黑脊倒刺鲤线粒体DNA多样性分析

黑脊倒刺喜巴（Spinibarbus caldwelli）是分布于中国南方各水系,具有重要经济价值鱼类。文中对来自赣江、九龙江、漓江等3水系的瑞金、长泰、桂林等3个黑脊倒刺喜巴种群共61个样品的线粒体DNA细胞色素b基因（mtDNA cyt b）进行PCR扩增和测序。对序列进行分析。结果发现,在全长（1141bp）cyt b共检测到45个变异位点,61个样品分属16个单倍型,与其它鲤科鱼类比较,黑脊倒刺钯的遗传多样性水平比较低。分子方差分析（AMOVA）及系统发育分析显示,瑞金和长求种群没有显著遗传差异,而它们与桂林种群存在显著遗传分化,提示黑脊倒刺啻巴可能存在多个地理种群。     

基于线粒体细胞色素b基因的光倒刺鲃遗传多样性与遗传结构研究

光倒刺鲃(Spinibarbus hollandi)是华南地区重要的经济鱼类,现已成为重要的养殖鱼类之一。为了解光倒刺鲃的遗传多样性及遗传结构特征,作者对8个水系共191尾样本的线粒体细胞色素b(Cyt b)基因全序列进行了测定与分析。在所有序列中,共有51个变异位点,共检测出16个单倍型,单倍型多样性为0.761,核苷酸多样性为0.012。基于Cyt b基因全序列构建的NJ树显示,所有种群合聚为两大支,其中资江、钱塘江、郁江和柳江的全部样本以及北江、赣江和九龙江的部分样本组成了Ⅰ支,而东江水系的全部样本及北江、赣江和九龙江水系的部分样本则组成了Ⅱ支。单倍型网络图显示,东江的全部单倍型与北江及赣江的部分单倍型有着较近的亲缘关系,而与其他单倍型发生了较大的遗传分化;而九龙江种群内部不同的单倍型间亦有着较大的遗传差异;北江的部分单倍型、柳江及郁江种群的全部单倍型与资江、钱塘江的全部单倍型、赣江和九龙江的部分单倍型之间的亲缘关系亦较为密切。我们推测光倒刺鲃存在两个扩散中心:西江、北江水系扩散中心及东江水系扩散中心。其扩散路径为:西江及北江水系的种群往北向长江水系扩散,长江种群然后往钱塘江及九龙江等水系扩散;东江水系的种群扩散路径可分为3支,一支往北向长江水系扩散,一支往西向北江水系扩散,一支往东向九龙江等水系扩散。AMOVA分析表明,光倒刺鲃地理区之间变异占1.61%,地理区内种群间约占56.47%,种群内的变异占45.14%。错配分析及中性检验显示,全部种群、各个种群在历史上均没有发生过明显的扩张。本研究结果可为光倒刺鲃种质资源保护和利用提供科学依据。     

基于线粒体DNA细胞色素b序列分析3个条纹斑竹鲨群体的遗传结构和遗传分化

测定和分析了广东、福建、海南3个不同地理群体共71尾条纹斑竹鲨Chiloscyllium plagiosum的线粒体细胞色素b(mtDNA cyt b)全序列.结果表明,条纹斑竹鲨cyt b基因全长1146bp,具15个单倍型.较低的核苷酸多样性(π=0.00254)及单倍型多样性(h = 0.7195)提示条纹斑竹鲨线粒体DNA的进化速率较慢.各群体内的Tajima's D检验的结果均不显著(P>0.10),表明各群体进化过程中未出现扩张和持续增长,群体大小维持稳定.NJ树和单倍型网络图结果表明较早出现的是广东群体,福建群体较晚出现.通过计算其遗传距离值、估算其基因流(Nm) 及进行AMOVA 分析,均显示福建群体与海南和广东群体的分化最远,而海南及广东群体间分化不明显.研究表明距离隔离是条纹斑竹鲨福建、广东和海南群体遗传分化的重要因素.     

不同流域光倒刺鲃(Spinibarbus hollandi)子一代及其亲本的线粒体COI 基因遗传变异分析

对2 组光倒刺鲃(Spinibarbus hollandi)杂交子一代(长江♀×北江♂子一代, 北江♀×长江♂子 一代)及其亲本(北江♀、♂, 长江♀、♂)的线粒体COI 基因序列进行了分析。在18 个样品中共检测到 8 个单倍型和35 个核苷酸多态位点。通过序列差异分析和遗传距离比较发现, 核苷酸序列同源性在 98.1%-99.9%之间, 遗传分化不明显。杂交子一代的5 个单倍型与其母本的2 个单倍型的核苷酸同 源性在99.4%-99.8%之间。而与父本的同源性分别为98.5%、98.2%、98.2%、98.4%、98.1%.实验 结果表明两种杂交子一代的线粒体 COI 基因严格遵循母性遗传规律。     

基于线粒体DNA控制区高变区的黄河流域光泽黄颡鱼群体遗传学分析

光泽黄颡鱼(Pelteobagrus nitidus)是广泛分布在我国黑龙江至闽江水系的一种中小型经济鱼类。为了解黄河水系光泽黄颡鱼群体遗传变异规律,本研究采用线粒体DNA控制区高变区序列对采自黄河水系光泽黄颡鱼样品进行分析。研究显示:光泽黄颡鱼3个群体的单倍型多样度为0.682 8±0.043 7~0.753 6±0.056 2,核苷酸多样度为0.002 5±0.001 9~0.003 4±0.002 4,整体上呈中等程度的遗传多样性水平。以长须黄颡鱼的3个单倍型为外群,构建了光泽黄颡鱼5个单倍型的邻接关系树,结果显示2种黄颡鱼分别聚为2个分支,2个分支间的净遗传距离为0.109。3个群体间的遗传分化指数FST值为-0.030 2~0.003 8,且统计检验的结果均不显著,表现出较小的遗传分化。动态历史分析结果表明,光泽黄颡鱼表现出经历过近期的瓶颈效应事件。研究结果提示,黄河流域的光泽黄颡鱼在遗传管理上应作为一个管理单元进行管理,中等的遗传多样度及近期有效种群数量的瓶颈效应则提示我们应加大对黄河流域光泽黄颡鱼的保护。     

基于Cyt b基因序列的南海北部蓝圆鲹群体遗传多样性研究

为了解南海北部蓝圆鲹(Decapterus maruadsi)的群体遗传变异特征,本研究利用线粒体DNA Cyt b基因部分序列对9个群体共203个个体进行群体遗传多样性和遗传结构分析.结果显示:在722 bp长的Cyt b部分序列中,共检测出52个多态位点,定义25个单倍型;群体的单倍型多样性(h)为0.577±0.036,核苷酸多样性(π)为0.001 55±0.001 12,整体遗传多样性呈中等偏低水平,其中雷州半岛和海南岛以东5个群体的遗传多样性水平明显高于以西的4个北部湾群体.单倍型系统发育树和网络图均未表现出与地理位置相对应的谱系结构,单倍型网络图呈以主体单倍型为中心的星状结构.群体间的Fst值为-0.077~0.018,且统计检验均不显著(p0.05).分子方差分析(AMOVA)表明,遗传变异全部来源于群体内个体间.Tajima's D值和Fu's Fs值均为显著负值,核苷酸不配对分布呈明显的单峰分布.南海北部蓝圆鲹群体约在29 000a前可能发生过扩张事件,导致遗传多样性呈现高h、低π模式;9个群体间的遗传分化并不显著,符合是一个随机交配种群的假设,但9个群体的遗传多样性水平却表现出明显的地理趋势,提示将南海北部蓝圆鲹作为单一种群进行渔业管理需持谨慎态度.     

基于COI部分序列探讨南海鲳属鱼类系统进化与种群遗传结构

利用线粒体细胞色素 c 氧化酶Ⅰ亚基(COI)部分序列研究了南海区鲳属鱼类(Pampus)银鲳(P. ar-genteus)、珍鲳(P. minor)和中国鲳(P. chinensis)的系统进化与种群遗传结构.通过 PCR 扩增与序列测定获得了长度为643 bp 的 COI 基因片段,其 A、T、G、C 碱基的平均含量分别为25.4%、33.6%、18.9%和22.1%, A+T 含量高于 G+C 含量.64条序列共定义了20种单倍型,包含152个变异位点,简约信息位点148个,单变异位点4个,产生169个点突变.结果表明,银鲳与中国鲳的遗传差异最小,银鲳与珍鲳的其次,而珍鲳与中国鲳的遗传差异最大,3种鲳属鱼类的遗传多样性均呈现较低的水平,应采取有效的保护措施,以避免其遗传多样性水平的进一步丧失.本研究结果为鲳属鱼类资源保护和合理开发利用提供必要的参考     

青岛沿海24种鱼类耳石秤量特征与鱼体大小关系

研究中经常会用测量耳石称量特征推算饵料鱼类的形态参数,而青岛沿海鱼类相关的研究较少,因此作者根据2015年3、5、8月3个航次在青岛近海的拖网调查数据,分析了捕获的24种共1002尾鱼的耳石秤量特征(耳石长、耳石宽和耳石质量)和鱼体大小(体长、体质量)的关系。结果表明,渔获24种鱼类分属5个目、14个科、24种鱼类的体长体质量呈显著幂函数相关,相关系数R~2的范围为0.779～0.997,幂指数b的范围为2.376～3.591,平均值为3.048±0.327,其中黄鲫(Setipinna taty)等11种鱼类的b值均大于3(P0.05),为正异速生长,其余13种鱼类的b值小于3(P0.05),呈负异速增长。耳石宽-鱼体长的相关性比耳石长-鱼体长的相关性要好,仅有3种鱼(饰鳍斜棘鱼衔(Repomucenus ornatipinnis)、矛尾虾虎鱼(Chaeturichthys stigmatias)和焦氏舌鳎Cynoglossus lighti)未呈现显著相关关系。在耳石质量-鱼体质量的相关关系中,9种鱼(如皮氏叫姑(Johnius belengerii)、扁斜棘?(Repomucenus planus)、石鲽(Kareius bicoloratus)呈显著相关(只是列举了一部分), 5种鱼(锦鳚(Pholis nebulosus)、矛尾虾虎鱼(Chaeturichthys stigmatias)、斑尾刺虾虎鱼(Synechogobius ommaturus)、焦氏舌鳎(Cynoglossus lighti))在现有样品情况下未呈现显著相关关系。     

翡翠贻贝3个野生种群遗传多样性分析

采用表型性状、RAPD和ISSR分子标记对取自广西北海、广东湛江和汕尾的3个翡翠贻贝Perna viridis种群进行遗传多样性分析。翡翠贻贝种群间表型性状(壳长、壳高、壳宽、软体部重、体重和肥满度指数)存在显著的差异(p<0.05)。11个RAPD引物共扩增出114条带,扩增片断大小为237—2099 bp,种群的多态性位点比例和遗传多样性指数分别为57.14%—60.78%和0.174 8—0.190 1。10个ISSR引物共扩增出134条带,扩增片断大小为218—2 695 bp,种群的多态性位点比例和遗传多样性指数分别为72.48%—75.22%和0.245 7—0.253 4。RAPD和ISSR分析都表明汕尾与北海翡翠贻贝种群间的遗传距离最大。结果表明,(1)翡翠贻贝种群具有较高的遗传多样性;(2)RAPD与ISSR标记适合于翡翠贻贝遗传多样性分析,但ISSR比RAPD能检测到种群间更高的遗传变异。     

福建近海2个鮐鱼群体遗传结构与遗传多样性分析

测定了福建近海鮐鱼(Scomber japonicus)2个群体共62尾个体的线粒体DNA(mtDNA)控制区序列,探讨了闽东、闽南群体的遗传结构和遗传多样性.获得长度为864 bp的控制区全序列,在所分析的62个样本中,共检测到35个变异位点,定义了36个单倍型,平均单倍型多样性(h)为0.960,核苷酸多样性(π)为0.009 85,核苷酸差异数(K)为8.508,提示鮐鱼是一个遗传多样性水平较高的稳定的大种群.构建的单倍型邻接关系树和单倍型网络图均没有表现出明显的地理分布特征.分子方差分析(AMOVA)表明,遗传变异全部存在于群体内个体间,2个群体间具有相似的遗传结构.群体间和群体内的Kimura双参数遗传距离均为0.01.Tajima’s D中性检验及核苷酸不配对分析暗示鮐鱼是一个平衡的大种群,mtDNA控制区符合中性理论进化.结果显示,福建近海鮐鱼遗传多样性较高,闽东、闽南群体间不存在显著的遗传分化.扩散能力、种群大小、栖息地环境和台湾海峡环流促进了鮐鱼2个群体间频繁的基因交流,可能是闽东群体和闽南群体具有相似遗传结构的重要原因.