Development of a real-time PCR method for Thalassiosira rotula rapid detection

Gene specific primers and DNA probe were designed based on the sequence of 18S rDNA cloned from the red tide alga Thalassiosira rotula. A real-time fluorescent quantitative PCR (RFQ-PCR) method was developed for quantitative detection of T.rotula. The RFQ-PCR assay data showed that the results obtained with the RFQ-PCR quite good agreement with those with the light microscope (LM) counting method, which suggested that the RFQ-PCR could be a useful method for red tide alga detection.     

褐牙鲆(♀)、夏鲆(♂)及其杂交子一代线粒体16S rDNA序列遗传特性的初步研究

以线粒体16S rRNA基因部分片段为代表研究雌褐牙鲆Paralichthys olivaceus、雄夏鲆P. dentatus及其杂交子一代间线粒体DNA的遗传特性。母本与父本序列差异较大,属种间差异,在590个位点中有28个变异位点,而且全部为简约信息位点。使用同一对引物扩增亲本与杂交子代,在杂交子代中未检测到父本的线粒体DNA类型,11个处于两种生长阶段的杂交样本仅检测到一种单倍型,而且与母本的一个单倍型为同一种,表明褐牙鲆与夏鲆杂交线粒体DNA遵循母系遗传规律。     

近岸溢油漂移扩散预测方法研究——以胶州湾溢油事件为例

近些年,由于中国经济的高速发展,原油需求逐年增长,同时海上溢油事故发生的风险也在加剧。海上溢油会严重破坏海洋环境,危害我国经济发展,加强溢油漂移扩散预报研究能够为海上溢油应急响应提供技术支撑。因此,国家海洋信息中心研发了海上突发事件应急一体化预测预警系统。该系统基于GIS平台研发,能够在二维电子海图基础上叠加相关的海洋环境动力要素信息,模拟溢油扩散和漂移态势,同时计算剩余油量,估算溢油面积以及岸线吸附程度等。2013年11月22日,山东黄岛发生输油管道爆炸事故,造成大量原油溢入胶州湾。本文利用该系统结合高分辨率大气模型WRF的三重嵌套技术和海流模型SELFE的非结构化网格加密技术,对事故溢油漂移扩散开展了预测工作。预测结果显示,油污受胶州湾内往复流的影响极大,72 h后,胶州湾内外大部分海域都将存在油污,主要集中在黄岛沿岸海域、团岛及浮山湾附近,预测扫海面积为70.32 km2。经海事部门高分辨率卫星观测结果印证,系统模拟的溢油分布较为合理。该系统的业务化应用为相关海上溢油污染应急工作提供了一定理论依据和参考。     

埕岛油田数据基础重组及开发应用

从数据管理及后期应用的角度提出了数据平台的要领，讨论了该数据平台的物理结构、逻辑结构，在分类与组织的基础上给出了相应的数据字典。同时，还基于该平台探讨了测井曲线库及图形库的建设方法，并实现了具体功能。     

减少航道外波浪集聚对策研究

进港航道开挖引起波能重新分布 ,导致航道外近区域波能聚集 ,波高增大 ,从而影响防波堤稳定及港内泊稳条件。文章介绍了 Boussinesq方程的推导过程和发展过程 ,基于深水和缓变地形的色散关系 ,建立了波浪数学模型。该模型可用于研究深水和浅水地区波浪的浅水变形、折射、绕射和反射。并提出了减少波能聚集、降低堤前波高的多种措施。结合大窑湾港实际工程 ,经过多方面的数物模比选 ,利用数学模型优化出一种可行的喇叭口航道开挖方案并付诸实施 ,降低了防波堤的堤前波高 ,满足了预期的设计要求。     

Application of the first internal transcribed spacer(ITS-1) of ribosomal DNA as a molecular marker to population analysis in farrer''s scallop Chlamys farreri

Sequence variation of the first internal transcribed spacer of ribosomal DNA （ ITS - 1 ） was examined and its application to the study of genetic variation was explored in four populations of farter＇ s scallop Chlamys farreri. ITS - 1 fragments, with a length of about 300 bp,of 78 individuals collected from Dalian, Qingdao, Yantai in China and Korea respectively were amplified via PCR, cloned and sequenced. Intra-genomic variation was examined by sequencing several clones of single individuals. Alignment and polymorphism analysis detected 44 haplotypes and 50 polymorphic sites which consist of 30 substitutions and 20 indels, indicating a high level of polymorphisms. Sequence analysis also showed a very low level of intra-individual variation. All these features validated the feasibility of application of ITS - 1 fragment to population analysis. Polymorphism analysis showed that the Korea sample has the richest genetic variation, followed by Yantai and Qingdao samples. AMOVA （analysis of molecular variance） showed that the majority （96.26%） of genetic variation was distributed within populations and 3.74% resulted from among populations, but with P 〈 0.05 （ = 0.042）, indicating that the populations in this study have significant divergence. This output was basically concordant with the result arising from RAPD data and different from that from mitochondrial 16S rDNA sequence data. Discussion on this inconsistency was made accordingly.     

3种蛏类线粒体16SrRNA和COI基因片段的序列比较及其系统学初步研究

对3种蛏类大竹蛏（Solen grandis），长竹蛏（Solen strictus）和小刀蛏（Cultellus attenuatus）的线粒体16SrRNA和COI基因片段序列进行了比较并对其系统学进行了初步研究。得到的序列总长度分别为472-481bp（16S）和658bp（COI）。3种蛏序列的碱基组成均显示出较高的A＋T比例（16SrRNA基因62．1％；COI基因62．8％）。对位排序比较表明，16SrRNA片段种内个体间变异较小，3种类间存在128个碱基变异位点（其中包括127个简约信息位点）和5个插入／缺失位点，总共12个碱基长；COI片段有200个碱基存在变异，其中包括191个简约信息位点，不存在任何插入／缺失位点。数据分析结果表明16SrRNA和COI基因片段大竹蛏与长竹蛏两片段的遗传距离分别为0．0856和0．1712，两竹蛏类与小刀蛏的遗传距离分别为0．3054，0．2798和0．2662，0．2933。作者认为小刀蛏与竹蛏之间的遗传距离已达到科之间的水平，结果支持将其提升为刀蛏科的分类观点。3种蛏类线粒体16SrRNA和COI基因在种间明显的多态性，证实了16SrRNA和COI基因序列均普遍适用于蛏类种及以上阶元的系统学分析。     

黄、东海毗邻海域悬浮体与水团的对应关系及影响因素

对黄、东海毗邻海域由陆架到深海的悬浮体进行了大量加密取样,获得了较准确的结果。给出了悬浮体含量及其三维分布,确定它们与水团及其边界有良好的对应关系。并从物源、动力和成因等解释了这种对应,提出了水团对悬浮体研究的重要意义。研究表明黑潮次—中层混合爬升水及其混合水形成悬浮体含量最低值区,横亘在陆架与深海之间,形成阻隔含有大部分悬浮体的陆架中、下层水体向深海输送的洁净“水障”,台湾暖流北上的顶托也起类似作用,并分析了影响悬浮体含量的各种因素及有关机制。     

栉孔扇贝(Chlamys farreri)自然群体遗传多样性的RAPD分析

利用RAPD技术对栉孔扇贝(Chlamysfarreri)的四个自然群体(大连、烟台、青岛、韩国)的遗传多样性进行了分析。12个随机引物在四个群体中共检测到123个位点,其中多态位点109个,多态位点比例为88.62%;四个群体中均未检测到各群体特有的扩增带。韩国、烟台、大连、青岛四个群体的遗传多样性指数(Shannon指数)分别为0.2557、0.2557、0.2344和0.2249,以韩国和烟台群体遗传多样性较高,其次为大连群体,青岛群体最低,但它们之间无明显差异。不同群体的遗传多样性指数的平均数Hpop为0.2427,整个栉孔扇贝自然群体的遗传多样性指数Hsp为0.2503。遗传多样性剖分显示,绝大多数(97%)的遗传多样性是由群体内不同个体间的差异造成的,只有很小部分(3%)的遗传多样性与群体间的遗传分化有关。而采用基于单倍型(等位基因)之间的进化距离的AMOVA分析得到的这两个数据则分别为99%和1%,Φ值为0.010,且P=0.05,表明群体间遗传分化明显程度位于临界值。     

黄、东海海域水团发育对底质沉积物分布的影响

通过对黄、东海海域底质沉积物中的细粒级粘土矿物组合特征和全粒级碳酸盐含量分析、对比上覆水团和悬浮体资料，探讨研究区水团发育消长对底质沉积物分布的影响作用。结果表明研究区可以划分为长江冲淡水影响的长江型物质沉积区；黄海水影响的黄河型物质沉积区和黑潮水以及东海次表层水影响的残留型物质沉积区。而水团发育消长可直接影响下伏底质的分布特征。黄河型物质沉积区与残留型物质沉积区的分界相应于黄海冷水向东南扩展与黑潮次中层混合水向陆架爬升互为消长的长期综合平衡位置，而黄海冷水向东南的扩展范围代表着黄河物质在陆架向东南扩展沉积的最大范围．