六种海产虾类基因组DNA多态性的RAPD标记研究

于１９９６年１０月在青岛胶州湾附近海域采集中国对虾,细巧仿对虾,周氏新对虾,鹰爪虾,脊尾白虾和脊腹褐虾等６种不同科或不同属的海产虾类,用ＲＡＰＤ技术对其基因组ＤＮＡ的多态性进行了研究。在事先优化的反应条件下,经２０个随机引物扩增,共得到２８２条多态性片段,片段长度在２３０￣２８００ｂｐ之间,根据扩增片段的共享度计算出相对遗传距离指数,然后用ＵＰＧＭＡ和ＮＪ程序进行聚类分析,结果所显示的６种虾的亲缘     

中国对虾一种C型杆状病毒随机扩增多态性DNA分析

于１９９４年和１９９５两年的７月从青岛崂山上马镇养虾场中染病的中国地虾中分离纯化出一种Ｃ型杆状病毒。为建立中国对虾病毒的鉴别和检测技术，利用随机扩增多态性ＤＮＡ技术对电泳纯化的病毒ＤＮＡ进行分析和研究。将病虾匀浆、经差速离心和蔗糖密度梯度离心纯化获得完整病毒粒子；从病毒中提取ＤＮＡ后再进行电泳纯化，收集长度完整，均一的病毒ＤＮＡ：在其他参数保持不变的情况下，对Ｏｐｅｒｏｎ生产的１０碱基随机引物Ｋ试     

文蛤、青蛤和四角蛤蜊的随机扩增多态性DNA(RAPD)的比较分析

利用随机扩增多态性DNA(RAPD)技术,对吕四海区的三种重要的水产贝类：文蛤、青蛤和四角蛤蜊的遗传多样性进行了分析和比较。用60个随机引物对三种贝类共24个样品进行随机扩增,从中选取了45个扩增效果比较稳定的引物用于群体分析,共得到了250个位点。根据Nei氏公式计算出3种贝类种间和种内的遗传相似性指数和相对遗传距离,并进行聚类分析。通过比较分析,3种贝类之间的遗传距离差异不大。相对与青蛤和四角蛤蜊,文蛤种内的遗传距离要小。     

虾夷扇贝选育群体与野生群体基因组DNA甲基化的MSAP分析

基因组DNA甲基化作为表观遗传学研究的重要手段之一,在水产科学领域得到越来越广泛的应用。为从表观遗传学角度探讨虾夷扇贝选育群体-"玉贝"和普通虾夷扇贝群体的DNA甲基化差异,本文运用甲基化敏感扩增多态性(Methylation-sensitive amplification polymorphism,MSAP)技术分析了两群体的DNA序列中CCGG位点的甲基化情况。结果表明,筛选得到11对引物组合能够在两个群体中得到稳定扩增、清晰且多态性丰富的片段;11对引物在"玉贝"和对照群体中分别共检测到1432和1442个位点,其中发生甲基化的位点分别为306和341个,总甲基化率分别为21.5%和23.65%,"玉贝"总甲基化率下降2.15%;全甲基化位点分别为152和236个,全甲基化率为10.68%和16.37%,"玉贝"全甲基化率下降5.69%;半甲基化位点分别为154和105个,半甲基化率为10.82%和7.28%,"玉贝"半甲基化率上升3.54%;"玉贝"群体的甲基化多态性条带所占比例高于对照群体,分别为31%和29.167%,尤其是B类型条带链,"玉贝"群体明显高于对照群体。这说明,通过对虾夷扇贝生长和耐热性状的累代选育导致了DNA甲基化水平和模式的改变,本研究为进行虾夷扇贝抗逆基因的筛查提供了参考数据,丰富了表观遗传学在扇贝中的研究资料。     

应用MSAP技术研究扇贝全基因组DNA甲基化水平

DNA甲基化作为真核生物基因组重要的表观遗传学修饰,对生物体基因的表达有重要的调控作用。为获得扇贝基因组DNA甲基化修饰水平及模式等表观遗传学信息,以栉孔扇贝(Chlamys farreri)、海湾扇贝(Argopecten irradians)、虾夷扇贝(Mizuhopecten yessoensis)以及本课题组培育的"海大金贝"为材料,建立了甲基化敏感扩增多态性方法(Methylation-sensitive amplified polymorphism,MSAP)的反应体系,利用该方法对其基因组DNA CCGG区域的甲基化水平进行分析。结果表明,本研究筛选得到的引物组合可用于贝类DNA甲基化的研究,在栉孔扇贝、海湾扇贝、普通虾夷扇贝和"海大金贝"的甲基化比例分别为32.08%、25.99%、32.88%和34.97%。几种扇贝基因组CCGG序列中,胞嘧啶的全甲基化率要高于半甲基化率,推测扇贝基因组中主要的甲基化模式是CpG型。通过对"海大金贝"和普通虾夷扇贝闭壳肌甲基化谱进行比较,筛查得到46个差异位点,这些位点可能参与"海大金贝"闭壳肌积累类胡萝卜素的调控。     

应用RAPD技术对裙带菜七个配子体克隆的遗传分析

对裙带菜７个单克隆进行了ＲＡＰＤ分析,从２０个引物中筛选出１６个能产生稳定的扩增片段的引物,共产６４条扩增片段,其中５６条呈现多态,多态位点比例高达８７．５％,根据这些引物扩增的指纹图谱,计算了各材料之间的遗传距离（Ｄ）,并由此进行了聚类分析,结果显示,各品系之间的遗传距离在０．４４１９－０．７４２之间,裙带菜种内遗传变异丰富,其遗传距离与地理分布没有必然的联系。     

不同保存条件下中华哲水蚤基因组DNA提取的比较

以采自厦门港的中华哲水蚤(Calanus sinicus)为对象，研究多种保存条件对中华哲水蚤基因组DNA提取的影响。结果表明，除5％福尔马林保存的样品没有提取到DNA之外，其余样品均能成功提取出基因组DNA；以该DNA为模板通过相应引物成功扩增出线粒体DNACOI基因片段。其中无水乙醇保存样品提取可靠的基因组DNA方法的建立，为野外样品保存工作提供了一个简便，经济的途径。     

大黄鱼高质量基因组DNA的简便提取方法

目前常用的分子标记技术如ＲＡＰＤ、ＡＦＬＰ、微卫星等都是以ＤＮＡ为研究对象 ,而高质量ＤＮＡ的简便快速提取是至关重要的 ［１］。大黄鱼 (Ｐｓｅｕｄｏｓｃｉａｅｎａｃｒｏ ｃｅａ（Ｒｉｃｈａｒｄｓｏｎ）)曾是我国著名的四大海洋渔业对象之一 ,也是目前闽浙两省重要的经济养殖品种。近年来养殖大黄鱼普遍出现生长缓慢、抗病能力弱、性成熟提早、个体小等生物学性状退化的现象［２］。为了从ＤＮＡ水平上研究大黄鱼遗传多样性 ,为养殖大黄鱼种质的改良和养殖业的健康持续发展提供依据 ,我们首先要从大黄鱼组织中提取基因组ＤＮＡ。…     

凡纳滨对虾引进亲虾及其子一代的遗传多样性研究

采用Operon公司的16个引物对两个凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)引进亲本群体及其子一代对虾的基因组DNA多态性进行了检测。第一个亲虾群体对16个引物共获得78个位点,其中多态位点数为48个,占61.54%;其子代对虾共获得89个位点,其中多态位点数为50个,占56.18%。第二个亲虾群体对16个引物共获得97个位点,其中多态位点数为49个,占50.52%,其子代对虾共获得93个位点,多态位点数为28个,占30.11%。单个引物获得的标记数为1～8个。第一个亲本群体及其子代个体间的平均遗传距离分别是0.1959±0.0392和0.1435±0.0268;第二个亲本群体及其子代个体间的平均遗传距离分别为0.0922±0.0189和0.0621±0.0148。两个亲本群体间的遗传距离为0.6546±0.0794,两个子代群体间的遗传距离为0.7087±0.0656。在OPF-09、OPZ-11两个引物的扩增结果中,发现两个亲本群体及其子代有差异标记。     

长兴岛刀鲚群体的遗传多样性分析

用随机扩增多态DNA(RAPD)技术对长兴岛刀鲚(Coilia ectenes)38个个体的遗传多样性进行了检测,从40个随机引物中筛选出13个对刀鲚的DNA进行扩增,结果为:13个引物共检测到112条清晰且重复性好的条带,分子质量在200~2000 bp之间,其中多态位点为74个,占66.07%;群体的Shannon多样性指数为0.3164,Nei基因多样性指数为0.2075,结果表明中国刀鲚遗传多样性处于较高水平。刀鲚成熟年龄早,对产卵条件要求不甚严格,产卵率和孵化率都比较高,具有较强的种群恢复能力;另外,由于长江中下游和湖泊刀鲚的捕食者和饵料竞争者的减少,客观上为刀鲚提供了良好的繁殖和幼鱼索饵条件,因此,结合刀鲚自身的生物学特征及生活环境特点,采取合理的保护和管理措施,中国刀鲚资源有望得到恢复。     

人工育珠对三角帆蚌(Hyriopsis cumingii)遗传基因影响的初步研究

采用酚-氯仿和试剂盒两种提取法对三角帆蚌怀珠群与非怀珠群各6个个体进行基因组DNA的提取,然后在优化RAPD(随机扩增多态性DNA)检测条件基础上,从80个随机引物中筛选出12个扩增较好且多态性强的引物进行RAPD扩增,产物通过水平板琼脂糖凝胶电泳和垂直板聚丙烯酰胺凝胶电泳两种方法进行检验并对DNA的多态性进行分析。结果显示在怀珠群和非怀珠群检测到的位点数、多态位点比例、平均Shannon多态性信息指数、平均Nei's基因多样性指数、群体内个体间平均遗传相似率和平均遗传距离分别为100、33%、0.1927、0.1324、0.904、0.096,95、47.37%、0.2711、0.1879、0.861、0.139,群体间的平均遗传距离为0.821,非怀珠群的变异性大于怀珠群;本研究还获得了两群体各自的特异扩增谱带及两群体间表达差异较大谱带,这些位点很可能是由人工育珠所引起。根据MEGA4.0软件的UPGMA和NJ程序构建的分子系统树可直观地将两群体分开。     

利用流式细胞计进行虾类倍性检测的研究

在生物有机体中,一个细胞核中含的ＤＮＡ总量对于某种类有机体是一定的。利用流式细胞计测量细胞中的ＤＮＡ含量,可以和来鉴别有机体的倍性,本文处次报道了用流式细胞计测定中国对虾（Ｐｅｎａｅｕｓｃｈｉｎｅｎｓｉｓ）,日本对虾（Ｐ．ｊａｐｏｎｉｃｕｓ）和刀额新对虾（Ｍｅｔａｐｅｎａｅｕｓｅｎｓｉｓ）倍性的结果。     

用RAPD技术对养殖环境溶藻弧菌遗传多样性的研究

利用RAPD技术对不同宿主，不同环境分离的8个溶藻弧菌Vibrio alginolyticus株系进行了遗传多样性分析，8个引物共获得了46条多态性条带，将8个株系分为3个类群，不同宿主（石斑鱼Einephelus fario和凡纳对虾Penaeus vannamei)，不同环境及药物处理前后的株系之间有很高的遗传多样性，使用药物后，溶藻弧菌株系遗传多样性和基因型发生了明显的变化，而同一环境和同一时间分离的菌株之间有较高的同源性。从患病石斑鱼上分离到的致病朱与非致病株有极高的相似性，但有一个约2kb的条带的差异，该差异条带可能与溶藻弧菌的致病性相关。     

虾塘养殖中有机质自身污染速率及程度的研究

利用养殖期间水体中颗粒有机质垂直迁移通量，测定了虾塘自污速率；并以虾塘沉积物的Ｅｈ和Ｃｏｍ值为指标，结合其空间分布形式，初步探讨了虾塘中有机质污染程度。结果表明，新、旧虾塘尤其是不同养殖区域间的自污速率都存在明显差别；而沉积物中Ｅｈ和Ｃｏｍ值的垂直分布形式，则可能成为虾塘有机质污染程度的重要评估参数。     

移植大叶藻提高池养对虾产量的研究

本实验首次用移植的方法在虾池内栽培大叶藻。结果表明,大叶藻可以净化虾池水质,改善虾池底质条件,丰富了饵料生物,促进了对虾的生长,提高了产量,每亩虾池的产量提高26.6％,纯利润提高190.5％。文章讨论了提高产量的原因。     

虾池的蟹类及其药物杀灭

对山东半岛南海岸3个地点虾池内的蟹类组成、分布和携带病毒的情况进行了调查,并用敌百虫和次氯酸钠对天津厚蟹(Helicana fridens)进行了杀灭试验。发现虾池内的蟹类组成相对简单,蟹洞分布 85％集中在水位线以上 100 cm至水位线下 30 cm区域内;敌百虫对天津厚蟹的 96 h半致死浓度 LTD_(50)(96 h)=1.25×10~(-6),96 h全部将天津厚蟹杀死的浓度为 2.75×10~(-6);次氯酸钠(以有效氯计)对天津厚蟹的 72 h半致死浓度为 LTD_(50)(72 h)=63.8×10~(-6),72 h内将天津厚蟹全部杀死的浓度为 111.1×10~(-6)。     

海产贝类DNA提取及PCR扩増

本文报道海产贝类DNA提取方法及PCR扩增。采用随机引物N01-20共获得391个片段。其中皱纹盘鮑2个个体,产生65个片段,在501-2818bp间;毛蚶3个个体,产生76个片段，在398-2818bp间;四角蛤蜊3个个体,产生154个片段,在562-3311bp间;中国蛤蜊2个个体，产生96个片段,在478-3311bp间。通过比较分析,可见海产贝类有丰富的遗传多态现象,RAPD技术可用于海产贝类的分类及系统演化关系探讨等领域。     

虾池小型底栖动物的数量研究

提出１９８７年５月至１０月在黄岛养虾池对虾生长周期内对小型底栖动物数量逐月调查。指出：小型底栖动物总平均密度为１０９２．４ｉｎｄｓ·１０ｃｍ－２，自由生活海洋线虫和底栖桡足类是主要类群，其总平均密度分别为４６６．９和４５７．９ｉｎｄｓ·１０ｃｍ－２。８９．７％的小型底栖动物分布在沉积物表层２ｃｍ内。结果指明小型底栖动物被对虾捕食，并提出了捕食模式。