三大洋深海沉积物样品可培养真菌多样性研究

深海真菌是深海微生物的重要组成之一,在深海环境生态系统中起着非常重要的作用,但目前人们对于深海沉积物中的真菌群落多样性关注较少.本研究对来自东太平洋、南大西洋和西南印度洋(三大洋)的15个沉积物样品进行真菌的分离培养,共获得175株真菌,包括93株酵母菌和82株丝状真菌.基于形态学观察和ITS序列的系统发育分析显示,93株酵母分别属于红冬孢酵母属(Rhodosporidium)和胶红酵母属(Rhodotorula)的两个种[海洋红酵母(Rhodosporidium paludigenum)和胶红酵母(Rhodotorula mucilaginosa)].82株丝状真菌分别属于曲霉属(Aspergillus)、枝孢属(Cladosporium)、青霉属(Penicillium)、链格孢属(Alternaria)、镰刀菌(Fusarium)、支顶孢属(Acremonium)、茎点霉属(Phoma)、麦轴梗霉属(Tritirachium)、毛壳菌属(Chaetomium)、外瓶霉属(Exophiala)、侧齿霉属(Engyodontium)、肉片齿菌属(Sistotrema)、裂褶菌属(Schizophyllum)、腥掷抱菌属(Tilletiopsis)和Hormonema.其中曲霉属为丝状真菌中的优势属,占总菌株的47.6%.上述研究结果表明大洋深海沉积物中存在着较为丰富的真菌资源,有助于加深我们对于不同大洋区域深海环境中真菌群落结构的认识.     

刺参体内外微生物组成及其生理特性的研究

从刺参Stichopus japonicus前后消化管、体腔液和表皮上所分离到的359株细菌分别属于弧菌属、假单胞菌属、奈瑟氏球菌属、不动杆菌属、柄杆菌属、黄杆菌属、节杆菌属、微球菌属、黄单胞菌属、棒杆菌属、产碱菌属这十一个主要菌属;57株酵母菌分别属于球拟酵母属、红酵母属、隐球酵母属和德巴利氏酵母属四个属。刺参样品分别于1986年10月至1988年5月采自灵山岛、威海和青岛。 研究表明,刺参肠道微生物的特异性主要体现在后肠,并在其中分离到罕见的Caulobacter属菌株。肠道微生物的组成和生理生化特性,反映出刺参选择性摄取藻类营养的特点。刺参栖居地泥中常见的芽孢杆菌在肠道内很少发现;前肠数量较高的弧菌和假单胞菌在后肠大为消弱。刺参体液对某些细菌有抑制作用,对体内微生物组成与数量有一定调节控制作用。     

南海4种珊瑚附生可培养真菌多样性分析

本研究利用从南海采集的4种珊瑚分离附生真菌,并通过菌株的分类鉴定及系统发育分析获得珊瑚附生可培养真菌的多样性信息.选用酵母麦芽糖琼脂培养基(YM)、马铃薯葡萄糖琼脂培养基(PDA)、马丁氏培养基(Martin)、察氏琼脂培养基(CDA)和孟加拉红培养基(RBM)等5种培养基,采用平板涂布法培养分离附生真菌,基于ITS-rRNA基因序列对真菌菌株进行鉴定和系统发育分析.从4种珊瑚上共分离获得10个属的120株真菌,分别是:青霉属(Penicillum)56株、曲霉属(Aspergillus)25株、枝顶孢属(Acremonium)2株、枝孢属(Cladosporium)5株、毕赤酵母属(Meyerozyma)14株、隔孢伏革属(Peniophora)2株、拟茎点霉属(Phomopsis)1株、裂褶菌属(Schizophyllum)1株、梗孢酵母属(Sterigmatomyces)13株、篮状菌属(Talaromyces)1株.通过对不同珊瑚品种分离获得的附生真菌的比较,发现小叶鹿角珊瑚(Acropora microphthalma)和花鹿角珊瑚(Acropora floride)上分离到的菌株多样性最高,包含6属10种.进一步的分析发现不同珊瑚样品上真菌种类分布有较大差异,隔孢伏革属和裂褶菌属真菌均分离自小叶鹿角珊瑚,梗孢酵母属和篮状菌属均分离自角孔珊瑚(Goniopora sp.),扁脑珊瑚(Platygyra sp.)上则分离到拟茎点霉属.同时还发现不同培养基分离真菌的能力不同,YM培养基分离的菌株最多,CDA培养基分离真菌的多样性最多.以上的研究结果表明,南海珊瑚上存在大量且丰富的真菌资源,可以为后续生物活性物质的开发利用提供良好的菌种资源.     

基于COI及RAG2基因序列15种金线鱼科鱼类分子系统进化关系

本研究基于线粒体DNACOI及核DNARAG2基因部分序列分析了印度-太平洋金线鱼科4属15种鱼类分子系统进化关系,综合2基因序列采用最大似然法构建了系统进化树。研究获得15种金线鱼科鱼类COI基因序列651bp及RAG2基因序列726bp,2基因片段均不存在插入与缺失。构建的进化树上,(1)15种金线鱼科鱼类种内不同个体间均聚为一支,形成物种内的单系,节点支持率为100%。(2)金线鱼科4个属主要分成2个分支,金线鱼属与锥齿鲷属聚为一支,眶棘鲈属与副眶棘鲈属聚为另一支,与形态分类一致。(3)对于金线鱼属物种间的聚类情况,六齿金线鱼与深水金线鱼,印度洋金线鱼与金线鱼,苏门答腊金线鱼与日本金线鱼均紧密聚成姐妹分支,红金线鱼与姬金线鱼分类地位较为原始,位于上述金线鱼大分支的基部。而该物种间聚类结果与Mohd在形态上根据尾鳍上下叶的长度性状把金线鱼分成2大组群的结果不同。对于该分歧是由于分子进化速率与表型进化速率不一致导致,还是体色斑纹、鳍条数等性状不能作为区分金线鱼属鱼类分类关系的有效指标,还需今后进一步的研究。     

我国重要帘蛤科(Veneridae)贝类的16S rRNA序列系统学分析

本文对我国隶属于帘蛤科(Veneridae)10个亚科、17个属、20种贝类的16S rRNA基因片段进行了系统学分析, 上述动物的16S rRNA片段长度在438—648bp之间, 利用PAUP软件包在对序列比对基础上构建了邻接系统树(NJ)和最大拟然系统树(ML)。16S rRNA数据显示, 我国帘蛤科贝类由三个主要分支组成, 美女蛤亚科中的加夫蛤属(Gafrarium)可能是一个单型属, 该属与美女蛤属合并为加夫蛤属比较恰当。帘蛤亚科与雪蛤亚科应属于不连续的分类单元。另外, 青蛤亚科与仙女蛤亚科均应作为独立的亚科存在。本文的研究结论与修订后的帘蛤科形态分类观点一致。     

琼东海域珊瑚共附生放线菌的多样性

应用免培养方法与可培养方法相结合的方式对琼东海域6种珊瑚样品中的共附生放线菌进行研究,具体为滨珊瑚(Porite)、扁脑珊瑚(Platygyra)、角蜂巢珊瑚(Favites)、盔形珊瑚(Galaxea)和鹿角珊瑚(Acropora).免培养方法中,利用放线菌特异性引物对样品总DNA进行16S rRNA基因序列扩增,并将扩增产物进行Miseq高通量测序,测序结果分析表明,6种珊瑚样品中的放线菌序列属于37个分类单元,主要分布在酸微菌目、棒杆菌目、微球菌目、丙酸杆菌目和假诺卡式菌目,其中37.8%的分类单元与已有效发表菌株的序列相似性小于97%,可能代表着放线菌新的类群.可培养方法中,通过6种培养基分得137株放线菌,分属于放线菌门放线菌纲5个目11个科下的20个属,优势类群为分枝杆菌属(Mycobacterium)、考克氏菌属(Kocuria)和微球菌属(Micrococcus),其中放线孢菌属(Actinomycetospora)、柠檬球菌属(Citricoccus)和涅斯捷连科氏菌属(Nesterenkonia)是第一次从珊瑚样品中发现;琼东海域珊瑚共附生放线菌多样性丰富,新类型的放线菌资源挖掘潜力比较大.     

西沙群岛凹顶藻属的分类研究

凹顶藻属(Laurencia)属于红藻门,真红藻纲,仙菜目,松节藻科,凹顶藻亚科。本属是松节藻科种类最多的少数几个属之一，目前世界上已知约85种左右,多生于热带、亚热带和温带海域。本属的种类变异很大,在分类上被认为是很困难的一个属。 本文对我国西沙群岛产的凹顶藻属进行了分类研究,除因标本数量过少或因缺乏必要的生殖器官,有待将来调查采集补充标本后再行研究外,经鉴定共有下列11种,隶于两个亚属和6个组。     

基于线粒体COI和16S rRNA基因的中国沿海相手蟹系统发育研究

相手蟹科的诸多种类因其形态极其相似成为方蟹总科分类中疑问较多的一个类群。通过对中国沿海相手蟹线粒体COI和16S rRNA基因序列进行分子系统发育分析,结果表明14种相手蟹COI和16S rRNA基因序列之间差异分别为5.7%～14.5%和1.5%～12.1%,均达到了种间差异水平。构建的系统发育树显示,14种相手蟹分别为独立有效物种,但分属于拟相手蟹属和近相手蟹属的4种拟相手蟹和3种近相手蟹,没有分别形成2个独立的支系,而是混合聚成一大支系。而属于螳臂相手蟹属的无齿螳臂相手蟹则首先与属于中相手蟹属的中华中相手蟹聚成一支,再与红螯螳臂相手蟹聚为一大支,表现出与形态分类的不一致。错综复杂的分子系统关系预示着相手蟹类为多系起源,也表明它们之间的种间关系乃至于属间关系尚有诸多问题有待进一步厘定。     

五种不同添加物对凡纳滨对虾肠道菌群结构影响的研究

本文研究了不同饲料添加物对凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)肠道菌群结构的影响。实验设计了5种不同的饲料添加物,分别为破壁酵母(A,添加量为0.6%)、中草药提取物(B,添加量为0.3%)、柠檬酸(C,添加量为0.3%)、益生菌(D,蜡样芽孢杆菌Bacillus cereus BC-01,添加量为109cfu/kg)和氟苯尼考(E,添加量为15mg/kg),以投喂实验用基础饲料组作为对照(F)。每个处理组分别设置了5个重复,每个重复10尾虾,实验进行了42d。采用PCR-DGGE技术分析了饲料中不同添加物对凡纳滨对虾肠道菌群结构的影响,研究结果表明:凡纳滨对虾肠道内菌群归属于γ-变形菌纲、黄杆菌纲和芽孢杆菌纲,它们分别为埃希氏菌属(Escherichia)、弧菌属(Vibrio)、假交替单胞菌属(Pseudoalteromonas)、芽孢杆菌属(Bacillus)、志贺氏菌属(Shigella)、Tamlana属和Formosa属。A、B、C和D处理组以埃希氏菌属为主要优势菌,E组和对照组以弧菌属为主要优势菌。其中,对照组中弧菌的相对含量最高为37.74%,其次是E组,相对含量为23.79%。总体比较,添加中草药提取物、柠檬酸及芽孢杆菌处理组对虾肠道菌群结构相似,而与添加破壁酵母、氟苯尼考和对照组的细菌群落结构有所差异。饲料中添加适量的破壁酵母、中草药提取物、柠檬酸、芽孢杆菌及氟苯尼考均对凡纳滨对虾肠道内的弧菌属细菌有一定的抑制作用,其中以添加0.6%的破壁酵母效果最佳,可有效抑制对虾肠道中的弧菌属细菌。     

支序分类学简介(Ⅰ)

支序分类学（Ｃｌａｄｉｓｔｉｃ　ｓｙｓｔｅｍａｔｉｃｓ或Ｃｌａｄｉｓｔｉｃｓ）是目前研究生物系统演化的热门理论，一些生物系统学家将其与进化分类学、数值分类学一起并称为分类学方面的三大学派。由于其方法论的严谨，其理论中的许多部分越来越多地被分类工作者所接受。本文对这一理论做一简要介绍。１基本原理支序分类学的理论由德国昆虫分类学家Ｗ．Ｈｅｎ－ｎｉｇ所创立。６０年代Ｈｅｎｎｉｇ代表著作的英译本出版后，在动物分类学界引起广泛的注意。其基本工作原理或方法论，认为最能或唯一能反映系统发育关系的依据是分类单元…     

支序分类在海草分类划分中的应用

海草的分类划分同题相当混乱,作者在通过数值分类对海草的分类进行探讨基础上,利用支序分类,借助计算机技术,详细地探讨海草各科间的系统演化关系,对海草进行新的分类划分。     

游仆虫科下阶元系统关系的探讨(纤毛门,腹毛目)

借助聚类分析和近祖演化推测（支序分类方法）对纤毛门原生运行中一高级类群－游仆虫科内各属间系统关系及科内地位予以分析探讨。结果建议：所涉各成员可细分为７个亚群，按演化顺序依次为Ｇａｓｔｒｏｃｉｒｒｈｕｓ；Ｓｗｅｄｍａｒｋｉａ－Ｄｉｓｃｏｃｅｐｈａｌｕｓ；Ｕｒｏｎｙｃｈｉａ；Ｄｉｏｐｈｒｙｓ；Ｅｕｐｌｏｔｉｄｉｕｍ－Ｃｅｒｔｅｓｉａ；Ｃｙｔｈａｒｏｉｄｅｓ－Ｅｕｐｌｏｔｅｓ；Ｅｕｐｌｏｔａｓｐｉｓ－Ａ     

Study of Radiolaria in the surface sediments from the area east of Taiwan Island

The species and characteristics of Radiolaria in the surface sediments were systematcally investigated in the sea east of Taiwan Island. One hundred and seventy-eight species of Radiolaria (including 21 unidentified species) have been identified in the surface sediments, and they belong to 2 orders, 34 families and 101 genera. Among them there are 19 families, 70 genera, 134 species of Spumellaria and 15 families, 31 genera, 44 species of NasseUaria. Of the 178 species of Radiolaria, the individual number of Spumellaria amounts to 88.1% of the total individual number, and that of Nassellaria amounts to 11.9% of the total individual number. It is shown that most of the dominant species belong to the tropical and subtropical dominant species and are brought into the area mainly by the Kuroshio, and some affecting factors including the submarine topography, submarine sediments, upwelling current east of Taiwan Island and carbonate dissolution play a secondary role in forming the Radiolaria distributions.     

嵊泗列岛岩相潮间带底栖海藻种类组成及区系特点

本文分析了嵊泗列岛岩相潮间带底栖海藻的种类组成及区系特点，共采得底栖海藻85种，隶属于54属，其中绿藻门7属14种，褐藻门14属22种，红藻门32属48种，蓝藻门1属1种，所有种类中，暖温性种类占绝对优势，其次为暖水性种类，冷温性和冷水性种类最少。     

南极菲尔德斯半岛可培养土壤微生物多样性及理化性质鉴定

为了探索南极可培养土壤微生物的多样性,本研究对中国第31次南极科学考察采集自南极菲尔德斯半岛的5份土壤样品进行了细菌、真菌的分离培养。选择形态差异较大的细菌和真菌进行了16S rDNA和ITS鉴定及系统发育分析。最终共鉴定得到20个属的33株细菌和6个属的8株真菌,其中8株细菌,10株真菌序列相似性较低,可能是新种。该结果表明南极菲尔德斯半岛地区具有丰富的微生物多样性,其中假单胞菌属的细菌居多。对分离得到的细菌和真菌分别进行理化性质和胞外酶活性鉴定,实验结果显示,分离获得的细菌和真菌绝大多数可产生水解酶类并同化多种碳源。初步认定这些微生物在参与南极物质代谢、适应南极极端环境方面发挥作用。本研究丰富了对南极菲尔德斯半岛可培养土壤微生物多样性的认识,并筛选获得了一些产低温酶特性的菌株,这为极地微生物资源的利用研究奠定了基础。     

海绵和海鞘中可培养放线菌的分离与多样性比较

在相同的分离培养条件下,为比较地域差别较大的福建海域海绵动物(山海绵Mycale sp.和网架海绵Stylissa sp.)和海南海域海鞘动物(皱瘤海鞘Styela plicata和乳突皮海鞘Molgula manhattensis)之间可培养放线菌多样性的差异,作者采用5种放线菌分离培养基和1种细菌通用培养基,对海绵和海鞘中的放线菌进行分离培养。采用16S rRNA 基因限制性片段长度多态性(Restriction Fragment Length Polymorphism, RFLP)分析和序列分析,揭示其多样性。共获得可培养放线菌198株,其中从海绵中分离到87株放线菌,从海鞘中分离到111株放线菌。RFLP分析表现为38种不同的图谱类型。16S rRNA基因序列分析表明,从海绵中分离到的放线菌包括6个放线菌属,其中有2株菌的16S rRNA基因序列与最相近的菌株相似性低于97%,可能是潜在的新菌株;从海鞘中分离到的放线菌包括7个放线菌属,有8株可能是潜在的新菌株。比较海绵和海鞘中可培养放线菌的多样性发现,从海绵中分离到的放线菌,除节细菌(Arthrobacter)以外,均包括在海鞘分离的放线菌属中。海鞘相关放线菌多样性水平不容忽视,是除海绵之外另一获得新型放线菌资源以及药用天然活性产物的重要来源。     

中国鳜亚科(Sinipercunae)——七种鱼类骨骼形态特征的比较研究

对中国鳜亚科七种鱼类的骨骼进行比较。指出这七种鱼类之间存在着明显的类群差异,提出将鳜亚科分为三个属,即少鳞鳜属Coreoperca)、鳜属(Siniperca)和长身鳜属(Core-osiniperca);广西与福建的斑鳜和大眼鳜不存在种的分化,而福建产暗鳜(S.obscura Nichols)与广西暗鳜在某些骨骼形态特征上存在某些差异。     

厦门西港甲藻孢囊种类和数量分布特征

采用超声波分离、网筛（28μm和95μm）过滤、重液（CdI-KI)浮选等方法，对采自厦门西港的7份沉积物样品进行了分析鉴定。结果表明，厦门西港有甲藻孢囊5属10种，其中小型亚历山大藻（Alexandrium minutum)为中国沿海首次记录。沉积物中甲藻孢囊数量范围为18.2-138ind/g沉积物（湿重），高数量密集区主要分布在内湾水域；表层至表层以下2cm沉积物中的孢囊数量明显多于3-5cm底层的。孢囊数量的分布格局与本港的地形、水交换条件密切相关，不同的养殖类型对孢囊的沉降和积累也有重要影响。     

Community diversity of bacteria in digestive tract of mud snail (Bullacta exarata Philippi) and its rearing shoal

ＩＮＴＲＯＤＵＣＴＩＯＮＴｈｅｍｕｄｓｎａｉｌＢｕｌｌａｃｔａｅｘａｒａｔａＰｈｉｌｉｐｐｉｉｓｄｅｌｉｃｉｏｕｓａｎｄｎｕｔｒｉｔｉｏｕｓ ,ａｎｄｗｅｌｌ ａｃｃｅｐｔｅｄｂｙｐｅｏｐｌｅ,ｅｓｐｅｃｉａｌｌｙｉｎＺｈｅｊｉａｎｇＰｒｏｖｉｎｃｅ ,Ｃｈｉｎａ ,ｋｎｏｗｎａｓａｎｅｃｏｎｏｍｉｃａｌｌｙｉｍｐｏｒｔａｎｔｍａｒｉｃｕｌ ｔｕｒａｌｓｈｅｌｌｆｉｓｈｓｐｅｃｉｅｓ .Ｉｔｈａｓａｔｔｒａｃｔｅｄｃｏｎｓｉｄｅｒａｂｌｅｍａｒｉｃｕｌｔｕｒｅｉｎｔｅｒｅｓｔａｌｏｎｇｔｈｅｃｏａｓｔｏｆ…     

中国麒麟菜族的分类研究

麒麟菜是生产卡拉胶的主要原料(Doty,et al.,1978)。麒麟菜的研究在其他国家起步校早,Agardh J.于1847年创立了麒麟菜属 Eucheuma,随后,荷兰藻类学家Weber-van Bosse(1928)、日本藻类学家Yamada(1936),以及Kraft(1969)都有较详细的报道;此外,还有一些区域性的研究报告(Taylor,1960;Dawson,1961;Dawes, et al.,1974; Cheney,et al.,1988)。我国从50年代起陆续开展了麒麟菜的资源保护、繁殖及养殖工作,主要开发利用的是琼枝 Betaphycus gelatinum。1985年我国从菲律宾引进了异枝麒麟菜(吴超元等,1988),现称长心卡帕藻Kappaphycus alvarezii。从分类的角度来说,琼枝藻属和卡帕藻属在我国为属的新记录。 1985年,美国藻类学家Dory和 Norris从商业角度出发,提出了15种具有商业价值的麒麟菜的分类标准,使麒麟菜属的分类研究获得较大进展;1988年,Doty再次修正了18种麒麟菜的分类标准,并在红翎菜科内新建了麒麟菜族Eucheurnatoidae,其中除麒麟菜属外,还建立了一新属一一卡帕藻属Kappapyrus,1996年再次新增了琼枝藻属Betaphycus。 随着世界工业的发展,目前卡拉胶的需求量大增,作为其主要原料之一的麒麟菜种类甚多,每属富含的卡拉胶的种类不同(琼枝藻属以β-型、麒麟菜属以t-型、卡帕藻属以k-型卡拉胶为主)(Doty,1996),同时特定的工业也要选用特定类型的卡拉胶,因此,正确区分这三属的不同种工作是十分重要的。迄今,我国关于麒麟菜的研究,除了一些区域性的调查外(夏恩洪,1963),还没有分类方面的专论性研究。因此,本文试图通过对所能收集到的标本的分析研究,明确我国产的琼枝藻属、麒麟菜属和卡帕藻属的种类、产地和种类间的区别,为卡拉胶实验的科学研究部门和生产单位在选择实验材料、选种养殖或收购原料时提供依据。