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海洋生物DNA条形码研究现状与展望 总被引:5,自引:1,他引:4
海洋生物种类多样,分布广泛,具有复杂性、多样性和趋同性等特点,为了对物种进行更快速、准确地鉴定,急需在传统形态分类学基础上,建立并结合便捷准确的分子鉴定手段。DNA条形码提供了可信息化的分类标准和有效的分类学手段,已成为近年来分类学与生物多样性研究中重要的技术依托。本文概述了DNA条形码当前的发展现状与趋势,并介绍了DNA条形码技术在主要海洋浮游植物(红藻、褐藻、绿藻、硅藻、甲藻)、无脊椎动物(海绵动物、刺胞动物、甲壳动物和软体动物等)和鱼类中的研究进展,以及不同条形码基因针对于不同生物类群的有效性和适用性,指出了目前条形码技术在各海洋类群中存在的主要问题,并对未来的相关工作做了展望,希望为今后我国的海洋生物DNA条形码研究提供理论基础。 相似文献
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基于线粒体控制区序列和SLAF-seq,对重要药源生物多室草苔虫的群体遗传分化水平开展了研究。控制区序列中检测到8个单倍型,单倍型多样性(h)和核苷酸多样性(π)分别为0.130 7和0.000 7,单倍型网络图和NJ系统进化树的结构都较简单,无明显拓扑结构。中性检验和核苷酸不配对分析结果均表明多室草苔虫未经历过大规模群体扩张。Fst和AMOVA分析显示遗传变异主要来自于群体内。SLAF建库共开发得到214 409个SLAF标签,其中多态性SLAF标签23 437个,共开发出99 432个SNP位点。群体间的遗传距离较小,且低于群体内的遗传距离。基于SNP所做的系统发育树和群体遗传结构分析表明,各群体之间没有显著的遗传结构。综上所述,我国沿海多室草苔虫的遗传多样性水平较低,不同地理群体之间不存在显著的遗传结构。多室草苔虫较强的扩散能力是造成上述结果的主要原因。另外,本研究还验证和讨论了SLAF-seq应用在海洋生物群体遗传分化研究中的可行性和优势。 相似文献
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两种新贝尼登虫28S rRNA序列分析及其亲缘关系探讨 总被引:5,自引:3,他引:2
采用一对特定引物对形态相近的单殖吸虫纪新贝尼登虫和梅氏新贝尼登虫的基因组DNA进行PCR扩增,获得其28SrRNA的350bp左右的特异片段.测序后经软件分析发现两者同源的337bp序列仅存在一个碱基的差异,遗传相似度达99.70%,甚至高于不同海区不同宿主梅氏新贝尼登虫间99.41%的相似度,与贝尼登虫属3个虫种的同源序列间的遗传差异度为2.08%~11.73%.通过UPGMA和MP聚类分析也可看出,纪新贝尼登虫和梅氏新贝尼登虫的遗传相似性是极为相近的.虽然两种新贝尼登虫的形态特征和遗传多样性极为相似,但它们是否同属于一个种还不能确定,需要经进一步的形态系统比较和更多的基因分析才能得出客观的、公认的结果. 相似文献
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赤点石斑鱼(Epinephelus akaara)MHC ⅡB基因的克隆与表达多态性分析 总被引:1,自引:0,他引:1
主要组织相容性复合体(Major histocompatibility complex,MHC)是脊椎动物体内重要的非特异性免疫基因之一。为了研究赤点石斑鱼的MHC基因的结构与表达特性,本研究运用RACE,Realtime PCR及SSCP等技术,首次成功克隆获得赤点石斑鱼(Epinephelus akaara)非特异性免疫因子MHC ⅡB基因的4个cDNA全序列,序列全长为1 195~1 355 bp,含有3'UTR、启动子、多肽结合区(β1)I、GC区(β2)、跨膜区、胞质区和5'UTR区,编码区大小为750 bp。氨基酸序列分析发现赤点石斑鱼MHC ⅡB分子具有经典MHC蛋白分子的空间结构,在多肽结合区存在极其丰富的变异,β1区由1个α螺旋与4个反向平行的β折叠构成多肽结合区,β2区由多个β折叠构成2个反向平行的三明治结构。利用SSCP技术研究了赤点石斑鱼MHC ⅡB的表达多态性,发现其在头肾、心、肝等12个组织器官中均能有效表达,表达多态性也异常丰富。此外,根据MHCIIB分子中相对保守的IGC区氨基酸序列构建了脊椎动物的系统进化树,也表明了该分子的IGC区氨基酸序列可以作为研究鱼类物种间进化关系的良好标记。 相似文献
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斜带髭鲷野生与养殖群体遗传结构的ISSR分析 总被引:11,自引:0,他引:11
采用ISSR分子标记技术,对斜带髭鲷3个群体(柘林湾人工繁育群体、厦门湾人工繁育群体和厦门近海捕捞野生群体)的遗传多样性水平和群体遗传结构进行了研究.筛选出17个ISSR引物对3个群体共54个样品进行扩增,共得到145个清晰的扩增位点,其中多态性位点80个,多态位点百分率为55.17%.Popgene分析结果表明:厦门野生群体的遗传多样性水平最高(PPB=51.72%,h=0.182 6,I=0.271 9),略高于其他2个人工繁育群体的遗传多样性水平.群体间的Nei's遗传分化系数和基因流分别为:0.087 6和5.209 8.表明斜带髭鲷3个群体的遗传分化尚未达到种群的分化水平.本文通过对斜带髭鲷野生群体及人工繁育群体遗传结构和遗传多样性水平的研究,为其种质资源的科学管理提供理论依据. 相似文献
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哈维氏弧菌是水产病害中常见的致病菌.参照基因库上登录的弧菌鞭毛丝蛋白FlaA基因序列设计简并引物,PCR扩增哈维氏弧菌TS-628株的FlaA全基因,并克隆到pMD 18-T载体中测序,经序列分析该基因全长1 140 bp,编码379个氨基酸.与基因库中其他弧菌的同源基因序列比较显示,哈氏弧菌FlaA基因与霍乱弧菌FlaA基因的同源性最高(79.5%),该基因编码的多肽缺乏半胱氨酸,并在N-,C-两端的氨基酸序列较为保守,中间区域的变异较大.对该蛋白的氨基酸组成及空间结构进行了分析和预测,并推测该蛋白质的平均分子量为40.6 kDa.在该基因末端加上一段编码Flag短肽的核苷酸序列后克隆到真核表达载体pcDNA3.1(+),获得带哈氏弧菌鞭毛丝蛋白FlaA基因的真核表达重组质粒pcDNA-FlaA-tag,为其DNA疫苗的进一步研究奠定了基础. 相似文献
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舟山近海棘头梅童鱼群体遗传多样性微卫星DNA分析 总被引:5,自引:0,他引:5
应用6对可在棘头梅童鱼(Collichthy lucidels)中扩增的大黄鱼(Pseudosciaena Crocea)微卫星引物对浙江舟山近海的棘头梅童鱼群体进行PCR扩增,变性聚丙烯酰胺凝胶电泳分析扩增产物.6对引物在群体中共扩增出46个等位基因,平均每个位点得到5.308 0个有效等位基因,各位点的PIC值为0.412 6~0.893 5(平均值0.670 8),PC1C4和PC8F5为中度多态性位点,PC4H12、PC5E11、PC10F10及PC10G6为高度多态性位点,这些位点可以做为棘头梅童鱼群体遗传学研究的有效的分子遗传标记.6个位点的连锁分析显示,各位点间不存在明显的连锁关系.各位点在群体中的观测杂合度(Ho)为0.454 5~0.916 7(平均值0.659 1),期望杂合度(He)为0.468 0~0.901 9(平均值0.699 7),与其他海水鱼类比较,浙江近海的棘头梅童鱼群体遗传多样性偏低.对各位点进行Hardy-Weinberg平衡检测表明,PC4H12、PC10F10及PC10G6位点的等位基因频率偏离了平衡,综合现有的资源调查资料,遗传多样性的降低与近年来棘头梅童鱼资源的下降有关. 相似文献
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测定和分析了广东、福建、海南3个不同地理群体共71尾条纹斑竹鲨Chiloscyllium plagiosum的线粒体细胞色素b(mtDNA cyt b)全序列.结果表明,条纹斑竹鲨cyt b基因全长1146bp,具15个单倍型.较低的核苷酸多样性(π=0.00254)及单倍型多样性(h = 0.7195)提示条纹斑竹鲨线粒体DNA的进化速率较慢.各群体内的Tajima's D检验的结果均不显著(P>0.10),表明各群体进化过程中未出现扩张和持续增长,群体大小维持稳定.NJ树和单倍型网络图结果表明较早出现的是广东群体,福建群体较晚出现.通过计算其遗传距离值、估算其基因流(Nm) 及进行AMOVA 分析,均显示福建群体与海南和广东群体的分化最远,而海南及广东群体间分化不明显.研究表明距离隔离是条纹斑竹鲨福建、广东和海南群体遗传分化的重要因素. 相似文献