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1.
目的:基于网络药理学及分子对接技术探讨四妙勇安汤治疗糖尿病足(DF)的作用机制。方法:通过TCMSP数据库获取四妙勇安汤中各中药有效成分并预测其作用靶点;通过DisGeNET、GeneCards、OMIM、TDD数据库以“Diabetic Foot”为关键词,筛选出DF的基因靶点。药物活性成分作用靶点与疾病靶点交集为关键靶点,将其导入STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络;利用 Cytoscape软件绘制药物-成分-DF-靶点网络图;运用基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析对关键靶点进行分析。利用Autodock软件、Cytoscape软件对核心成分和靶点进行分子对接验证,并运用Pymol 2.5软件进行蛋白对接可视化处理。结果:获得四妙勇安汤有效成分120种,靶点基因251个。药物-成分-DF-靶点网络图中槲皮素、山柰酚、β-谷甾醇以及人前列腺素内过氧化物合酶2、雌激素受体1为重要节点,主要作用于Lipid and atherosclerosis通路、晚期糖基化终产物及其受体(AGE-RAGE)信号通路。分子对接结果显示核心成分与靶点之间具有一定的结合活性。结论:四妙勇安汤可通过多成分、多靶点、多通路治疗DF,发挥其抗炎、抗氧化等作用,为复方治疗DF提供参考。 相似文献
2.
目的:基于网络药理学和分子对接探讨人参-茯苓药对治疗慢性阻塞性肺疾病(COPD)的作用机制。方法:通过TCMSP数据库获取人参-茯苓的活性成分及靶点,在GeneCards和OMIM数据库中收集COPD的相关靶点,运用Venny 2.1获取药物-疾病的共同靶点。通过Cytoscape 3.8.2构建药物-活性成分-共同靶点-疾病及核心靶点网络图。使用R软件绘制核心靶点条形图,对共同靶点进行基因本体(GO)功能及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,并采用分子对接技术对关键靶点和主要活性成分的结合能力加以验算。结果:共获得37个有效药物成分,137个映射靶点,7389个疾病靶点,61个交集靶点。初步预测人参-茯苓药对治疗COPD主要与苯代南蛇碱(Celabenzine)、阿朴天仙子碱(Aposiopola mine)、灌木远志酮A(Frutinone A)、马卡因(Iner min)等活性成分密切相关;主要包括细胞色素P4503A4酶(CYP3A4)、内皮一氧化氮合成酶(NOS3)、V-rel网状内皮细胞过多症病毒癌基因同源物A(RELA)、信号传导与转录激活因子1(STAT1)等核心靶点;GO功能富集分析提示涉及93个生物过程,KEGG通路富集分析显示涉及29条通路;分子对接结果显示对接构象合理。结论:人参-茯苓药对治疗COPD是通过多成分、多靶点、多途径协同发挥治疗作用。 相似文献
3.
目的:运用网络药理学和分子对接方法探讨左金丸治疗肝癌的作用机制。方法:从TCMSP和BATMAN-TCM数据库获取左金丸的化合物及其相应靶点,检索GeneCards、OMIM和TTD 3个数据库获得肝癌的相关靶基因,取两者靶基因交集得到左金丸治疗肝癌的预测靶基因;运用Cytoscape 3.7.1软件构建左金丸-化合物-靶点-肝癌和PPI网络图;运用R软件对预测靶基因进行GO和KEGG富集分析;最后运用分子对接技术对关键化合物和靶点进行验证。结果:共获取左金丸35个化合物及173个相应靶点,左金丸与肝癌的共同靶点有103个。PPI结果表明AKT1、MAPK1、TP53、JUN和RELA可能为左金丸治疗肝癌的关键靶点。富集分析示左金丸可能通过乙型肝炎、卡波西肉瘤相关疱疹病毒感染、人巨细胞病毒感染、丙型肝炎、MAPK信号通路、肝癌等信号通路抗肝癌。分子对接结果示槲皮素和黄连素均能与AKT1和MAPK1稳定结合。结论:本研究初步揭示了左金丸通过多成分、多靶点、多通路治疗肝癌的作用机制,为后续左金丸治疗肝癌提供理论参考。 相似文献
4.
目的:采用网络药理学及分子对接方法探讨大黄治疗肠梗阻的作用机制,为临床应用大黄治疗肠梗阻提供依据。方法:通过TCMSP数据库获得大黄的活性成分与作用靶基因,通过GeneCards、OMIM数据库获取肠梗阻的潜在作用靶点,取二者交集获得交集基因,运用Cytoscape软件构建大黄-活性成分-肠梗阻-靶基因网络图,在STRING平台制作蛋白互作网络,通过Metascape平台对交集靶点进行富集分析,获得靶点功能及通路。最后运用Vina等软件对大黄的关键活性成分与关键靶点进行分子对接验证。结果:筛选得到大黄7个活性成分(芦荟大黄素、β-谷甾醇、泽兰黄醇等),涉及47个作用靶点(JUN、CASP3、MYC、PTGS2、ESR1、IL-1B、CDKN1A、CCNB1、CASP8、CASP9等),主要涉及炎性信号通路、癌症通路。结论:大黄治疗肠梗阻具有多成分、多靶点、多途径的特点。 相似文献
5.
目的:运用网络药理学和分子对接技术探讨罗汉果治疗糖尿病的作用机制。方法:通过TCMSP平台和Swiss Target Prediction数据库筛选出罗汉果的活性成分及其靶点;利用GeneCard、TTD、OMIM数据库筛选出糖尿病潜在靶点;采用Cytoscape 3.7.2软件构建药物-活性成分-疾病-靶点的可视化网络;通过STRING数据库对关键靶点构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络;利用Metascape数据库进行基因本体(GO)功能以及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;利用Autodock4和Pymol软件对关键活性成分和关键靶点进行分子对接分析和可视化。结果:筛选出有效成分18种,糖尿病靶点146个。GO功能富集分析得到GO条目572条,KEGG通路富集分析得到信号通路167条。分子对接结果显示β-谷甾醇、山柰酚、罗汉果醇等关键活性成分与原癌基因酪氨酸蛋白激酶(SRC)等关键靶点的亲和力较高。结论:罗汉果通过多靶点、多通路发挥抗糖尿病的作用,其关键活性成分通过与SRC、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1(AKT1)、丝裂原活化蛋白激酶3(MAPK-3)等靶点调节晚期糖基化终末产物-糖基化终末产物受体(AGE-RAGE)、缺氧诱导因子1(HIF-1)、磷脂酰肌醇-3-激酶/蛋白激酶(PI3K-Akt)等信号通路起到治疗糖尿病的作用。 相似文献
6.
目的:运用网络药理学及分子对接技术探讨曲直汤治疗坐骨神经痛的作用机制。方法:使用TCMSP检索并筛选曲直汤各药物的活性成分,借助Uniprot数据库进行靶点预测;通过GeneCards数据库获取坐骨神经痛主要靶点,利用Cytoscape 3.8.2基于Bisogenet及CytoNCA插件工具进行蛋白互作网络构建及筛选;借助Metascape平台分析曲直汤治疗坐骨神经痛的主要通路及生物过程;基于AutoDockTools-1.5.6进行分子对接验证。结果:曲直汤治疗坐骨神经痛的核心活性成分为槲皮素、豆甾醇、β-谷甾醇、山柰酚、毛地黄黄酮、丹参酮IIA等,其核心靶点包括微管蛋白β链(TUBB)、异质性核蛋白K(HNRNPK)、核仁素(NCL)、转录中介因子1-β(TRIM28)、多(聚)腺苷酸-结合蛋白1(PABPC1)、40S核糖体蛋白S3(RPS3)、ATP依赖的RNA解旋酶A(DHX9)等。分子对接其核心成分与主要核心靶点结合能明显小于-1.2 kcal/mol,对接结果良好。曲直汤治疗坐骨神经痛的主要生物学通路包括晚期糖基化终末产物-糖基化终末产物受体通路、辅助性T细胞17细胞分化、多巴胺能突触、缺氧诱导因子-1、叉头蛋白0信号通路、环磷酸鸟苷-环磷酸鸟苷依赖蛋白激酶信号通路、神经活性配体-受体相互作用等。结论:曲直汤治疗坐骨神经痛具有多成分、多靶点、多途径的作用特点,可能与减轻炎性刺激、调节神经节兴奋性、痛觉传导与处理等多种作用有关。 相似文献
7.
目的:利用网络药理学及分子对接探讨重连口服液治疗流行性感冒的作用机制。方法:通过TCMSP、PubChem、Swiss Target Prediction平台以及相关文献获取重连口服液所含中药的活性成分及对应靶点;通过DisGeNET、DrugBank、Herb数据平台获得流感相关靶点;将有效成分的靶点映射到流感靶点,得到交集靶点即为重连口服液抗流感的潜在靶点;利用Cytoscape软件和String数据库建立化合物-靶点网络及靶蛋白互作(PPI)网络;通过R语言clusterProfiler工具包对核心靶点进行基因本体(GO)功能及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果:根据筛选条件获取160个活性成分,59个潜在靶点;经网络拓扑分析筛选出重连口服液前5位重要成分为:槲皮素、木犀草素、山柰酚、汉黄芩素、β-谷甾醇,2个重要靶蛋白转录因子P65(RELA)、丝裂原活化蛋白激酶14(MAPK14)。通过分子对接显示5个重要成分与RELA、MAPK14结合能均<-5.0 kcal/mol。GO富集分析发现重连口服液作用的生物途径与调节脂多糖、细菌源分子等有关系;KEGG通路富集分析表明重连口服液治疗流感涉及IL-17信号通路、TNF信号通路等。结论:重连口服液以多种成分通过调控RELA、MAPK14等靶蛋白,作用于多种生物途径以抑制病毒的复制,减轻炎症反应,调节机体免疫,调控氧化应激等,从而起到抗流感的治疗作用。 相似文献
8.
目的:基于网络药理学与分子对接技术探讨青蛇方外用治疗湿疹的作用机制。方法:应用TCMSP和UniProt数据库平台查询青蛇方组方的有效活性成分及靶基因,与疾病靶基因取交集后构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络;应用DAVID数据库,对潜在核心作用靶点基因进行基因本体(GO)功能、京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。利用分子对接原理论证青蛇方生物活性成分与核心靶点的分子结合能力。结果:筛选出青蛇方有效成分63种,作用靶点99个;主要有β-谷甾醇、2,4,7-三羟基-9,10-二氢菲、靛蓝素、豆甾醇、色氨酸等关键成分;转录因子AP-1(JUN)、肿瘤坏死因子(TNF)、原癌基因(RELA)、干扰素γ(IFNG)、转化生长因子-β1(TGF-β1)等核心基因。关键信号通路有癌症信号通路、恰加斯病通路、弓形体病通路、脂质和动脉粥样硬化通路等,分子对接结果显示活性成分与核心靶点基因结合能力较强。结论:青蛇方外用可以通过多种活性成分、多种通路有效抑制免疫炎症反应,促进免疫系统正常运行,从而达到治疗湿疹的目的。 相似文献
9.
目的:运用网络药理学方法探讨八珍汤抗疲劳的药理机制,为八珍汤抗疲劳的临床应用提供理论依据。方法:筛选八珍汤药物的活性成分及靶点,查找疲劳相关基因,确定八珍汤抗疲劳靶点,进行基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,将预测靶点最多的活性成分与蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络中节点最大的靶点进行分子对接。结果:共筛选出143个有效活性成分,作用于133个疲劳靶点,八珍汤抗疲劳的核心基因主要有白细胞介素-1β(IL-1β)、趋化因子8(CXCL8)等47个。中药-疾病靶点涉及的GO功能分析中,生物过程主要集中在对无机物的反应、脂多糖的反应、炎症反应等;分子功能主要集中在激酶结合、DNA 结合转录因子结合、蛋白质结构域特异性结合等;细胞组分主要集中在膜筏、细胞周期蛋白依赖性蛋白激酶全酶复合物、囊腔等。KEGG通路富集分析主要富集在包括癌症通路、糖尿病并发症晚期糖基化终产物及其受体信号通路、白细胞介素-17(IL-17)信号通路等。分子对接结果显示槲皮素、山柰酚、甘草酮a和β谷甾醇与核心靶点结合性较好,结合能均<0 kcal/mol。结论:八珍汤抗疲劳的机制是多靶点、多通路的,为后续的基础研究提供了思路,并为临床运用八珍汤抗疲劳提供了理论支持。 相似文献
10.
目的:应用网络药理学和分子对接法探究乙字汤治疗痔病的活性成分和作用机制。方法:利用Pubchem和TCMSP数据库筛选乙字汤的有效活性成分并预测作用靶点,通过Genecards数据库获取痔病相关的疾病靶点,并用UniProt数据库标准化蛋白名称。取药物疾病共同靶点,以STRING平台进行蛋白互作(PPI),借助Cytoscape3.8.0软件进行可视化分析,并构建中药-成分-靶点网络。利用Metascape数据库对交集基因进行KEGG通路分析和GO富集分析。使用Auto Dock 4对度值较高的药物成分与核心靶点进行分子对接验证,并借助Pymol和Lig Plot 2.2进行可视化分析。结果:乙字汤治疗痔病的活性成分126个,潜在靶点53个,以白细胞介素-6(IL-6)、肿瘤坏死因子(TNF)、基质金属蛋白酶9(MMP9)、血管内皮生长因子A(VEGFA)等为核心靶点,主要通过IL-17、核因子-kappa B、丝裂原活化蛋白激酶等信号通路治疗痔病。分子对接结果显示主要活性成分与核心靶点均有较好的结合活性。结论:乙字汤的主要活性成分通过调节IL-6、TNF、MMP9、VEGFA等多种细胞因子治疗痔病。 相似文献
11.
目的:运用网络药理学及分子对接技术预测并验证苏子降气汤治疗哮喘的作用机制。方法:通过TCMSP和UniProt数据库预测苏子降气汤的活性成分及靶点,根据GeneCards、OMIM、TTD、DisGeNET数据库筛选哮喘相关靶点,利用Venny 2.1平台筛选中药和疾病共同基因,利用Cytoscape 3.9.1进行可视化分析;利用 STRING 数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络图,利用Bioconductor 数据库和R版本4.1.3 (64 bit)软件进行基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,并通过 Autodock 软件对核心成分及靶点进行分子对接。结果:筛选出54种化合物,257个靶点,涉及哮喘的治疗靶点共134个。其中槲皮素、木犀草素、丹参酮ⅡA、黄芩素等为关键活性成分。丝裂原激活蛋白激酶14(MAPK14)、表皮生长因子受体(FGFR)、原癌基因蛋白(MYC)、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(AKT1)、缺氧诱导因子1A(HIF1A)、肿瘤蛋白P53(TP53) 为关键基因靶点。GO功能和KEGG通路富集分析得到人巨细胞病毒感染、MAPK信号通路、磷脂酰肌醇-3-激酶-蛋白激酶B(PI3K-Akt)信号通路、肿瘤坏死因子(TNF)信号通路、白细胞介素-17(IL-17)信号通路等多条信号通路。将核心成分与核心靶点进行分子对接验证,大部分结合能<-5 kal·mol-1,具有较强的结合能力。结论:苏子降气汤通过抗炎、调节免疫等多靶点、多通路治疗哮喘,为后续分子机制研究提供了理论基础。 相似文献
12.
目的:通过网络药理学及分子对接技术探讨清感冬饮治疗流行性感冒(简称流感)的作用机制。方法:查询TCMSP、ETCM及相关文献获取清感冬饮的药物成分,在Swiss Target Prediction预测筛选后药物成分的作用靶点;运用Genecards及OMIM获取流感的疾病靶点,利用Venny 2.1获取清感冬饮治疗流感的作用靶点。使用STRING平台及Cytoscape软件构建蛋白质相互作用(PPI)网络,利用Metascape进行GO富集分析和KEGG信号通路分析。使用Cytoscape软件构建有效成分-主要靶点网络图。利用PubChem、PDB及PyMoL、AutoDock软件进行分子对接。结果:清感冬饮中的124 个有效成分通过多个通路直接作用于109 个疾病靶点治疗流感,其中槲皮素、木樨草素、山柰酚、异鼠李素、甘乌内酯是核心成分,EGFR、APP、SRC、MMP9、AKT1、PTK2、PIK3R1是至关重要的靶点。GO富集分析发现清感冬饮主要参与细胞迁移的正向调节、对外界刺激反应的正向调节、激酶活性的正向调节等生物进程,膜侧、囊腔、膜筏等细胞组分,醇基团为受体的磷酸转移酶活性、激酶结合、磷酸酶结合等分子功能。KEGG分析结果显示清感冬饮主要参与甲型流感、MAPK、PI3K/Akt等信号通路。分子对接结果表明核心成分与核心靶点结合性较好。结论:清感冬饮主要通过调节甲型流感、MAPK、PI3K/Akt等信号通路的EGFR、MMP9等疾病靶点,干预转移酶活性、炎症反应、氧化应激反应等生物学过程,进而治疗流感。 相似文献
13.
目的:采用网络药理学和分子对接技术探讨漏芦治疗口腔癌的作用机制。方法:利用本草组鉴和SwissTargetPrediction数据库筛选漏芦的相关活性成分及靶点,利用DisGeNET、GeneCards、OMIM和TTD数据库检索口腔癌的相关靶点,并获取漏芦治疗口腔癌的潜在靶点。通过构建中药-成分-靶点-疾病网络和蛋白质-蛋白质相互作用网络,分析治疗相关成分-靶点及靶点-靶点间的联系,通过基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析探索治疗所涉及的分子生物学过程及通路,采用分子对接评价核心成分和核心靶点之间的亲和力。结果:获得漏芦治疗口腔癌相关靶点287个,熊果酸、甘草素、法尼醇、乙酸金合欢酯和马斯里酸甲酯等活性成分及酪氨酸磷酸酶11(PTPN11)、信号转导与转录激活因子3(STAT3)、Janus激酶1(JAK1)、Janus激酶3(JAK3)和淋巴细胞特异性蛋白酪氨酸激酶(LCK)等靶点处于网络核心位置。富集分析结果显示,蛋白质磷酸化、磷脂酰肌醇3激酶PI3K-蛋白激酶B(AKT)信号通路、细胞凋亡等是治疗的潜在途径。分子对接结果提示,熊果酸、甘草素和马斯里酸甲酯等与核心靶点之间具有强烈亲和力。结论:本研究从多成分-多靶点-多途径的角度对漏芦治疗口腔癌的复杂机制进行探讨,可为进一步的药效学研究提供基础和参考。 相似文献
14.
目的:采用网络药理学和分子对接技术深入研究逍遥散抗抑郁的机制,为临床诊断与治疗提供理论上的依据。方法:首先使用TCMSP检索柴胡、当归、白芍、白术、茯苓、甘草、干姜、薄荷的主要活性成分,并筛选出口服生物利用度≥30%、类药性≥0.18的中药作用靶点,再使用GeneCards、Pharm Gkb、TTD、DrugBank等数据库系统筛选出抑郁症的有关靶点,并获取交集基因,将抑郁症的相关基因与逍遥散的有效活性成分进行交集,最后使用STRING构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,使用Cytoscape 3.8.0应用软件查找PPI网络系统核心,构建“中药-疾病-靶点”通路,进行基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。最后运用 Pymol 软件对逍遥散的有效活性成分与抑郁症疾病靶点进行分子对接。结果:获得逍遥散有效活性成分161种;逍遥散抗抑郁靶点2588个,其中核心靶点6个;GO生物过程2247条,KEGG通路179条。分子对接结果显示,逍遥散中柚皮素、利可查尔酮、木犀草素、槲皮素均能较好地与抑郁症靶蛋白结合。结论:逍遥散抗抑郁的潜在药理学机制及其活性化合物可能与细胞增殖、免疫调节和炎症诱导的协同调节有关。 相似文献
15.
目的:采用网络药理学和分子对接技术探讨杜仲-续断治疗复发性流产(RSA)的作用机制。方法:利用中药系统药理学数据库(TCMSP)检索杜仲-续断的活性成分和基因靶点。在GeneCards、OMIM和PharmGkb数据库收集RSA疾病靶点,在Cytoscape 3.7.2软件中构建活性成分-靶点网络,基于STRING数据构建杜仲-续断治疗RSA靶点高置信度互作网络,根据拓扑分析参数筛选杜仲-续断治疗RSA的核心靶点。使用AutoDock Vina软件对关键药物成分与核心靶点进行分子对接。对疾病与药物交集靶点进行GO生物学过程富集分析和KEGG通路注释分析。结果:通过筛选获得杜仲-续断治疗RSA有效活性成分26种,预测靶点119个,涉及11个核心靶点。GO富集分析显示杜仲-续断主要参与对脂多糖反应、细胞氧化应激、R固醇激素调节等生物过程,KEGG富集分析结果显示杜仲-续断药对与磷脂酰肌醇-3-激酶(PI3K)/丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(Akt/PKB)、肿瘤坏死因子(TNF)信号通路、血管内皮生长因子(VEGF)信号通路等关系密切。结论:杜仲-续断治疗RSA的作用机制涉及多成分、多靶点和多通路,为进一步探究其药理作用及临床治疗提供理论基础。 相似文献
16.
目的:利用网络药理学-分子对接技术探索经方大黄牡丹汤治疗大肠癌的作用机制。方法:通过TCMSP、TCMID数据库获得大黄牡丹汤药物成分,通过PubChem、Swisstarget prediction数据库获得药物成分对应靶点,分析GSE113513芯片获得差异基因,随即获取大黄牡丹汤与大肠癌的共同靶点。利用R、Cytoscape、Autodock软件进行PPI、GO、KEGG、分子对接等分析。结果:获得大黄牡丹汤靶点561个,大肠癌差异基因1227个,共同靶点71个。共同靶点的通路富集分析显示主要与PPAR、p53等信号通路相关,Reactome机制分析显示大黄牡丹汤治疗大肠癌主要通过影响信号转导、免疫系统、疾病等产生作用,分子对接结果显示大肠癌核心靶点与大黄牡丹汤主要成分亲和力较好,能够有效自由结合。结论:经方大黄牡丹汤可通过多层次、多途径、多靶点发挥对大肠癌的治疗作用。 相似文献
17.
目的:利用网络药理学和分子对接技术探讨抑痰丸治疗医院获得性肺炎(HAP)的作用机制。方法:利用TCMSP、BATMAN-TCM数据库筛选抑痰丸的有效成分及作用靶点,从GeneCards、PharmGkb、DrugBank数据库获取HAP相关靶点,使用Venny 2.1.0平台筛选药物与疾病作用的交集靶点,采用Cytoscape软件绘制化学成分-靶点-通路-疾病交互网络,利用 STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络;将所获得的交集靶点进行基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析,利用AutoDockTools软件对抑痰丸核心活性成分及HAP关键靶点进行分子对接。结果:获得抑痰丸化学成分146种,抑痰丸药物靶点1824个,HAP疾病相关靶点132个,抑痰丸-HAP共同靶点44个。抑痰丸主要活性成分包括麻黄碱、贝壳杉烯、胸腺嘧啶、羟基芜花素、泻根醇酸、贝母素等。治疗HAP的关键靶点包括白蛋白、肿瘤坏死因子(TNF)、白细胞介素-6(IL-6)、白细胞介素-1β(IL-1β)、重组人趋化因子8、基质金属肽酶9(MMP9)、Toll样受体4、C反应蛋白(CRP)等,主要涉及调控细胞凋亡及增殖、抗炎和免疫等生物过程及炎症及免疫等通路。分子对接结果显示抑痰丸中麻黄碱与白细胞介素-10、白细胞介素-2、TNF、IL-6,胸腺嘧啶与前列腺素内过氧化物合成酶2(PTGS2)、CRP、IL-1β、TNF,黄芩素与MMP9、PTGS2,β谷甾醇与PTGS2均具有较好的结合能力。结论:抑痰丸通过多成分-多靶点-多通路治疗HAP,为更加深入研究抑痰丸的药效基础和实验研究提供理论依据。 相似文献
18.
目的:基于网络药理学方法与分子对接技术研究肉豆蔻治疗抑郁症的作用机制。方法:通过中药系统药理学分析平台TCMSP,获得肉豆蔻的活性成分和作用靶点;利用Uniprot数据库构建中药-成分-靶点网络;从GeneCards、OMIM、DrugBank数据库获得抑郁症疾病靶点、肉豆蔻及抑郁症共有靶点;通过Venny 2.1.0平台、String平台进行肉豆蔻与抑郁症共同靶点相互作用分析;利用Cytoscape 3.7.2软件构建蛋白互作(PPI)网络,采用Metascape平台对核心靶点进行基因本体(GO)功能及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;采用分子对接技术确定肉豆蔻有效成分作用于抑郁症的核心靶点。结果:获得42个潜在作用靶点。乙酰胆碱酯酶(ACHE)、钠依赖性血清素转运体(SLC6A4)、一氧化氮合酶(NOS3)、Alpha-2A肾上腺素能受体(ADRA2A)可能是肉豆蔻治疗抑郁症的核心基因。肉豆蔻作用于抑郁症的通路涉及神经受体相互作用、钙信号通路。分子对接技术验证了肉豆蔻有效成分中的β-谷甾醇与潜在靶点ACHE和NOS3具有较好的结合活性。结论:肉豆蔻的主要活性成分β-谷甾醇可能通过作用于ACHE等多个靶点来调控神经受体相互作用、钙信号通路等多条信号通路,从而发挥抗抑郁作用。 相似文献
19.
目的:研究中药治疗消化性溃疡(PU)的作用机制。方法:检索2020年版《中华人民共和国药典》与药智数据库中中药治疗PU的处方,利用Spss Modeler进行数据挖掘得到核心药物。从TCMSP数据库中获取核心中药的主要活性成分及作用靶点,GeneCards、OMIM、DrugBank、DisGenet数据库中获取疾病靶点,取交集靶点。对交集靶点进行可视化分析,筛选后得到核心靶点与核心成分,并进行基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析和分子对接。结果:获得甘草、延胡索、白芍、白及、党参5味核心药物,药物聚为 3 类,核心活性成分为槲皮素、山柰酚、木犀草素、柚皮素、柱头甾醇,核心靶点为环加氧酶(PTGS2)、表皮细胞因子(EGF)、表皮生长因子受体(EGFR)、白细胞介素-6(IL-6)、胱天蛋白酶(CASP3)等16个。获得603条GO条目,主要涉及氧化应激反应、蛋白磷酸化、泛素蛋白连接酶等。KEGG富集条目共 118 条通路,核心靶点主要富集在肿瘤坏死因子、白细胞介素-17(IL-17)等信号通路。结论:5味中药治疗PU可能是通过调控PTGS2、EGF等靶点及TNF、IL-17、MAPK、HIF-1等通路的表达来实现。 相似文献
20.
目的:借助网络药理学和分子对接技术研究石菖蒲治疗缺血性脑卒中(CIS)的作用机制。方法:以“石菖蒲”为关键词在中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索其活性成分和作用靶点,利用Uniprot数据库对靶点蛋白信息进行标准化,构建中药、成分、靶点网络。利用GeneCards、TTD、OMIM和DRUGBANK 4个数据库检索CIS相关疾病靶点。将疾病和药物靶点导入微生信软件绘制韦恩图得到交集靶点,使用在线软件String 11.0建立蛋白质相互作用(PPI)网络。采用Cytoscape 3.7.2软件对PPI网络进行可视化分析,筛选出核心靶点。在Metascape数据库对核心靶点进行GO富集分析及KEGG通路分析。最后采用分子对接技术确定石菖蒲的有效成分作用于CIS的核心靶点。结果:获得38个潜在作用靶点,PPI网络拓扑分析发现RAC-α丝氨酸/蛋白激酶(AKT1)、肿瘤坏死因子(TNF)可能是石菖蒲治疗CIS的核心基因。GO富集分析结果显示石菖蒲可能是通过对血压的负向调节、调控白细胞迁移等炎症反应、神经递质合成过程、血管生成以及血液循环等生物学过程来发挥作用。KEGG通路富集分析表明,石菖蒲作用于CIS中的通路涉及血流剪切应力与动脉粥样硬化、钙信号通路、cAMP信号通路、VEG通路以及炎症和癌症等通路。分子对接技术验证了石菖蒲有效成分中的山柰酚与潜在靶点AKT1和TNF具有较好的结合活性。结论:石菖蒲的主要活性成分山柰酚可能通过作用于AKT1等多个靶点,调控钙信号通路等多条信号通路,从而发挥血管生成、抗神经细胞凋亡、抗炎、抑制细胞凋亡等作用,来达到预防或治疗CIS的目的。 相似文献