BAC end sequencing of Pacific white shrimp <Emphasis Type="Italic">Litopenaeus vannamei</Emphasis>: a glimpse into the genome of Penaeid shrimp

Little is known about the genome of Pacific white shrimp (Litopenaeus vannamei). To address this, we conducted BAC (bacterial artificial chromosome) end sequencing of L. vannamei. We selected and sequenced 7 812 BAC clones from the BAC library LvHE from the two ends of the inserts by Sanger sequencing. After trimming and quality filtering, 11 279 BAC end sequences (BESs) including 4 609 paired- ends BESs were obtained. The total length of the BESs was 4 340 753 bp, representing 0.18% of the L. vannamei haploid genome. The lengths of the BESs ranged from 100 bp to 660 bp with an average length of 385 bp. Analysis of the BESs indicated that the L. vannamei genome is AT-rich and that the primary repeats patterns were simple sequence repeats (SSRs) and low complexity sequences. Dinucleotide and hexanucleotide repeats were the most common SSR types in the BESs. The most abundant transposable element was gypsy, which may contribute to the generation of the large genome size of L. vannamei. We successfully annotated 4 519 BESs by BLAST searching, including genes involved in immunity and sex determination. Our results provide an important resource for functional gene studies, map construction and integration, and complete genome assembly for this species.     

四川省小麦条锈病春季流行的农业气候风险区划

针对当前从气象风险角度开展小麦条锈病与气象关系研究甚少的状况,从农业气象灾害风险分析理论出发,采用相关分析、层次分析和极差正规化等方法,建立了包含气候条件和寄主存在数量两个环境因子的四川省小麦条锈病春季流行农业气候风险模型,并划分了高、中、低风险等级的指标.在此基础上,利用GIS技术对四川省小麦条锈病春季流行的农业气候风险进行了区划.结果表明,四川省的川西高原地区、川西南山地和盆地西南部是小麦条锈病春季流行低风险区,盆地大部地区是中、高风险的集中区.区划结果为进一步做好四川省小麦条锈病的分区预报和综合防治方面提供科学依据.     

三峡库区综合信息空间集成平台研究与实现

三峡库区建设一直是国家和地方高度关注的区域。文章通过三峡库区综合信息空间集成平台建设情况介绍,分析项目主要建设内容与技术实现方法,探索地理信息为国家重大战略服务的新模式和新方法,以期对数字区域地理空间框架建设提供有益借鉴。     

综合物探在寻找矽卡岩型矿床中的应用

矽卡岩型多金属矿是我国重要的成矿类型之一,通常利用频谱激电(SIP)、瞬变电磁(TDEM)、可控源音频大地电磁(CSAMT)及高精度磁测等地球物理勘探方法,从直接和间接角度寻找这类矿床。该文介绍了以上方法的应用现状,探讨了物探方法在寻找矽卡岩型矿床中的有效性。     

渤海湾盆地济阳拗陷沙三段页岩气地质条件分析

沙河街组三段的湖相富有机质泥页岩是济阳拗陷常规油气的主力烃源岩,也是该拗陷页岩气勘探的重点研究层系.分析沙三段暗色泥页岩的地球化学指标、页岩储层特征、含气性等,探讨济阳拗陷沙河街组湖相泥页岩形成页岩气的地质条件.结果表明:沙河街组湖相泥页岩沉积厚度大,平均大于200m;有机碳含量高,干酪根类型好,以Ⅰ型为主,Ⅱ1和Ⅱ2为辅;成熟度以成熟—高熟为主,与美国产气页岩和中国南方上扬子地区海相富有机质页岩地球化学特征具有可比性.湖相泥页岩脆性矿物质量分数高,石英与碳酸盐岩所占比例大,黏土矿物质量分数为10%～30%,页岩储层裂缝类型多样.由于砂泥岩互层频繁,粉砂或砂质夹层孔隙可以有效改善页岩储层储集性能,为页岩气提供有效的储集空间.泥页岩层段气测显示异常,指示其良好的含气性.沙三段富有机质泥页岩是济阳拗陷页岩气勘探的优选层系,具有良好的页岩气勘探潜力.     

基于多源数据的内蒙古中东部积雪厚度研究

积雪作为气候系统中重要的环境影响因素受到了普遍的重视,特别是在高纬度、高海拔地区,积雪面积和积雪厚度是积雪研究的两个重要因子。利用2010年11月8日、14日和25日三天的MODIS L1B数据,根据在可见光波段,地表、云和雪在该波段的反射率都比较高的特点,计算得出的积雪覆盖面积空间分布图。积雪深度受降雪量、坡度、坡向等多因素的影响表现为不连续分布,单纯利用气象监测站点无法获得积雪厚度的空间连续分布,而遥感影像也受到局地特征的影响而精度不够。因此,首先基于经验公式,利用MODIS L1B数据计算了积雪覆盖面积,在此基础上,基于气象监测点的积雪深度数据和MODIS L1B波段的相关性,选择影像数据的最优通道,通过建立多波段的积雪深度回归模型,并且对积雪深度进行空间连续插值,通过将模拟的积雪深度与监测点插值结果进行对比,发现统计回归的方法有效的提高了积雪深度、覆盖度等雪情监测信息精度。     

1996-2011 年南非人口空间分布格局与演变特征

南非是中国在非洲的最大投资目的地与经贸合作伙伴, 特别在基础设施建设方面发展迅速。南非人口空间分布研究对开展中南合作具有重要意义。本文通过收集整理南非历年来的全国人口普查资料统计数据, 运用空间自相关模型、不均衡指数、人口重心模型和偏移—分享模型, 分析了南非人口的空间分布格局和演变特征。研究结果表明, 南非人口分布具有显著的“东高西低”的空间格局, 呈现出以工业化程度较高的大都市区和港口城市为中心的“多核心”集聚的分布特征;空间自相关分析得出人口高集聚区主要分布在大都市区和沿海港口城市, 低密度集聚区主要集中分布在中西部地区;从变化趋势上来看, 1996-2011 年间人口分布不平衡趋势不断加强, 人口重心向西北方向移动;偏移—分享分析表明, 南非人口增长速度先后经历了从1996-2001 年快速增长到2001-2007 年缓慢增长, 再到2007-2011 年高速增长的“高—低—高”增长阶段;省域层面上看, 豪登省和西开普省一直是南非人口集聚较强地区。     

钢套管灌注群桩施工顺序对多隧道的影响

通过理论研究和数值分析方法,分析了钢套管桩不同的施工顺序对邻近既有隧道的影响,并结合现场实测数据对分析结果进行了验证。首先,采用理论方法分析钢套管旋转下压过程中土塞柱的受力情况,建立微分方程计算土塞柱底端的应力、土塞柱受到的剪切扭矩和自身抗剪扭矩,进而分析得到了土塞柱发生剪切破坏和土塞效应的临界深度。在此基础上按是否产生闭塞效应,分两种情况研究了钢套管旋压过程中产生的土体膨胀率。然后,利用既得的土体膨胀率,通过理论分析和数值模拟方法分析了群桩不同的施工顺序对既有多条盾构隧道的影响,得出了相对较优的群桩施工顺序方案。工程现场实测数据与数值模拟结果的对比分析表明,上述计算结果与实际情况能较好吻合。该研究对类似工程具有理论指导意义和实践参考价值。     

重力坝层间抗滑稳定体系的动力可靠度分析方法

受明显的层状结构影响,加之材料参数和动荷载的双重随机性,动力条件下碾压混凝土重力坝的层间抗滑稳定可靠度问题值得关注。考虑地震波频谱特性、峰值加速度、坝体材料参数的随机性,统计概化出地震作用下坝体的潜在滑动失效路径;在特定地震动作用下,基于随机有限元分析结果,采用刚体极限状态判断准则和响应面法构建失效路径的动力抗滑稳定功能函数,进而求得其抗滑稳定可靠指标;接着考虑不同失效路径的相关性,用Ditlevsen窄界限公式估算体系的可靠度;最后,考虑地震动荷载的随机性,采用基于全概率公式的数值拟合积分方法求解大坝抗滑稳定体系的动力可靠度。研究结果表明,动力条件下,当水平地震系数大于0.2时,重力坝层间抗滑体系可靠度不再由建基面失效路径决定,而是由下游折坡处层面的失效路径决定。该方法数学意义明确,实用性强。     

关于抗震设计场地反应分析客观性的一些探讨

在工程抗震设计领域,以SHAKE为工具的场地反应分析已得到广泛应用。场地反应分析简单、易行,然而要得到准确、可靠的分析成果仍需要长期的经验积累和相当的技巧。其中需特别注意的是：场地反应分析所需要的各土层参数均具有相当大的不确定性。这些不确定因素主要来自于：初始剪切模量G0（或最大剪切模量Gmax）、剪切模量衰减曲线、阻尼曲线以及可能存在的软弱土层。对于大型基建工程,场地反应分析的成果对于整个工程的安全、经济性都有重大影响;因此,针对其不确定性应该进行严谨地论证,并在工程设计中充分考虑。建议对各主要参数进行敏感度分析,并将结果综合起来以形成一套理性、可靠的场地反应分析方法。