Bacterial diversity and community structure in the East China Sea by 454 sequencing of the 16S rRNA gene

The 454 sequencing method was used to detect bacterial diversity and community structure in the East China Sea. Overall, 149 067 optimized reads with an average length of 454 nucleotides were obtained from 17 seawater samples and five sediment samples sourced in May 2011. A total of 22 phyla, 34 classes, 74 orders, 146 families, and 333 genera were identified in this study. Some of them were detected for the first time from the East China Sea. The estimated richness and diversity indices were both higher in the sediment samples compared with in the seawater samples. All the samples were divided by their diversity indices into four regions. Similarity analysis showed that the seawater samples could be classified into six groups. The groups differed from each other and had unique community structure characteristics. It was found that different water masses in the sampling areas may have had some influence on the bacterial community structure. A canonical correspondence analysis revealed that seawater samples in different areas and at different depths were affected by different environmental parameters. This study will lay the foundation for future research on microbiology in the East China Sea.     

印度洋浮游生态系统的特点及其对全球变暖的响应

与太平洋和大西洋相比,印度洋有独特的季风和洋流系统和由此驱动的浮游生物分布及生产规律.在全球变暖的背景下,印度洋的变暖趋势比太平洋和大西洋更为显著,是研究变暖对海洋浮游生态系统影响的热点海区之一.文章结合国内外文献,评述印度洋浮游生态系统的现状、特点及对全球变暖的响应,包括印度洋的浮游生物地理分布、南北印度洋浮游生态系...     

桑沟湾浮游纤毛虫丰度和生物量分布的季节变化

于2011年4、8、10月及2012年1月对桑沟湾进行了浮游纤毛虫丰度和生物量的季节调查。纤毛虫的平均丰度为(7 552±10 979)个/L,范围为408~61 667个/L;纤毛虫的平均生物量(以碳计)为(4.79±5.77)μg/L,范围为0.35~33.09 μg/L。无壳纤毛虫丰度和生物量主要分布在湾内,湾中和湾外丰度相对较低;砂壳纤毛虫丰度和生物量在盐度较高的海区总体较高,呈现朝向外海分布的趋势。纤毛虫丰度和生物量的高值区春季主要出现在湾的西北,夏季向湾中部迁移,秋季主要出现在湾的西南,冬季主要出现在湾的西部,高值区随季节大致呈顺时针迁移的趋势。纤毛虫的丰度春季最高,冬季最低;生物量夏季最高,冬季最低。无壳纤毛虫夏季粒级较大,冬季粒级较小;砂壳纤毛虫壳的平均口径夏季较大,秋季较小。共鉴定出砂壳纤毛虫8属27种,其中拟铃虫属(Tintinnopsis)种数最多。砂壳纤毛虫在纤毛虫总丰度中的比例平均为16.3%±21.9%,夏季最高(36.3%±27.8%),冬季最低(4.9%±5.9%)。纤毛虫丰度与温度、盐度、Chl a浓度及微微型真核浮游生物丰度均没有明显的相关性,但与蓝细菌及异养细菌丰度呈显著的正相关关系。     

青岛近海琼胶降解细菌的筛选和多样性分析

对青岛近海海水中琼胶降解细菌进行系统的分离,筛选得到87株海洋琼胶降解细菌。从中选出15株有代表性的菌株,克隆其16SrDNA序列,进行分子鉴定。结果表明,这些细菌主要分布在Cellulophaga,Cytophaga,Microbulbifer,Glaciecola,Pseudoalteromonas,Pseudomonas,Alteromonas和Agarivorans共8个属中。其中QM5,QM21,QM36鉴定为Cellulophaga lytica,QM15和QM28鉴定为Glaciecola mesophila,QM11,QM35,QM47,QM65分别鉴定为Cytophaga fuci-cola,Pseudoalteromonas atlantica,Pseudoalteromonas haloplanktis,Alteromonas addita。其余5株菌能够鉴定到属的水平。其中1株细菌QM42还不能确立分类地位。     

Difference of planktonic ciliate communities of the tropical West Pacific, the Bering Sea and the Arctic Ocean

Ciliates are important components in planktonic food webs,but our understanding of their community structures in different oceanic water masses is limited.We report pelagic ciliate community characteristics in three seas:the tropical West Pacific,the Bering Sea and the Arctic Ocean.Planktonic ciliate abundance had"bimodal-peak","surface-peak"and"DCM(deep chlorophyll a maximum layer)-peak"vertical distribution patterns in the tropical West Pacific,the Bering Sea and the Arctic Ocean,respectively.The abundance proportion of tintinnid to total ciliate in the Bering Sea(42.6%)was higher than both the tropical West Pacific(7.8%)and the Arctic Ocean(2.0%).The abundance proportion of small aloricate ciliates(10–20μm size-fraction)in the tropical West Pacific was highest in these three seas.The Arctic Ocean had higher abundance proportion of tintinnids in larger LOD(lorica oral diameter)size-class.Proportion of redundant species increased from the Arctic Ocean to the tropical West Pacific.Our result provided useful data to further understand ecology roles of planktonic ciliates in different marine habitats.     

流式细胞术检测海洋浮游异养细菌异质性的研究进展

海洋浮游异养细菌(以下称浮游细菌)存在个体间的异质性,对浮游细菌异质性的研究是理解细菌生产、代谢及其在生物地球化学循环中重要作用的基础。流式细胞术具有快速分析大量细菌个体的能力,除了用来分析样品中细菌的丰度外,流式细胞术和细胞染色技术结合,被用来研究自然海水中浮游细菌在细胞膜完整性、CTC(5-氰基-2,3-二(4-甲基苯基)四唑氯化物)呼吸功能和核酸含量三个方面的异质性。尽管国外已经有较多研究,但我国在这方面的研究尚比较缺乏,本文综述了自然海区浮游细菌这三项异质性的研究现状,介绍了不同海区(主要是近岸)浮游细菌的异质性及其随环境的变化,以期推动我国在此领域的研究工作。目前对其异质性的变化机制尚没有很好的理论解释,在全球变化的大背景下,针对大洋深海和极区,有关长期变化、全球变暖以及酸化等对浮游细菌异质性的影响研究需要加强。     

胶州湾浮游病毒的分布研究

运用荧光显微镜技术,对2007年6～8月胶州湾14个站点的浮游病毒丰度进行了检测,分析了病毒在不同月份的水平与垂直分布变化,发现胶州湾浮游病毒的丰度在0.48×107～22.78×107个/mL之间,平均值为(5.72±4.72)×107个/mL,7月份病毒丰度明显高于其他两个月(P0.01)。病毒呈现从湾内至湾口至湾外递减的趋势,病毒垂直分布变化不明显。病毒-细菌比率(VBR)范围为3.90～150.72,平均值42.05±28.55,处于较高水平。利用多元相关性分析发现,病毒丰度与异养细菌丰度、聚球藻蓝细菌丰度和叶绿素a含量相关,其相关系数r分别为0.605(P0.01),0.265(P0.01)和0.604(P0.05),确定系数R2分析表明,异养细菌和叶绿素a对浮游病毒丰度的影响基本相当。病毒丰度与温度、盐度无明显相关性。对VBR的分析表明,调查区域藻类病毒占总浮游病毒的比例较高;通过VBR与异养细菌丰度的负相关性分析,认为胶州湾噬菌体的宿主菌种群较单一。     

东海陆架典型断面颗粒态氨基酸的分布及控制因素分析

采用高效液相色谱法,通过现场调查对东海典型PN断面(文中为C断面)的颗粒态氨基酸(Particulate Amino Acids,PAA)进行了分析,并结合叶绿素a(Chla)、颗粒有机碳(POC)、颗粒有机氮(PON)及颗粒态氨基酸的构型特征(D和L型)等参数探讨了该区颗粒有机氮的来源和降解情况。结果表明,在长江口最大浑浊带,受咸淡水混合和生物现场生产双重作用影响,POC、PON以及PAA的总浓度均达到了极大值,其中,受再悬浮作用影响,底层水体中的有机物呈现高度降解的状态;近岸水华区域的颗粒态氨基酸则更多来源于现场生产,而且POC/Chla质量比值与降解因子DI值的负相关特征表明冲淡水向海洋输送的过程中,现场生产力对颗粒有机碳的贡献比重逐渐增大,悬浮颗粒物也变得越来越新鲜。值得关注的是,一些D型氨基酸[如D型天冬氨酸(D-Asp),D型丙氨酸(D-Ala)]与细菌生物量之间存在良好的正相关性,暗示颗粒态氨基酸在受到物理水团和生物现场生产作用控制的同时,还受控于微微型浮游生物以及异养细菌。     

海洋浮游桡足类摄食纤毛虫的研究

20世纪60年代起,人们发现了许多有关桡足类摄食纤毛虫的直接或间接的证据。20世纪70年代,有人在实验室内培养纤毛虫并开展桡足类对其清滤率的研究,结果表明桡足类对纤毛虫的清滤率为0.1—58.1mL/(ind.·h)。桡足类对纤毛虫的摄食方式有多种,包括伏击摄食和通过游泳过滤海水中的纤毛虫等。有的纤毛虫有逃避摄食的行为。20世纪80年代末,自然状况下桡足类群体对自然饵料中纤毛虫的摄食得到了研究,结果表明桡足类对纤毛虫的清滤率多数情况下低于40mL/(ind.·h)。实验室内和自然海区的研究都表明,与浮游植物相比,桡足类倾向于选择摄食纤毛虫。根据现场测定的清滤率和桡足类丰度估计自然海区桡足类对纤毛虫的摄食压力的大部分研究结果表明,桡足类群体对纤毛虫生物量的摄食压力大约为每天5%。这些自然海区的研究多集中在近岸区域,需要加强对大洋浮游桡足类摄食纤毛虫的研究。     

热带西太平洋浮游纤毛虫的垂直分布

于2014年12月至2015年1月在热带西太平洋沿台湾南部到雅浦海山一个断面和雅浦海山海区研究了浮游纤毛虫丰度和生物量的垂直分布。浮游纤毛虫丰度变化范围为0—635ind./L,生物量范围为0—1.53μg C/L,丰度和生物量高值分布于200m以浅,其中,砂壳纤毛虫丰度为0—45ind./L,占总纤毛虫丰度的比例在0—14.62%之间。浮游纤毛虫丰度垂直分布均呈现"双峰型"模式:在表层和叶绿素极大值层(DCM)出现高值。共鉴定出砂壳纤毛虫33属76种。雅浦海山海区优势种为纤弱细瓮虫、卢氏真铃虫、管状真铃虫、膨大波膜虫,西太平洋海区优势种为纤弱细瓮虫、海勒斯真铃虫、酒杯类管虫、尖锐号角虫。有些种类分布在100m以浅,有的种类分布在100m以深,说明砂壳纤毛虫在100m水深左右种类发生变化。