凡纳滨对虾CTSL基因与生长相关的SNP位点的特征

对3个凡纳滨对虾品系的CTSL基因进行单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism,SNP）筛查,发现在生长指标差异的对虾中存在特征较为显著的7个SNP位点,其中3个属于外显子上的突变,4个属于内含子上的突变．B210对虾品系体重月平均生长量约为7．58g,体长月平均生长量约为2．31cm,B310对虾品系体重月平均生长量约为3．96g,体长月平均生长量约为1．48cm,HNIT对虾品系体重月平均生长量约为3．04g,体长月平均生长量约为2．18em．从市场价值来看,B210和B310品系比HNTr品系生长相对好些．进一步的PCR产物直接测序比较分析表明在生长指标较好的对虾品系,这7个SNP位点表现为纯合子;而在生长指标较差的对虾品系,在这7个SNP位点上31．6％表现为杂合子．虽然国内外有不少关于CTSL基因SNP位点的报道,但是与生长快慢的相关分析还鲜有报道,且这些SNP位点与前人发现的位点有所不同．本研究发现的CTSL基因的SNP位点与对虾生长快慢相关,将为凡纳滨对虾生长研究提供有用信息,从而有助于为对虾选育提供可靠的分子标记．     

凡纳滨对虾大量EST的生物信息学分析

凡纳滨对虾是我国乃至世界最重要的对虾养殖种。EST(expressed sequence tags)测序是对没有基因组背景的生物进行功能基因分析最为有效的方法之一。为了研究凡纳滨对虾重要功能基因、以及为筛选分子标记奠定基础,本文集成了一套快速高效的EST信息深度挖掘的方法,并对公共数据库中161 241条凡纳滨对虾EST序列进行分析,获得了20 410 条unigenes,包括14 236条contigs和6 174条singlets。通过与NR数据库比对发现有注释的基因7 984条,并对其余12 426条未知基因中的4 702条进行了功能域注释。对有NR注释的基因的GO 分类分析获得其中2 715条基因的生物学过程、细胞定位和分子功能分类信息。此外,通过与模式生物通路图进行比对和定位,将3738条基因定位到270个KEGG通路图中,发现凡纳滨对虾的9条unigenes与果蝇丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)通路的5个关键基因对应,提示凡纳滨对虾很可能存在类似的重要信号转导通路。另外,通过对6种组织,包括肝胰腺、淋巴器官、血细胞、鳃、眼柄和神经的EST进行比较分析,筛选获得了组织特异性转录本共7 000余条,并对这些特异性转录本进行了功能分类。本研究不仅开发了公共基因资源发掘的方法,也为对虾功能基因的研究利用提供了重要参考数据。     

凡纳滨对虾α-淀粉酶基因PCR-RFLP多态性与生长性状的相关分析

采用PCR-RFLP法对379尾凡纳滨对虾α-淀粉酶基因(AMY)多态性进行检测,并分析AMY基因多态性与生长性状的相关性.结果表明:引物AMY-5与AMY-6扩增片段均具多态性,引物AMY-5扩增产物有CC,CT和TT 3种基因型,AMY-6扩增产物有AA,AB和BB 3种基因型.AMY基因AMY-5引物位点TT基因...     

凡纳滨对虾生长性状的双列杂交分析

以来源于两个不同遗传背景群体的凡纳滨对虾Litopenaeus vannamei为亲本,设置PP(P♀×P♂)、PH(P♀×H♂)、HP(H♀×P♂)、HH(H♀×H♂) 4个实验组(P代表进口群体,H代表选育群体),进行进口个体(P♂和P♀)与选育个体(H♂和H♀)间的双列杂交实验,分析比较其子一代的生长与存活情况.结果发现,对虾存活由高到低顺序为HH>HP>PH>PP,PH实验组表现出明显的存活杂种优势,其育苗期间的杂种优势平均值为(27.72±11.88)%,下塘90d后成活率的杂种优势为30.50%.在生长前期(30日龄以前)对虾平均体长和体重的顺序是HP>PH>HH>PP,而在生长后期则为PP>HP>PH>HH.HP实验组在整个养成期(10、30、60和90d)均表现出体长和体重上的杂种优势,杂种优势值分别为24.00%、13.71%、2.55%、2.79%和112.46%、54.06%、8.16%、12.48%.结果表明,选育群体为母本、进口群体为父本的对虾杂交后代的生长和存活性状明显提高.     

凡纳滨对虾溶菌酶基因在大肠杆菌中的表达和活性检测

将凡纳滨对虾(litopenaeus vannamei)血淋巴细胞中提取的总RNA,经RT-PCR扩增溶菌酶基因(LvLys 基因)的开放阅读框,将其克隆至pMD18-T并测序.用限制性内切酶BamHⅠ和HindⅢ双酶切取目的基因并与表达载体pET-28a(+)连接,构建重组质粒pET-28(a+)/LvLys,转移到BL21(DE3)中诱导表达.经亲和纯化得到凡纳滨对虾重组溶菌酶.抑菌活性检测表明重组溶菌酶对大肠杆菌TOP10有一定抑制作用.     

凡纳滨对虾EST-SSR标记的筛选及遗传多态性检测

为了研究我国海南地区某凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)繁育群体的种质资源多样性,选取14个比利时野生对虾的EST微卫星标记,以240个中国人工选育的凡纳滨对虾个体为研究对象,检测这些标记在该养殖群体遗传多样性评估中的可行性,结果表明,有7个引物可扩增出清晰条带,其中5个引物(CNM-MG 345,...     

凡纳滨对虾P23蛋白基因的筛选、表达和生物信息学分析

克隆凡纳滨对虾极端体重个体的组织差异表达基因P23基因并进行生物信息学分析, 为进一步研究该基因的功能以及凡纳滨对虾的分子选育等研究提供信息。以凡纳滨对虾雌虾极端体重个体腹部肌肉为实验材料, 利用抑制消减杂交(SSH)技术构建极大体重雌性个体和极小体重雌性个体腹部肌肉组织正反向消减cDNA文库:正库(以极大体重个体为试验组, 以极小体重个体为驱动组, L-S)和反库(以极小体重个体为试验组, 以极大体重个体为驱动组, S-L)消减cDNA文库, 并采用实时定量技术分析P23基因的组织表达规律, 利用生物信息学对其功能和结构进行预测。以β-actin为看家基因检测两个文库的消减效率分别为210和25, 实时定量技术分析结果表明P23基因在体重的调节中起上调作用。P23基因编码区序列全长495bp, 编码165个氨基酸, GenBank登录号:JF806619。生物信息学分析发现P23蛋白部分序列含有强疏水性, 无跨膜螺旋结构, 两种信号肽预测都显示P23含有信号肽。     

凡纳滨对虾家系淡水耐受性状与生长性状的关系

本研究对亲本来自不同遗传背景的10个凡纳滨对虾家系进行了淡水应激试验和淡化培育试验,分别测定了其淡水应激存活率和淡化培育过程中的各项生长性状指标,并研究了凡纳滨对虾家系淡水耐受性与其淡化培育过程中生长性状的关系。结果显示:1)10个凡纳滨对虾家系淡水应激存活率存在极显著差异(p0.01),由高到低为TF-1(68%)DG-1(58%)HX-2(56%)SD-1(50.5%)TF-2(38%)=DG-2(38%)DF-1(35%)SD-2(34%)DF-2(33%)HX-1(27%);2)淡化培育过程中,10个凡纳滨对虾家系之间的淡化培育存活率由高到低为TF-1(51%)SD-1(44%)DG-1(40%)TF-2(36%)HX-2(29%)SD-2(25%)DG-2(20%)DF-2(17%)DF-1(16%)HX-1(13%),存在极显著差异(p0.01),体重增长率、特定生长率和体长增长率10个家系之间存在显著性差异(p0.05),而且不同家系的饵料系数之间也存在显著性差异(p0.05);3)获得的家系TF-1的淡水应激存活率(68%)、淡化培育存活率(51%)、体重增长率(17.54mg·d–1)、特定生长率(6.68)和体长增长率(0.53mm·d–1)都高于其他家系,饵料系数(0.82)与其他家系相比则最低;4)淡水应激存活率与淡化培育存活率及体长增长率存在极显著的相关性(r0.8,p0.01),与平均增重率、特定生长率、饵料系数存在一定的相关性(0.5|r|0.8,p0.05)。研究表明:凡纳滨对虾仔虾的淡水应激存活率反映了虾苗的耐淡能力,可作为选择淡化培育用虾苗的一个重要指标;家系TF-1为进一步选育出耐淡能力更强和生长更快的新品系提供了基础。     

长期低渗胁迫诱导凡纳滨对虾肝胰腺差异表达基因的研究

本研究构建了长期低渗胁迫诱导凡纳滨对虾肝胰腺差异表达基因的cDNA文库。在此基础上,探讨了在不同盐度处理时反向文库5个基因(血蓝蛋白、蜕皮类固醇调节蛋白、几丁质酶、胰凝乳蛋白酶1和胰蛋白酶)mRNA表达量的变化情况,以期从分子机理上了解,在长期低盐养殖条件下凡纳滨对虾的生长性能和生理状态的关系。长期低盐养殖实验结果表明,随着盐度的降低,凡纳滨对虾的末重、增重率和特定生长率显著地降低(P<0.05);盐度2处理组成活率显著低于盐度10处理组和对照组(P<0.05);与对照组相比,盐度2处理组血蓝蛋白、几丁质酶、蜕皮类固醇调节蛋白、胰蛋白酶和胰凝乳蛋白酶1mRNA表达量显著性下调,分别下降了50%、31%、91%、25%和35%;盐度10处理组血蓝蛋白、胰蛋白酶和胰凝乳蛋白酶mRNA表达量显著性下调,分别下降了31%、72%和15%;短期低盐胁迫组几丁质酶和蜕皮类固醇调节蛋白mRNA表达量上调3.07和2.47倍。结果表明,盐度降低到一定程度,可显著降低凡纳滨对虾的生长性能和成活率;5个基因表达量在胁迫24h和56d后表达量变化明显不同,说明凡纳滨对虾对长期和短期盐度胁迫采取不同的应答策略。以上结果丰富了甲壳动物环境胁迫研究的基因信息。     

凡纳滨对虾不同家系间繁殖性状的比较

在相同的养殖条件下,从15个凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)留种家系中各筛选30尾雌虾,记录60 d内每尾雌虾的产卵时体质量(SW)、产卵量(EN)、卵径(ED)、受精率(FR)、受精卵孵化率(HR)、连续两次产卵间隔时间(SI),分析各家系繁殖性状的差异性和各繁殖性状间的相关性。结果显示,各家系间繁殖相关性状差异显著(P<0.05),其中F415家系SW为55.36 g,显著大于其他家系(P<0.05),F413家系EN最高为26.52万粒,F402家系雌虾产卵FR和HR率均最高分别为83.19%和84.68%,F407、F401家系SI最短分别为5.03 d和5.06 d,以EN>20万粒、SI<9 d、FR>60%、HR>60%为选择标准,筛选出F401、F405、F407、F409、F413、F415六个家系雌虾作为凡纳滨对虾高繁殖力品系培育的亲虾;各繁殖性状中SW与EN间的相关系数为0.260呈极显著相关(P<0.01),EN与FR和HR间的相关系数分别为0.155和0.239呈极显著相关(P<0.01),SI与EN和HR间的相关系数分别为-0.121和-0.078分别呈极显著负相关(P<0.01)和显著负相关(P<0.05)。研究表明,凡纳滨对虾雌虾繁殖性能具有较大的家系选择潜力;在高繁殖力凡纳滨对虾品系培育的过程中应以雌虾平均单次产卵量和连续两次产卵间隔时间作为的选育的目标性状。     

凡纳滨对虾C-型凝集素LvLec2 对不同刺激的免疫应答

克隆获得了与中国明对虾(Fenneropenaeus chinensis)C-type lectin 3同源的C-型凝集素LvLec2基因序列,并通过Real-time PCR研究了其在脂多糖(lipopolysaccharide,简称LPS)、灭活溶壁微球菌(Micrococcus lysodeikticus)和白斑综合症病毒(white spot syndrome virus,简称WSSV)刺激后的转录表达变化。结果表明,LvLec2编码157个氨基酸,含有1个糖识别结构域(carbohydrate recognition domain,简称CRD),其CRD结构域中具有决定糖结合特异性的基序"EPS"(Glu118-Pro119-Ser120)序列。系统进化树分析表明LvLec2与已发表的凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)C-型凝集素亲缘较远。LPS、灭活溶壁微球菌和WSSV刺激后,LvLec2基因在肝胰脏中的转录表达有明显的变化但表达模式不同。LvLec2可能作为模式识别受体参与了对虾对病原的识别或防御。     

厚蟹线粒体16S rRNA基因序列分析及系统发育研究

对我国沿海天津厚蟹6个群体、侧足厚蟹4个群体、伍氏仿厚蟹2个群体和日本仿厚蟹1个群体的线粒体16S rRNA基因片段进行了序列测定;结合从GenBank下载的其他厚蟹序列,分析了厚蟹分子系统发育关系.除天津厚蟹丹东群体的2个个体16S rRNA基因片段长度为526 bp外,其他天津厚蟹和侧足厚蟹均为525 bp;除日照...     

二溴海因和碳水化合物水平对凡纳滨对虾生长和免疫的影响

研究了低盐度条件下,二溴海因和碳水化合物水平对凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)生长和免疫的影响,共3个实验。实验1研究了二溴海因对凡纳滨对虾存活的影响,发现在0.2、5和20三个盐度水平,随着二溴海因浓度的升高,凡纳滨对虾存活率呈下降趋势;二溴海因对凡纳滨对虾的安全浓度随盐度的增加呈上升趋势。实验2和实验3研究了盐度、二溴海因浓度和饲料中碳水化合物水平对凡纳滨对虾生长和免疫的影响,结果表明:在低盐度养殖条件下,凡纳滨对虾长期生活于二溴海因环境中,可导致对虾处于应激状态,需要消耗体内较多的免疫因子,血清酚氧化酶和超氧化物歧化酶活性降低,生长速度下降,而在饲料中适量增加碳水化合物不仅可促进对虾生长又可起到饲料蛋白质节约作用。     

东北七鳃鳗和日本七鳃鳗成体形态性状对体质量的影响分析

为研究东北七鳃鳗和日本七鳃鳗形态性状对体质量的影响,测量314尾东北七鳃鳗和302尾日本七鳃鳗成体的体质量(Y)和全长(X_1)、躯干长(X_2)、尾长(X_3)、头长(X_4)、吻长(X_5)、眼径(X_6)、背鳍前长(X_7)、眼后头长(X_8)8个形态性状,运用相关分析、通径分析和回归分析方法,确定影响体质量的主要形态性状,建立体质量和形态性状的多元回归方程。分析结果显示:东北七鳃鳗和日本七鳃鳗体质量服从正态分布,体质量的变异系数最大,全长、躯干长、尾长、头长、吻长、眼径、背鳍前长和眼后头长8个形态性状均与体质量呈正相关(P0.01)。经偏回归系数检验,东北七鳃鳗全长、头长、眼径和眼后头长呈显著性水平(P0.05),其通径系数分别为0.636、0.202、0.060和0.105;日本七鳃鳗全长、吻长和眼后头长呈极显著性水平(P0.01),其通径系数分别为0.730、0.098和0.153。单个性状对体质量的决定系数中,东北七鳃鳗和日本七鳃鳗全长对体质量的决定系数最大。东北七鳃鳗和日本七鳃鳗形态性状的单独决定系数和两个共同决定系数的总和分别为0.855和0.857。建立以东北七鳃鳗全长、头长、眼径和眼后头长4个形态性状为自变量,体质量为因变量的多元回归方程:Y=1.502X_1+2.699X_4+8.554X_6+1.915X_8-41.547;日本七鳃鳗全长、吻长和眼后头长3个形态性状为自变量,体质量为因变量的多元回归方程:Y=4.895X_1+9.688X_5+6.973 X_8-157.460。东北七鳃鳗和日本七鳃鳗成体形态性状对体质量的分析为七鳃鳗优良亲本的人工选育以及其形态学研究提供参考依据。