Complete genome of Cobetia marina JCM 21022T and phylogenomic analysis of the family Halomonadaceae

Cobetia marina is a model proteobacteria in researches on marine biofouling. Its taxonomic nomenclature has been revised many times over the past few decades. ~To better understand the role of the surface-associated lifestyle of C. marina and the phylogeny of the family Halomonadaceae, we sequenced the entire genome of C. marina JCM 21022 ~T using single molecule real-time sequencing technology(SMR~T) and performed comparative genomics and phylogenomics analyses. ~The circular chromosome was 4 176 300 bp with an average GC content of 62.44% and contained 3 611 predicted coding sequences, 72 t RNA genes, and 21 r RNA genes. ~The C. marina JCM 21022 ~T genome contained a set of crucial genes involved in surface colonization processes. ~The comparative genome analysis indicated the significant diff erences between C. marina JCM 21022 ~T and Cobetia amphilecti KMM 296(formerly named C. marina KMM 296) resulted from sequence insertions or deletions and chromosomal recombination. Despite these diff erences, pan and core genome analysis showed similar gene functions between the two strains. ~The phylogenomic study of the family Halomonadaceae is reported here for the first time. We found that the relationships were well resolved among every genera tested, including Chromohalobacter, Halomonas, Cobetia, Kushneria, Zymobacter, and Halotalea.     

SAGE巡天介绍Ⅰ——测光系统和数据处理

SAGE(Stellar Abundance and Galactic Evolution)巡天采用一套对恒星大气参数敏感的独特测光系统,包括uSC,vSAGE,g,r,i,Hα_n,Hα_w和λ_(DDO51)(David Dunlap Observatory,DDO)共8个波段。该系统对恒星大气参数(有效温度T_(eff)、表面重力lg g和金属丰度[Fe/H])和星际消光的测量比传统的uvbyβ系统(Str?mgren-Crawford,SC)更敏感。由于g,r,i波段带宽较宽,因而观测效率较高,对恒星大气参数的测量精度和观测效率均超过uvbyβ系统和宽带测光系统。利用美国亚利桑那大学Steward天文台2.3 m Bok望远镜、新疆天文台南山1 m望远镜和乌兹别克斯坦MAO(Maidanak Astronomical Observatory)1 m望远镜已展开巡天观测。项目计划在约4年时间内完成所有的巡天观测,北天天区覆盖面积约12000(~?)~2,高精度测光(信噪比为100σ)深度约15 mag(V波段);5σ探测极限可深至约20 mag(V波段)。最终将探测约5×108颗恒星,并得出其恒星大气参数以及星际消光。该样本比之前的u,v,b,y,β测光巡天,如GCS(Geneva-Copenhagen Survey)巡天和HM(Hauck and Mermilliod 1998)巡天,扩展到更深的区域,即深度达到7～8 mag(V波段)。利用观测得到的大样本恒星测光星表,可以开展如下课题的研究:(1)得到银河系约5×10~8颗恒星大样本的金属丰度分布,并根据恒星演化模型得到其年龄分布;(2)预期搜寻到一批贫金属星候选体,并利用其他望远镜进行下一步观测;(3)结合高质量的uSC波段数据,预期可以找到一批白矮星;(4)结合其他星表,预期找到一批长周期变源以及移动天体;(5)结合uSC波段数据和其他星表,预期可以找到一批类星体。     

中国东部夏季极端降水年代际变化特征及成因分析

本研究利用逐日降水资料对中国东部夏季极端降水进行检测,并对转变前后的特征进行对比分析,进而从海、陆对增温的响应不同导致的环流调整给出成因分析.结果 表明,(1)中国东部夏季极端降水在1990年前后出现显著的年代际转变,极端降水由偏少转为偏多.转折后与转折前相比,中国东部夏季极端降水落区南移,南方偶极子分布型加强,南方极...     

贵州矿山地质环境恢复治理效果评估方法改进研究——以贵州省毕节市某煤矿为例

在收集矿山地质环境恢复治理相关规范和技术要求的基础上,结合矿山开采造成的地质环境问题的现状、分布,从众多常用的矿山地质环境恢复治理评价指标中,选取普适性较强的地质灾害治理效果、水环境恢复效果、景观植被恢复效果、管护措施这4个评价指标作为评价因子,从而验证上述普适性较强的评价因子可以较好的反映治理恢复效果。根据评价因子的重要性,分别赋予不同的权重,采用加权综合法进行计算,对恢复治理效果评估方法进行改进量化,综合判定地质环境恢复治理效果。本文以贵州省毕节市某煤矿为例,采用的矿山地质环境恢复治理评估方法通过验证,可以为同类型矿山开展地质环境恢复治理效果评估提供借鉴。     

南海区重点岸段海岸侵蚀现状成因分析与防治对策

在2003年与2006年对南海区琼州海峡两岸重点岸段(雷州市徐闻县龙塘镇赤坎村岸段、海南省海口市镇海村岸段和新海村岸段)的海岸侵蚀进行了现场监测,测量了侵蚀的长度、宽度和面积。对两年现场测量结果进行比较分析,结果表明:海岸侵蚀长度的平均速度为200m/a,宽度的平均速度为20m/a,面积的平均速度为4000m2/a。应用了地质分析、水动力分析、极端海洋气候影响分析等新的理论和方法重点分析了海岸侵蚀的成因,并提出了一些对策,供相关部门参考。     

拮抗香蕉枯萎病菌海洋细菌的筛选和鉴定

从93份中国南部海域近海海泥样品中分离出1800多株海洋细菌,以对峙培养法,测定海洋细菌对香蕉枯萎菌的拮抗作用,再以琼脂划线培养法(agar streak)测定菌株的抑菌活性,结果表明:约55.6%的菌株对香蕉枯萎菌有一定的拮抗作用,其中58株菌株抑制香蕉枯萎菌生长所形成的抑菌带宽度大于10.0mm,抑菌作用较好,复筛后其中13个菌株形成的抑菌带宽在15.0mm以上。经反复转接和对峙培养,筛选出拮抗效果好、抑菌活性稳定的菌株TC-1,初步鉴定为芽孢杆菌属的细菌,TC-1对14种病原微生物都有较好的抑菌效果。     

典型河口浮游动物种类数及生物量变化趋势的研究

依据国家海洋局2004-2006年每年5月和8月的黄河口、长江口和珠江口生态监控区浮游动物的监测结果,对上述河口浮游动物和桡足类种类数及浮游动物生物量分布进行了分析,并将结果与历史资料进行同测区、同季节的对比。结果表明,与全国海洋普查时期相比,2006年黄河口浮游动物种类数下降了50．6％,桡足类种类数下降了53.3％;桡足类在浮游动物中所占比重由1985年的42.4％下降到2006年的32．6％。长江口浮游动物种类数有所上升,但是桡足类种类数由1985年的62种降低到2006年的37种;桡足类在浮游动物中的比重从1958年的54．2％降低到2006年的42．5％。珠江口桡足类在浮游动物中所占的比例由1959年的59．3％下降到54．4％,未发生明显变化。黄河口春季、夏季浮游动物生物量上升趋势不明显,夏季增幅较小;长江口自2000年以后春季浮游动物平均生物量为528．36mg／m^3,是1958年的2．4倍,2005年与2006年夏季浮游动物生物量分别是1958年的2．2和2．7倍,增加趋势十分明显;珠江口春季浮游动物生物量上升趋势最为显著,2004-2006年3年春季浮游动物平均生物量是1959年同期的5．7—8．7倍,1981年、2006年夏季生物量分别比1959年增加了3．1倍和11倍。就这3个河口生物量变化趋势看,珠江口生物量的上升趋势最为明显,长江口次之,黄河口变化幅度较小。     

南海北部白云大型海底滑坡的几何形态与变形特征

利用二维、三维地震资料,结合多波束水深测量,在南海北部白云凹陷发现大型海底滑坡。白云大型海底滑坡可分为滑坡根部、滑坡主体和滑坡前缘3个主要部分,广泛发育滑坡陡壁、滑塌沟谷、滑移面、滑坡台阶等典型滑坡地貌。地震相特征表现为楔状弱振幅杂乱地震相,块状平行或渡状弱振幅中连续地震相,席状亚平行／波状弱振幅连续地震相,谷状水平充填中振幅、中连续地震相和丘状／透镜体状前积地震相等5种典型地震相特征。初步估算白云海底滑坡范围约为13000km2,滑坡分布受地形和海底沉积物岩性控制,晚期活动在中更新世。白云大型海底滑坡位于深水油气和天然气水合物的富集区,对油气和天然气水合物成藏作用和勘探开发具有重要的影响。     

南海热带气旋的气候变化及强度预测方法研究

建立南海海域1949～2007年6～10月份热带气旋（以下简称TC）年、月频数和TC中心强度的历史资料统计文件,分析TC的年月变化。结果表明：近50年,TC具有10a左右的周期变化,1964～1974年和1985～1995年为南海两个强台风以上级别频发期,1997～2006年为TC频数少且强度弱的时期。同时TC强度的空间分布分析结果表明,中沙北部海域和东沙西部海域为强台风多发生区,各月TC强度分布特征明显不同,且其加强通道具有南-北-南阶段性变化。另外,通过分别对1949～2007年北半球500hPa高度场及海温场的格点资料和TC强度历史资料的相关计算,选取高相关格点,根据相关权重组成组合因子,构建二次型预测方程,做年月TC强度预测。预测检验结果显示,冬季的高度场和海温场对次年的TC强度预测效果良好。     

几种环境因子对虾蟹类非特异性免疫的影响

综述了近10a国内外有关重金属、氨态氮、亚硝酸盐、有机污染物等几种环境因子对虾蟹类非特异性免疫影响的研究成果,以期为通过改善养殖环境条件提高虾蟹类自身免疫抗病力提供理论依据.同时,为进一步深入开展该领域的研究工作积累资料.