笛鲷鱼类的线粒体DNA控制区结构及其系统发育分析

采用PCR扩增直接测序的方法获得了11种笛鲷鱼类的线粒体DNA控制区全序列。结合从GenBank中下载的6种笛鲷鱼类的相应序列进行结构分析,可以将笛鲷鱼类的控制区分为终止序列区、中央保守区和保守序列区三个区域,找到了终止相关的序列ETAS以及一系列保守序列(CSB-F,CSB-E,CSB-D和CSB-1,CSB-2,CSB-3),并给出了它们的一般形式。以黄谐鱼为外群,采用NJ法和ME法构建笛鲷鱼类的分子系统树。分子系统发育分析表明,线粒体DNA控制区序列适合于笛鲷鱼类的系统发育分析,而且支持Allen关于笛鲷属的系统形态分类学观点。     

中国南海绿海龟(Chelonia mydas)线粒体DNA序列分析

测定了南海海域绿海龟(Chelonia mydas)线粒体DNA的细胞色素b(Cyt b,EU918367、EU918368)和控制区(D-loop,EU918363、EU918364、EU918365、EU918366)的全序列以及细胞色素氧化酶Ⅰ(COⅠ,EU600157、EU600158)5’端DNA标签序列。Cyt b基因全序列和COⅠ标签序列(DNA barcode)与GenBank中的相应序列比对,确认样本均为绿海龟。D-loop区序列聚类分析显示中国南海绿海龟分别与中东太平洋、西南太平洋和印度洋的绿海龟存在较近的亲缘关系。     

雌、雄弓背青鳉(Oryzias curvinotus)肝脏转录组比较分析

为发掘弓背青鳉(Oryzias curvinotus)肝脏功能基因、开发环境检测标记基因,本研究采用RNA-Seq技术分别测定了性成熟雌、雄弓背青鳉肝脏转录组,并获得80095044和87043984条clean reads,合并拼接出49912个unigenes(N50=2394bp)。基因表达差异分析显示在雌、雄弓背青鳉肝脏组织中存在571个差异基因(DEGs),其中364个在雄鱼中高表达,207个在雌鱼中高表达。GO和KEGG分析表明差异基因主要参与激素合成、免疫反应、氧化还原反应及卵黄发生等生物学过程。进一步,在转录组中筛选到了多个环境雌激素相关标记基因(vtgs,chgs,er,cyp450等),且这些基因在雌鱼肝脏中的表达水平显著高于雄鱼。研究结果丰富了弓背青鳉的基因资源,为研究基因功能提供了数据,也有助于进一步研究鱼类肝脏在不同性别之间的功能。     

军曹鱼群体遗传结构的AFLP分析

筛选出10对扩增片段长度多态分析技术(Amplified fragment length polymorphism,AFLP)的选择性扩增引物(E-aga/M-cgt、E-aga/M-cga、E-agc/M-cga、E-agg/M-cga、E-act/M-cgc、E-aag/M-cgc、E-aca/M-cga、E-aac/M-cgc、E-aac/M-cac和E-aac/M-cat),分析了4个军曹鱼(Rachycentron canadum)全人工繁育群体海南1(HN1)、海南2(HN2)、湛江(ZJ)和流沙湾(LS)的遗传结构。结果表明:总体多态位点比例(83.9%)、分化指数(0.427 8)和Shannon信息指数(0.614 9)均处于较高水平,遗传多样性丰富;主坐标分析和邻位连接树中LS-HN2支与ZJ-HN1支明显分离,各群体内多样性水平存在差异(遗传多样性大小依次为HN1、HN2、LS、ZJ),但总体基因流仍然较大(Nm=10.327),分子方差分析(AMOVA)获得的群内方差(53%)也略大于群间(47%)。     

中国鳍虾虎鱼属(鲈形目:虾虎鱼科)一新纪录种

【目的】描述分布在广东省雷州半岛鳍虾虎鱼属的一中国新纪录种湖栖鳍虾虎鱼(Gobiopterus lacustris)。【方法】用体视显微镜对样品进行拍照,用cell Sens Standard软件测量样本各形态学测量指标;依据线粒体Cytb基因以邻接法构建鳍虾虎鱼属系统发育树。【结果】该虾虎鱼半透明、无色或淡黄色等体色特征与大鳞鳍虾虎鱼(G.macrolepis)最为相似,与后者明显区别的特征为:从第2背鳍和臀鳍起点处的鳞片向前凸出,呈""状(vs.第1排纵列鳞排列整齐,呈"\");雄鱼上颌具犬齿9对,下颌后半部有小犬齿8对(vs.雄鱼上颌具犬齿11对,下颌后半部有小犬齿9对);纵列鳞19~21(vs.17~19),横列鳞5(vs.5~6);胸鳍条13(vs.14),尾鳍主鳍条13(vs.14);鳍上有斑点(vs各鳍均无斑纹)。鳍虾虎鱼属4个物种间的系统发育树表明,新纪录种与湄公河鳍虾虎鱼(G.chuno)亲缘关系最近,与半饰鳍虾虎鱼(G.semivestita)亲缘关系最远。【结论】雷州半岛分布的鳍虾虎鱼的形态参数及Cytb分子结果均显示其为中国新纪录种。     

多鳞鱚不同组织荧光定量PCR内参基因筛选

【目的】筛选多鳞鱚(Sillago sihama)雌雄不同组织中稳定表达的内参基因。【方法】应用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)技术定量分析多鳞鱚snrpd1、rps27、rpl7a、rpl7、cnpb、rps4、rps20、ef1a、ube2、rplp2等10个候选内参基因m RNA在雌、雄个体脑、鳃、性腺、心、肠、肾、肝、肌肉、皮肤、脾、胃等22个组织中的表达水平,通过BestKeeper、NormFinder、GeNorm工具测评10个内参基因表达的稳定性。【结果】10个候选内参基因均可获得特异性的扩增产物和理想的扩增效率,其中Bestkeeper软件计算候选内参基因稳定性由高到低的顺序为:snrpd1=rps27 rpl7a rpl7cnpb=rps4 rps20 ef1a ube2 rplp2;Norm Finder软件分析结果为:rpl7rpl7a rps27 rps4 cnpb ef1a rps20 ube2 rplp2 snrpd1;Ge Norm软件分析结果为:rpl7/rpl7a rps4ef1a rps27 rps20 cnpb ube2 rplp2 snprd1。【结论】rpl7、rpl7a、rps27基因的表达稳定性较高,建议选择rpl7和rpl7a共同作为多鳞鱚q RT-PCR研究的内参基因。     

红鳍笛鲷仔稚幼鱼形态与色素细胞发育

【目的】揭示红鳍笛鲷(Lutjanus erythropterus)早期形态特征及色素细胞发育特点。【方法】利用生物显微镜和正置荧光显微镜对0～29日龄的仔稚幼鱼进行连续观察,记录其形态学特征和色素发育的变化情况,分析全长、体长、头长和体高数据。【结果与结论】根据卵黄囊的消失、鳞片出现以及是否全身披鳞片可将红鳍笛鲷胚后发育划分为仔鱼期(0～21 d)、稚鱼期(22～28 d)和幼鱼期3个阶段,而仔鱼期又可细分为早期仔鱼(0～2 d)和后期仔鱼(3～21 d)2个阶段。初孵仔鱼只有黑色素细胞,无游泳能力且生长较慢。鳍条的发育以胸鳍最快,其次是尾鳍、背鳍、臀鳍和腹鳍。初孵仔鱼黑色素细胞形如星点状,在腹部呈近直线排列;2日龄仔鱼开口,随着食性转换仔鱼头部上方出现黄色素细胞;16日龄仔鱼鳃盖出现虹彩色素细胞,呈银白色和紫红色;红色素细胞出现时间最晚,在26日龄稚鱼背鳍及尾鳍鳍膜上首次出现。红鳍笛鲷胚后发育的形态学特征变化及色素细胞发育时序符合硬骨鱼类发育模式。     

饵料对大海马幼鱼生长与存活影响

在实验室条件下,对初孵及培养一段时间的大海马幼鱼分别投喂不同的饵料,以观察不同饵料对幼鱼的生长与存活影响。刚孵出的大海马幼鱼[体长平均0.85±0.03(cm)]开口摄食时分别投喂卤虫幼体(A)、轮虫(B)、桡足类幼体(C)及桡足类幼体+蒙古裸腹蚤幼体(D),经20d培育,实验结果显示:投喂(B)、(C)和(D)3组饵料的幼鱼其体长、存活率方面差别不大,而投喂卤虫幼体(A)的幼鱼其体长最小、存活率最低,只有(2.53±0.07)cm和(67.0±5.0)%,多重分析比较还未达到显著性差异水平(P0.05)。20日龄的大海马幼鱼[平均体长(2.72±0.04)cm]分为E、F、G 3组,分别投喂凡纳滨对虾糠虾(仔虾)、冷冻糠虾、卤虫成体作为饵料。经60d培育后,结果表明,其中投喂凡纳滨对虾糠虾(仔虾)作饵料的这组效果最好,幼鱼的体长、存活率分别为(7.29±0.07)cm和(88.5±5.6)%,卤虫成体培育效果最差,体长、存活率只有(6.99±0.12)cm和(71.5±5.1)%。幼鱼体长3.0~5.5cm时,其体长日增长率达到最大,之后随着体长的增加,体长日增长率也随之下降,多重分析比较显示,差异水平显著(P0.05)。     

南海常见硬骨鱼类COⅠ条码序列

运用一对特异性引物扩增并测定了南海硬骨鱼类40个物种89个样本的线粒体DNA的细胞色素c氧化酶Ⅰ(COⅠ)约660bp的部分序列,即COⅠ条码序列。综合比较了《中国鱼类系统检索》、《海洋鱼类志》、FishBase鱼类形态学分类库、ITIS综合分类学信息系统和生物条码系统(The Barcode of Life Data System,BOLD)的相应形态学与DNA序列资料,在揭示完善我国鱼类检索系统必要性基础上,探讨了COⅠ条码序列在硬骨鱼类辅助物种鉴别和适用性,并对运用该条码序列库完善我国鱼类检索系统的可能途径进行了初步摸索。结果表明,COⅠ条码序列获取便捷,广泛适用硬骨鱼类物种鉴别,并可用于低级分类阶元的系统进化分析。本研究结果可为分子生物学辅助分类、市场监督、资源有序利用和保护提供参考。     

一种快速鉴定弓背青鳉遗传性别的方法

【目的】研究快速鉴定弓背青鳉遗传性别的方法。【方法】以中国南海沿岸弓背青鳉群体为对象提取基因组DNA,根据基因组数据设计性别特异引物Ocsex-F/Ocsex-R,通过PCR方法对弓背青鳉遗传性别进行鉴定。【结果】引物Ocsex-F/Ocsex-R在雄性DNA中扩增获得959 bp和656 bp的两个DNA条带,在雌鱼中仅可扩增出959 bp的单一条带,PCR产物经电泳可清晰分辨;对汕头、湛江、钦州、文昌等南海沿岸的地理群体扩增结果一致。【结论】Ocsex-F/Ocsex-R引物可对弓背青鳉进行遗传性别鉴定,在南海沿岸不同群体中具有稳定性和通用性,可广泛用于弓背青鳉遗传性别鉴定。