牙鲆GHR基因Promoter区微卫星序列多态性与生长性状关系的初步研究

采用牙鲆GHR基因5'端Promoter区的1个微卫星标记,对胶南和日照2个牙鲆养殖群体进行了群体遗传多样性的研究,并探索该基因多态性位点与牙鲆生长性状之间的相关性.结果表明,2个群体在该座位的等位基因数为12和9个,有效等位基因数为6.26和5.04个,多态信息含量为0.84和0.80.2个群体该座位的Hardy-Weinberg遗传偏离指数均为正值,并没有显示出杂合子缺失,但各基因型分布频率都在一定程度上偏离Hardy-Weinberg平衡(P<0.01).连锁分析中发现,在胶南群体中,IM基因型对应的个体在全重、全长、体长、头长、体高和眼径形态学数据中均是最大的;在日照群体中,BC基因型对应的个体在全重、全长、体高、尾柄高、尾柄长和眼径数据中均是最大的;而CJ基因型对应的个体在体长和头长这两组数据中是最大的.该结果为研究GHR基因的变异对鱼类生长发育的影响及探索将该基因作为生长遗传标记的可行性奠定了实验基础.     

中华鳖（Pelodiscus sinensis）不同种群酪氨酸酶（TYR）基因的克隆及其多态性分析

以中华鳖4个种群80个个体（太湖种群、日本品系种群、台湾引进种群和“清溪乌鳖”种群）肌肉基因组DNA为模板,利用已知酪氨酸酶（Tyrosinase,TYR）基因部分序列设计合成特异引物进行PCR扩增,克隆并测定了TYR基因的核苷酸序列。扩增所得的696bp序列中共有13个多态性核苷酸位点。中华鳖体色变异种群的3个个体均在第186核苷酸位点出现相同的变异。以此设计酶切位点,选用SmaⅠ内切酶进行RFLP,结果显示80个中华鳖个体的TYR基因存在多态性。AA型基因除在中华鳖体色变异种群内未发现外,其余三个种群内的频率大小顺序为日本品系种群（60％）〉台湾引进种群（30％）〉太湖种群（20％）,以省外品种为丰富;AB基因型频率大小顺序为“清溪乌鳖”种群（70％）〉台湾引进种群（50％）〉太湖种群（40％）〉日本品系种群（30％）。     

马氏珠母贝生长性状相关QTL在两个群体中的验证

对两个通过遗传图谱构建定位的马氏珠母贝(Pinctada ucata)生长性状相关的QTL在两个不同群体中进行验证分析。结果显示:QTL471489在深圳群体中与壳高、壳宽显著相关(P0.05),其CT基因型个体的壳高、壳宽和体质量显著大于CC基因型,CT为优势基因型;而在杂交群体中该QTL与生长性状关联不显著(P0.05),但CT基因型的生长性状值仍最大。QTL410206在深圳群体中与生长性状关联不显著(P0.05),而在杂交群体中该QTL与壳高、壳长、壳宽和体质量显著相关(P0.05),AA为优势基因型。基于这两个QTL在这2个群体中分别构建二倍型,发现在深圳群体中C1(CTAT)型和杂交群体中D1(CTAA)、D2(TTAA)、D3(CCAT)、D4(TTAT)、D5(CTAA)型对马氏珠母贝的生长最为有利,可作为优选的基因型组合。     

新月细柱藻（Cylindrotheca closterium）种复合体研究

研究并建立采自胶州湾的11株大小存在差异的新月细柱藻单克隆培养体系。对其核编码的SSU rDNA基因和叶绿体编码的rbcL基因进行了克隆和测序。序列分析表明，11株C．closterium的SSU rDNA基因和rbcL基因存在很大的序列变异。依据rhcL基因核苷酸序列推导的氨基酸残基变异则明显小于核苷酸变异。分别通过两基因核苷酸序列构建的邻接（Neighbor joining，NJ）系统发育树将11株C．closterium分成相同的6个分支（clade）。通过SSU rDNA基因构建的NJ树将所有的细柱藻聚为一支。SSU rDNA基因NJ树将细柱藻分为2个明显的支系（lineage）：支系Ⅰ由12株C．closterium组成，包括本实验分离到的全部11株C．closterium，该支系中部分节点没有得到较高的支持率（〈50％）；支系Ⅱ包括2株C．closterium和1株C．fusiformis。在rbcL基因NJ树中细柱藻也形成2个支系，11株C．closterium组成1个支系，系统树中每个节点均得到很高的支持率（〉70％）。统计分析表明，支系Ⅰ中株系间的平均遗传距离高于其它微藻种的种内变异程度，差异极显著（P〈0．01）。上述分析结果证实C．closterium实际上是1个种复合体（species complex），可以被细分为若干个种。     

条纹斑竹鲨线粒体控制区和细胞色素b基因序列分析

对厦门和湛江海域的条纹斑竹鲨Chiloscyllium plagiosum（Bennett,1830）]的线粒体DNA控制区和细胞色素6（Cytb）基因进行PCR扩增和测序,获得线粒体DNA控制区、Cytb基因和tRNA^Pro。基因全序列（GenBank序列号：EU363740～EU363752）。结果表明,tRNA^Pro。基因长度为69bp,控制区长度为1094～1096bp,Cytb基因全序列长度为1146bp。tRNA^Pro。基因非常保守,未发现碱基变异。所测30个个体中,控制区只有4个多态位点,5种不同的单倍型;Cytb基因全序列共有10个多态性位点,7种单倍型。Cytb基因的1146个碱基编码381个氨基酸,氨基酸链共有3个变异位点,4种单倍型,厦门群体具有4种单倍型,湛江群体只有1种单倍型。综合Cytb基因和控制区序列,2个条纹斑竹鲨群体共有10种单倍型,其中厦门群体有9种单倍型,湛江群体仅4种单倍型。研究结果表明条纹斑竹鲨在控制区和Cytb基因序列上的遗传多样性均较低,厦门群体的遗传多样性水平高于湛江群体。     

同工酶电泳技术与遗传变异研究

在自然界，任何一个生物种类都是以群体方式存在的，而群体内个体之间的各种相互作用则是生物群体的显著特征。一个群体是由交配和亲手关系相连的个体构成的集团，对于有性生殖的生物来说，一个孟德尔群体是指能相互交配以有性方式产生个体的集团。生物的群体具有超越个体性状的特征，群体的生长不同于个体的生长；而根据某个数量形状的分布或某个鉴别基因的频率就可以描述人类种族之间的差异或区别生物各个不同的群体（根井正利，1983），更重妥的是，从遗传学和进化的角度讲，群体是进化的单位，而个体则不是，因为一个个体在其一生中其基…     

凡纳滨对虾CTSL基因PCR-SSCP多态性与生长 性状的关联分析及其mRNA的差异表达

利用PCR-SSCP技术对379尾凡纳滨对虾组织蛋白酶Cathepsin L（CTSL）基因多态性进行检测,采用最小二乘法对多态性与生长性状的相关性进行分析;利用Real-time quantitative PCR检测CTSL基因mRNA的差异表达情况。结果表明:引物C6 （F/R）扩增片段具有多态性,其扩增产物具有CC、CT和TT 3种基因型,TT基因型与CC基因型相比在第6外显子92 bp处发生了C→T的突变,为沉默突变。最小二乘法分析结果表明,在体重、体长、第一腹节长和尾节长这4个指标上CC和CT基因型显著高于突变型TT（p<0.05）,而在头胸甲长和头胸甲宽2个指标上,CC基因型显著高于CT和TT基因型（p<0.05）。CTSL基因mRNA在凡纳滨对虾各组织、不同性别个体肌肉组织、极端体重个体肌肉组织中相对表达量大小顺序分别为:肝胰脏>胃>眼柄>心脏>消化腺;雌虾>雄虾;极大个体>极小个体。结论:CTSL基因多态性对凡纳滨对虾生长性状有显著影响,可以作为影响该虾生长性状的候选基因,为该虾的选育提供分子遗传标记;CTSL基因mRNA的分布情况表明此基因可能正向调控对虾生长。     

贝类遗传多样性及其永续利用(Ⅱ)

2 遗传多样性的永续利用 贝类遗传多样性研究的最终目的是利用贝类的基因库。对基因库的利用大体可分为两种形式:①当前基因库不加修饰的利用,即直接利用野生原型。目前世界各国贝类基因库的利用大多采用这种形式。②基因库经过修饰后的利用。这包括转基因、染色体工程、杂交及选择育种等。虽然这些方式在基因库的利用机制上有些不同,但其目的都是使野生型经济动物的目的性状得到改良,或为这种改良提供目的基因。这些基因库的利用方式的效果都直接与遗传多样性有关。     

中国近海皱纹盘鲍不同地理群体的遗传结构与变异研究

皱纹盘鲍(Haliotis discus hannai Ino)是我国重要的经济海洋生物资源，以其营养价值高、味道鲜美而居海产八珍之首。由于资源的过度采捕、日益增加的养殖活动及海区环境污染等，可能会使皱纹盘鲍的遗传结构发生改变，继而影响到其适合度。为了种质资源的保护和可持续利用，同时也为了进一步完善皱纹盘鲍苗种繁育技术工艺，对我国近海皱纹盘鲍野生群体的遗传结构和变异研究是很有必要的。 等位基因酶电泳技术是研究海洋贝类遗传结构与变异的重要手段之一。目前世界上已有近百种海洋贝类的遗传结构和变异得到研究(张国范，1992；张国范等， 1993)，皱纹盘鲍日本分布区不同群体遗传结构和变异研究也有相关报道(Fu jino et al., 1978)。本文作者采用等位基因酶电泳技术，随机选取了24个等位基因位点，对皱纹盘鲍我国分布区内四个野生群体的遗传结构和变异进行研究，为我国皱纹盘鲍种质资源研究和可持续利用提供基础数据。     

基于COI序列分析东海区四指马鲅（Eleuther onema tetradactylum）的种群遗传结构

采用COI基因片段研究了东海区象山（xs）、乐清（YQ）和宁德（ND）三个四指马鲅群体的遗传多样性和种群遗传结构。在90个四指马鲅个体中,共检出单倍型13个,包括变异位点23个,其中简约信息位点14个。在三个种群中,YQ群体具有最高的单倍型多样性和核苷酸多样性水平,但整体上,三个群体的遗传变异水平均比较低。中性检验结果表明,三个群体内部在分子水平可能存在自然选择作用。NJ系统发生分析发现,YQ部分单倍型与XS和ND群体聚在一起,而与另一部分YQ群体遗传分化较大。AMOVA分析显示,遗传差异主要来自于群体内部（79．66％）。     

马氏珠母贝生长性状QTL鉴定及基因型选择效应分析

对马氏珠母贝生长性状QTL411871进行初步验证,然后建立两种基因型组配:♀AT×♂AT(30号)和♀TT×♂AT(31号),对其实际的基因型效应进行分析。结果显示,QTL411871在验证群体中与闭壳肌重显著相关(P0.05),优势基因型为AT。在30和31号基因型组配中,QTL411871与生长性状关联不显著(P0.05),AT基因型的遗传效应小,但仍是个体生长性状均值最大的基因型。QTL423886标记在30号组配中与壳高、壳长和总重显著相关(P0.05),其AG基因型个体的壳高、壳长和总重显著大于GG基因型;而在31号组配中与生长性状关联不显著(P0.05)。基于这2个QTL标记在30和31号组配中分别构建二倍型,发现在30号组配中二倍型C1(ATAG)和31号组配中D1(ATAA)型对马氏珠母贝的生长最为有利,可作为优先的基因型组合。该结果为开展马氏珠母贝的分子标记辅助选择育种提供了指导。     

中华乌塘鳢的群体生物学研究 Ⅱ.生化遗传变异

用同工酶谱法发现中华乌塘鳢Bostrichthy sinensis四个群体的遗传变异水平很低,在所检测的30个基因座位中,多态座位比例只有0—10％,平均杂合度仅为0.2—0.5％,物种的平均杂合度为0.33±0.10％。四个群体共享常见的等位基因。虽然其中三个群体拥有特有的等位基因,但其基因频率都未超过5％。四个群体的Nei氏遗传距只有1.68—12.13×10~(-5)。据分析,近交可能是遗传变异水平低和形态特征分化差的主要原因。种苗生产上应注意广泛采集不同地理群体的鱼作亲鱼,以丰富养殖群体的基因库。     

马氏珠母贝两个与生长性状相关QTL 的验证

利用2个马氏珠母贝群体对遗传连锁图谱已经定位的,与马氏珠母贝生长性状相关的数量性状位点(Quantitative trait locus,QTL)中的两个进行验证。结果显示:m59标记在2个群体中与壳高、壳长、壳宽和总重具有显著的相关性(P0.05),其GT基因型的个体壳高、壳长、壳宽和总重均显著高于GG基因型的个体;154165标记在湛江群体中与壳高具有显著相关性(P0.05),而在深圳群体中与壳宽具有显著相关性(P0.05);表明QTL标记m59在2个群体中是共享QTL,而154165标记在群体中是特异QTL。基于这两个QTL在这2个群体中分别构建二倍型,发现在湛江群体中二倍型C_1(AAGT)和深圳群体中D_1(AGGT)型和D_2(AAGT)型对马氏珠母贝生长最为有利,可作为优先的基因型组合。     

缢蛏(Sinonovacula constricta)EST-SSR标记与生长性状的相关性分析

利用16个微卫星标记对缢蛏F1家系的遗传多样性和标记-性状相关性进行了研究。结果显示,16个SSR位点共检测到39个等位基因,平均等位基因数(Na)和平均有效等位基因数(Ne)分别为2.44和2.09;多态信息含量(PIC)为0.40;平均观测杂合度(Ho)与期望杂合度(He)分别为0.58和0.63,部分位点基因型分布严重偏离孟德尔定律,暗示其可能与适应性基因相连锁,其中YC-8位点附近可能存在杂合不利存活基因。位点YC-96和YC-123与体重呈显著相关(P0.05),YC-96的BC基因型和YC-123的BB基因型均为体重性状的优势基因型,其对应的壳长、壳宽、壳高和体重4个生长性状表型值都最大,可以作为选育快长性状的候选分子标记;YC-1位点与壳宽呈显著相关(P0.05),其中BB型是壳宽的优势基因型;YC-93位点与壳宽、壳高呈极显著相关(P0.01),其中AB型是壳高的优势基因型,BB和BC型是壳宽的优势基因型。对YC-1、YC-93、YC-96和YC-123进行以体重性状为参照的不同基因型组合比较,找到了最优组合(BB/BB(BC)/BC/BB),与4个位点单独分析对应的最优基因型基本完全一致,符合加性作用模型。筛选出的与生长性状相关的标记可为标记辅助选择育种(MAS)提供参考依据。     

淋巴囊肿病毒mcp基因变异特征及其基因型分析

淋巴囊肿病毒是引起多种海、淡水鱼淋巴囊肿病的病原,且不同淋巴囊肿病毒分离株间存在一定的差异。本文对25株淋巴囊肿病毒分离株mcp基因的变异特征进行分析,结果表明:分离自同一宿主的淋巴囊肿病毒mcp基因序列并非完全一致,有些同宿主分离株间存在着较少的变异,其MCP蛋白序列间的变异位点多位于不规则结构域、属于非蛋白相互作用位点;分属不同基因型淋巴囊肿病毒分离株MCP蛋白序列间的变异位点也多位于不规则结构域,变异位点为蛋白相互作用位点的比率仅占21.98%。金头鲷淋巴囊肿病毒分离株LCDV-sa是一种新的淋巴囊肿病毒基因型,此25株淋巴囊肿病毒可分为7个基因型。对淋巴囊肿病毒变异的研究,可加深对其感染机制的认识,有助于了解其传播途径,可为淋巴囊肿病的防控提供重要的理论依据。     

中国对虾(Fenneropenaeus chinensis)人工选育群体不同世代的微卫星分析

采用微卫星DNA技术对中国对虾人工选育快速生长基础群体和4个连续世代共计100个个体进行了遗传分析。对8个基因位点进行了扩增，共得到71个等位基因。每个位点的等位基因数从6到16不等，其大小在159--600bp之间，P，C(Polymorphism Information Content)值为0．6628—0．9051，基因型数为17—67。5个世代群体的平均杂合度分别为0．7188、0．5687、0．6188、0．6438、0．66937。从F-检验的数据来看，配对比较Fst值表明5个世代群体间的遗传分化程度较弱。Fi值的计算结果表明，有5个群体位点杂合度处于过剩状态，但对整个群体而言，5个世代群体均表现为一定程度的杂合子缺失。通过计算每个位点的等位基因数(nα)、有效等位基因数(αe)、基因型数目(G)、最高频率等位基因的频率(F)，以及基于基因型的P值，比较了5个群体的遗传变化。另外，5个世代群体间的相似性系数以及彼此间的遗传距离，体现出人工选育群体间的遗传分化程度较低，说明5个世代群体间的遗传分化程度较低，还有较大的选育潜力，可以继续保持遗传响应。     

3种蛏类线粒体16SrRNA和COI基因片段的序列比较及其系统学初步研究

对3种蛏类大竹蛏（Solen grandis），长竹蛏（Solen strictus）和小刀蛏（Cultellus attenuatus）的线粒体16SrRNA和COI基因片段序列进行了比较并对其系统学进行了初步研究。得到的序列总长度分别为472-481bp（16S）和658bp（COI）。3种蛏序列的碱基组成均显示出较高的A＋T比例（16SrRNA基因62．1％；COI基因62．8％）。对位排序比较表明，16SrRNA片段种内个体间变异较小，3种类间存在128个碱基变异位点（其中包括127个简约信息位点）和5个插入／缺失位点，总共12个碱基长；COI片段有200个碱基存在变异，其中包括191个简约信息位点，不存在任何插入／缺失位点。数据分析结果表明16SrRNA和COI基因片段大竹蛏与长竹蛏两片段的遗传距离分别为0．0856和0．1712，两竹蛏类与小刀蛏的遗传距离分别为0．3054，0．2798和0．2662，0．2933。作者认为小刀蛏与竹蛏之间的遗传距离已达到科之间的水平，结果支持将其提升为刀蛏科的分类观点。3种蛏类线粒体16SrRNA和COI基因在种间明显的多态性，证实了16SrRNA和COI基因序列均普遍适用于蛏类种及以上阶元的系统学分析。     

翘嘴鳜(Siniperca chuatsi)EST-SSR标记与生长性状相关性及4个选育群体遗传结构研究

采用翘嘴鳜(Siniperca chuatsi)转录组高通量测序并筛选得到的13对多态性EST-SSR引物,对60尾翘嘴鳜的体长、体高、体厚及体重4种生长性状进行标记-性状相关性研究,并对4个翘嘴鳜选育群体各30尾个体进行遗传结构分析。结果显示,与其生长性状显著相关的微卫星分子标记有5个,包括:分别与体厚和体长极显著相关(P0.01)和显著相关(P0.05)的标记C10127,AA型为体长、体厚的优势基因型,而AC型为劣势基因型;与体重显著相关(P0.05)的标记C19016,AA型为体重的优势基因型,AB型为体长的劣势基因型;与体厚显著相关(P0.05)的标记C14847,BB型为体厚的优势基因型;分别与体长、体高和体重、体厚极显著相关(P0.01)和显著相关(P0.05)的标记C12350,BC型为体长、体厚、体高和体重性状的优势基因型;分别与体厚、体重和体高极显著相关(P0.01)和显著相关(P0.05)的C18691标记,BB型为体厚、体重和体高性状的优势基因型。4个翘嘴鳜群体遗传多样性高低依次为太湖选育群体长江口选育群体洪泽湖选育群体鄱阳湖选育群体,其平均的等位基因数、有效等位基因数、观测杂合度、期望杂合度和多态信息含量分别为2.2115、1.9405、0.55513、0.5925和0.3775,属于中度多态水平。     

《海洋与湖沼》2010 年第3 期导读

<正>中国沿海7个长蛸(Octopus variabilis)群体COI基因的遗传变异研究采用线粒体DNA细胞色素氧化酶亚基I(COI)基因序列测定技术分析了中国沿海重要经济头足类长蛸7个野生群体的种群遗传结构及其变异。结果表明,我国长蛸资源存在相对丰富的遗传多样性,群体间存在显著的遗传分化(P0.05),遗传结构基本符合脚踏石模型。遗传距离分析表明,由厦门群体组成的类群与其他2类群间的遗传距离达到0.086~0.098,可能达到了亚种的分化。     

水产养殖环境常见四环素类抗生素抗性基因tet（M）的演化及传播的初步分析

利用分子系统学方法分析了20 条水产养殖环境中常见的四环素抗性tet（M）基因的序列特点、多态性及系统发育, 并对其细菌寄主分类、环境介质来源作相关性分析。结果表明, 20 条基因序列有4种单倍型, 其中tet（M）-b 和d 是两种远缘基因型, 而a 和c 则是二者之间的序列变异。系统发育树分成三大分支, tet（M...