两个奥利亚罗非鱼群体热休克蛋白70基因序列比对分析

采用RACE技术,对两个奥利亚罗非鱼群体(Oreochromis aurea)(美国奥利亚和中国奥利亚)热休克蛋白Hsp70基因完整编码区(code sequences,CDS)cDNA的进行克隆测序。序列分析结果表明:两个奥利亚罗非鱼群体热休克蛋白Hsp70基因CDS序列完全相同,全长1 923 bp,编码640个氨基酸,相对分子质量为70.29×103,理论等电点5.462,均具有Hsp70家族的3个签名序列:IDLGTTYS、IFDLGGGTFD、VVLVGGSTRIPKIQK;核定位信号标签KRKHKKDISQNKRALRR;Dank特征基序DLGTT-S-V;胞质Hsp70特征基序EEVD;靠近C端的GGMP4肽序列;2个糖基化位点NKSI和NVSA。对所得基因序列与已发表的青锵(Oryzias latipes)等物种Hsp70基因的氨基酸序列进行同源性比较,发现两个奥利亚罗非鱼群体与莫桑比克罗非鱼最高99.4%,与牙鲆最低83.9%;系统进化树分析表明奥利亚罗非鱼的Hsp70 cDNA序列与青鳉等物种的Hsp70基因聚在一支,而与牙鲆的Hsp70基因相分离。     

广东普通野生稻中抗病类似物基因的克隆及序列分析

植物抗病基因(R基因)决定对某种病原物的抗性,其产物与病原物的无毒基因产物识别起始信号传导将信号传递到细胞体内,引起防卫基因的表达而导致植物产生抗性反应,这就是基因对基因学说[1]。在过去的10多年中,基因对基因学说得到了大量实验的证实,这得益于许多植物抗病基因和病原物无毒基因的克隆。至今已有40种植物抗病基因(R基因)从拟南芥、番茄、烟草、亚麻、水稻、甜菜、玉米、大麦中出来[2]。根据植物抗病基因产物的结构可将植物抗病基因分为明显的8个类群,最大的一个类群为NBS-LRR类(nucleotide-binding site,NBS;Leucine-richrepe…     

广东普通野生稻中抗病类似物基因的克隆及序列分析

植物抗病基因（R基因）决定对某种病原物的抗性，其产物与病原物的无毒基因产物识别起始信号传导将信号传递到细胞体内,引起防卫基因的表达而导致植物产生抗性反应，这就是基因对基因学说。在过去的10多年中，基因对基因学说得到了大量实验的证实，这得益于许多植物抗病基因和病原物无毒基因的克隆。至今已有40种植物抗病基因（R基因）从拟南芥、番茄、烟草、亚麻、水稻、甜菜、玉米、大麦中出来。根据植物抗病基因产物的结构可将植物抗病基因分为明显的8个类群，最大的一个类群为NBS-LRR类（nucleotide-binding site，NBS；Leucine-rich repeat,LRR），在植物中NBS-LRR基因可根据蛋白中是否具有TIR（Toll and mammalian interleukin-1 receptors）结构域分为TIR-NBS-LRR和non-TIR-NBS-LRR两大类。     

马氏珠母贝热休克蛋白HSP60基因的克隆与表达分析

运用cDNA末端快速扩增（RACE）技术,克隆马氏珠母贝（Pinctadamαrtensii）热休克蛋白HSP60基因 cDNA全序列。序列全长2495坤,开放阅读框（ORF） 1734坤,编码577个氨基酸,预测的分子量约为61.79阳, 理论等电点为5.4905＇非翻译区（ 5＇UTR）长150坤, 3＇非翻译区（3＇UTR）长611 bp。同源性比对分析结果,马 氏珠母贝HSP60基因与与太平洋长牡妨（Crωsos仰a gIgω）和光滑双蹄螺（Biomphalaria glabrata）的同源性较 高,达到75%。氨基酸序列分析显示,马氏珠母贝HSP60氨基酸序列具有典型的rnt-HSP60特征序列、C-末端典型的GGM重复基序和一个ATP结合结构域。荧光定量数据分析发现,该基因在闭壳肌、外套腹、血淋巴、肝膜腺、性腺、躁、等6个组织中具有表达,在肝膜腺中表达量最高,腮中次之,而在血液和闭壳肌中仅有少量表达;在脂多糖剌激后,该基因表达水平上调,12 h后达到最大值,之后又逐渐下调,均高于对照组,差异具统计学意 义（P〈0.05）。     

红笛鲷IRAK-4基因cDNA全长的克隆及组织表达分析

白细胞介素-1受体相关激酶4(interleukin-1 receptor-associated kinase 4,IRAK-4)是一种参与机体先天性免疫和适应性免疫反应过程中的关键分子。采用RT-PCR和c DNA末端快速扩增(RACE-PCR)的方法从红笛鲷(Lutjanus sanguineus)头肾中克隆IRAK-4基因的c DNA全序列(登录号:KF279357)。该序列全长2 015 bp,包含5′非编码区(5′UTR)205 bp,3′非编码区(3′UTR)421 bp,开放阅读框(ORF)1 389 bp,编码462个氨基酸。根据推导的氨基酸序列预测其蛋白分子质量为52.0 ku,理论等电点为5.19。氨基酸序列比对结果显示,红笛鲷IRKA-4基因氨基酸序列与其他物种的同源性为54.2%~85.7%。系统进化分析结果显示,红笛鲷与斜带石斑鱼(Epinephelus coioides)聚为一支,两者有较近的亲缘关系。用荧光定量PCR分析红笛鲷基因的组织表达差异,红笛鲷IRKA-4基因在各组织中均有不同程度的表达,其中在皮肤、肝脏和胃中表达量最高,其次是胸腺、鳃、心脏、肠、肌肉和脾脏,在头肾、后肾和脑的表达量最低。     

马氏珠母贝TRADD基因克隆与组织表达分析

【目的】克隆马氏珠母贝(Pinctada martensii)肿瘤坏死因子受体相关死亡域蛋白(TRADD)基因,并分析其在各组织中的表达。【方法】利用cDNA末端快速扩增技术(RACE)克隆获得马氏珠母贝PmTRADD基因的c DNA全长序列,利用实时荧光定量PCR(qPCR)方法分析PmTRADD基因在马氏珠母贝不同组织中的表达模式。【结果与结论】PmTRADD包含5′非编码区101 bp,3′非编码区144 bp和开放阅读框(ORF)591 bp,编码196个氨基酸。序列分析表明,PmTRADD没有信号肽和跨膜结构域,C端含有一个死亡结构域(DEATH)。将PmTRADD死亡结构域的氨基酸序列与其他物种的TRADD死亡结构域序列进行比对,发现不同物种的TRADD死亡结构域序列同源性较低。PmTRADD在马氏珠母贝各组织中均有不同程度表达,在鳃组织中表达最高,肝胰腺次之,闭壳肌中基本无表达。     

马氏珠母贝PmFAMeT基因的克隆及表达

【目的】克隆马氏珠母贝(Pinctada martensii)法尼酸甲基转移酶(FAMe T)基因,并分析其在各组织中的表达。【方法】利用cDNA末端快速扩增技术(RACE)克隆获得马氏珠母贝FAMeT(PmFAMeT)基因的cDNA全长序列,利用实时荧光定量PCR(qPCR)方法分析PmFAMeT在马氏珠母贝不同组织中的表达模式。【结果与结论】PmFAMeT包含5′非编码区120 bp,3′非编码区968 bp和开放阅读框(ORF)1 536 bp,编码511个氨基酸。序列分析表明,PmFAMeT含有信号肽序列和跨膜结构域,并有WSC结构域、TSP1结构域和2个Methyltransf_FA结构域。将推导的PmFAMeT氨基酸序列与其他物种的FAMeT序列进行比对发现,不同物种的Methyltransf_FA序列同源性较高。PmFAMeT在马氏珠母贝的各个组织中均有表达,且在边缘膜、肝胰腺和性腺中的表达量显著高于其他组织。     

鲤JAK2基因分子克隆及组织表达分析

采用同源克隆策略和RACE-PCR技术,克隆得到可能的鲤(Cyprinus carpio)两面神激酶2(JAK2)基因的c DNA全长序列,包括3 378 bp的开放阅读框,732 bp的5'-非编码区,529 bp的3'-非编码区,总长度达4 639bp。开放阅读框可编码1 125个氨基酸,推测分子质量和理论等电点分别为129.33 ku和6.99。同源性分析显示,克隆的鲤鱼基因与斑马鱼(Danio rerio)JAK2同源性最高,其氨基酸序列同一性和相似度分别达89%和95%。结构域预测表明,所编码氨基酸序列包含FERM、SH2及两个酪氨酸激酶结构域,这4个结构域也保守地存在于其他脊椎动物的JAK分子中。高级结构预测显示,鲤JAK2主要包括α-螺旋(α-helix)、β-折叠(β-sheet)和连接环(loop)等3类结构元件。脊椎动物JAK分子系统进化树显示,JAK1、JAK2、JAK3和TYK2等4类JAK分子分别聚类,鲤JAK2处于JAK2支系中,与所有其他的鱼类JAK2聚为一大支,并与两栖类和哺乳类组成的另一大支构成姊妹群,表明它们具有共同的祖先基因,为直系同源关系。实时荧光定量PCR检测结果表明,鲤JAK2在皮肤中表达量最高,其次是肠、血液和脑,而在肌肉、鳃、头肾、心、肝、脾中表达量较低;鲤JAK3在脾中表达量最高,在其他组织中表达量均很低,甚至未检出。     

一株H_5N_1亚型禽流感病毒株NA基因的克隆与序列分析

用RT-PCR方法从1个H5N1亚型禽流感病毒分离株A/Chicken/Guangdong/DH/1997扩增NA基因cDNA片段,将其克隆至pMD18-T载体,获得重组质粒pMD-NA,并对其核苷酸序列进行测定和分析。结果表明,该毒株的NA基因长度为1350bp,编码449个氨基酸,与其它H5N1亚型AIV分离株的核苷酸序列同源性为97.0%～99.4%,氨基酸序列同源性为97.7%～99.1%,提示禽流感病毒NA基因保守性较高。NA基因氨基酸序列的聚类分析表明该毒株与来自香港的A/Pheasant/HK/FY155/01和A/Ch/HK/FY150/01两个分离株处于同一进化枝,亲缘关系较近。     

溶藻弧菌acfA基因克隆与生物信息学分析

溶藻弧菌引起海水养殖产业弧菌病的主要病原,附着定植因子基因acfA是溶藻弧菌重要毒力基因之一,其表达产物是溶藻弧菌有效定植在宿主肠道上所必需的蛋白。根据弧菌属细菌acfA基因基因保守区设计引物,采用Touchdown PCR扩增acfA基因部分序列,Inverse PCR和Nested PCR扩增已知序列侧翼序列,成功克隆了溶藻弧菌acfA基因全长。克隆的acfA基因序列全长为743 bp,开放阅读框长度为648 bp组成,共编码215个氨基酸,在5′端上游未发现-35区和-10区序列。演绎的ACFA蛋白N端有18个氨基酸信号肽序列,表明该蛋白是分泌型蛋白;蛋白结构分析表明主要由α螺旋和不规则卷曲构成。BLAST分析表明,该蛋白氨基酸序列与其他弧菌相应蛋白同源性较高,是较保守的外膜蛋白。     

新质源抗稻瘟病籼型不育系湛A的选育研究

以东莞野生稻为细胞质供体,梅青B×II-32B的后代为细胞核供体,经杂交和连续多代回交核置换,转育成新质源三系不育系湛A。选育结果:湛A育性稳定,不育株率100%,花粉不育度99.95%,典败花粉率95.64%,异交结实率高,抗稻瘟病,中抗白叶枯病,恢复谱较广,配合力好。     

Identification and characterization of 43 microsatellite markers derived from expressed sequence tags of the sea cucumber (Apostichopus japonicus)

The sea cucumber Apostichopus japonicus is a commercially and ecologically important species in China. A total of 3056 potential unigenes were generated after assembling 7597 A. japonicus expressed sequence tags (ESTs) downloaded from Gen-Bank. Two hundred and fifty microsatellite-containing ESTs (8.18%) and 299 simple sequence repeats (SSRs) were detected. The average density of SSRs was 1 per 7.403 kb of EST after redundancy elimination. Di-nucleotide repeat motifs appeared to be the most abundant type with a percentage of 69.90%. Of the 126 primer pairs designed, 90 amplified the expected products and 43 showed polymorphism in 30 individuals tested. The number of alleles per locus ranged from 2 to 26 with an average of 7.0 alleles, and the observed and expected heterozygosities varied from 0.067 to 1.000 and from 0.066 to 0.959, respectively. These new EST-derived microsatellite markers would provide sufficient polymorphism for population genetic studies and genome mapping of this sea cucumber species.     

籼型两系杂交稻稻米品质性状的研究

利用 4个籼型光温敏不育系与 9个籼型恢复系配组杂交 ,分析了 9个稻米外观及加工品质性状杂种一代的表现、配合力效应及其相关显著性。结果表明 ,杂种一代糙米率的达标率最高 ,而整精米率的达标率最低 ;不育系中的培矮 6 4S、恢复系中的HR1 5 7和HR1 5具有较好的一般配合力 ;品质性状优良的杂交组合 ,其双亲的一般配合力均较好 ;偏相关分析表明糙米率和整精米率均为独立性状 ,垩白粒率与米粒长度呈显著负相关 ,与垩白度及米粒宽度呈显著正相关 ,而米粒长与宽呈极显著正相关。     

草鱼种质退化相关SRAP分子标记的筛选

采用相关序列扩增多态性(sequence-realted amplified polymorphism,SRAP)技术分析野生草鱼和家养草鱼,并筛选与草鱼种质退化相关的分子遗传标记。共进行88对引物组合的检测,产生标记数目共计905个。依据标记在群体中出现的频率和变化规律,共筛选出21个可能与种质相关的特异性标记,对这些特异性标记进行测序并将测序结果进行BLAST分析,发现测得片段中有8个片段能在GeneBank中找到同源性较高的序列,而其他片段与数据库中序列的相似性较低。     

On the origin of rice agriculture in southern China and its propagation in East Asia

Based on the archaeological rice cultivation with the¹⁴C dating of about 4000–5000 a B.P. the author holds that the plain at the lower reaches of the Changjiang (Yangtze) River is one origin of rice cultivation in Asia and the other is Allahabad of India. The propagation of ancient rice cultivation in China can be divided into three stages, namely 4000–3000, 2635–2420 and about 1000 a B.P. It is inferred that there were two ways for propagating rice cultivation from China to Japan. One was from lower reaches of Changjiang River to Kyushu by sea way and the other was from Shandong Peninsula to southern Korea and then to Kyushu. The age of propagating rice cultivation into Vietnam from South China is about 1000 a B.P. Being influenced by climatic changes since about 5000 a B.P. the propagation of rice cultivation was stagnated for two times at least, for example, the three warm climatic stages and the two cold stages were quite in correspondence with the propagation and stagnation stages of rice cultivation, respectively, in China. During the ancient times the development of paddy rice was directive related to the fluctuation of sea level which is in keeping with the climatic changes.     

星洲银罗非鱼线粒体细胞色素b基因的序列分析

克隆并测定了星洲银罗非鱼(Oreochromis sp.)细胞色素b基因(cyt b)的全序列,得到全长1 141bp的序列用于分析,用MEGA4.0分析软件与GenBank中的线粒体DNA序列进行序列比较,显示星洲银罗非鱼与其他鱼类的cyt b基因的同源性较高,同源度介于83%~93%间;根据星洲银罗非鱼与莫桑比克罗非鱼、尼罗罗非鱼等12种鱼类的cyt b基因序列构建的系统进化树,初步确定尼罗罗非鱼、莫桑比克罗非鱼为星洲银罗非鱼的父母本。     

利用RAPD和ISSR引物对三系杂交水稻及其父母本的鉴定

为了鉴定杂交种子与父母本的亲缘关系,用20条随机引物和21条ISSR引物在供试的一组三系杂交水稻F1、父母本及对照进行扩增。20条RAPD引物共扩增出78个条带,其中28条为多态性条带;21条ISSR引物共扩增出72个条带,其中多态性条带为20条。将这些多态性条带进行聚类分析,F1与父、母亲缘关系较近归为一类,随后它们才与对照归为一类。结果表明RAPD和ISSR引物的PCR扩增均能有效地鉴定三系杂交水稻的杂种F1与组合中父、母本的遗传关系。与RAPD相比ISSR引物在三系杂交水稻及其父母本的鉴定中具有稳定性更好的优点。     

水稻种植环境综合适宜性评价方法研究

开展特定区域水稻种植产业布局是科学制定区域农业种植产业规划的重要内容,而水稻种植适宜性评价是水稻种植产业布局的前提。本文以中国好粮油示范县——福建省浦城县为研究区,基于层次分析模型构建土壤条件、立地条件、灌排条件、气候条件和机械耕作条件5大类共21个指标的水稻种植适宜性评价体系,利用地学模型、回归模型和空间插值等方法计算、模拟评价指标空间分布数据,形成5 m×5 m分辨率的评价指标栅格数据集,基于经验指数法建立适宜度指数模型,开展精细尺度下的水稻种植环境综合适宜性评价。利用实测样点水稻产量与水稻种植环境综合适宜度指数进行分析,发现二者呈显著正相关,验证了本研究评价工作的正确性和可行性。最后利用K-means属性聚类法识别研究区水稻种植多维环境适宜性的空间模式。结果表明：① 研究区水稻种植高度适宜、较适宜、中度适宜耕地面积占全县耕地面积的84.4%,次适宜耕地仅占15.6%,耕地整体适宜性较高;② Ⅰ类集聚区水稻种植综合适宜性和各类指标适宜性均较高;Ⅱ类集聚区水稻种植综合适宜性较高,但灌排条件适宜性很低;Ⅲ类集聚区水稻种植综合适宜性较高,但立地、土壤条件适宜性较低;Ⅳ类集聚区水稻种植综合适宜性较低,灌排条件适宜性最低。本研究可为水稻种植适宜性评价提供方法借鉴,并为浦城县更合理科学地开展农业种植规划提供依据。     

地震预警中的单台综合定位方法

基于日本基盘强震观测网中某个地震事件首个地震台记录的震级在4级以上、震中距为30~100 km的强震数据,运用B-Δ法和Voronoi多边形法相结合的方法计算震中距。结果表明,B-Δ法和Voronoi多边形法相结合计算出的震中距与单用B-Δ法的计算结果相比,单台定位所用时间相同,但其定位精度明显提高。