌,但也生活着一些新奇的nirK型和nosZ型反硝化细菌。对于厌氧氨氧化细菌而言,其主要属于浮霉菌门及Candidatus Scalindua属,具有较高的耐盐性,另外湛江湾海区的厌氧氨氧化细菌也生活着一类在其他地方没有的新分支。典范对应分析分析结果表明:硝酸盐显著影响湛江湾反硝化细菌和厌氧氨氧化细菌的群落结构。湛江湾沉积物中反硝化细菌和厌氧氨氧化细菌存在特殊的竞争与共存的关系,且由亚硝...