中国近海区域古菌群落结构研究概述

古菌作为海洋微生物的重要组成部分,是海洋生态系统中物质与能量传递的重要贡献者,在全球生物地球化学循环中扮演着不可或缺的角色。虽然目前绝大多数的古菌尚未获得纯培养,但近年来分子生物学技术的发展使人们认识到古菌参与甚至主导了海洋生源要素循环的关键过程。本文介绍了目前研究海洋古菌多样性的主要手段,包括:荧光定量PCR、16S rRNA基因扩增子高通量测序、宏组学以及单细胞测序等技术,系统地阐述了中国近海不同区域(包括辽河口、黄河口、渤海、南北黄海、长江口、东海北部、珠江口以及南海区域)海水及沉积物中的古菌群落结构和多样性特征。研究表明我国近海地区的主要古菌类群为广古菌门(Euryarchaeota)、奇古菌门(Thaumarchaeota)、乌斯古菌门(Woesearchaeota)和深古菌门(Bathyarchaeota)等,其生物地理学分布主要受到环境因子和距离因素的影响,且在河口和近海海域呈现出完全不同的分布特点。在此基础上,对未来的研究方向进行展望,为全面深入了解我国边缘海生态系统中古菌群落及其参与的生物地球化学循环奠定了基础。     

青岛近海样品中聚丙烯微塑料降解微生物的富集培养及活性研究

本文以PP为唯一碳源对青岛近海海水和沉积物样品中的微生物进行实验室富集培养,对不同富集时间的富集水样及微塑料附着细菌的群落结构进行分析并对富集40 d的PP附着细菌进行分离、鉴定及PP降解活性检测.通过16S rRNA基因高通量测序及分析,发现PP附着细菌出现明显的群落演替,群落多样性随富集时间的延长而增大.PP附着细...     

高分辨率层序地层学在濮城油田西区沙二上亚段2+3砂组末端扇沉积体系中的应用

为提高研究区储层描述和剩余油预测的精度,综合运用高分辨率层序地层学理论方法与技术,以岩芯、测井资料为基础,对濮城油田西区沙二上亚段2+3砂组进行了高分辨率精细层序划分,运用基准面旋回原理,将沙二上亚段2+3砂组划分为一个中期旋回,作为等时地层格架,并且进一步进行了短期旋回的识别,作为等时地层对比单元。最终将沙二上亚段2砂组分为7个小层,3砂组分为9个小层,并在全区建立了高分辨率层序地层格架。通过单井岩芯观察和描述,对研究区内各砂组砂体和沉积微相进行了详细研究,最终建立了濮城油田西区沙二上亚段2+3砂组的沉积模式,认为该地区为具有恒定物源供给的细粒末端扇沉积体系,而非前人所认为的辫状三角洲沉积。研究区亚相类型主要为末端扇中部亚相,中部亚相又分为分流河道、泥滩、近水道漫溢和远水道漫溢4个微相。     

海洋微生物技术

海洋生物技术学（ＭａｒｉｎｅＢｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ,或称海洋生物工程学）兴起于本世纪８０年代。海洋微生物技术是海洋生物技术学的一个组成部分。文中就抗生素、抗心血管化合物、抗病毒及抗肿瘤化合物、海洋生物毒素及酶等海洋生物活性物质,生物粘膜和生物污着,海洋污染的生物治理及水产养殖动物病害诊断与防治等海洋微生物技术的最新进展作了比较全面的综述。     

海洋细菌素的研究进展

在自然环境中,有些微生物通过抑制或杀死另一种微生物的拮抗作用来获得竞争优势。有的细菌产生细菌素,可杀死与其亲缘关系相近种。细菌素通常是指由细菌分泌的、对同种或其他亲缘关系很近的细菌有抑制作用的一种蛋白类抑菌物质。细菌素的蛋白质性质以及多种明显区别于抗生素的优点,使其具有广阔的应用空间。     

南黄海盆地中部隆起上古生界沉积环境探讨

CSDP-2井是大陆架科学钻探计划（CSDP）在南黄海盆地中部隆起实施的第一口连续取芯井,完井深度2 843.18 m,平均取芯率高达97.7%。综合利用该井岩芯、测井、岩石薄片及古生物化石资料,准确识别出南黄海盆地中部隆起上古生界的岩石类型、沉积构造、岩性组合序列等特征,进而探讨研究区沉积环境及其垂向演化规律。研究结果显示:CSDP-2井所钻遇的二叠系、石炭系、泥盆系地层既包含碎屑岩也包含碳酸盐岩,发育了三角洲相、滨岸相、潮坪相、碳酸盐岩台地相、浅海陆棚相等多种沉积相类型;南黄海盆地晚古生代先后经历了两个完整的海侵-海退旋回,自下而上发育碎屑岩浅海-潮坪沉积体系、碳酸盐岩潮坪-潟湖-颗粒滩沉积体系和碎屑岩三角洲沉积体系,反映了研究区由海相向海陆过渡相逐渐演化的沉积充填过程。     

鳗弧菌膜绑定溶胞壁质转糖酶MltD的表达纯化及生物信息学分析

本研究将新发现的鳗弧菌毒力相关基因mltD(膜绑定溶胞壁质转糖酶基因)克隆于表达载体pET-32a(+),在大肠杆菌BL21(DE3)中诱导表达,并以镍琼脂糖亲和层析柱纯化表达的融合蛋白;经SDS-PAGE分析,纯化的融合蛋白为单一条带,分子量约为70.2 kDa,与理论预测值相符。生物信息学分析表明,鳗弧菌MltD由523个氨基酸组成,与其他弧菌的MltD氨基酸序列有较高的相似性;二级结构以α螺旋和无规则卷曲为主;功能区包括N端的信号肽区域、1个糖基转移酶结构域和C端的3个溶解酶结构域;蛋白的N端具有一段脂蛋白信号肽,信号肽外的其他部分为非细胞质蛋白。鳗弧菌MltD蛋白为亲水性;不稳定系数为27.40,属于稳定性蛋白;整个蛋白分子共有24个可能的抗原决定簇,具有较强的抗原性。推断MltD蛋白为1种外周膜脂蛋白,在弧菌中相对保守,抗原性强,可应用于抗弧菌病疫苗的开发研制。     

哈维氏弧菌VIB645毒性相关质粒的结构解析

哈维氏弧菌(Vibrio harveyi)是水产养殖动物的常见致病菌。前期研究发现,哈维氏弧菌致病性最强的菌株VIB645含有2个核苷酸序列非常相似的溶血素基因—vhhA和vhhB,分别位于染色体DNA和1个大小约为65.6 kb的质粒上(命名为pVH1)。本研究用碱裂解法提取该菌株的毒性相关质粒pVH1,利用多种限制性内切酶进行酶切,构建随机DNA文库并测序。合计测序97.63 kb,覆盖度为148.3%,鉴定出125个ORF(开放阅读框,>150 bp)。这些预测的ORF,根据其功能主要分为以下几类:(1)毒力相关基因,包括RTX毒素钙离子结合蛋白、转铁蛋白结合蛋白A前体、外膜粘附蛋白;(2)结合转运相关基因,包括TraC、-D-、F-、G-、H-、I-、K-、N-、U-、W、TrbB-、C;(3)转座相关基因;(4)其他功能基因,如甲基转移酶,DNA结合蛋白,DNA复制蛋白DnaC等;(5)未知基因。本研究结果对揭示哈维氏弧菌的致病机理具有重要意义。     

海洋放线菌不同分离方法的比较研究

采用平板涂布法,以青岛海区潮间带沉积物为对象进行海洋放线菌的分离方法研究.具体分析了不同样品预处理方式、稀释液、海水浓度和培养基种类等对分离效果的影响.结果表明,55℃预处理样品6 min能有效减少细菌数量,利于潮间带沉积物中放线菌的分离;以1/4林格氏溶液稀释样品、纯海水配置培养基,可以分离得到较多的放线菌;不同培养基对沉积物中放线菌的分离效果差别很大,本实验设置的M1 ～ M9培养基中,M1、M6、M7和M8培养基的分离效果优于其他5种.     

黄河下游漫滩洪水冲淤规律

滩地的淤积层分布记录着以往漫滩洪水的特征,即反映漫滩洪水的量级、频率和持续时间等,同时河漫滩也是预估河流泥沙、洪水灾害防治和湿地生态系统保护等的重要组成部分。根据黄河下游水文年鉴资料,分析滩地的淤积与漫滩洪水的定量关系,为未来河流泥沙预估提供依据。经分析得到大漫滩洪水在来沙系数S/Q<0.030 kg·s/m6时,主槽冲刷而滩地淤积,反之则滩槽同淤。当S/Q<0.030 kg·s/m6时,大漫滩洪水滩地的淤积量主要与漫滩系数Q_max/Q_p、上滩水量W₀和含沙量S有关;大漫滩洪水的主槽冲刷量则除了与洪水期水量W和沙量W_s有关外,还与滩地的淤积量有关。一般漫滩洪水,当来沙系数S/Q<0.023 kg·s/m6时,主槽冲刷而滩地淤积,反之则滩槽同淤。一般漫滩洪水主槽冲刷量与来沙系数S/Q和洪水期水量W有关,而滩地淤积量仅与含沙量S有关。黄河下游漫滩洪水滩地的淤积和主槽的冲刷主要发生在孙口以上河段,而孙口以下河段主槽冲刷和滩地淤积量均较少。