南海北部巴士海峡深海沉积物中细菌多样性分析

从南海北部巴士海峡深海沉积物中提取到高质量的总DNA, 通过TA克隆构建了含有23个可操作分类单元(OTU)的16S rRNA基因文库, 选择各OTU中代表性克隆子进行测序与系统发育分析, 结果表明, 南海北部巴士海峡深海沉积物中细菌在系统进化树中至少分属于9个类群: 其中放线菌Actinobacteria, 变形细菌Proteobacteria, 和浮霉菌Planctomycetes为优势种;其他细菌如疣微菌Verrucomicrobia, 鞘脂杆菌Sphingobacteria, 硝化螺旋菌门(Nitrospira), 绿弯菌Chloroflexi, 厚壁菌Firmicute, 酸杆菌Acidobacteria等为非优势种群;另外有两个克隆子属于未知种群.在所获得的23个代表克隆子序列中,有11个序列与已知细菌的同源性≤95%, 占到了所有序列的48%, 这一结果说明在南海北部巴士海峡海区具有非常丰富的微生物多样性, 这一海区蕴含着大量未知的微生物资源, 因而值得进行进一步的研究探索.     

北极海洋沉积物中可培养细菌及其多样性分析

利用Zobell 2216E培养基和涂布平板法对北极海洋沉积物中可培养细菌进行分离纯化,并利用16SrRNA基因进行分子鉴定与系统发育分析。根据菌落形态学特征,从59个站点的沉积物样品中共分离纯化获得570株细菌;基于16SrRNA基因的分子鉴定与系统发育分析表明,分离到的可培养细菌分别属于细菌域的4个门,5个纲,12个目,23个科,47个属,102个种,其中γ-Proteobactria占绝大多数;有14株菌株与模式菌株的16SrRNA基因序列相似性小于97%,为6个潜在的新种。北极海域的海洋沉积物中存在着丰富的微生物种质资源,为开发新型生物活性物质和特殊功能基因打下了基础。     

西北太平洋沉积物中细菌多样性的研究

利用提取且纯化的西北太平洋地区深海沉积物DNA为模板,利用细菌通用PCR引物扩增16S rDNA片段,构建其文库,建立阳性克隆子RFLP(Restriction Fragment Length Polymorphism)酶切图谱.据酶切图谱选择部分克隆测序,并与数据库中的序列进行比对.结果表明,测序的27个序列分属于4个类群:变形细菌(Proteobacteria)、绿屈挠菌(Chloroflexi)、浮游霉菌(Planctomycetes)和酸杆菌(Acidobacteria);其中以变形细菌最多,占62.96%.     

海南岛东部501站位沉积物古细菌多样性研究

从海南岛东部501站位沉积物中扩增古菌16S rRNA基因构建文库,并对得到的OTU(Operation taxonomic units)进行系统发育学分析.古菌文库由泉古生菌(Crenarchaeota)和广古生菌(Euryarchaeota)构成,其中泉古生菌占总克隆文库的96.8%,由I型海洋泉古生菌(Mrain...     

胶州湾海域表层沉积物细菌多样性

采用16S rDNA文库结合PCR-RFLP分析的手段,对胶州湾4个站位沉积物中的细菌多样性和群落特征研究分析。结果表明,沉积物中细菌种类丰富,最多包含分布于14个已知门类的细菌,和一些未被认知的序列;各站位沉积物中优势菌群均为变形菌门和酸杆菌门,其中γ-和δ-变形菌纲为变形菌门中的绝对优势类群,在4个文库序列中平均占42%和16.75%;此外,拟杆菌门、浮霉菌门和放线菌门的种类也较为大量存在。各细菌种群有较明显空间分布差异,可能与不同区域胶州湾环境条件相关。     

杭州西溪湿地沉积物细菌的群落结构和多样性

采用Illumina Mi Seq高通量测序技术,对杭州西溪湿地4种不同植被下沉积物的细菌多样性进行了研究。通过提取样品基因组DNA,对16S r RNA V3、V4区测序,共获得有效序列67734条,产生2181个OTU,序列平均长度为441 bp,其中大于400bp的序列占99.74%。对97%相似水平的OTU代表序列进行分类学分析,结果表明,沉积物具有很高的细菌多样性,涵盖了30个门252个属的细菌。其中变形菌门(Proteobacteria)是各样品的优势类群,所占比例高达30.0%—64.7%。同时,β-变形菌纲、γ-变形菌纲和δ-变形菌纲在变形菌门中占主导地位,在这些类群中发现有大量与N、S等元素代谢相关的菌群,应该在湿地沉积物的元素循环中发挥着重要作用。此外,4个样品中约有10%—15%的序列属于无法确定分类位置(Unclassified)的类群,说明西溪湿地沉积物中蕴藏有较多的潜在新物种。本研究结果将为西溪湿地的保护和修复提供理论和实践依据。     

南沙群岛海区沉积物中可培养的非嗜压好气性异养细菌的初步调查

采用16SrRNA基因序列分析，对南沙群岛海区沉积物中分离获得的细菌进行了种类鉴定及多样性初步研究。发现沉积物中可培养的非嗜压好气性异养细菌主要为革兰氏阳性细菌，其中海洋芽孢杆菌又是最常见的种；分离获得的菌株中存在部分细菌的16SrDNA序列与发表在国际基因数据库中的16SrDNA序列表现出较大的差异，但目前尚未能直接确定其属种，说明在南海海洋沉积物中存在着我们目前还不了解的细菌多样性，而且可以通过分离培养获得其中的部分新的菌株，提示该海区沉积物中蕴藏着丰富的细菌资源。     

南海北部陆坡深水区沉积物细菌多样性调查

采用分子生物学手段,调查南海北部陆坡深水区沉积物细菌多样性.分析表明其细菌分成5个类群,变形细菌门(Proteotmcteria),厚壁菌门(Firmicutes),浮霉菌门(Planctomycetes),拟杆菌门(Cytophaga/Flexi-bacteria/Bacteroides,简称CFB)及脱铁杆菌门(Deferribacteres).分别占总体的34%,38%,18%,4%,6%.其中60%以上的克隆子与硫代谢相关,20%克隆子最相近序列来自于油污染环境,说明硫代谢是该区域物质代谢的重要组成,同时该区域有油气渗透的烃类物质存在并影响着该区域的微生物群落结构.     

南海西沙海槽沉积物柱MD05-2902细菌多样性

A sediment core MD05-2902 was collected from the deep-sea basin of the Xisha Trough. The vertical distribution and diversity of bacteria in the core was investigated through ten sub-sampling with an interval of 1 m using bacterial 16 S rRNA gene as a phylogenetic bio-marker. Eighteen phylogenetic groups were identified from 16 S rRNA gene clone libraries. The dominant bacterial groups were JS1, Planctomycetes and Chloroflexi, which accounted for 30.6%, 16.6%, and 15.6% of bacterial clones in the libraries, respectively. In order to reveal the relationship between biotic and abiotic data, a nonmetric multidimensional scaling analysis was performed. The result revealed that the δ15N, δ13C, total organic carbon and total organic nitrogen possibly influenced the bacterial community structure. This study expanded our knowledge of the biogeochemical cycling in the Xisha Trough sediment.     

青岛潮间带沉积物可培养厌氧细菌多样性的研究

为了验证设计的简易厌氧培养方法,作者以青岛潮间带沉积物为研究对象,采用5种培养基,从青岛潮间带沉积物共分离获得138株厌氧细菌。16S r DNA序列分析表明,这些细菌分属3个门15个属32个种,其中γ-变形菌纲64株18个种,在种类上处于优势地位;此外还包括δ-变形菌纲(δ-Proteobacteria)16株2个种,ε-变形菌纲4株1个种,拟杆菌门(Bacteroidetes)29株8个种,梭杆菌门(Fusobacteria)25株3个种。在属水平上,弧菌属(Vibrio)、Marinifilum属、泥杆菌属(Ilyobacter)、脱硫弧菌属(Desulfovibrio)、希瓦氏菌属(Shewanella)在数量上占优势。此外,有26株8种细菌(占总菌株数的18.84%)与已知菌的同源性介于89.38%~94.22%,为潜在的海洋细菌新科或新属,表明此简易厌氧菌培养方法在获得新菌方面具有较大优势。另外,研究结果还表明,不同培养基对特定的类群具有选择性:2216E培养基对γ-变形菌纲分离培养效率较高;SPG培养基在获得新菌方面具有优势(占新菌数62.5%),且这些新菌大多属于拟杆菌门和梭杆菌门,其中SPG-1培养基对于分离硫酸盐还原菌和难培养的ε-变形菌纲细菌具有优势,SPG-4培养基对分离硝酸盐还原菌具有优势。     

网箱养殖海区底泥产芽孢细菌多样性

采用培养与16S rRNA基因序列比对的方法,对海水网箱养殖区底泥中的可培养细菌进行研究。结果表明,网箱正下方的产芽孢细菌比例高达50%,随着离网箱距离的增加,产芽孢细菌的比例明显降低,200m远时,其比例降至17%。从3个采样点分离纯化出91株产芽孢细菌,对其菌落形态、菌体形态的研究和部分菌株16S rRNA基因的DGGE带型和序列分析表明,91株产芽孢细菌中,有85株属于芽孢杆菌属(Bacillus)的10个种,25个发育型;6株属于盐芽孢杆菌属(Halobacillus)的1个种,3个发育型。芽孢杆菌属的B.marisflavi、B.baekryungensis、B.aquaemaris、B.pumilu等4个种为优势类群。此外,接近半数的产芽孢细菌能代谢含硫化合物,部分菌株能够还原硝酸盐或分解无机磷化合物,仅有3株菌具有亚硝酸盐还原作用。     

海洋真菌及其生物活性物质多样性研究

海洋微生物种类繁多,是筛选新药的丰富资源宝库。近些年来,作为海洋微生物中重要的组成部分的海洋真菌正成为研究的热点,越来越受到国内外学者的关注。本文详细概述了海洋真菌的定义、分布、海洋真菌研究的历史和现状、其所产生的生物活性物质多样性以及存在的问题。     

南沙海区中生界岩相分布及构造特征

为了了解南中国海南部南沙群岛陆架-陆坡区中生代地层发育情况,作者通过综合分析该海区钻井、拖网及1987年以来采集的20000多公里的多道反射地震勘探等资料,得到了对该区中生界基本特征的如下新认识:空间分布上,南沙的中生界具有从北部的郑和-礼乐隆起南缘向南增厚的趋势;沉积岩相方面,东部三叠纪时为深海相,侏罗纪为浅海与三角洲相,白垩纪为浅海-内浅海相,而往西南部中生代的海水深度有变深的趋势;中-新生代变形上,在南沙西部的曾母盆地,中生界褶皱为复式的、非协调性的,南沙中部多为舒缓褶皱,东部仅在近巴拉望海槽地带出现小幅度的褶皱。结合围区中生界及特提斯构造域的发育特征,作者提出南沙地块上的海相中生界在大地构造上归属于残留在中特提斯洋北部减薄陆缘地壳上的中特提斯期海相沉积地层,是该海域油气资源勘探不可忽视的对象。     

南沙群岛海域表层沉积物中有机物、铁和锰的分布特征

通过1997年11月（冬季）和1999年7月（夏季）两个航次对南沙群岛海域的现场调查，实测了南沙深海盆表层沉积物中的有机物，Fe和Mn的含量，讨论了沉积物中Fe、Mn的平面和深度分布。在沉积物的上层几厘米处Fe和Mn都出现了峰值，这是上层Mn^2 （Fe^2 ）氧化，再沉淀引起的，沉积物中Fe和Mn的深度分布是氧化锰（铁）和氢氧化锰（铁）的还原，扩散和再沉淀的结果，细菌在海洋环境的Fe、Mn循环中起着重要的作用，在大洋底的厌氧环境中细菌将Fe、Mn还原为低价离子或可溶性化合物向间隙水和上覆水移动，在沉积物表层的氧化条件下细菌又使环境中的Fe、Mn沉淀，使其再次富集。     

南海南部大陆架的残留沉积

研究了南海南部大陆架的残留沉积物的粒度、石英砂表面结构特征、生物分布等，并指出残留沉积普遍遭受改造。按其早期的形成环境差异和改造作用不同，划分出加里曼丹－巴拉望残留沉积区和亚南巴斯－纳土纳残留沉积区。     

ICP-AES光谱法测定南沙海域沉积物中的少量和微量元素

本文用ICP-AES法对南沙海域沉积物中的Cu,Sr,Ba,Co,Ni,V,Sc,Mo,Mn,Ti,Ga,Cr的测定作了探讨。测量了检测限和背景当量浓度,拟订了较有效的分析方法。     

南海表层黏土矿物的分布与来源

南海表层黏土矿物组合主要包括伊利石、绿泥石、高岭石和蒙皂石,这些矿物在不同地区不同水深有着不同的分布特征,而物源区的不同是导致分布特征存在差异的主要因素。结合在南海西部和北部的工作以及近年来其他学者发表的南海表层黏土矿物资料将其大致分为东南西北4个部分,并确定各自的物源区。台湾和吕宋岛是南海东部表层黏土矿物的主要来源;湄公河、婆罗洲、巽他陆架和印度尼西亚岛弧是南海南部的主要物源区;南海西部表层黏土矿物主要来自红河、湄公河、珠江、台湾、巽他陆架、印度尼西亚岛弧以及婆罗洲;珠江、台湾、长江和吕宋岛则是南海北部的主要来源。     

岩心声速垂向变化对古海水进退的指示意义

钻孔岩心声速Cp垂向变化与地质历史中的海进、海退事件有关;南海北部大陆架及东海大陆架的钻孔岩心声速垂向变化曲线,为揭示西太平洋边缘海在更新世以来至少发生过3次海进和3次海退的3次沉积旋回事件提供了佐证。海进时所带来的海相沉积物的声速较低(1450—1510m·s-1),海退时所形成的陆相沉积物的声速较高(1650—1720m·s-1)。     

南海西北部表层沉积硅藻的分布特征与环境分析

基于南海西北部表层沉积物中的硅藻分析,阐明表层沉积硅藻的分布特征,探讨硅藻与环境的对应关系及指示意义。结果表明,研究区内硅藻以热带—亚热带种和近岸种为主;硅藻丰度差异显著,近岸浅水区丰度相对较低,陆坡、河口和上升流区丰度整体较高;硅藻组合类型复杂。硅藻分布面貌受区域的温度、盐度、营养盐、水深、海流、底质类型等因素的控制较为明显。硅藻组合对海流和水团的影响范围具有指示意义。     

南海表层沉积类型与沉积作用若干特征

根据底质的粒度分析结果，编制了南海表层沉积类型图。把南海的表层沉积划分为１２种主要的类型，它们的展布与水深线的走势大体一致。大陆架表层沉积物主要由现代沉积、再造沉积、残留沉积和少量残余沉积组成。半深海—深海沉积中生物碎屑的组成和含量往往成为确定沉积类型的重要因素。受碳酸盐溶解作用的影响，随着水深增大，钙质与硅质生物碎清含量呈相互消长的关系，沉积类型因而不同。