Salinivibrio sp.YH4胞外丝氨酸蛋白酶EYHS耐盐性及生物信息学分析

摘要：目的 探讨菌株Salinivibrio sp.YH4分泌的丝氨酸蛋白酶EYHS的耐盐性及结构特征。方法 明胶底物酶谱法分析EYHS的耐盐性。应用生物信息学手段对EYHS及6种耐盐的S8家族丝氨酸蛋白酶结构特征进行分析。结果 EYHS在4 mol/L的NaCl溶液中仍具有活性,属于耐盐蛋白酶。EYHS及6种S8家族丝氨酸蛋白酶分子表面的loop区等无规则卷曲所占比例较高,α-螺旋与β-片层则主要位于酶分子内部。EYHS分子表面酸性氨基酸含量较高,且具有弱疏水内核。多序列比对发现蛋白酶的催化三联体两侧存在高度保守的基序和保守的极性氨基酸及芳香族氨基酸,并存在多个保守的Gly与Ala。同源模建和表面电荷分布显示,α螺旋和β片层围成了蛋白酶的催化腔,EYHS活性中心包含由Asp32、His65与Ser215组成的催化三联体,且催化位点区域表面静电势为负。结论 上述结构特征可能有助于耐盐丝氨酸蛋白酶EYHS在高盐环境下维持其稳定性和适度柔性,并有助于其催化功能的发挥,为深入研究耐盐丝氨酸蛋白酶的高盐环境适应性提供了一定的理论依据。     

雅安市雨城区壶穴形态特征

以雅安市雨城区的严桥河和周公河流域的河床壶穴为研究对象,对128处壶穴形态规模与几何参数进行详细测量。运用定量统计方法分析壶穴的分布规模和形态特征。结果表明:周公河流域壶穴大多分布在岸边大石块上,严桥河流域壶穴主要分布于河床的岩坎上;两地壶穴平均分布密度为0.43个/m2,相对其他区域较小,且壶穴的长短轴和平均口径与深度都有相对明显的规律。在平面形态上,壶穴形态多样,周公河以近圆型壶穴最多,占52.5%,严桥河以椭圆型壶穴最多,占63.6%。在垂直剖面形态上,周公河处壶穴90%属于U型,其余为V型;严桥河处壶穴V型和U型分别占52.3%和44.3%,还有3.4%属倒Ω型;两地壶穴都以浅型为主。     

Contribution of trimethylamine N-oxide on the growth and pressure tolerance of deep-sea bacteria

Trimethylamine N-oxide(TMAO) is widely dispersed in marine environments and plays an important role in the biogeochemical cycle of nitrogen. Diverse marine bacteria utilize TMAO as carbon and nitrogen sources or as electron acceptor in anaerobic respiration. Alteration of respiratory component according to the pressure is a common trait of deep-sea bacteria. Deep-sea bacteria from dif ferent genera harbor high hydrostatic pressure(HHP) inducible TMAO reductases that are assumed to be constitutively expressed in the deep-sea piezosphere and facilitating quick reaction to TMAO released from ?sh which is a potential nutrient for bacterial growth. However, whether deep-sea bacteria universally employ this strategy remains unknown. In this study, 237 bacterial strains affliated to 23 genera of Proteobacteria,Bacteroidetes, Firmicutes and Actinobacteria were isolated from seawater, sediment or amphipods collected at dif ferent depths. The pressure tolerance and the utilization of TMAO were examined in 74 strains. The results demonstrated no apparent correlation between the depth where the bacteria inhabit and their pressure tolerance, regarding to our samples. Several deep-sea strains from the genera of Alteromonas, Halomonas,Marinobacter, Photobacterium, and Vibrio showed capacity of TMAO utilization, but none of the isolated Acinebacter, Bacillus, Brevundimonas, Muricauda, Novosphingobium, Rheinheimera, Sphingobium and Stenotrophomonas did, indicating the utilization of TMAO is a species-speci?c feature. Furthermore, we noticed that the ability of TMAO utilization varied among strains of the same species. TMAO has greater impact on the growth of deep-sea isolates of Vibrio neocaledonicus than shallow-water isolates. Taken together, the results describe for the ?rst time the TMAO utilization in deep-sea bacterial strains, and expand our understanding of the physiological characteristic of marine bacteria.     

褐菖鲉仔、稚鱼消化系统发育的组织学观察

为探究卵胎生鱼类褐菖鲉(Sebastiscus marmoratus)的仔、稚鱼消化系统组织学特点, 采用常规组织切片技术, 并用HE染色和组织化学染色, 比较分析了产出后0~50d的褐菖鲉仔、稚鱼消化系统发育的组织学变化。结果显示: 褐菖鲉初产仔鱼已分化出口咽腔, 并具有初始的食道、胃、肠、肝脏和胰脏; 2日仔鱼肛门与外界相通, 食道扩大, 开始摄食, 进入混合性营养期; 3~4日仔鱼幽门盲囊出现, 食道内壁出现黏膜皱褶5~6个, 胃黏膜皱褶5个, 肝细胞团区域扩大; 5~6日仔鱼卵黄囊和油球耗尽, 进入外源性营养期, 食道黏膜上皮出现杯状细胞, 肠道弯曲, 可区分前中肠和后肠两部分; 10~14日仔鱼食道环肌层明显, 黏膜皱褶增加到7~12个, 胃壁四层结构基本形成, 肠道黏膜皱褶加深, 纹状缘清晰可见, 肝细胞分裂迅速, 数量显著增加, 体积增大, 出现肝血窦和胰岛; 28~30日稚鱼出现胃腺和胃小凹, 已具功能性胃, 标志着稚鱼期的开始, 此时胰岛细胞数量和酶原颗粒增多, 消化能力显著提高; 47~50日稚鱼已基本具有成鱼胃的特征, 肠道纹状缘发达, 肝细胞呈多边形, 细胞内含大量脂肪颗粒, 消化系统从结构和功能上已趋于完善。由此可见, 褐菖鲉仔鱼和稚鱼消化系统的发育具有卵胎生鱼类发育较早的特点, 与其消化功能的完善密切相关。     

寒武系乌训组滑塌建造的物源及其意义

沉积岩中普遍发育滑塌滑移建造。贵州天柱大河边地区寒武系第二统乌训组即普遍发育滑塌滑移建造,通过地质调查分析,可见滑塌滑移角砾岩建造、瘤状灰岩建造、散布于炭质粘土岩中的“钙质结核”和灰岩中的泥岩脉,以及一系列滑移褶皱褶曲等软沉积物变形构造等类型。根据滑塌滑移角砾岩建造中的鲕粒灰岩角砾和乌训组沉积建造处于大陆斜坡环境的古地理背景分析,滑塌滑移角砾岩建造中的鲕粒灰岩角砾应来源于乌训组北西侧处于台地边缘相的清虚洞组,结合灰岩中的泥岩脉即典型震积泥岩脉现象,综合认为,乌训组普遍发育的各种类型滑塌滑移角砾岩建造和其它变形建造,系地震营力及其导致的滑塌滑移事件作用的结果。     

船载海水温度观测研究

通过研究国家相关海洋观测标准对海水温度观测的规约,结合当前船载水温观测的现状,提出了基于总线的船载磁吸附温度链式观测方法,并对其在结构设计、理论模型、算法等多方面进行了阐述.通过多个竖直分布的温度传感器实时观测,采用自适应参数化算法,有效减少了风浪、海流、热辐射等方面的影响,具有观测层深相对固定、精度高等特点,可实现船...     

Baja California 边缘PC14 岩芯海水表层温度及生产力变化的百年尺度记录

加利福尼亚流是北太平洋环流的重要组成部分,它的变化对全球气候及碳循环有重要影响.对位于东北太平洋低纬区BajaCalifornia外海的PC14柱状样进行了有机地球化学分析,重建了过去14ka来这一地区百年尺度的海水表面温度及生产力变化,发现其存在明显的B/A(Bling-Aller)和YD(Younger Drays)事件,但B/A和YD事件温度变化幅度小于中纬度地区.与中纬度加利福尼亚流系早中全新世温度降低不同,PC14全新世温度无明显变化趋势.这些结果表明了东太平洋低纬地区对高纬地区的气候响应以及沿岸上升流和ENSO现象对加利福尼亚流系中纬和低纬地区的影响不同.从冰消期到全新世,PC14生产力呈现阶段上升趋势,指示了由E1 Nino气候向La Nifia气候的转化以及沿岸上升流加强的总体趋势.在全新世中后期(6.5-3.8ka)生产力的降低,则可能是受ENSO加强的影响.在B/A暖期,PC14生产力增加不多,但氧最小层强度增加,这表明生产力变化不是东太平洋边缘海的氧最小层强化的控制因素.     

不同投喂方式对中国明对虾幼体生长发育及抗病力的研究

研究β-1,3/1,6-D-glucan及不同投喂方式对中国明对虾(Fenneropenaeus chinensis)幼体的存活、生长、发育、非特异性免疫及抗副溶血弧菌能力的影响.将β-glucan以0.25%的剂量添加到微黏合饲料中,以不同的投喂方式投喂对虾幼体,即D0(一直投喂基础饲料);D1(一直投喂含0.25%β-葡聚糖饲料);3D1-3D0(3 d投喂含0.25%β-葡聚糖的饲料-3 d投喂基础饲料);1D1-3D0(1 d投喂含0.25%β-葡聚糖的饲料-3 d投喂基础饲料),共4个处理,每个处理随机设置3个重复,对虾幼体养殖于可控温的半开放系统中,每个养殖桶中盛有50 L盐度为30～32消毒海水,养殖密度为100尾/L.实验结果表明,在孵化后14 d,投喂D1饲料组在总存活率,变态指数,体长,特定生长率方面均高于其它各组,虽然有时差异不显著.在免疫指标方面,在9和14 dph分别进行了酚氧化酶(PO)、碱性磷酸酶(ALP)、超氧化物歧化酶(SOD)、酸性磷酸酶(ACP)活力的测定,结果表明,投喂D1饲料组的4个免疫指标均高于其它3组,虽然有时差异不显著.在14 dph的攻毒实验结果表明,对照组的累积死亡率显著高于D1组(P<0.05),而1D1-3D0和3D1-3D0的累积死亡率则与其它各组均不显著.实验结果表明,间隔投喂方式并不适合于对虾幼体,在中国明对虾幼体饲料中使用β-葡聚糖时,建议添加量为0.25%,并采用一直投喂的方式.     

西北太平洋上层热含量的时空变化

基于全球月平均海温资料、137°E断面海温观测资料、同化水位资料和太平洋850 hPa纬向风资料,利用EOF、功率谱和最大熵谱等分析方法,分析了西北太平洋上层热含量的时空变化,并讨论了热含量变化与水位和赤道太平洋纬向风异常的关系.结果表明,西北太平洋上层热含量具有明显的年际和年代际变化;热含量的年际变化与热带太平洋大尺度海气系统异常相联系,即在El Ni(n)o期间,热含量减少,而在La Ni(n)a期间热含量增多;热含量在20世纪70年代末发生了一次气候跃变,在跃变前热含量偏多,而在跃变后则偏少;热含量与水位间存在着非常一致的同位相年际变化,而这种变化与赤道西、中太平洋的纬向风异常有关.     

高度计波高数据同化对印度洋海域海浪模式预报影响研究

为提高海浪模式预报的精度,改善初始场是途径之一。研制了基于最优插值(OI)方法的海浪数据同化并行程序模块,并将其植入第三代海浪模式WAVEWATCH IIITM,建立了印度洋海域海浪同化预报方法,使用卫星高度计波高数据进行了同化预报试验。OI模块的并行设计使得植入同化模块的海浪模式仍能以并行方式运行。文中5°S以北印度洋海域为目标区域,嵌套在WAVE-WATCH IIITM的全球网格中,使得目标区域开边界条件得到较好解决。同化数据使用Jason-2高度计测量有效波高(SWH)沿轨数据。海浪同化预报模式由大气模式WRF(Weather Research andForecasting)输出的1小时一次的海面10 m风场驱动。将同化的模式结果(SWH)、无同化的模式结果(SWH)分别与高度计沿轨数据(SWH)进行比较,表明同化改善模式预报初始场的效果是明显的。以同化初始场出发进行海浪预报试验,结果表明,高度计波高数据同化在一定程度上可改进海浪短期预报的精度。