栉孔扇贝LTR逆转录转座子的基因组分布特征及时空表达模式分析

长末端重复序列(LTR)逆转录转座子在真核生物中是普遍存在的,通过"复制-黏贴"的方式插入到基因组的其它位置,影响基因的活性及基因组的结构。DNA测序技术的快速发展为分子生物学研究提供了大量的组学资源,也为全基因组水平逆转录转座子的系统分析提供了数据支持。本研究基于已发表的栉孔扇贝(Chlamys farreri)基因组信息,系统分析了栉孔扇贝LTR逆转录转座子的基因组分布特征及在胚胎发育各个时期和成体各个组织的表达模式。研究发现栉孔扇贝LTR总长度与染色体长度呈正相关关系,而LTR密度(每Mb染色体上的LTR拷贝数)与染色体长度呈负相关关系;Gypsy、Ngaro和DIRS是栉孔扇贝基因组中数量最多、总长度最长的三类LTR亚家族,且主要分布在基因间区;相比于其它种类的LTR,Gypsy和Ngaro在胚胎发育各个时期和各个成体组织/器官中具有显著的表达优势,而且在胚胎发育过程中呈现动态表达模式,其中表达量的峰值和低谷分别出现在担轮幼虫时期和壳顶幼虫时期;Gypsy和Ngaro在大部分组织/器官中占据表达优势,唯一例外的组织是肝胰腺,其表达量最高的LTR类型为ERV1。本研究对栉孔扇贝逆转录转座子基因组分布特征及时空表达模式的系统分析为进一步理解转座子的功能以及对基因组进化的作用提供了重要线索。     

人参前胡汤治疗椎动脉型颈椎病痰湿中阻证30例临床观察

根据研究证明,在机体先天免疫系统中溶菌酶作为重要的效应分子之一,通过参与机体中多种免疫反应,主要是通过形成一个水解体系,从而破坏和消除侵害体内的病原体,进而促使机体实现免疫防御。本研究以生活在深海超深渊海沟极端环境下的钩虾Eurythenes gryllus为材料,首次从Eurythenes gryllus中克隆获得i型溶菌酶(i-type lysozyme)基因EgLyz。序列分析表明,基因EgLyz与已知序列相似性较低,并含有一个失稳酶结构域。综合分析结果表明EgLyz可能是一个新颖的溶菌酶蛋白。在此基础上,对基因EgLyz进行了大肠杆菌原核重组表达,成功获取了较高纯度的可溶性表达产物,为后续生物活性分析奠定了实验基础。     

全球4D数据产品研制

本文以我国自主高分辨率遥感立体测图卫星为主要数据源,利用高精度卫星影像无地面控制几何定位技术和智能采编技术,研制了全球陆域范围统一框架下的多尺度、多类型的基础地理信息产品,以发挥测绘地理信息在全球治理和可持续发展方面的重要作用,为“一带一路”倡议,国家经济社会发展,全球战略实施,智慧社会建设提供科技支撑。     

自发地理信息在灾后恢复监测中的应用研究框架

文章探讨了如何有效利用自发地理信息（Volunteered Geographic Information, VGI）大数据促进灾后恢复监测工作。首先概述了国内外VGI相关研究的发展现状,明确了VGI用于灾后恢复监测研究的不足,然后提出了一个基于VGI大数据的灾后恢复监测应用的研究框架,助力于灾后恢复监测各类具体恢复目标（如旅游业恢复、工商业恢复、生活常态恢复）的实现。该研究框架包含数据获取、数据质量控制和数据挖掘3个核心组成部分。其中,数据获取对象以VGI为主,以传统官方权威数据为辅;数据质量控制主要是通过模糊逻辑专家系统和人工神经网络（深度学习）确保VGI适用性;数据挖掘则是以变革式范例为理论基础,利用定量和定性结合的方法调查灾区基建、经济和安全3个灾后恢复主要方面的状态。最后,文章还讨论了当前利用VGI大数据促进灾后恢复监测所存在的一些局限性,包括VGI来源的可持续性问题、各VGI平台应用程序接口的数据获取限制问题和VGI应用所涉及的用户隐私问题。     

地理科学发展与新技术应用

当代计算机、互联网、航天航空、自动化和传感网、环境和生态修复等技术发展很快,并渗透到许多基础与应用基础研究学科。以综合性、交叉性和区域性为特点的地理学借力于新技术应用,学科发展得到有力促进,突出表现包括：① 研究时空拓展到近实时和全球,基本解决异域和极端地理环境数据难获取问题;② 数据获取方式和渠道多样性促进了数据的爆发性增加,对规律和格局的分析从依赖有限时空表观信息发展到依靠新技术获取高时空动态数据开展大数据挖掘;③ 研究内容从静态知识获取、机理分析拓展到包括生态修复和环境治理等能动性的工作;④ 学科发展呈现领域拓展和新技术学科交叉趋势,地理学通过与新技术进一步融合发展获得新生命力。借助新技术和地理大数据“燃料”的注入,新时期地理科学发展将在全球和区域社会经济建设过程中通过提供“复方”解决方案而发挥重要的作用。     

国土空间基础信息平台数据资源体系建设方案设计

本文介绍了融合基础地理信息、土地利用、地质环境、矿产资源、土地规划、矿产规划、不动产登记、地政管理、测绘管理、社会数据、经济数据、人口数据等各类数据,建设国土空间基础信息平台数据资源体系方案,能够为国土空间规划的管控、自然资源的保护和合理开发利用提供数据支撑[1]。     

国际标准S-101与S-57数据生产要求分析

为适应IHO标准变化,应对国际标准S-101取代S-57国际标准,我国国际标准电子海图生产中可能遇到的问题,在S-101正式启用后能够顺利转换并生产符合新标准的电子海图数据。先对关于ENC数据生产方面的内容要求进行了整体描述和对比,再从数据命名、数据覆盖要求两个方面,对新旧两个标准对电子海图生产的要求进行了详细的对比分析,找出新标准S-101相对S-57对数据生产要求的不同,为后期生产符合新标准的海图数据打下基础,也为涉海人员、数据生产单位及个人学习新标准提供参考。     

白色噬琼胶菌QM38β-琼胶酶基因agaD02 的克隆与表达

从白色噬琼胶菌(Agarivorans albus)QM38基因组中扩增到一段编码β-琼胶酶的DNA序列,命名为agaD02。序列相似性分析的结果表明,基因agaD02和弧菌Vibrio sp.JT0107及Vibrio sp.PO-303的琼胶酶基因具有同源性,其相似性程度分别为98.7%和97.4%,而同GenBank中的其他序列同源性很低。对此基因的序列进行了分析,结果表明,其开放阅读框长度为2 868 bp,编码的蛋白质包含955个氨基酸,在蛋白数据库中的编号为ABM90422,推测其分子质量为106 ku,等电点为4.87。利用网上数据库资源和生物学软件对预测的琼胶酶蛋白序列进行了同源性分析和结构分析。设计两端含酶切位点的特定引物,克隆agaD02基因,构建入表达载体pET24a(+),转化大肠杆菌BL21(DE3),转化后提取质粒进行酶切和电泳验证,转化后的大肠杆菌经诱导可产生胞外琼胶酶。     

不同时期和生长状态条斑紫菜总可溶性蛋白差异表达初探

用SDS-PAGE技术研究了不同时期条斑紫菜样品、高温下培养的丝状体以及不同季节收获的叶状体的总可溶性蛋白。结果表明,这些样品总可溶性蛋白的表达数量和种类相差很大。壳孢子中总可溶性蛋白的表达数量和种类明显比丝状体中多,但比膨大丝状体中少;高温条件下培养的丝状体比正常条件下培养的丝状体表达更多数量和种类的可溶性蛋白;所有样品中,以叶状体表达的溶性蛋白的表达数量和种类最多;上年收获的与本年度不同季节收获的叶状体在蛋白质表达图谱上差别很小。     

Expression and localization of a novel phosducin-like protein from amphioxus <Emphasis Type="Italic">Branchiostoma belcheri</Emphasis>

A full length amphioxus cDNA, encoding a novel phosducin-like protein (Amphi-PhLP), was identified for the first time from the gut cDNA library of Branchiostoma belcheri. It is comprised of 1 550 bp and an open reading frame (ORF) of 241 amino acids, with a predicted molecular mass of approximately 28 kDa. In situ hybridization histochemistry revealed a tissue-specific expression pattern of Amphi-PhLP with the high levels in the ovary, and at a lower level in the hind gut and testis, hepatic caecum, gill, endostyle, and epipharyngeal groove, while it was absent in the muscle, neural tube and notochord. In the Chinese Hamster Ovary (CHO) cells transfected with the expression plasmid pEGFP-N1/Amphi-PhLP, the fusion protein was targeted in the cytoplasm of CHO cells, suggesting that Amphi-PhLP is a cytosolic protein. This work may provide a framework for further understanding of the physiological function of Amphi-PhLP in B. belcheri. Supported by the Pilot Projects of Knowledge Innovation Project of Chinese Academy of Sciences (No. KZCX2-YW-211-03 and MGE2008KG06)