基于16S rRNA与COI基因40种石斑鱼亚科鱼类分子系统进化关系

本研究采集了分布在西太平洋的石斑鱼亚科10属共40种鱼类,采用PCR扩增及测序技术获得所有样品16S rRNA、COI基因部分序列,利用最大似然法构建系统进化树并分析。结果表明:40种鱼类COI基因为651 bp,编码227个氨基酸,16S rRNA基因同源序列566 bp,序列存在一定的碱基插入与缺失,各物种16S rRNA基因序列变异比COI要少,序列较为保守。构建的系统进化树上,在本研究的石斑鱼亚科10个属中,鳃棘鲈属分类地位最原始,位于进化树基部,6种鳃棘鲈能聚成一个单系;烟鲈属与九棘鲈属关系较近,两者聚为一支,侧牙鲈属的进化地位介于鳃棘鲈属与九棘鲈属之间;石斑鱼属的进化地位最高,位于进化树顶部,形成两个平行分支,但是石斑鱼属种类未能聚成一个单系;驼背鲈属、鸢鮨属、下美鮨属、光腭鲈属及宽额鲈属均未能形成独立分支,而是与石斑鱼属种类聚在一起,显示其与石斑鱼属有很近的亲缘关系,部分可能是石斑鱼属的特化类群。     

5种海水养殖鱼类幼鱼的耗氧率及窒息点

为鱼类苗种运输和养殖过程中溶解氧的科学调控提供理论依据,采用密闭式呼吸实验法探究了20、25和30 ℃水温下豹纹鳃棘鲈Plectropomus leopardus、驼背鲈Cromileptes altivelis、棕点石斑鱼Epinephelus fuscoguttatus、赤点石斑鱼Epinephelus akaara和珍珠龙胆石斑鱼5种海水养殖鱼类幼鱼(体重范围为53.6～84.5 g)的耗氧率和窒息点。结果表明:在盐度为30的条件下,5种海水养殖鱼类幼鱼的耗氧率和窒息点均随水温的升高而升高。同水温下的耗氧率,豹纹鳃棘鲈为最高, 20、25和30 ℃水温下分别为0.15、0.21和0.31 mg/(g·h);珍珠龙胆石斑鱼为最低,20、25和30 ℃水温下分别为0.08、0.15和0.16 mg/(g·h)。同水温下窒息点,驼背鲈为最高, 20、25和30 ℃水温下分别为1.00、1.12和1.21 mg/L ;珍珠龙胆石斑鱼为最低, 20、25和30 ℃水温下分别为0.19、0.24和0.25 mg/L。     

中国海水鱼类单殖吸虫研究Ⅻ新海盘虫属一新种及海盘虫属一新记录

报道了寄生于豆娘Abudefdufsp .鳃上的新海盘虫属一新种和寄生于驼背鲈Cromileptesaltivelis鳃上的海盘虫属一新记录。双曲片新海盘虫 ,新种Neohaliotremadi curvilamellatum ,sp .nov .与NeohaliotremabychowskiiZhukov ,1 976相似 ,但支持器的形态结构不同和交接管量度上有差异。驼背鲈海盘虫HaliotremacromileptisYoung ,1 968与原始描述相比 ,除交接管稍长外 ,其它量度与形态基本一致。     

基于S7核糖体蛋白基因部分序列的石鲈属鱼类分子系统进化关系

基于核DNA分子标记S7核糖体蛋白基因内含子1部分序列对分布于南海及美洲,非洲,大洋洲等周边海区的石鲈属鱼类11种,结合石鲈亚科其他属如仿石鲈属,异孔石鲈属,八带石鲈属及锯鳃石鲈属等21种鱼类的系统进化关系进行了研究分析。利用最大简约法以及贝叶斯法构建了系统进化树。进化树上,石鲈属的种类并没有形成一个单系,除了大斑石鲈,断斑石鲈等6种石鲈属鱼类聚成一石鲈属的分支外,其他石鲈属种类都位于进化树的不同位置。侧扁石鲈与八带石鲈聚在一起,大棘石鲈与异孔石鲈属聚在一起。红海石鲈与纵带石鲈与仿石鲈属的种类关系较近,佩氏石鲈最先分化出来,位于整个石鲈亚科分支基部。该分类关系与其各自的地理分布情况有着一定的联系。     

光色对豹纹鳃棘鲈幼鱼摄食、生长和存活的影响

为探究光色对鱼类摄食、生长和存活的影响,作者在模块化小型循环水养殖系统中,以豹纹鳃棘鲈(Plectropomus leopardus)幼鱼(体长21.2 cm±1.22 cm,体质量112.46 g±2.632 g)为对象,设置5种光色环境(红、黄、绿、白和黑暗),进行了4个月的循环水养殖实验。结果表明:绿光下豹纹鳃棘鲈幼鱼摄食率高、饵料转化率高、饵料系数低,但不同光色下豹纹鳃棘鲈幼鱼的摄食不存在显著性差异(P0.05);幼鱼的体长增长,绿光组和红光组大,且与其余3组间差异显著(P0.05);幼鱼的体质量增长,绿光组最大,红光组和黑暗组次之,白光组和黄光组最小,且三者间差异显著(P0.05);各组幼鱼的肥满度并没有显著性差异(P0.05);除白光组幼鱼存活率(只有50%)最低外,其余各组幼鱼存活率均在80%以上,其中绿光组最高,为88.33%。可见,在循环水养殖生产中,绿光环境有利于豹纹鳃棘鲈幼鱼的摄食、生长和存活。     

对虾鳃虱亚科(甲壳动物亚门:等足目)的分类学与动物地理学研究进展

基于对虾鳃虱亚科(Orbioninae)的形态学特征,作者比较了属间存在的差异,对该亚科的分类学研究进展进行了归纳。总结世界范围内对虾鳃虱亚科的地理分布特征,解析该亚科动物地理区系特征。迄今,对虾鳃虱亚科包括8属39种,分别为:异对虾鳃虱属(Anisorbione Bourdon,1981,1种);偏对虾鳃虱属(Asymmetrorbione Boyko,2003,2种);表对虾鳃虱属(Epipenaeon Nobili,1906,8种);小对虾鳃虱属(Minicopenaeon Bourdon,1981,4种);圆对虾鳃虱属(Orbione Bonnier,1900,8种);仿偏对虾鳃虱属(Parasymmetrorbione An,BoykoLi,2013,1种);拟对虾鳃虱属(Parapenaeon Richardson,1904,13种);仿拟对虾鳃虱属(Parapenaeonella Shiino,1949,2种)。在中国各大海域共发现对虾鳃虱亚科物种6属18种。对虾鳃虱亚科形态特征:头前板和底节板发达,体形较大。从形态特征推测的系统发育关系,作者认为对虾鳃虱亚科是寄生亚目寄生于鳃部中比较进化的类群、其地理分布范围受寄主对虾总科分布的限制、物种分布相对集中、主要分布范围于印度-西太平洋海域。根据该亚科主要属种的地理分布信息,作者推测该类群的演化是从环热带古地中海闭合开始,直到始新世。     

豹纹鳃棘鲈病原鳗利斯顿氏菌的分离鉴定及生物学特性研究

从患病的豹纹鳃棘鲈(Plectropomus leopardus)的肾脏中分离到1株优势菌33002,人工感染试验证实其对豹纹鳃棘鲈有较强的致病性;采用形态学观察、生理生化特性分析及16SrRNA和gyrB基因序列系统发育树分析对菌株33002进行鉴定。结果显示,菌株33002为革兰氏阴性弧菌,生化特性与利斯顿氏菌属的鳗利斯顿氏菌(Listonella anguillarum)相近,基于gyrB基因序列的系统发育分析,菌株33002与鳗利斯顿氏菌聚为一支。对48种抗生素的药敏结果显示,菌株33002对红霉素、阿奇霉素等25种药物敏感,对恩诺沙星、杆菌肽等22种药物不敏感。     

南海珊瑚礁海域黑缘尾九棘鲈生物学特征初步研究

根据2018—2019年在南沙群岛和西沙群岛珊瑚礁海域采集的礁栖鱼类黑缘尾九棘鲈(Cephalopholis spiloparaea)样本, 对其群体结构、性腺成熟度、摄食强度、肥满度、年龄与生长等生物学特征进行了初步研究, 通过对比分析了南海这两个珊瑚礁海域中黑缘尾九棘鲈生物学特征的地理差异。结果表明: 在南沙海域和西沙海域中黑缘尾九棘鲈的平均体长分别为105.5±10.5mm和110.4±13.1mm, 两海域间的体长和体质量分布均具有极显著的差异(P<0.01); 南沙海域与西沙海域样本体长和体质量关系的异速生长因子b值分别为2.881与2.797; 耳石样本分析结果显示年龄范围为0.58~1.44a, 两个海域间并无显著性差异(P>0.05); 由von Bertalanffy生长方程计算所得的生长参数显示, 南沙海域的黑缘尾九棘鲈比西沙海域的体型相对较小、生长速度相对较快; 两海域黑缘尾九棘鲈的性腺成熟度均以Ⅱ期为主, 且西沙海域样本性腺成熟比例高于南沙海域; 摄食等级以1级为主, 两个海域间的摄食等级分布无显著性差异(P>0.05); 与西沙群岛海域相比, 南沙群岛海域的黑缘尾九棘鲈群体表现出肝体比较低的特征。     

蟹鳃虱亚科(甲壳动物亚门:等足目)的分类与地理分布研究

作者对蟹鳃虱亚科(Keponinae)的研究进展进行概述,且阐述"海蛄虾转变"过程中该亚科的演化过程,从形态特征推测该亚科是相对较早演化出来的。基于蟹鳃虱亚科的形态特征,作者比较各属之间的特征差异并制作检索表,总结蟹鳃虱亚科31属98种的模式产地分布,发现物种主要集中分布在印度尼西亚等一些暖水区域,同1986年Markham推测鳃虱科的分布中心为印度-西太平洋热带,亚热带等观点一致。另外,对中国各海域内发现蟹鳃虱亚科14属的基本形态特征描述,并总结属内物种的地理分布。     

封闭循环养殖系统中驼背鲈和斜带石斑鱼生长的研究

研究闭合循环水养殖条件下驼背鲈(Cromileptes altivelis)和斜带石斑鱼(Epinephelus coioides)的生长特性。经343d养殖，驼背鲈幼鱼平均体质量由24．16g增加到124．4g，平均日生长率为1．2％．体质量与养殖时间的关系式为M=32．674e^0.0048t，体质量与体长的关系式为M=0．0042L^3.6184；斜带石斑鱼幼鱼体质量由20．10g增加到490g，平均日生长率为6．8％，体质量与养殖时间的关系式为M=34．319e^0.0984t，体质量与体长的关系式为M=0．0656L^2.7102。     

4种石斑鱼染色体核型研究

以蜂巢石斑鱼(Epinephelus merra)、鲑点石斑鱼(Epinephelus fario)、点带石斑鱼(Epinephelus malabaricus)及黑边石斑鱼(Epinephelus fasciatus)为材料,胸腔注射PHA及秋水仙素溶液,取头肾细胞经空气干燥法制片。经核型分析,蜂巢石斑鱼与鲑点石斑鱼核型一样,2n=48=4m 6sm 4st 34t,NF=62;点带石斑鱼与黑边石斑鱼的核型一样,2n=48=48t,NF=48。由染色体数目2n=48可知,4种石斑鱼在鱼类系统中划分为高位类;由核型组成不同,可以将4种石斑鱼分为两大类：蜂巢石斑鱼与鲑点石斑鱼属于一大类;点带石斑鱼与黑边石斑鱼属于另一大类。此外,按总臂数多少来分,蜂巢石斑鱼与鲑点石斑鱼为特化类群：点带石斑鱼与黑边石斑鱼为原始类群。     

5种石斑鱼核糖体DNA ITS1序列及其分子系统进化关系

为了明确分布于中国海域点带石斑鱼(Epinephelus malabaricus)、青石斑鱼(E.awoara)、巨石斑鱼(E.tauvina)、六带石斑鱼(E.sexfasciatus)和宝石石斑鱼(E.areolatus))等石斑鱼属(Epinephelus)鱼类的系统发育关系,作者采用PCR和DNA测序技术,测定了5种石斑鱼属鱼类的核糖体DNA ITS1序列,获得其ITS片段长度分别为537、536、535、528、532 bp。研究结果表明:5种石斑鱼r DNA ITS1序列的碱基组成趋势相似,A+T含量皆低于C+G含量,A+T含量最低为宝石石斑鱼(37.6%),最高为六带石斑鱼(41.5%);基于Kimura-2双参数模型计算得到上述石斑鱼种间遗传距离在0.0000~0.3002。基于MP法、ML法和NJ法构建的3种分子系统树表明,r DNA ITS1序列与形态呈同步进化关系,宝石石斑鱼与其他4种石斑鱼的亲缘关系较远,表明在所研究的物种中最早分化而出,而点带石斑鱼与青石斑鱼的亲缘关系最近,分化的时间最晚。     

Benthodytes palauta,a new species of deep-sea holothuroid (Elasipodida: Psychropotidae) from the western Pacific Ocean

A new species of Psychropotidae holothuroid, Benthodytes palauta sp. nov., was collected from the Kyushu-Palau Ridge at a depth of 2 666 m. This new species is characterized by a leathery body wall, red-violet skin, five pairs of dorsal papillae, nineteen pairs of tube feet, and a narrow brim. The internal organs include one Polian vesicle, two tufts of gonads, and no respiratory trees. Ventral ossicles are large and spinous, with crosses of four arms with central bipartite apophyses. Papillae o...     

Phylogenetic relationships of five species of Dorippinae(Crustacea, Decapoda) revealed by 16S rDNA sequence analysis

A molecular phylogeny is presented for the subfamily Dorippinae (including 9 individuals, representing 5 species and 4 genera), based on the sequence data from 16S rRNA gene. Two-cluster test between lineages in these phylogenetic trees has been performed. On the basis of rate constancy, the rate of nucleotide substitutions of 16S rDNA sequence data is estimated as 0.27% per million years. The analysis strongly supports the recognition of the Dorippinae as a monophyletic subfamily. Phylogenetic tree indicates that the subfamily Dorippinae is divided into two main clades, and genus Dorippe appears basal in the subfamily, diverging from other species 36.6 Ma ago. It is also clear that the Heikea is closely related to the genus Neodorippe. The divergence time between them is 15.8 Ma.     

人工养殖点带石斑鱼弧菌病病原菌的分离及鉴定

广东、海南两省多个海水网箱养殖场养殖的点带石斑鱼(Epinephelus malabaricus)发生严重的弧菌病,从海南三亚和广东深圳的发病鱼病灶上分离到2株致病性细菌VAL02和VAL00,经人工回接感染实验证明这2株菌引起点带石斑鱼弧菌病,VAL02对点带石斑鱼苗的半致死量是2.25×10~5 cfu/g。经形态及生理生化特征分析,鉴定出VAL02及VAL00均为溶藻弧菌。应用药敏纸片法研究了22种化学疗剂对VAL02及溶藻弧菌标准株的生长抑制作用,发现VAL02对氯霉素、氟哌酸、卡那霉素和乙酰螺旋霉素等产生耐药性,对复方新诺明和环丙沙星等敏感。     

The ‘ghost of past fishing’: Small-scale fisheries and conservation of threatened groupers in subtropical islands

Groupers are highly targeted and vulnerable reef fishes. The effects of fishing pressure on the density of three reef fishes were investigated in 21 islands outside (n=15) and inside (n=6) a Marine Protected Area (MPA) at the Paraty Bay, Brazilian southeastern coast. Two valued groupers (Epinephelus marginatus and Mycteroperca acutirostris) and a non-target grunt (Haemulon aurolineatum) were studied. The total biomass of fish caught in each island was considered as a measure of current fishing pressure, while the island distance from the villages was considered as a measure of past fishing pressure. Fish densities were recordedin number and biomass. The biomass of M. acutirostris was inversely related to current fishing pressure, which did not affect the other two fishes. The density of E. marginatus increased with the island distance from one of the fishing villages, which indicated that past fishing may have had decreased the abundance of E. marginatus. Densities of the three fishes and fishing pressure did not differ between islands inside and outside the MPA. Data on fishing pressure, densities of groupers and coral cover were combined here to assign conservation scores to islands. A redefinition of MPA boundaries to reconcile fish conservation, fishing activities and fishers’ food security was proposed.     

Molecular evidence for Myripristis jacobus and Scarus taeniopterus new to Bay of Bengal: Sporadic appearance or preliminary colonization?

Individual specimens of Myripristis jacobus Cuvier, 1829 and Scarus taeniopterus Lesson, 1829 were collected from Gopalpur‐on‐sea, Odisha coast, Bay of Bengal. Both the fish samples were assigned species level tags using the conventional taxonomic methods. The capture of both the fish species is of particular interest in that they were new to the Bay of Bengal. Molecular analysis using the mitochondrial cytochrome oxidase subunit I (COI) gene showed high confidence sequence similarity in species identification. The resultant phylogenetic relationships strongly support the monophyly of both the genus with congruent clustering of both the species according to their morphological identification. In addition, the time tree produced is in complete agreement with the recent studies. These studies conclusively prove that both the species might have been originated during the middle to the late Miocene period. Furthermore, both fish species are typical inhabitants of stigmatized coral reefs, confined to the reef regions. These fish species perhaps migrated to the Bengal Bay from the Andaman and Nicobar Islands reef regions because of climatic changes.     

线粒体基因片段在梭子蟹系统发育及物种鉴定中的应用

测定三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)9个个体COI基因部分序列467 bp,7个个体16S rRNA基因部分序列519 bp,同时测定样品蟹1个个体COI基因部分序列468 bp.结合GenBank中收集的梭子蟹科COJ,16S rRNA两个基因所有同源序列信息,使用Kimura双参数模型采用邻接法(NJ)、最大简约法(MP)构建梭子蟹科分子系统发育树;将样品蟹测得的COI基因序列和已知鲟属的其他蟹同源序列(429 bp)进行比对分析.结果分析表明:两个基因片段序列平均碱基AT数量分数都明显高于GC数量分数;梭子蟹属与美青蟹属关系最近,蟳属应为区别于梭子蟹属、美青蟹属、青蟹属的另一支,支持蟳属应划分在短桨蟹亚科的观点;根据遗传距离以及转换/颠换(R)值分析,判定出样品蟳为锐齿蟳.本试验运用线粒体基因片段探讨了梭子蟹类的系统发育关系以及样品蟹的种类鉴定,为线粒体基因片段在梭子蟹的物种鉴定和系统发育重建中的开发和利用提供重要参考.