渤海海域发光细菌的分离鉴定

本文对渤海分离的48株发光细菌,从形态、生理生化、免疫学等方面进行了鉴定,发现它们是同一个种,均属弧茵属,具有广食性和无Na~+生长两个显著特征。     

岱山海域大型底栖动物多样性分析

文章利用2015年春季航次(5月)和夏季航次(8月)的大型底栖动物采泥调查资料,对岱山海域大型底栖动物的种类组成、丰度、生物量、优势种、多样性进行分析。主要研究结果如下:春季航次共采得大型底栖动物15种,夏季共采得大型底栖动物22种。类群涉及纽形动物、腔肠动物、环节动物多毛类、软体动物、节肢动物甲壳类、棘皮动物等。其中环节动物多毛类在两个航次中种数均为最高。岱山海域春季大型底栖动物优势种为:不倒翁虫、圆锯齿吻沙蚕、双鳃内卷齿蚕和金氏真蛇尾。夏季岱山海域大型底栖动物优势种类有:不倒翁虫、西方拟蛰虫和异足索沙蚕,其中不倒翁虫是两个调查季度月的共同优势种。岱山海域春季各站位平均丰度22ind./m~2,丰度范围为0~90ind./m~2。夏季各站位丰度范围0~165ind./m~2,平均38ind./m~2。春季各站位湿重生物量范围0~2.65g/m~2,平均0.81g/m~2。岱山海域夏季各站位湿重生物量范围0~16.25g/m~2,平均2.29g/m~2。岱山海域春季生物多样性指数(H′)在0~1.75,平均0.70;夏季生物多样性指数(H′)在0~1.75,平均0.67,季节间差异不明显。     

渤海湾近岸海域浮游动物多样性

2004~2009年每年1~2次对渤海湾近岸海域选定站位进行采样,分析了其浮游动物的种类组成及种类多样性。结果表明,渤海湾近岸海域共鉴定出浮游动物9大类48种,主要种类为近岸低盐种,优势种主要为强壮箭虫(Sagitta crassa)、中华哲水蚤(Calanus sinicus)、大同拟长腹剑水蚤(Oithona similes)、小拟哲水蚤(Paracalanus parvus)和双刺纺锤水蚤(Acartia bifilosa)。通过不同年份渤海湾近岸海域浮游动物物种丰度、多样性指数、均匀度指数、优势度的对比,发现渤海湾海域生物环境质量在2007年前呈下降趋势,2007年后呈回升趋势。渤海湾近岸海域南部断面的浮游动物多样性指数呈减小趋势,北部断面的浮游动物多样性呈增大趋势。     

红藻DNA条形码分析技术研究进展

DNA条形码是指利用一段相对较短的标准DNA片段,对物种进行识别和鉴定。目前该技术在动物、植物物种鉴定领域已经得到了广泛的研究和应用。在藻类的研究中,尚未确定一条统一的标准条形码基因,现阶段都是使用2条或2条以上基因序列来完成物种鉴定。对于形态多样、种类繁多的海洋红藻,常用的DNA条形码基因有COI基因(Partial cytochrome c oxidase I gene)、UPA基因(Partial 23SrRNA gene,universal plastid amplicon)、LSU基因(Partial 28SrRNA gene)和rbcL基因(The large subunit of ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase)等,这些基因中2个或3个基因的互补运用准确有效地提高了红藻的鉴定准确率,尤其是COI基因的种间差异大足够区分相近物种。本文在概述条形码的原理及其标准的基础上,阐述了红藻DNA条形码鉴定研究的新进展以及常用几种基因片段的优缺点,并对条形码在红藻鉴定中存在的问题进行了分析,对其应用前景进行了展望。     

新月细柱藻的分离培养及形态和分子鉴定

自胶州湾分离培养2株微藻(MGB0401和MGB0402)。经形态学鉴定为新月细柱藻(Cylindrotheca closterium)。MGB0401和MGB0402的18S核糖体RNA基因(rDNA)扩增片段长度为1775 bp,存在10个碱基差异。MGB0401和MGB0402的rbcL基因扩增片段长度为1190 bp,有45个碱基差异,对应的氨基酸序列存在4个氨基酸残基差异。系统学分析表明,2株微藻与已知新月细柱藻相应序列亲缘关系最近。微藻常用系统学分析用基因的序列不仅是分类鉴定的补充指标,也是不同研究结果相互比较的重要基础。     

我国东南沿海坛紫菜遗传多样性研究

利用线粒体COX和叶绿体rbcL基因片段对我国东南沿海坛紫菜(Pyropia haitanensis Chang et Zheng)9个野生群体和2个养殖群体(共125个个体)进行遗传多样性分析。比对分析后得到408 bp的COX基因片断和488 bp的rbcL基因片断。联合分析的基因片断长度为896 bp,其中T、C、A、G的含量分别为34.9%、14.6%、34.2%和16.3%。检测到变异位点128个,其中单碱基变异位点19个,简约信息位点109个。群体的平均核苷酸多样性为0.035 9±0.028 4,单倍型多样性为0.817 0±0.024 0。125个个体共定义了31个单倍型,其中Hap1、Hap10和Hap16是核心单倍型,分别占全部样本的32.8%、12.8%和24.8%。群体遗传距离和地理距离相关性检测显示二者呈线性相关(R²=0.002 2,p=0.735 4),即遗传距离随地理距离的增大而增大,但未形成地理隔离。根据单倍型构建的ML树显示,坛紫菜群体之间没有明显的地理谱系结构,表明各个群体之间存在基因交流。     

采水量对寡营养海域浮游真核微生物分子多样性评价的影响

真核微生物是海洋生态系统中生物多样性高且功能重要的组成部分,但因个体微小且形态特征不明显,传统的分类学方法很难全面评估其多样性。环境DNA结合高通量测序技术为真核微生物多样性研究提供了可靠技术支撑,然而采水量对于评估寡营养海域浮游真核微生物多样性的影响仍知之甚少。本研究在吕宋海峡及菲律宾海盆中设置5个采样点,每个站点各取4个10 L表层海水样品用于真核微生物高通量测序分析。对各站每个重复所获得的真核微生物多样性进行研究,并分析了采水量与真核微生物OTU数量、群落结构及优势种和稀有种之间的关系。研究发现,采水量和真核微生物OTU数量之间呈正相关关系, 10 L水所获得的平均OTU数量为40 L水的64%, 20 L水可获得82%, 30 L水为92%。10 L样品所获得的群落多样性指数显著低于30 L和40 L样品检获的群落,而20 L样品与30 L和40 L样品在多样性指数上无显著差异。随着采水量增加,更多的稀有OTUs被检获,而丰富OTUs数量变化不明显。但统计分析显示, 10 L与40 L组样品检获的真核微生物群落结构无显著差异。因此,综合考虑样品的可得性和现场处理时间,最低20L...     

黄河断流对河口海域鱼类多样性的影响

黄河知１９７２年出现自然断流现象以来,断流现象频繁发生,时至１９９７年更是断流１３次２２６ｄ,严重影响了河口海域的生态环境。本文依据有关文献资料及河口海域鱼类多样性的特点;分析了黄河断流对河口海域鱼类多样性的影响。     

不同养殖区红藻表面假交替单胞菌多样性分析

利用2216E培养基从我国沿海6种养殖红藻的20个样品表面分离了327 株假交替单胞菌。经过16S rDNA序列鉴定, 分别隶属于Pseudoalteromonas carrageenovora、P. haloplanktis、P. marina、P. agarivorans、P. elyakovii和P. lipolytica 6个种。其中P. carrageenovora数量最多, 总共211株, 在14个样品上均有发现。     

厦门海域鱼类群落分类学多样性的研究

根据厦门海域鱼类种类组成历史资料和调查资料,系统整理了厦门海域的鱼类总名录和现有名录,并应用分类学等级多样性指数和分类差异变异指数分析了厦门海域鱼类群落分类学多样性的时空变化。结果表明:厦门海域有记录鱼类共649种;现有鱼类有331种,隶属2纲22目90科181属,其中软骨鱼纲共5目9科9属15种,辐鳍鱼纲共17目81科172属316种。厦门海域鱼类总名录的等级多样性指数Δ+和分类差异变异指数Λ+分别为79.267和220.96;现有鱼类群落分类多样性指数Δ+和分类差异指数Λ+分别为77.504和245.34。分类多样性指数Δ+在冬、春季较高,秋季次之,而夏季最低;而分类差异指数Λ+夏季较高,秋季次之,冬春季较低。秋季和冬季鱼类组成的相似度最高,其次为夏季,最后为春季。与历史总名录相比,厦门海域的现有鱼类群落分类学范围较小,生态幅变窄,群落稳定性较差。     

中国黄渤海真江蓠(Agarophyton vermiculophyllum)群体遗传多样性研究

真江蓠是原产于西北太平洋的重要经济红藻。我们利用10对微卫星引物检测中国黄渤海地区真江蓠的群体遗传多样性和结构。10个微卫星位点在12个群体中共检测到65个等位基因,每个位点的等位基因（N_a）为1~28,有效等位基因（N_e）为1.0~9.6。每个群体的平均等位基因（N_a）、平均有效等位基因（N_e）、平均香浓指数（I）、平均观察杂合度（H_o）和平均预期杂合度（H_e）分别为2.4、1.6、0.419、0.133和0.227,显示较低的群体遗传多样性。中国黄渤海12个真江蓠群体间遗传分化较大（F_st=0.398 7）,基因流有限（N_m=0.377 1）,近交系数为正（F_is=0.391 3,F_it=0.634 0）,表明可能存在近交和杂合子缺失现象。Structure和UPGMA系统进化分析一致将12个群体分为两个遗传组,并在黑石礁群体（HS）和石岛群体（SD）中发现明显的遗传混杂现象。AMOVA分析显示遗传变异主要来自于群体内（73.27%）。该研究可为黄渤海地区真江蓠自然资源保护和管理提供科学依据。     

山东近海高眼鲽种群结构及资源分布

根据秋(2016年10月)、冬(2017年1月)、春(2017年5月)和夏(2017年8月)4个季节在山东近海的底拖网调查数据,对高眼鲽(Cleisthenes herzensteini)种群结构和资源分布的季节差异进行研究。结果表明,高眼鲽的平均体长在秋、冬季较大,而平均体质量则在夏、秋季较大。当体长大于15 cm时,体质量呈现较大的季节变化,体质量增长率在夏季最大。采用von Bertalanffy生长方程表示其生长特性,生长参数L_∞为37.85 cm、K为0.28、t₀为−0.57。通过Pauly经验公式求得高眼鲽的自然死亡系数为0.54。体长转换的渔获曲线求得总死亡系数为1.69,进而求得现阶段的捕捞死亡系数为1.15,开发率高达68.05%,并求得开捕年龄为1.48龄,开捕体长为12.68 cm。年龄组成为1～5龄,其中1龄与2龄个体分别占总数的45.15%与40.23%。各季节中,只有夏季样品的雌雄性比与1∶1差异显著(p<0.05),且雌性的数量显著多于雄性。50%性成熟体长为22.35 cm,性成熟比例和平均性成熟系数最高的季节出现在夏季。高眼鲽主要分布在底层水温为6.45～19.06℃、底层盐度为31.82～33.10和50 m等深线以深的海域,其平均渔获量在秋季远多于其他季节,在冬季陡然下降,随后缓慢上升。山东近海高眼鲽显现出体长分布狭窄、饵料条件恶化、产卵期延迟和过度捕捞等现象,休渔期前后资源量变化剧烈。     

基于线粒体COI基因序列的4个海域口虾蛄群体的遗传多样性研究

为比较中国不同海域口虾蛄(Oratosqilla oratoria)群体的遗传特性, 作者对采自皮口、绥中、青岛和广州4 个海域的口虾蛄群体的线粒体COI基因序列进行扩增和测序, 比较并分析了其遗传多样性和系统进化关系。获得585bp 的口虾蛄线粒体COI基因序列, 发现变异位点54 个, 占总位点数的9.2%。COI基因序列A+T 含量(64.8%)显著高于G+T 含量(35.2%), 符合节肢动物线粒体DNA 碱基组成的特点。转换与颠换的平均比值是7.84, 碱基替换未达到饱和。100 个样本的线粒体COI基因序列共定义35 个单倍型, 单倍型多样性(Hd)为0.9162, 平均核苷酸多样性(π)为0.0203。4 个群体均具有高的单倍型多样性和低的核苷酸多样性的特点, 说明4 个海域口虾蛄的遗传多样性均处于中等水平, 但广州海域的遗传多样性水平最高。AMOVA 分析表明, 来自于群体间的遗传差异(84.53%)明显高于来自群体内的差异(15.47%)。遗传分化系数(F_st)表明皮口、绥中、青岛3 个海域间几乎没有发生分化(F_st<0), 而广州海域口虾蛄遗传分化较大。从GenBank 上下载了19 条粤东海域口虾蛄的同源序列与本实验获得序列共同构建NJ 系统发育树, 结果显示皮口、绥中、青岛聚为一支, 广州和粤东(深圳和汕尾)聚为另一支。单倍型系统发育树和单倍型进化网络关系图均显示出广州海域口虾蛄群体较大的遗传分化。     

荣成湾孔鳐群体线粒体DNA cytb部分序列的遗传多样性分析

对2009 年和2011 年采自荣成湾的孔鳐(Raja porosa)群体共54 尾鱼的线粒体DNA 细胞色素b基因(cytb)部分序列进行测定, 以分析其遗传多样性和群体遗传结构。结果显示, 在所获得的782 bp 序列中, 共检测到11 个单倍型、15 个多态位点, 其单倍型多样性指数(H)为0.498±0.081, 核苷酸多样性指数(π)为0.0018±0.0005, 遗传多样性水平较低。其中, 2009 年样品检测到3 种单倍型、4 个单一变异位点, 其H 和π 值分别为0.378±0.181 和0.0010±0.0006; 2011 年样品检测到9 种单倍型、6 个单一变异位点和6 个简约信息位点, 其H 和π 值分别为0.352±0.086 和0.0020±0.0006。分子方差分析(AMOVA)分析显示它们的遗传变异主要集中在同年度个体间(98.22%), 而不同年度个体间的遗传变异远远小于同年度内个体间的变异。Kimura’s 2-parameter 模型分析得到的2009, 2011 年度孔鳐间的遗传距离为0.0013, 遗传分化系数为0.01778, 也表明2009 年和2011 年孔鳐的遗传分化程度低, 没有明显的遗传变异。中性检验表明, 荣成湾孔鳐群体可能发生过种群扩张。     

基于线粒体控制区部分序列的南海大斑石鲈遗传多样性分析

为了研究南海大斑石鲈(Pomadasys maculatus)不同地理群体的遗传多样性情况,作者测定了东兴、乌石、潭门、闸坡4个群体共计61尾大斑石鲈控制区的993 bp序列。检测出变异位点35个,单倍型47种,平均单倍型多样性指数为0.9884,核苷酸多样性指数为0.0076,总体表现出高单倍型多样性和低核苷酸多样性的特点,其中潭门群体核苷酸多样性相对较高(0.00879)。中性检验结果显示Fu’s Fs值均为显著负值–5.34(P=0.03),核苷酸不配对分布没有显著偏离群体扩张模型呈现出单峰(SSD值和Rg指数较小),表明大斑石鲈在历史上经历过种群扩张,推测扩张时间约4.74万~1.18万年间。群体间(0.0065~0.0089)与群体内遗传距离(0.0066~0.0089)处于同一水平,总遗传分化指数Fst为–0.0057(P0.05),群体间基因流Nm=33.76。不同组群划分方式的分子方差分析均表明群体内遗传差异显著大于群体间,遗传变异主要来源于群体内部。南海海域大斑石鲈群体遗传多样性匮乏,群体间不存在显著的遗传分化,可划归一个管理保护单元,潭门群体建议优先给予保护。     

文蛤鳃组织内共生菌分离鉴定和多样性分析

为探究文蛤(Meretrixpetechialis)鳃组织内共生菌群的群落组成及结构,采用纯培养方法,对文蛤鳃组织的内共生菌进行了分离、纯化和16S rRNA鉴定,共筛选到215株细菌,分属于变形菌门、厚壁菌门、拟杆菌门和放线菌门4个门级类群中,其中变形菌门是实现纯培养菌株数量最多的类群。基于16SrRNA序列信息,进一步对变形菌门的系统演化关系进行了分析,结果显示不同纲级类群的菌株分别聚集在了相应的分支内。另外,对获得的具有潜在抑菌活性或致病性的共生细菌进行了探讨,为后续对文蛤鳃内生菌的深入研究奠定了基础。     

一株产低温右旋糖苷酶海洋细菌的筛选和鉴定

从连云港海域筛选得到一株产低温右旋糖苷酶的菌株LP621,经形态特征、生理生化特征以及16S rDNA序列分析和鉴定,该菌株为Pseudoalteromonas tetraodonis.该茵产生低温右旋糖苷酶的最适作用温度为30℃,在80℃保温2.5 h后该酶仍具有40％以上的活性.目前尚无Pseudoalteromo...     

基于COI基因和D-loop区部分序列比较雷州半岛东、西岸湖栖鳍虾虎鱼群体的遗传多样性

为比较分析雷州半岛东、西两岸湖栖鳍虾虎鱼(Gobiopterus lacustris)遗传差异,以COI基因和D-loop区部分序列为分子标记,获取雷州半岛湖栖鳍虾虎鱼群体COI序列44条(九龙山群体21条,高桥群体23条)、D-loop序列53条(九龙山群体25条,高桥群体28条)。基于COI基因部分序列分析结果显示:619 bp的44条序列中,统计的变异位点29个;T、C、A、G碱基组成分别为:27.8%、31.0%、23.7%、17.5%,且A+T(51.5%)高于C+G(48.5%);单倍型多样性比较,九龙山群体(0.695)高桥群体(0.324);遗传分化分析表明东、西群体分化显著(Snn=0.0.591,0.01P0.05),基因流(Nm)为5.37,遗传分化系数(Gst)为0.147,固定指数(Fst)为0.042(0.001P0.01),核苷酸差异数(Kxy)为2.547,核苷酸歧义度(Dxy)为0.004。而基于D-loop区部分序列分析结果表明:563 bp的53条序列中,变异位点133个;T、C、A、G碱基组成分别为:32.3%、14.8%、35.5%、17.4%,A+T(67.8%)明显高于C+G(32.2%);单倍型多样性与COI分析结果类似,九龙山群体(0.797)高桥群体(0.661);遗传分化分析表明东、西群体分化极显著(Snn=0.970,P0.001),Fst为0.315(P0.001),Nm值为0.55,Gst、Kxy、Dxy分别为:0.157、3.506、0.006;AMOVA分析揭示群体内变异程度高于群体间;聚类分析表明,基于COI基因与D-loop区部分序列构建的邻位链接法聚类树(NJ树)均存在按照采样点聚类的现象,但D-loop更为明显。综上,雷州半岛东、西两岸湖栖鳍虾虎鱼群体出现较为明显的分化现象。     

海链藻目核糖体RNA基因片段的扩增及多样性分析

海链藻目(Thalassiosirales)的海链藻属(Thalassiosira)和骨条藻属(Skeletonema)微藻是形成春季赤潮的主要种类。为利用分子生物学方法分析表层海水主要赤潮形成藻的动态变化、快速鉴定赤潮形成藻种,设计了海链藻目特异引物,扩增了胶州湾近岸表层海水海链藻目18S核糖体RNA基因片断。随机测定10个序列,其中4个与海链藻属的Thalassiosi-ra concaviuscula的完全相同,其余的可确定属于海链藻属。表明该引物对能选择性地扩增海链藻目18S核糖体RNA基因片断。     

一株桑沟湾赤潮藻的分子鉴定

2011年5月山东荣成桑沟湾近海海域暴发赤潮,其规模在桑沟湾历史上罕见,较严重地影响了该海域水产动物的人工养殖。本文作者分离得到了赤潮暴发过程中海水里的一株优势种,并对其核糖体18S RNA基因(18S rDNA)和转录单元内间隔区(ITS)进行了序列扩增和分析。依据这两种序列构建的系统进化树都显示这株藻与卡罗藻Karlodinium veneficum(=K.micrum)完全聚在一起,因此推断出其应为K.veneficum,是一种常见有害赤潮藻。本文是卡罗藻在桑沟湾海域暴发的首次报道。