基于SVM的甲壳动物线粒体基因分析方法

甲壳动物线粒体基因组蕴涵了物种进化历程中重要的遗传信息,如何有效地利用这些保留在基因组中的基因序列和基因顺序信息,是甲壳动物线粒体基因组研究的一个重点方向。为了进一步探讨甲壳动物稳定、可靠的系统发育关系,本文利用支持向量机的分类功能实现了甲壳动物线粒体基因组基因区与基因间区、编码区与非编码区的准确分类和预测,同时为了提高分类学习机的泛化能力,使用了交叉验证方法和粒子群算法优化选取支持向量机相关训练参数。通过MATLAB仿真分析的方法,对10种甲壳动物线粒体基因组序列的基因区和基因间区进行分类,以及对5种甲壳动物进行线粒体基因组序列中编码区和非编码区的分类,获得了较好的分类准确率。仿真结果表明本文方法是可行的和有效的,能够出色地应用于甲壳动物线粒体基因组序列的研究分析。     

日本绒螯蟹线粒体DNA序列研究Ⅱ.16S rRNA

参考果蝇、卤虫与锯缘青蟹的线粒体 DNA16 S r RNA基因序列进行了日本绒螯蟹相同基因片段的引物设计、PCR扩增及序列测定 ,得到 56 7bp的碱基序列 ,其 A、T、G、C含量分别为194 bp(34.2 2 % )、2 16 bp(38.10 % )、98bp(17.2 8% )、59bp(10 .4 1% ) ,与果蝇、卤虫及锯缘青蟹类的 16 S r RNA基因片段序列含量相似。     

软甲纲(节肢动物门:甲壳动物亚门)系统发育线粒体基因组研究

Along with the sequencing technology development and continual enthusiasm of researchers on the mitochondrial genomes, the number of metazoan mitochondrial genomes reported has a tremendous growth in the past decades. Phylomitogenomics—reconstruction of phylogenetic relationships based on mitochondrial genomic data—is now possible across large animal groups. Crustaceans in the class Malacostraca display a high diversity of body forms and include large number of ecologically and commercially important species. In this study, comprehensive and systematic analyses of the phylogenetic relationships within Malacostraca were conducted based on 86 mitochondrial genomes available from Gen Bank. Among 86 malacostracan mitochondrial genomes, 54 species have identical major gene arrangement(excluding t RNAs) to pancrustacean ground pattern,including six species from Stomatopoda, three species from Amphipoda, two krill, seven species from Dendrobranchiata(Decapoda), and 36 species from Pleocyemata(Decapoda). However, the other 32 mitochondrial genomes reported exhibit major gene rearrangements. Phylogenies based on Bayesian analyses of nucleotide sequences of the protein-coding genes produced a robust tree with 100% posterior probability at almost all nodes. The results indicate that Amphipoda and Isopoda cluster together(Edriophthalma)(BPP=100).Phylomitogenomic analyses strong support that Euphausiacea is nested within Decapoda, and closely related to Dendrobranchiata, which is also consistent with the evidence from developmental biology. Yet the taxonomic sampling of mitochondrial genome from Malacostraca is very biased to the order Decapoda, with no complete mitochondrial genomes reported from 11 of the 16 orders. Future researches on sequencing the mitochondrial genomes from a wide variety of malacostracans are necessary to further elucidate the phylogeny of this important group of animals. With the increase in mitochondrial genomes available, phylomitogenomics will emerge as an important component in the Tree of Life researches.     

蟹类线粒体DNA的研究与应用

线粒体DNA作为理想的分子遗传标记已被广泛用于蟹类种群遗传学和进化遗传学的研究,并取得了许多有意义的结果。本文阐述了蟹类线粒体DNA分子生物学的研究进展,重点介绍蟹类线粒体DNA序列的研究概况及其多态性在蟹类系统学、种群识别、起源和进化、地理分化等研究中的应用情况。     

甲壳动物的体液免疫研究进展

前人对甲壳动物免疫性的研究不够重视。随着淡海水养殖业的迅速兴起,虾蟹等的病害问题显得日益突出,并严重地影响了养殖业的发展。因此,甲壳动物免疫学开始得到重视。自60年代后期,瑞典、美国、日本等国学者发表     

基于线粒体DNA三种基因序列探讨青蟹属的系统发育关系

青蟹属(Seylla)分为4个种的观点得到了大多数学者的支持,但由于分析方法和采用序列的差异,种间系统发育关系仍然没有解决.本文对青蟹属4种24个体的线粒体12S rRNA、16S rRNA和COI基因部分序列进行了测定.对3种序列拼接后,根据不同进化速率采用分组策略,分别以贝叶氏法和最大似然法构建青蟹属的系统进化树并与Neighbor Joining(NJ)树进行比较.结果显示,3种进化树都获得完全一致的拓扑结构,其中贝叶氏法和最大似然法都强烈支持拟穴青蟹S.paramamosain与紫螯青蟹S.tranquebarica是姐妹种(自举值为95%,贝叶氏法后验概率为1.0).锯缘青蟹S.serrata分化早于拟穴青蟹和紫螫青蟹,为它们的姐妹种(自举值等于60%,贝叶氏法后验概率等于0.95);榄绿青蟹S.olivacea是4种青蟹中最早分化出来的种类.本文明确了青蟹属物种间系统发育关系,为澄清我国青蟹的分类地位进一步提供了分子依据.     

笛鲷鱼类的线粒体DNA控制区结构及其系统发育分析

采用PCR扩增直接测序的方法获得了11种笛鲷鱼类的线粒体DNA控制区全序列。结合从GenBank中下载的6种笛鲷鱼类的相应序列进行结构分析,可以将笛鲷鱼类的控制区分为终止序列区、中央保守区和保守序列区三个区域,找到了终止相关的序列ETAS以及一系列保守序列(CSB-F,CSB-E,CSB-D和CSB-1,CSB-2,CSB-3),并给出了它们的一般形式。以黄谐鱼为外群,采用NJ法和ME法构建笛鲷鱼类的分子系统树。分子系统发育分析表明,线粒体DNA控制区序列适合于笛鲷鱼类的系统发育分析,而且支持Allen关于笛鲷属的系统形态分类学观点。     

黑脊倒刺鲃线粒体DNA多样性分析

黑脊倒刺鲃(Spinibarbus caldwelli)是分布于中国南方各水系,具有重要经济价值鱼类.文中对来自赣江、九龙江、漓江等3水系的瑞金、长泰、桂林等3个黑脊倒刺鲃种群共61个样品的线粒体DNA细胞色素b基因(mtDNA cyt b)进行PCR扩增和测序,对序列进行分析.结果发现,在全长(1 141 bp)cyt b 共检测到45个变异位点,61个样品分属16个单倍型,与其它鲤科鱼类比较,黑脊倒刺鲃的遗传多样性水平比较低.分子方差分析(AMOVA)及系统发育分析显示,瑞金和长泰种群没有显著遗传差异,而它们与桂林种群存在显著遗传分化,提示黑脊倒刺鲃可能存在多个地理种群.     

黑脊倒刺鲤线粒体DNA多样性分析

黑脊倒刺喜巴（Spinibarbus caldwelli）是分布于中国南方各水系,具有重要经济价值鱼类。文中对来自赣江、九龙江、漓江等3水系的瑞金、长泰、桂林等3个黑脊倒刺喜巴种群共61个样品的线粒体DNA细胞色素b基因（mtDNA cyt b）进行PCR扩增和测序。对序列进行分析。结果发现,在全长（1141bp）cyt b共检测到45个变异位点,61个样品分属16个单倍型,与其它鲤科鱼类比较,黑脊倒刺钯的遗传多样性水平比较低。分子方差分析（AMOVA）及系统发育分析显示,瑞金和长求种群没有显著遗传差异,而它们与桂林种群存在显著遗传分化,提示黑脊倒刺啻巴可能存在多个地理种群。     

甲壳动物精子生物学的研究进展

甲壳动物精子生物学的研究对于甲壳动物的人工繁育及遗传育种等工作有重要意义。本文归纳了甲壳动物精子生物学的最新研究进展,包括精子的形态结构、发生、活力、体外保存及顶体反应等方面,并对该领域今后的研究方向提出了展望。     

甲壳动物基因研究进展

基因克隆技术不断发展完善 ,不仅用来克隆已知功能基因 ,而且成功地克隆了一些未知基因 ,从而大大推动生物基因资源的开发。近年来 ,国外学者针对甲壳动物基因库 ,其中主要是经济类甲壳动物如虾、蟹及非经济类的卤虫（Ａｒｔｅｍｉａ）基因开展了细致的研究工作 ,分离鉴定到约３０多种功能基因 ,另外有线粒体基因 ,ｒＲＮＡ基因及一些重复序列。而国内在这方面的工作比较薄弱。研究该类动物基因 ,不仅拓展了已有的关于真核生物基因结构、功能、表达、进化等方面的知识 ,更重要的是 ,通过深入了解控制虾、蟹的重要经济性状如生长速度、发育调…     

河口区甲壳动物对温度、盐度及溶解氧适应能力的研究进展

AREVIEWONTHEEFFECTSOFWATERTEMPERATURE,SALINITY,DISSOLVEDOXYGENINESTUARYONCRUSTACEAN河口区是一个生态环境因子变动较大的区。这里潮汐涨落明显,盐度、温度变动较大;表层盐度小,底层盐度大。涨潮时盐度增高,落潮时盐度变低,盐度有季节性变化,春季冬季盐度变小;夏季盐度近海水较远海水高。河口区水温变化较沿海及外海大,河流中带有大量的泥沙与有机碎屑物质在这里沉淀下来。河口区生物群落结构主要由：河口区特有种,海洋进来的种类和具有较强渗透压调节能力的淡水种组成。它是一些重要海洋…     

甲壳动物中的酚氧化酶原激活系统研究评价

依据８０－９０年代国际关于甲壳动物免疫机制的资料,对甲壳动物中的酚氧化酶原激活系统的研究进展予以综合评价,目的在于为中国科技工作者防治虾蟹类疾病提供参考。现有的研究表明,甲壳动物中的酚氧化酶原激活系统可被微生物多糖激尖,在激活过程中产生一系列活性物质,通过多种形式参与宿主防御反应。在甲壳动物中,与ｐｒｏＰＯ系统有关的因子正在被逐步纯化出来;ｐｒｏＰＯ可由内源蛋白酶转化成活性形式,存在调节因子调节ｐ     

雌核发育银鲫两个不同品系线粒体DNA比较

于１９９６年４月在中国科学院水生生物研究所关桥实验场取得银鲫Ｅ系（８♀,２♂）和Ｄ系（９♀,１♂）的卵巢（♀）或肝脏（♂）组织,分离纯化其线粒体ＤＮＡ,以此为材料,用２５种限制性内切酶分析了银鲫这两个雌核发育系的线粒体ＤＮＡ,构建了两系鱼ｍｔＤＮＡ的１９种酶个位点的酶切图谱。统计比较酶切片段的大小,发现５种内切酶（ＡｖａＩＩ,ＢａｍＨＩ,ＢｇｌＩ,ＳｐｈＩ,ＸｂａＩ）酶切位点在两个雌核发育系间存在     

黃、东海虾类动物地理学研究

著者1959年曾对我国黄、东海经济虾类区系特点作过初步报告。三年来,由于继续搜集并整理了大量资料,因而对中国海及邻近水域虾类的分布情况有了进一步的了解。目前,虽然对部分区域(特别是深水区)所作的调查仍然很不够,但这对我们进行黄、东海陆棚区虾类区系的全面分析影响不大。     

ZOOGEOGRAPHICAL STUDIES ON THE MACRUROUS CRUSTACEAN FAUNA OF THE YELLOW SEA AND THE EAST CHINA SEA

The number of species of Macrurous Crustacea (shrimps and lobsters) of the waters off the eastern coasts of China decreases with the increasing of latitudes. A total number of about 118 species of Macrura are found in the Yellow Sea and the western part of the East China Sea, excluding the another 14 species which have been recorded only from the waters of its eastern part along the coasts of Kyushu and Ryukyu Islands of Japan. Among them 96 species (belong to 41 genera) are found in the East China Sea, and 54 (belonging to 24 genera) in the Yellow Sea, of which only 22 (belonging to 11 genera) are recorded from the Pohai Gulf--the most shallow part of theYellow Sea.     

东南极冰-海相互作用研究进展

南大洋海冰过程是全球气候变化的重要因子之一。它的季节变化显著,覆盖面积变动于夏季（２月）的４×１０~６ｋｍ２和冬季（９月）的２０×１０~６ｋｍ２之间。由于南大洋冰面积的变化幅度如此之大,因此其季节变化对于气候变化的影响在重要性上仅次于北半球雪域的季节性变化。海冰主要通过３种特定方式影响气候：（１）海冰影响表面反射率,限制了极地大气与海洋间的直接接触,从而改变表面热平衡;（２）海冰改变了温度的季节循环,秋季冻结释放潜热,春季融化吸收热量,推迟了温度极值的出现;（３）海冰的运动产生了一个向赤道的负的盐…     

漠斑牙鲆生物学及其养殖研究进展

漠斑牙鲆原产于美国沿海,美国自90年代初开始研究漠斑牙鲆的繁育及其养殖技术。近年来,我国从美国引进漠斑牙鲆进行培育。本文对国内外漠斑牙鲆生物学及其养殖的研究进行了总结,提出了漠斑牙鲆今后研究的方向。