几种紫菜种质资源遗传多样性的RAPD分析

用随机多态DNA(RAPD)标记方法对11个紫菜(Porphyra)样品进行遗传多样性检测,从46个随机引物中筛选出27个有效引物,共扩增出282条DNA带,其中多态位点224个,占79．4％。用类间平均链锁法对各样品间的遗传距离进行聚类分析。结果显示,2个条斑紫菜之间的亲缘关系很近,遗传相似系数达98．1％,和坛紫菜的亲缘关系较远;坛紫菜不同样品间的遗传相似系数在75．8％～90．6％之间,表明坛紫菜种质资源具有丰富的遗传多样性,是良种选育的遗传基础。     

紫菜(Porphyra遗传差异的ISSR分析

采用ISSR标记技术对来自不同产地的6个坛紫菜(Porphyra haitanensis)无性系和两个条斑紫菜(P.yezoensis)无性系进行了遗传差异的分析。结果表明,7条ISSR引物在8个紫菜系中共扩增出59条片段,全部表现出多态性。根据Nei等的相似性系数得出8个紫菜系间的遗传距离在0.274—0.746之间。用UPGMA方法作出的系统树中各紫菜基本上是按照产地进行聚类,从而推测紫菜的遗传差异可能与地域分布相关。本文结果也证明了ISSR与RAPD、AFLP等标记技术一样适用于紫菜的遗传多样性分析。     

利用AFLP技术研究条斑紫菜的遗传变异

利用AFLP技术对11个条斑紫菜品系进行了研究.由16对引物共扩增出778条谱带,其中仅15条为共有谱带,多态位点的比例高达98.07%.日本鹿儿岛,我国的青岛、江苏、浙江等不同地点的野生或栽培条斑紫菜品系之间最近的遗传距离为0.180(两个日本样本之间),最远为0.397(日本样本与江苏样本之间),属于物种内种群间的遗传变异.聚类结果显示日本的样本与青岛的野生样本间的遗传相似系数较高而聚合在一起;浙江野生条斑紫菜与江苏的样本遗传距离相近,聚合在一起.结果表明,我国条斑紫菜的遗传多样性程度较高而且各品系间的遗传距离与其地理间距呈正相关关系.     

条斑紫菜(Porphyra yezoensis)遗传多样性的AFLP分析

利用扩增片段长度多态性技术(AFLP)分析了13个条斑紫菜品系,在80对引物中,有11对能得到重复性好的多态性扩增条带,共扩增出619条谱带,每对引物扩增带数为40—77条,并且各对引物扩增结果均显示样品间存在差异。共得到609条多态性条带,多态位点的比例高达98.38%。根据AFLP图谱计算了不同样品间的遗传距离(GD)和相似性系数(GS)。聚类结果显示,品系海安与二室间的遗传相似系数较高而聚合在一起,不同样品间的相似性系数介于0.595—0.845之间。结果表明,条斑紫菜的遗传多样性极为丰富,而部分材料间的遗传距离有随地理间距增大而逐渐增大的趋势。聚类分析结果反映了目前条斑紫菜养殖品种间存在着相互混杂。     

DNA序列标记在坛紫菜种质鉴定中适用性的比较分析

坛紫菜(Pyropia haitanensis)是我国南方沿海的主要海水养殖品种之一,准确的种质鉴定是避免种质混淆和实现其良种化栽培的基础.为筛选出适合于坛紫菜品系间种质鉴定的序列标记,本实验参考动物和植物条形码的构建方法,以1 1个坛紫菜种质品系为材料,对4种常用于种质鉴定的序列标记(Cox1、Cox2-3、UPA和ITS-5.8S)通过序列同源性分析和构建基于遗传距离的系统进化树两种方法进行比较分析和评价,结果发现:通过序列同源性分析,只有ITS-5.8S序列标记能将11个品系完全分开,而其他3个标记均存在多个品系序列同源性为100％,无法区分的问题;而通过基于遗传距离的系统进化树分析也表明Cox1、Cox2-3和UPA序列标记无法将11个坛紫菜品系完全区分开,而ITS-5.85序列标记除了8-Ⅰ和9-Ⅳ外,对其他品系均可以很好地区分.由此认为ITS-5.8S是适用于坛紫菜品系间种质鉴定的理想分子标记.     

五种紫菜同工酶标记的遗传分析

用垂直凝胶电泳来研究采自中国的（条斑紫菜×坛紫菜）杂交种、坛紫菜、条斑紫菜、少精紫菜、半叶紫菜的同工酶多态性。然后分析最小可能位点数和观察同位基因数、遗传差异性和采用平均连接聚类法。选取23种酶带中的六个酶（MDH,ME,LDH,GDH,IDH和G-6-PDH）进行分析。最小可能等位基因位点数显示五种紫菜在ME等位基因位点都只有一个。LDH和GDH等位基因位点半叶紫菜和少精紫菜和另外的三种紫菜不同,而在分析MDH时半叶紫菜比较独特。在IDH位点分析时少精紫菜和坛紫菜和其他三种不同,而条斑紫菜和坛紫菜和其他三种不同在G-6-PDH位点不一致。总的来看,最小可能等位基因位点数分析半叶紫菜是最分离的。遗传多样性结果分析表明当遗传相似度为0．7550时,五种紫菜中的遗传变异研究受到限制。条斑紫菜和坛紫菜的杂交种非常接近少精紫菜。当遗传相似度达到0．8937时,出乎意料的是条斑紫菜和坛紫菜遗传同一。性很低。条斑紫菜4个株系的平均遗传相似度仅为0．7428,差异比较大。在所有紫菜中半叶紫菜是最分化的分支,它与最小可能等位基因位点数分析一致。     

坛紫菜品系间杂交子代杂种优势的ISSR分析

以野生型坛紫菜(♀)和经过人工诱变选育获得的红色型(♂)坛紫菜进行杂交获得丝状体和叶状体,从中挑选5株具有一定生长优势和其它经济性状的藻体分别进行体细胞克隆和丝状体培育,获得5个性状稳定的子代品系(品系A,B,C,D,E)。然后应用ISSR标记技术对杂交亲本及这5个子代品系的杂种优势进行研究,从67个引物中筛选出了21条能扩增出清晰、稳定条带的引物,共得到366个扩增位点,其中347个位点具有多态性,多态位点百分率达94.8%,扩增的条带大小在400~4 000 bp之间。通过对扩增带谱的统计分析,发现5个坛紫菜杂种子代品系同父本和母本的遗传相似性平均值分别为0.519 1和0.555 1,都明显低于两亲本间的遗传相似性0.6120;并且5个杂种子代的有效等位基因数1.550 1,期望杂合度0.320 0,Shannon多样性指数0.472 0都要明显高于两亲本的有效等位基因数1.390 7,期望杂合度0.195 4和Shannon多样性指数0.270 8。由此表明杂交使得坛紫菜的遗传多样性水平明显提高,产生了显著的杂种优势。从扩增带谱的统计结果,还可看出5个杂种子代同两亲本的遗传距离不是对等的,全部都稍偏向母本,聚类分析结果也同样证明了这一点,说明细胞质基因在坛紫菜遗传性状的表达中也发挥了重要作用。文章最后对ISSR技术在杂种优势预测中的应用也进行了讨论。     

利用ISSR 分子标记技术分析浙江沿海4 株坛紫菜的遗传多样性

利用 ISSR 分子标记技术对采自浙江省南麂岛和渔山列岛的4株不同形状野生坛紫菜(Porphyra haitanensis)进行了遗传多样性分析.从33条引物中筛选出11条可扩增出清晰条带的引物,在4株坛紫菜中共扩增出62条 DNA 带,其中多态性条带比例达88.71%.遗传距离分析表明4株坛紫菜之间的遗传距离范围是0.3226~0.6129,聚类分析结果表明渔山列岛坛紫菜遗传距离最近,而南麂岛的两株坛紫菜则距离相对较远.该研究说明浙江附近岛屿的野生坛紫菜遗传多样性丰富     

大黄鱼(Pseudosciaena crocea)岱衢洋选育群体和官井洋养殖群体的遗传差异分析

应用RAPD技术对大黄鱼岱衢洋选育群体和官井洋养殖群体的遗传差异进行研究,选取15条10bp随机引物,共检测出96个RAPD位点。结果表明,岱衢洋选育群体的多态位点比例为33.33%,平均杂合度为0.3008,Shannon多样性信息指数为0.0879,群体内个体间平均遗传相似系数为0.9079,平均遗传距离为0.0921;官井洋养殖群体的多态位点比例为43.75%,平均杂合度为0.3298,Shannon信息指数为0.1221,群体内个体间平均遗传相似系数为0.8784,平均遗传距离为0.1216。大部分遗传变异(93.52%)存在于群体内,少部分遗传变异(6.48%)存在于群体间。两群体间的Nei氏标准遗传距离为0.0123。以上分析表明,大黄鱼官井洋养殖群体的遗传多样性水平高于岱衢洋选育群体,但两个群体都处于较低的遗传多样性水平,需要对大黄鱼的种质资源进行科学管理和保护,以避免遗传多样性下降。     

用于紫菜无性系种质鉴定的计算机化DNA指纹的建立

研究用RAPD技术对条斑紫菜(Porphyra yezoensis)、坛紫菜(P.Haitanensis)、半叶紫菜(P.Katadai var.Hemiphylla)和少精紫菜(P.Oligospermatangia)的15个无性系丝状体进行了遗传多样分析,用120个Operon引物进行了筛选,从中选用来自OPJ-18和OPN-02扩增出的8条多态性条带构建了这15个紫菜无性系的DNA指纹图谱,在该图谱中每个紫菜无性系均有各自特异的DNA指纹.用1和0分别表示DNA带的出现和缺失,将各个无性系的DNA指纹用计算机语言表示,建立了15个紫菜无性系的计算机化DNA指纹;在此基础上设计了紫菜无性系种质鉴定的计算机软件PhGI.     

彩虹明樱蛤基因组DNA提取及RAPD扩增的初步研究

对采自浙江温岭的彩虹明樱(Moerella iridescens)养殖群体的DNA提取和RAPD扩增条件进行了研究.从38种随机引物中筛选到重复性好的6种引物分别对11个个体的DNA进行扩增,共产生247个DNA条带(300～1 600 bp),总共检测到43个位点,其中多态位点32个,多态位点比例为74.42%.11个个体间的遗传相似系数在0.553～0.884之间,平均为0.691,个体间的平均遗传距离为0.309.表明该群体的遗传多样性比较丰富,种质资源处于良好状态.     

凡纳对虾优良性状遗传标记的筛选

凡纳对虾(Litopenaeus vannamei)是全球三大养殖对虾名优种类之一。我国从1988年开始试养，到1998年大量引进凡纳对虾亲虾和幼体后，华南地区兴起了养殖热潮。在1999年到2000年短短两年时间内，广东、海南、广西凡纳对虾的养殖面积已达10×104亩(1亩=666.7m2)，集约化防病养殖产量普遍达到5~9t/hm2，年产量高达10~20t/hm2，其养殖面积约占华南地区对虾养殖面积的60%，普遍获得了比养殖斑节对虾更好的经济效益，成为我国继中国对虾、斑节对虾之后的又一养殖对虾种类。从凡纳对虾养殖业的长远发展战略来看，如何避免斑节对虾因病害而造成养殖业全面萎缩的情况在凡纳对虾养殖业中重演已成为重要研究内容。 美国夏威夷海洋硏究所等单位利用遗传标记辅助选育种技术进行凡纳对虾良种选育和家系培养取得了很大的成效，培育出世界著名的无特异病原(SPF)凡纳对虾亲虾，在全球对虾养殖产量下滑的形势下仍然保持良好的增长趋势，其关键是种虾的选择和家系的培育。 Garcia等(1994)利用遗传标记技术进行了凡纳对虾种群的遗传标记研究，发现种群之间具有较高水平的遗传变异，因而有潜力进行凡纳对虾良种的人工选育。 本研究利用RAPD标记技术，对目前养殖凡纳对虾不同群体进行DNA多态性研究，筛选与优良性状有关的遗传标记，为凡纳对虾优质种苗的鉴定、选育和今后遗传标记辅助选育种提供了科学依据。     

进口大菱鲆Scophthalmus maximus L.苗种的遗传结构分析

利用随机扩增多态性DNA(RAPD)和微卫星两种分子标记技术分析了从法国(F)、英国(E)、西班牙(S)引进我国的三个大菱鲆群体的遗传结构。20个RAPD随机引物对每个群体各20尾大菱鲆的基因组DNA进行扩增，共获得125个重复性好且谱带清晰的RAPD标记，片段大小在200—2500bp之间，三群体的多态位点比例在12．80％—20．00％之间，Nei基因多样性指数在0．0142—0．0352之间，Shannon多样性指数在0．0423—0．0720之间。微卫星引物的分析结果与RAPD一致。总体上，三个群体的遗传多样性均较低，其中西班牙群体遗传多样性水平最高，英国群体次之，而法国群体最低。利用Shannon多样性指数和Nei多样性指数估算群体遗传变异的来源，两者得出一致的结论：群体问遗传分化很弱。AMOVA分析结果进一步证实了shannon多样性指数和Nei基因多样性指数的分析结果：群体的遗传变异有97％以上是由群体内个体问的遗传变异引起的，遗传变异主要来自于群体内个体间，显著性检验表明群体间的变异对总变异的影响不显著。实验结果证明我国进口大菱鲆群体种质较单一。     

六种海产虾类基因组DNA多态性的RAPD标记研究

于１９９６年１０月在青岛胶州湾附近海域采集中国对虾,细巧仿对虾,周氏新对虾,鹰爪虾,脊尾白虾和脊腹褐虾等６种不同科或不同属的海产虾类,用ＲＡＰＤ技术对其基因组ＤＮＡ的多态性进行了研究。在事先优化的反应条件下,经２０个随机引物扩增,共得到２８２条多态性片段,片段长度在２３０￣２８００ｂｐ之间,根据扩增片段的共享度计算出相对遗传距离指数,然后用ＵＰＧＭＡ和ＮＪ程序进行聚类分析,结果所显示的６种虾的亲缘     

6个虾种基因组DNA多态性分析

采用RAPD方法检测了罗氏沼虾（Macrobrachium rosenbergii)、绿须虾（Aristeus virilis)、长毛对虾（Penaeus penicillatus)、日本对虾（P.japonicus)、斑节对虾（P.monodon)和周氏新对虾（Metapenaeus joyneri)等6个虾种的基因组DNA的多态性。用20个随机引物扩增得到492个DNA片段，根据这些片段的共享度计算出遗传距离并构建系统树。所得结果从DNA水平上反映出虾类在科属种不同分类阶元亲缘关系的远近，并为虾类现行的分类系统提供了分子生物学依据。     

丹江口水库赤眼鳟(Squaliobarbus curriculus)遗传多样性的RAPD和ISSR分析

利用RAPD和ISSR两种分子标记技术,分析了丹江口水库野生赤眼鳟30个个体的遗传多样性。用11个RAPD引物对其基因组DNA进行扩增,共获得101个重复性好且谱带清晰的扩增位点,片段大小在100—3000bp之间,其中多态性位点63个,多态位点比例为62.38%;个体间遗传距离在0.1049—0.3417之间,平均为0.1742。用10个ISSR引物共检测到88个位点,其中多态性位点61个,多态位点比例为69.32%;个体间遗传距离在0.1088—0.3847之间,平均为0.1907。结果显示,丹江口水库野生赤眼鳟群体的多态位点比例和平均遗传距离均较大,说明其有较高的遗传多样性。     

西施舌群体遗传结构及分化的RAPD分析

采用55个随机引物对西施舌(Coelomactra antiquata)5个群体, 即长乐(CL)、启东(QD)、连云港(LYG)、胶南(JN)和北海(BH)群体进行RAPD 扩增。用PopGen(Version1.32)软件进行遗传多样性分析。结果共筛选出12个重复性好的引物, 得到88条清晰稳定的条带, 扩增片段在100 bp～3 000 bp之间, 其中引物S299扩增的600 bp片段为长乐群体特有。多态位点比例为62.07%～78.26%(JN、LYG、BH、QD、CL群体分别为78.26%、77.05%、72.58%、70.05%、62.07%), Shannon指数为0.210 5～0.312 3。群体间遗传距离为0.068 3～0.223 9,其中长乐群体与其余4个群体间的遗传距离为0.182 7～0.223 9, 4个非长乐群体的遗传距离为0.068 3～0.136 7。群体间遗传分化系数(F_st)为 0.313 01(P<0.05), 表明在整个遗传变异中群体间占31.30%。CL群体与QD, BH, JN, LYG群体间的遗传分化系数(G_st)分别为0.364 9,0.344 8, 0.325 0, 0.309 0;而非长乐群体之间的遗传分化系数为0.148 2～0.240 3;以上数据显示长乐群体遗传分化最大。聚类结果显示, 启东和胶南群体首先聚为一支, 然后与北海群体聚在一起, 再和连云港群体相聚; 而长乐群体则单独形成一支。     

黄鳍鲷2个自然群体遗传变异的RAPD分析

用RAPD技术对福建和珠江口2个自然黄鳍鲷(Sparus latus)群体进行群体内与群体间的遗传变异分析。在使用的40个随机引物中．有18个引物扩增出清晰稳定的片段，共计93条，大小为200-2500bp，其中多各性片段41条．多态性片段的比例为44．09％。福建和珠江口群体内的相似系数分别为0．8821和0．8785．群体内遗传距离分别为0．1179和0．1215，2个群体间的遗传距离为0．1314。福建和珠江口2个群体内都有较高程度的遗传变异水平，但福建群体的遗传变异水平较珠江口群体的低。用类平均聚类法和邻接法进行聚类分析，结果表明．福建和珠江口群体分别聚成一支，且两者的聚类结果一致。说明福建和珠江口群体已经开始出现了遗传分化，分别属于2个不同的地理群体。