基于生物信息学及分子对接探讨胃食管反流病和肠易激综合征重叠症发病机制及中药组方预测

目的：探讨胃食管反流病（GERD）和肠易激综合征（IBS）重叠症的中医病机及病理机制,为中药组方提供理论引鉴。方法：通过DisGeNET 数据库和人类基因注释数据库及蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络分析筛选出与IBS和GERD共同相关的关键靶点,并对其进行基因本体（GO）功能与京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。根据口服生物利用度≥30%、类药性≥0.18、度值筛选出与靶点相关的候选化合物,对度值排名前3位的靶点与每一种候选化合物两两之间计算分子结合能以验证可靠性。通过TCMSP寻找与候选化合物相关的中药,并筛选出度值≥4的中药做靶点-化合物-中药网络,对所筛选出的中药进行药性、归经、功效频数分析。结果：共获得60个关键靶点,GO功能分析显示其与20个生物过程,13个细胞成分,15个分子功能有关;其中有28个关键靶点可被匹配,共收集到50个候选化合物,度值≥4的中药有71味;共制作150对分子对接,结果显示,靶点与化合物间结合活性较强,预测准确性较高;中药频数统计结果显示,可作用到疾病靶点的中药药性多为寒性,药味多苦、甘,多归肝、肺经,功效种类以清热、补虚为主。结论：本实验通过生物信息学手段和药物规律分析为GERD和IBS重叠症的中医病机理论和中药组方治疗引入了现代分子实验层面的数据支持,为中医现代病机及组方理论研究提供了新的切入点。     

基于网络药理学研究肝复方治疗肝癌的分子机制

目的：基于网络药理学方法,探究肝复方有效活性物质治疗肝癌的相关作用靶点及潜在分子机制。方法：通过检索中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）及国内外文献筛选出肝复方药味中的化合物以及相关靶点蛋白。通过GeneCards数据库获取肝癌相关疾病靶点。运用Cytoscape 3.2.1软件构建“药物-有效成分-靶点”网络、蛋白相互作用（PPI）网络,并通过网络拓扑分析筛选出核心靶点。最后,通过DAVID进行基因本体（GO）和KEGG信号通路富集分析。结果：通过口服生物利用度（OB）≥30%,类药性（DL）≥0.18的筛选获得有效成分104种,药物对应的靶点1135个,肝癌相关靶点16490个;豆甾醇、人参皂苷、β-谷甾醇为主要核心成分;白细胞介素6（IL-6）、表皮生长因子受体（EGFR）、胱天蛋白酶3（CASP3）为关键靶点。结论：肝复方治疗肝癌具有多成分、多靶点、多通路的作用特点,其作用机制可能是通过IL-6、血管内皮生长因子（VEGF）A、EGFR、CASP3等核心靶点来调节,涉及VEGF、PI3K-Akt与p53等相关信号通路。本研究应用网络药理学预测肝复方治疗肝癌的分子机制,为其临床应用提供了理论依据。     

基于网络药理学探讨桔梗治疗肺动脉高压的作用机制

目的：运用网络药理学方法研究桔梗治疗肺动脉高压（PH）的作用机制。方法：通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）筛选桔梗有效化合物及其作用靶点,使用Gene Cards数据库筛选疾病候选靶点,利用Cytoscape-v 3.7.2软件构建化合物-靶点-疾病网络,运用String数据平台绘制蛋白相互作用网络,运用R软件分析靶基因的GO功能,使用DAVID数据库分析KEGG通路。结果：桔梗治疗PH的有效化合物包含木犀草素、金合欢素、菠菜甾醇及顺式-二氢槲皮素,相关潜在靶点涉及PTGS1、PTGS2、HSP90AA1等。GO功能富集分析显示预测靶点主要与氧化应激反应、细胞生长增殖等生物过程及细胞因子活性、细胞因子与受体结合情况、氧化还原酶活性等分子功能相关。KEGG富集分析显示潜在基因主要集中在白细胞介素-17、磷脂酰肌醇3-激酶-蛋白激酶B、缺氧诱导因子-1等信号通路。结论：桔梗可能通过抗炎、抗氧化应激、促血管舒张及抑制平滑肌细胞增殖等机制发挥治疗PH的作用。     

基于网络药理学探讨三物备急方保留灌肠护理肠梗阻的作用机制

目的：探讨三物备急方保留灌肠护理肠梗阻的作用机制。方法：借助中药系统药理学分析平台（TCMSP）等多个数据库联合检索三物备急方中化学成分和作用靶点,通过UniProt、HCBI和PubMed等数据库查询靶点对应的基因,进而运用Cytoscape软件构建化合物-靶点网络筛选出核心靶点,最后通过基因本体（GO）功能富集分析研究其作用机制。结果：共筛选出了9个活性化合物,其中化合物-靶点（基因）网络包含9个活性化合物和相应靶点46个,核心靶点涉及前列腺素内过氧化物合酶1（PTGS1）等。结论：三物备急方保留灌肠系通过多靶点、多通路来治疗肠梗阻,这为进一步深入探讨其作用的物质基础以及作用机制提供了预测作用,并为临床使用三物备急方保留灌肠护理肠梗阻患者提供了依据。     

基于网络药理学及分子对接探讨四妙勇安汤治疗糖尿病足的作用机制

目的：基于网络药理学及分子对接技术探讨四妙勇安汤治疗糖尿病足（DF）的作用机制。方法：通过TCMSP数据库获取四妙勇安汤中各中药有效成分并预测其作用靶点;通过DisGeNET、GeneCards、OMIM、TDD数据库以“Diabetic Foot”为关键词,筛选出DF的基因靶点。药物活性成分作用靶点与疾病靶点交集为关键靶点,将其导入STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络;利用 Cytoscape软件绘制药物-成分-DF-靶点网络图;运用基因本体（GO）功能和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析对关键靶点进行分析。利用Autodock软件、Cytoscape软件对核心成分和靶点进行分子对接验证,并运用Pymol 2.5软件进行蛋白对接可视化处理。结果：获得四妙勇安汤有效成分120种,靶点基因251个。药物-成分-DF-靶点网络图中槲皮素、山柰酚、β-谷甾醇以及人前列腺素内过氧化物合酶2、雌激素受体1为重要节点,主要作用于Lipid and atherosclerosis通路、晚期糖基化终产物及其受体（AGE-RAGE）信号通路。分子对接结果显示核心成分与靶点之间具有一定的结合活性。结论：四妙勇安汤可通过多成分、多靶点、多通路治疗DF,发挥其抗炎、抗氧化等作用,为复方治疗DF提供参考。     

基于网络药理学研究清痹汤治疗痛风性关节炎的作用机制

目的：利用网络药理学分析技术探寻清痹汤治疗痛风性关节炎（GA）的潜在作用机制。方法：采用TCMSP平台挑选出清痹汤主要活性化合物及靶点;利用五大疾病数据库查找GA的对应靶点;借助韦恩图工具构建“药物-疾病靶点”交集图;将交集靶点导入String数据库构建蛋白互作（PPI）图;通过DAVID数据库进行基因功能GO分析、KEGG通路富集分析;依托Cytoscape 3.7.2绘制“中药-活性成分-靶点”“活性成分-交集靶点”“核心靶点-KEGG 通路”网络图。结果：清痹汤有效活性化合物共133个,潜在对应作用靶点125个;GA疾病相关靶点823个;疾病-药物共同靶点41个。通过蛋白互作网络图提示IL-6、VEGFA、CASP3、RELA、MYC、PPARG等可能是清痹汤治疗GA的核心靶基因。GO富集分析共237个,其中生物过程（BP）174条、细胞组成（CC）20条、分子功能(MF)73条。KEGG通路富集分析共73条。结论：清痹汤主要通过调节细胞增殖和凋亡、控制炎症、抑制血管生成等多途径发挥治疗GA的作用,与“多成分-多靶点-多通路”治疗疾病的特点相契合。     

桂枝-柴胡治疗慢性心衰伴抑郁的网络药理学研究

目的：运用网络药理学方法挖掘桂枝-柴胡治疗慢性心力衰竭（CHF）伴抑郁（MDD）的主要活性成分、靶点及信号通路,探究其潜在作用机制。方法：通过TCMSP数据库和相关文献检索桂枝-柴胡主要活性成分及其作用靶点,经BATMAN-TCM平台对预测靶点予以补充,构建药物靶点库;通过GeneCards、DisGeNET数据库分别获取CHF与抑郁相关靶标,二者取交集,建立疾病靶标库;利用R语言将药物靶点库与疾病靶标库取交集,构建Venn图;通过STRING数据库和Cytoscape 3.7.1软件及其内在插件构建化合物-靶标网络及PPI核心网络;最后利用DAVID数据库对核心网络靶点进行GO富集和KEGG通路注释分析。结果：筛选出桂枝-柴胡有27个活性成分,288个靶基因;筛选出CHF伴MDD相关靶基因882个,药物与疾病Venn图提取关键靶点83个,PPI核心网络构建筛选出12个关键基因;GO分析（P＜0.05且靶点基因富集度>10%）得到19条生物过程,13条细胞组分表达过程,8个分子功能相关过程;KEGG分析（P＜0.05）显示72条信号通路,包括HIF-1信号通路、TNF信号通路、PI3K-Akt信号通路、神经活性配体-受体相互作用信号通路等。结论：桂枝-柴胡活性成分通过多成分、多靶点、多通路发挥CHF伴MDD的治疗作用。     

基于网络药理学探讨养心定悸膏抗心律失常的分子机制

目的：基于网络药理学探讨养心定悸膏抗心律失常的分子机制。方法：检索TCMSP、BATMAN-TCM等数据库及国内外文献,筛选获得活性成分及其对应靶点;检索GeneCards、OMIM等数据库获得疾病相关靶点;采用STRING分析靶点蛋白的互作关系;利用Cytoscape 3.9.1软件构建并合并活性成分靶点及疾病靶点相互作用关系网络,通过网络拓扑分析筛选出关键基因,并对核心靶点进行基因本体（GO）功能和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。结果：检索到139种活性成分,预测靶点780个,疾病靶点5066个,交集靶点412个,核心靶点10个,包括胰岛素（INS）、血管内皮生长因子α（VEGFA）、胱氨酸蛋白酶3（CASP3）、白蛋白（ALB）、活化蛋白-1的转录因子（JUN）等。GO功能富集分析得到对无机物的反应、神经递质受体活性、突触膜等条目。获得KEGG信号通路222条,主要包括神经活性配体-受体相互作用、神经退行性变、cGMP-PKG等。结论：本研究揭示了养心定悸膏可通过多成分、多靶点作用于神经活性配体-受体相互作用,钙、氨基酸代谢,cGMP-PKG等多通路治疗心律失常。     

基于网络药理学与分子对接探讨丹参-石菖蒲-丁公藤治疗排卵障碍性不孕症的作用机制

目的：基于网络药理学与分子对接,探讨丹参-石菖蒲-丁公藤治疗排卵障碍性不孕症的作用机制。方法：采用TCMSP筛选出丹参、石菖蒲、丁公藤的有效活性成分及对应靶点,通过GeneCards数据库找出疾病靶点,并在UniProt数据库中将靶点基因名称标准化。通过韦恩图的绘制寻找出药物-疾病的潜在靶点基因,运用STRING数据库和Cytoscape 构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络。利用Cytoscape选出关键靶点,导入DAVID数据库进行基因本体（GO）功能和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。通过AutoDock与Pymol将关键活性成分和核心靶点进行分子对接验证。结果：共获得丹参-石菖蒲-丁公藤的70种有效活性成分,1071个潜在靶点。共得到GO功能富集条目376个,其中生物过程234个、细胞组分68个、分子功能74个。KEGG通路富集分析共得到通路93条。分子对接结果显示,药物主要活性成分与疾病关键靶点均有较好的结合活性。结论：丹参-石菖蒲-丁公藤的多种有效成分通过不同的通路发挥其治疗排卵障碍性不孕症的作用,具有良好的临床运用前景。     

基于数据挖掘与网络药理学探讨中医药治疗肝肾不足型类风湿关节炎的用药规律及作用机制

目的：探讨中医药治疗肝肾不足型类风湿关节炎（RA）的用药规律,并探索核心药物的作用机制。方法：搜索中国知网（CNKI）、万方数据（WANFANG DATA）、维普中文科技期刊数据库（VIP）自建库至2023年5月5日的中医药治疗肝肾不足型RA的相关文献,利用R语言对处方进行药物频次、频率、性味归经、关联、聚类、相关分析的统计,分析得到核心药物。TCMSP数据库获取核心药物活性成分及靶点,取药物与RA交集靶点作为核心靶点,并进行基因本体（GO）功能和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。构建药物-活性成分-核心靶点网络、蛋白质-蛋白质相互作用网络（PPI）,经分析得到核心成分、关键靶点,并进行分子对接验证。结果：筛选得到54首处方,共149味中药,这些中药多味甘,性温,归肝、肾经,得到48项关联规则,聚类分析发现3个新组方。核心药对与RA的交集靶点144个,分析得到29个活性成分,39个关键靶点。GO功能分析得到1013个结果,KEGG富集分析获得173条通路。分子对接结果示对接靶点与核心成分结合性较好。结论：中医药治疗肝肾不足型RA处方用药多以补肝肾、祛风湿、活血止痛为主,通过辨证配伍温肾阳、健脾益气、活血化瘀等药物。核心药对中的多个有效成分通过调控多靶点、多条通路治疗肝肾不足型RA。     

基于网络药理学探讨四磨汤治疗慢传输型便秘的作用机制研究

目的：运用网络药理学方法探讨四磨汤治疗慢传输型便秘（STC）的机制及作用靶点。方法：通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）及TCMID数据库检索四磨汤四味药物所有的有效化合物成分及筛选对应作用靶点,借助GeneCards数据库、DisGeNET数据库查找STC的疾病靶点,使用Venny 2.1.0在线软件作图工具平台映射药物和疾病的交集靶点,借助STRING 数据库及Cytoscape 3.7.2软件构建蛋白质相互作用网络,筛选获得核心作用靶点,构建药物-有效化合物-作用靶点网络,利用R语言的clusterProfiler包进行GO功能及KEGG通路富集分析。结果：利用数据库筛选得到39个四磨汤的有效活性成分和209个作用靶点,与STC发病机制相关的作用靶点161个,经过拓扑分析得到26个关键治疗靶点,筛选出槲皮素、山柰酚、β-谷甾醇、豆甾醇、6,7-二甲氧基-2-（2-苯乙基）色酮5个化合物成分。富集分析得到2323条GO功能条目与168条信号通路。结论：四磨汤能够从多成分、多靶点、多途径发挥抗炎症反应、调节神经活性及磷脂酰肌醇3激酶/蛋白激酶B（PI3K/Akt）信号通路等作用,从而改善肠道蠕动功能以治疗STC。     

基于网络药理学和分子对接探讨左金丸治疗肝癌的作用机制

目的：运用网络药理学和分子对接方法探讨左金丸治疗肝癌的作用机制。方法：从TCMSP和BATMAN-TCM数据库获取左金丸的化合物及其相应靶点,检索GeneCards、OMIM和TTD 3个数据库获得肝癌的相关靶基因,取两者靶基因交集得到左金丸治疗肝癌的预测靶基因;运用Cytoscape 3.7.1软件构建左金丸-化合物-靶点-肝癌和PPI网络图;运用R软件对预测靶基因进行GO和KEGG富集分析;最后运用分子对接技术对关键化合物和靶点进行验证。结果：共获取左金丸35个化合物及173个相应靶点,左金丸与肝癌的共同靶点有103个。PPI结果表明AKT1、MAPK1、TP53、JUN和RELA可能为左金丸治疗肝癌的关键靶点。富集分析示左金丸可能通过乙型肝炎、卡波西肉瘤相关疱疹病毒感染、人巨细胞病毒感染、丙型肝炎、MAPK信号通路、肝癌等信号通路抗肝癌。分子对接结果示槲皮素和黄连素均能与AKT1和MAPK1稳定结合。结论：本研究初步揭示了左金丸通过多成分、多靶点、多通路治疗肝癌的作用机制,为后续左金丸治疗肝癌提供理论参考。     

基于网络药理学及分子对接探讨苏子降气汤治疗哮喘的潜在机制

目的：运用网络药理学及分子对接技术预测并验证苏子降气汤治疗哮喘的作用机制。方法：通过TCMSP和UniProt数据库预测苏子降气汤的活性成分及靶点,根据GeneCards、OMIM、TTD、DisGeNET数据库筛选哮喘相关靶点,利用Venny 2.1平台筛选中药和疾病共同基因,利用Cytoscape 3.9.1进行可视化分析;利用 STRING 数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络图,利用Bioconductor 数据库和R版本4.1.3 (64 bit)软件进行基因本体（GO）功能和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析,并通过 Autodock 软件对核心成分及靶点进行分子对接。结果：筛选出54种化合物,257个靶点,涉及哮喘的治疗靶点共134个。其中槲皮素、木犀草素、丹参酮ⅡA、黄芩素等为关键活性成分。丝裂原激活蛋白激酶14（MAPK14）、表皮生长因子受体（FGFR）、原癌基因蛋白(MYC)、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(AKT1)、缺氧诱导因子1A（HIF1A）、肿瘤蛋白P53(TP53) 为关键基因靶点。GO功能和KEGG通路富集分析得到人巨细胞病毒感染、MAPK信号通路、磷脂酰肌醇-3-激酶-蛋白激酶B(PI3K-Akt)信号通路、肿瘤坏死因子(TNF)信号通路、白细胞介素-17(IL-17)信号通路等多条信号通路。将核心成分与核心靶点进行分子对接验证,大部分结合能＜-5 kal·mol^-1,具有较强的结合能力。结论：苏子降气汤通过抗炎、调节免疫等多靶点、多通路治疗哮喘,为后续分子机制研究提供了理论基础。     

基于网络药理学和分子对接分析消炎利胆片治疗慢性胆囊炎的作用机制

目的：通过网络药理学方法预测消炎利胆片治疗慢性胆囊炎的核心有效成分和靶点,并通过分子对接初步验证结果的稳健性。方法：利用TCMSP、CancerHSP、BATMAN-TCM数据库检索消炎利胆片有效成分及对应靶点,借助UniProt数据库对靶点进行规范化。通过GeneCards、DisGeNET和OMIM数据库检索慢性胆囊炎相关靶点。运用R软件筛选药物与疾病交集靶点;分别通过Bioconductor平台、STRING数据库对交集靶点进行富集分析和蛋白相互作用分析。通过Cytoscape软件筛选出核心有效成分和靶点,将核心有效成分与核心靶点进行分子对接评估结合活性以验证结果稳健性。结果：共获得23种有效成分,对应190个药物作用靶点,从数据库中获取723个疾病相关靶点,药物与疾病之间有48个交集基因;富集结果显示多与细胞对炎症反应相关,筛选得到槲皮素、汉黄芩素、非瑟酮等核心有效成分,白细胞介素-1β(IL-1β)、基质金属蛋白酶9(MMP9)、血管内皮生长因子A(VEGFA)等核心靶点;分子对接结果显示核心有效成分与核心靶点之间均有较好的结合活性。结论：消炎利胆片中的槲皮素、汉黄芩素、非瑟酮等核心有效成分可能通过参与调控炎症相关信号通路作用于IL-1β、MMP9、VEGFA等核心靶点,从而发挥治疗慢性胆囊炎的作用。     

葛根芩连汤异病同治牙周炎与溃疡性结肠炎的网络药理学及分子对接研究

目的：运用网络药理学及分子对接技术探讨葛根芩连汤异病同治牙周炎和溃疡性结肠炎的作用机制。方法 ：通过TCMSP数据库挖掘葛根芩连汤化学成分及作用靶点;利用GeneCards、DisGeNET、OMIM数据库获取两种疾病靶点,对上述预测所得活性成分作用靶点及疾病相关靶点利用微生信绘图工具绘制Venn图取交集,获得药物与疾病共同作用靶点;基于Cytoscape 3.9.1软件构建药物-成分-靶点网络,利用STRING数据库分析共有靶点,建立蛋白互作网络（PPI）并进行可视化分析,在DAVID数据库对共有靶点进行基因本体（GO）功能和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析;利用AutoDock Tools软件对药物核心成分及关键靶点进行分子对接。结果：葛根芩连汤通过槲皮素、β-谷甾醇等核心成分作用于肿瘤坏死因子（TNF）、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1（AKT1）、白细胞介素-6（IL-6）、白细胞介素-1β（IL-1β）、血管内皮生长因子A（VEGFA）等关键靶点,发挥抗氧化应激、抗细胞凋亡、调节糖脂代谢作用,涉及晚期糖基化终产物及其受体(AGE-RAGE)信号通路、癌症通路等;分子对接结果显示药物核心成分与关键靶点有良好的对接活性。结论：葛根芩连汤通过多靶点、多途径异病同治牙周炎和溃疡性结肠炎。     

基于网络药理学研究从虚、瘀、湿、郁论治消化性溃疡的作用机制

目的：从方证对应角度探究从虚、瘀、湿、郁论治消化性溃疡（PU）的潜在药理学作用机制。方法：在中药系统药理学数据库（TCMSP）中筛选从虚、瘀、湿、郁论治PU的代表性药串（党参、茯苓、三七、川楝子）的活性化合物和作用靶点,构建中药-化合物-靶点网络;结合TTD、OMIM、DisGeNET、DrugBank数据库获取上述药串治疗PU的作用靶点;通过STRING网站和Cytoscape 3.7.2软件构建PPI网络;采用Metascape工具和R语言对核心靶点进行基因本体（GO）功能和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。结果：党参、茯苓、三七、川楝子作用于PU的活性化合物共35个,药物与PU共同靶点49个;核心靶标主要是白细胞介素-6（IL-6）、肿瘤坏死因子（TNF）、白细胞介素-1β（IL-1β）、过氧化物酶体增殖物激活受体γ（PPARG）、CXC趋化因子配体8（CXCL8）等;关键靶点的KEGG富集通路主要涉及缺氧诱导因子-1（HIF-1）信号通路、辅助性T细胞17（Th17）细胞分化等。结论：党参、茯苓、三七、川楝子治疗PU的作用机制涉及抗氧化、调控炎症因子表达与释放、介导细胞凋亡等过程,体现了中药多靶点、多成分、多途径作用的特点。     

基于网络药理学和分子对接探讨十味温胆汤治疗心绞痛的作用机制

目的：采用网络药理学及分子模拟对接的研究方法探讨十味温胆汤治疗心绞痛的潜在作用机制。方法：通过TCMSP、TCMID数据库获取十味温胆汤组方（半夏、陈皮、茯苓、黄芪、人参、熟地黄、酸枣仁、五味子、远志、枳实）的有效成分及对应的靶蛋白;使用GeneCard、OMIM数据库筛选出与心绞痛密切相关的作用靶点。运用CytoScape软件构建中药-组分-靶点网络图,运用STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络图。利用R软件对中药-疾病交集靶点进行基因本体（GO）功能及京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。结果:十味温胆汤治疗心绞痛的核心药物成分是柚皮素、山柰酚、β-谷甾醇、槲皮素、川陈皮素等;核心靶点有肿瘤坏死因子(TNF)、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(AKT1)、白细胞介素-6(IL-6)、血管内皮生长因子A(VEGFA)、白细胞介素-1β(IL-1β)等;十味温胆汤主要通过晚期糖基化终产物受体（AGE-RAGE）、脂质代谢、流体剪切应力、前列腺癌、乙型肝炎等信号通路来治疗心绞痛;分子模拟对接结果显示,十味温胆汤中槲皮素、山柰酚与Akt1、TNF均能实现较好的结合。结论：十味温胆汤可能通过调控细胞增殖与凋亡、血管生成、炎症反应、抗氧化应激等作用协同治疗心绞痛。     

基于网络药理学和分子对接探讨固元健脑方防治HT-CSVD的作用机制

目的：基于网络药理学和分子对接技术探讨固元健脑方防治高血压脑小血管病（HT-CSVD）的作用机制。方法：通过TCMSP及BATMAN-TCM和文献检索预测固元健脑方活性成分及靶点,通过GeneCards和OMIM数据库获取疾病靶点;使用Metascape构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络,使用Metascape数据库分析基因本体（GO）功能和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路;应用Cytoscape 3.2.1进行可视化分析;采用Autodock Tools 1.5.7及Pymol 2.4.0对核心靶点和化合物进行分子对接。结果：筛选出固元健脑方治疗靶点277个,HT-CSVD靶点5173个,固元健脑方治疗HT-CSVD的靶点230个;其中连环蛋白1（CTNNB1）、丝裂原活化蛋白激酶（MAPK3）和B细胞淋巴瘤-2基因（Bcl-2）为关键基因靶点,槲皮素、山柰酚、木犀草素和5-羟甲基糠醛为关键活性成分;GO功能富集分析得到激素反应、循环系统进程、细胞对脂质的反应等条目。KEGG通路富集分析得到癌症途径、CAMP、细胞衰老、脂质与动脉粥样硬化、MAPK等信号通路;分子对接结果显示4种主要候选化合物与CTNNB1有较强的结合。结论：固元健脑方可通过多种活性成分、多个靶点、多条通路拮抗HT-CSVD的神经损伤而发挥治疗作用。     

基于数据挖掘和网络药理学探讨中药治疗化疗相关性恶心呕吐的用药规律和机制

目的：分析和挖掘中医药治疗化疗相关性恶心呕吐（CINV）的用药特点、潜在关联规则及配伍规律,并借助网络药理学和分子对接技术探讨高频药物干预CINV的作用机制。方法：收集中国知网（CNKI）、万方数据（WANFANG DATA）、维普中文科技期刊数据库（VIP）中2000年1月1日至2020年12月31日发表的中医药治疗CINV的随机对照文献,采用统计描述、关联规则、聚类分析等方法探讨中药治疗CINV的用药规律。利用 TCMSP数据库收集相关活性成分,进行靶点预测,利用DAVID数据库进行京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析,使用分子对接技术对核心化学成分与关键靶点进行分子对接验证。结果：共纳入符合要求的文献101篇,涉及中药141味;高频核心药物主要有甘草、半夏、茯苓、白术和陈皮,中药功效以补虚和化痰为主;关联组合提升度较高者为“半夏-大枣-甘草→生姜”等;共筛选得到核心药物活性成分131个,作用靶点151个,认为高频核心药物可能通过神经活性配体-受体相互作用、钙信号通路和5-羟色胺能突触等作用机制对CINV发挥作用。结论：中医药治疗CINV以健脾化痰止呕为法,多采用补虚药、化痰药、理气药,其中甘草、半夏、茯苓、白术、陈皮为高频核心药物,网络药理学和分子对接结果进一步验证了高频核心药物治疗CINV的微观作用机制。     

基于网络药理学与分子对接探讨“卷柏-猕猴桃根”治疗肺结节的物质基础及作用机制

目的：通过网络药理学方法和分子对接技术,寻找“卷柏-猕猴桃根”药对的主要活性成分,探讨其在肺结节治疗中的作用机制。方法：在TCMSP网站中检索草药卷柏和猕猴桃根,获得两药所含化合物。经过ADME筛选与文献检索,确定药对主要活性化合物。利用PubChem、ChEMBL寻找该药对化合物的预测靶点。利用GeneCard、DisGeNET寻找肺结节的相关基因。利用Venny 2.1在线工具进行韦恩分析,寻找药对与肺结节共有的基因靶点。在OmicShare tools中进行基因本体（GO）功能、京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。在KEGG ORTHOLOGY数据库中进行基因靶点KO映射。利用分子对接技术验证化合物与预测靶点的对接能力,并进行筛选。在Cytoscape 3.7.1软件中,构建对接成功的“药物-关键化合物-关键靶点-关键通路”网络。结果：本研究共获得9种关键化合物、21个关键靶点。卷柏和猕猴桃根的关键化合物为苏铁黄酮、穗花杉双黄酮、秦皮素、儿茶素、芹菜素、表儿茶素、芦荟大黄素、香草酸、原儿茶酸。关键靶点为磷脂酰肌醇-4,5-二磷酸3-激酶催化亚单位δ（PIK3CD）、磷酸二酯酶4D（PDE4D）、热休克蛋白90α家族A类成员1（HSP90AA1）、醛酮还原酶家族1成员B10（AKR1B10）、囊性纤维化跨膜转导调节因子（CFTR）、原癌基因酪氨酸蛋白激酶（ROS1）、髓样细胞白血病蛋白1（MCL1）等,关键作用通路为磷脂酰肌醇-3-激酶-蛋白激酶B（PI3K-Akt）信号通路、叉头框蛋白O（FoxO）信号通路、凋亡（Apoptosis）、环磷酸腺苷（cAMP）信号通路等。结论：“卷柏-猕猴桃根”的多种活性化合物通过作用于多通路的靶点蛋白而发挥治疗肺结节的作用。