中国黄渤海真江蓠(Agarophyton vermiculophyllum)群体遗传多样性研究

真江蓠是原产于西北太平洋的重要经济红藻。我们利用10对微卫星引物检测中国黄渤海地区真江蓠的群体遗传多样性和结构。10个微卫星位点在12个群体中共检测到65个等位基因,每个位点的等位基因（N_a）为1~28,有效等位基因（N_e）为1.0~9.6。每个群体的平均等位基因（N_a）、平均有效等位基因（N_e）、平均香浓指数（I）、平均观察杂合度（H_o）和平均预期杂合度（H_e）分别为2.4、1.6、0.419、0.133和0.227,显示较低的群体遗传多样性。中国黄渤海12个真江蓠群体间遗传分化较大（F_st=0.398 7）,基因流有限（N_m=0.377 1）,近交系数为正（F_is=0.391 3,F_it=0.634 0）,表明可能存在近交和杂合子缺失现象。Structure和UPGMA系统进化分析一致将12个群体分为两个遗传组,并在黑石礁群体（HS）和石岛群体（SD）中发现明显的遗传混杂现象。AMOVA分析显示遗传变异主要来自于群体内（73.27%）。该研究可为黄渤海地区真江蓠自然资源保护和管理提供科学依据。     

刺参杂交子代的微卫星和AFLP分析

用微卫星和APLP标记分析了中国刺参(♀)和日本红刺参(♂)杂交子一代的遗传特性。2对微卫星标记对两亲本及其杂交子代的分析结果表明,杂交子代的等位基因均来自两亲本,为真正的杂交种。8对AFLP引物共扩增出375个位点,其中多态位点265个,多态位点比例69.8%;238个位点在子代中发生分离,符合孟德尔分离规律的位点175个,其中母本69个,父本66个;偏离孟德尔分离的位点43个;异常分离位点20个。子一代与母本间的遗传距离为0.0391,小于其与父本之间的遗传距离(0.0999),表明杂交子代在遗传上与母本较近。     

集优性状杂交刺参的健康生态养殖和示范推广

为提高我国刺参的健康生态养殖水平,文章分析韩国红刺参与中国刺参的杂交,通过优势性状的定向选择育种,获得具有集优性状的刺参新品系,兼具韩国红刺参和中国刺参的品质优势,充分发挥韩国红刺参耐高温、夏眠时间短、生长速度快和体壁厚实等优点。养殖实验和研究结果表明：刺参杂交组比刺参对照组的生长速度提高超过25%,成活率提高超过24%;温度和盐度对杂交刺参稚参生长发育的影响显著,稚参阶段的最适温度为20℃～25℃,最适盐度为28～30;刺参杂交组的夏眠时间延迟,内脏未完全消退。根据基础研究结果,应进一步熟化技术,以企业为载体,开展控温室内育苗工作。     

泥蚶(Tegillarca granosa)6个微卫星引物的分离和鉴定

应用6个微卫星标记在奉化泥蚶种群上进行扩增,以检测其遗传信息。扩增结果表明,引物所扩增出的等位基因数目变化从3个到7个,平均等位基因数目为5．4。引物的多态性信息含量范围为0．111-0．814。最大的观察杂合度风为0．690,最小为0．121。期望杂合度风范围为0．117-0．848。位点TMP22显著偏离了哈代-温伯格平衡。6个引物在18个马来西亚泥蚶上进行扩增,结果只有TMP18和TMP36在马来西亚模板上有扩增产物。     

大口黑鲈选育群体遗传结构的微卫星分析

采用微卫星标记技术分析不同世代大口黑鲈选育群体的遗传结构。利用11对微卫星引物对大口黑鲈第2～4代选育群体及南水群体(对照)共120个个体进行PCR扩增,共得到28个等位基因。每个位点获得2～3个等位基因,平均等位基因为2.54。第2代(F_2)、第3代(F_3)、第4代(F_4)及南水群体(CG)的平均多态信息含量(PIC)值分别为:0.423、0.419、0.386、0.366。与F_2相比,F_4的遗传多样性减少8.76%,但与CG相比,F_4仍具有较高的遗传多样性,表明大口黑鲈选育群体的遗传基础逐步趋向纯化,且仍有较大选育潜力。此外,尽管F_2与F_4的遗传距离(0.022)比F_2与F_3的(0.011)大,但世代间的F_(st)值(0.006～0.009)均小于0.05,且世代群体总遗传分化指数为0.013,表明选育群体已出现遗传分化,但分化程度较低。     

红鳍东方鲀基因组微卫星特征分析

对河豚基因组微卫星分布特征进行研究,在约365Mb基因组序列中共找到49647个微卫星序列,平均每隔7351个碱基就有1个。微卫星序列长度主要分布在20～60个碱基的长度范围内。全部微卫星序列重复区长度（2802374bp）占整个基因组的比例为0．77％。两碱基重复类型数目最多,为35339个,占总数的71．30％;其次是四碱基类型,6837个,占13．77％;再次分别是三碱基类型3548个,占7．1496。五碱基类型1856个,占3．73％,六碱基类型1605个,占3．23％,单碱基类型最少,共402个。占0．80％。按降序排列,出现最多的前20个微卫星重复类别为：CA,TG,GT,AC,GA,CT,TC,TA．AG,AT,TCCA,ATCC,TCTG,GATG,ATCT,CATC,TGGA,ATGG,GATA,GAG,占全部微卫星序列的75．21％。在河豚基因组中未发现CC微卫星序列的存在。与其它生物基因组中微卫星分布特征相比,河豚基因组具有更高的简洁性。本研究将为研究河豚微卫星标记、研究其群体遗传多样性,进行不同基因组的比较研究提供基础。     

基于微卫星标记的长江江苏段鲢(Hypophthalmichthys molitrix)增殖放流资源贡献率的评估

近年来,长江下游进行了大规模鲢(Hypophthalmichthys molitrix)增殖放流活动,而增殖放流对鲢资源的贡献如何,成为亟待探究的科学问题.本研究基于已开发的11对微卫星引物,标记8个主要原良种场(为江苏省各地政府放流工作提供苗种的单位)鲢繁殖亲本群体,利用微卫星亲子鉴定技术,评估2016-2017年长江江苏段鲢增殖放流对鲢在江群体的资源贡献率.研究结果显示,621尾繁殖亲本群体和475尾长江捕捞鲢群体共检测出191种等位基因,每个座位的等位基因种类数、观测杂合度、期望杂合度范围分别为9～36、0.536～0.793、0.597～0.941;对应平均值分别为17.36、0.656、0.794.11个座位均表现出高度的多态性,每个座位的多态信息含量范围为0.560～0.938,平均值为0.771,证明选用的11对微卫星引物可作为亲子鉴定的有效工具.亲子鉴定结果表明,在亲本性别未知的情况下,非亲排除率(NEP)范围为2.4%～42.4%,累积非亲权排除率(CEP)在99.99%以上; 475尾长江鲢群体中,鉴定出39尾鲢个体来自于原良种场鲢亲本群体所繁殖的后代,即回捕率为8.21%.综合分析可见,2016-2017年,长江江苏段增殖放流对鲢资源量有较好的补充作用.     

黑鲷、真鲷及其杂交子代基因编码区微卫星序列及密码子偏好性分析

本研究采用生物信息学方法分析比较了黑鲷、真鲷及其两种杂交子代基因编码区(Coding sequence.CDS)中微卫星序列(简单重复序列.SSR)的分布规律及密码子偏好性。结果表明:(1)黑鲷、真鲷及其两种杂交子代微卫星序列均以三碱基重复类型为主,其次为二碱基重复,片段长度大多数在12—20bp之间。(2)黑鲷与反交(黑鲷♀×真鲷♂)在三、五碱基中优势基元类型相同,真鲷与正交(真鲷♀×黑鲷♂)在三碱基中优势基元类型相同,而黑鲷与正交在四碱基中优势基元类型相同。(3) UUC、UAC等28个密码子为黑鲷、真鲷及其两种杂交子代基因编码区的偏好性密码子,偏爱使用以C或G结尾的密码子,且第三位密码子碱基的GC含量(GC3s)均高于基因编码区平均GC含量。(4)真鲷与正交的密码子使用的偏好性相似,一定程度上说明黑鲷、真鲷杂交子代偏母系遗传。分析结果将为研究鲷科鱼类微卫星标记、研究其群体遗传多样性、构建转基因表达系统和开展分子遗传育种提供理论基础。     

竹?鱼微卫星标记开发及跨物种扩增

【目的】筛选高多态性竹?鱼(Trachurusjaponicus)微卫星(SSR)标记,并验证其在鲹科鱼类中的通用性。【方法】采用SLAF-seq技术识别竹?鱼基因组SSR标记,利用聚丙烯酰胺凝胶电泳和毛细管电泳筛选高多态性位点,并进行跨物种PCR扩增。【结果与结论】识别出43 264个二至六碱基重复SSR标记,二、三碱基重复SSR标记较多(90.33%)。筛选出37个多态性的二、三碱基SSR位点,各位点的等位基因数为4～26,期望杂合度为0.481～0.935,多态信息含量为0.440～0.934。有30个位点符合哈迪-温伯格平衡,且各位点间不存在连锁不平衡现象。共有28个竹?鱼SSR标记可在1种以上鲹科鱼类中有效扩增,分别有24、21、20、19和11个SSR位点可在蓝圆鲹(Decapterus maruadsi)、长身圆鲹(Decapterus macrosoma)、无斑圆鲹(Decapterus kurroides)、颌圆鲹(Decapterus macarellus)及金带细鲹(Selaroides leptolepis)中稳定扩增,可为竹?鱼遗传资源评估和部分鲹科鱼类的系统进化分析提供重要遗传物质基础及有力的分析手段。     

许氏平鲉4 个野生群体遗传多样性微卫星分析

利用18对微卫星引物分析了荣成湾群体1、荣成湾群体2、即墨群体和龙口群体共4个许氏平鲉(Sebastes schlegeli)野生群体的遗传多样性。结果表明:4个群体的平均有效等位基因数分别为3.1、2.7、2.8和2.7,平均期望杂合度分别为0.590、0.540、0.552和0.491,平均多态信息含量分别为0.577、0.495、0.538和0.528。4个许氏平鲉群体均表现出较高的遗传多样性水平,但也都存在杂合子缺失现象。Χ2检验显示,4个群体中大部分微卫星位点偏离Hardy-Weinberg平衡(P<0.05)。群体间Fst值为0.04,说明遗传变异主要存在于群体内,群体间的遗传分化程度较低。该研究结果将为许氏平鲉种质资源保护和合理利用以及人工增殖提供理论参考。