泥蚶人工选育群体的微卫星分析

采用微卫星分子标记技术对人工选育的泥蚶(Tegillarca granosa)群体进行遗传多样性分析。结果表明:在12个标记位点中,每个位点的等位基因数为2~9个,观测杂合度平均范围0.4195~0.4725,期望杂合度平均范围为0.5700~0.6323。哈迪-温伯格平衡检验结果显示,在48个群体-位点组合中有32个群体-位点组合显著偏离平衡。Shannon遗传多样性指数为1.0608~1.2242。群体间的遗传分化系数Fst值从0.0347~0.4549,平均值0.1930;基因流Nm值为0.2996~6.9617,平均值2.3367;群体近交系数Fis范围0.0052~0.7135,平均值0.2468。结果表明,连续的人工选育过程,群体的遗传多样性仍然比较高,但选育过程对群体的遗传多样性和遗传分化有一定程度的影响。     

马氏珠母贝(Pinctada martensii)四种壳色选育系F5 的生长及遗传多样性分析

采用跟踪测量和微卫星(SSR)技术研究了马氏珠母贝四种壳色选育系F5和对照组的存活率、生长情况及遗传多样性。结果表明,四种壳色选育系和对照组的生长性状之间均存在显著差异(P<0.05)。从30对微卫星引物中扩增筛选获得8个多态位点,多态位点比例为26.67%,它们在4个壳色选育系共120个个体中产生了42个等位基因,平均每个多态位点产生5.25个。4个选育系的平均期望杂合度范围为0.6622—0.6850,平均观察杂合度范围为0.2708—0.4667,平均多态信息含量PIC值范围为0.6025—0.6190,说明4个选育系的遗传多样性处于较高水平,具有育种潜力;平均遗传偏离指数均为负值,4个选育系均存在不同程度的杂合子缺失。遗传分化和遗传距离分析表明白壳色选育系与红壳色选育系之间的亲缘关系最近,黑壳色与白壳色之间的遗传距离最大。     

菲律宾蛤仔不同地理群体生化遗传结构与变异的研究

采用聚丙稀酰胺凝胶电泳技术对福建平潭岛、浙江象山港、江苏海州湾和辽宁辽东湾4个海区菲律宾蛤仔(Ruditapes philippinarum)野生群体的生化遗传特征进行了分析.结果表明,菲律宾蛤仔4个群体的多态位点比例为62.5%～75.0%,平均杂合度观测值在0.274 3～0.338 7之间,与平均杂合度期望值相近;平均有效等位基因数在1.489 1～1.632 5之间,遗传变异水平较高;杂合子缺失不显著.比较群体间的遗传分化指数和群体每代迁移数发现,平潭岛、象山港和海州湾3个群体间的遗传分化不显著,而辽东湾群体与3个群体间出现遗传差异.聚类分析同样表明,平潭岛群体首先与象山港群体聚类,再与海州湾群体相聚,最后与辽东湾群体相汇.讨论了杂合子缺失不显著原因和群体间遗传分化机制.     

中国对虾(Fenneropenaeus chinensis)人工选育群体不同世代的微卫星分析

采用微卫星DNA技术对中国对虾人工选育快速生长基础群体和4个连续世代共计100个个体进行了遗传分析。对8个基因位点进行了扩增，共得到71个等位基因。每个位点的等位基因数从6到16不等，其大小在159--600bp之间，P，C(Polymorphism Information Content)值为0．6628—0．9051，基因型数为17—67。5个世代群体的平均杂合度分别为0．7188、0．5687、0．6188、0．6438、0．66937。从F-检验的数据来看，配对比较Fst值表明5个世代群体间的遗传分化程度较弱。Fi值的计算结果表明，有5个群体位点杂合度处于过剩状态，但对整个群体而言，5个世代群体均表现为一定程度的杂合子缺失。通过计算每个位点的等位基因数(nα)、有效等位基因数(αe)、基因型数目(G)、最高频率等位基因的频率(F)，以及基于基因型的P值，比较了5个群体的遗传变化。另外，5个世代群体间的相似性系数以及彼此间的遗传距离，体现出人工选育群体间的遗传分化程度较低，说明5个世代群体间的遗传分化程度较低，还有较大的选育潜力，可以继续保持遗传响应。     

尼罗罗非鱼Oreochromis niloticus、奥利亚罗非鱼O.aureus和红罗非鱼O.sp.群体遗传多样性的比较

用9对微卫星引物对尼罗罗非鱼Oreochromis niloticus、奥利亚罗非鱼O.aureus和红罗非鱼O.sp.群体的遗传变异进行了比较研究。在3个群体109个个体中共检测到60个等位基因,3个群体的平均等位基因数分别为4.11、1.33和3.44,平均观测杂合度分别为0.528、0.056和0.491,平均期望杂合度分别为0.644、0.091和0.526,平均多态信息含量分别为0.580、0.077和0.466。杂合子偏离度D值分别为0.148、0.222和0.044,表明3个罗非鱼群体存在不同程度的杂合子缺失。卡方检验表明3个群体的大部分位点偏离Hardy-Weinberg平衡,存在遗传漂变现象。群体间遗传分化显著(遗传分化指数FST在0.329到0.656之间,P<0.01)。尼罗罗非鱼和红罗非鱼群体间的遗传距离最小(0.47)。上述分析表明,尼罗罗非鱼的遗传多样性最高,奥利亚罗非鱼的遗传多样性最低,群体间分化显著。表明尼罗罗非鱼和红罗非鱼尚具有一定的选育潜力,而奥利亚罗非鱼遗传多样性低,不利于选择育种,需要引进新的种群。     

人工繁育大黄鱼(Pseudosciaena crocea)群体F2及F3遗传差异分析

利用15对微卫星标记对人工繁育的岱衢族(DQ1和DQ2)、闽-粤东族(MY1和MY2)及正交(DM1和DM2)和反交(MD和MD21)F2及F3连续两代共8个群体的250个样品进行了遗传多样性及遗传差异检测.15个位点在所有检测群体中均为高度多态,共检测等位基因215个.每个位点的平均等位基因数是8.1-11.7,平均观察和期望杂合度分别是0.598-0.790和0.732-0.794.F2和F3代内的等位基因频率无明显差异(P>0.05),而两代间在15个位点的等位基因频率上存在约34.13%的遗传差异;Fst值检测发现,F2的4个群体间的Fst值是0.028-0.067,平均0.0429,F3的Fst值是0.037-0.068,平均0.0535.经过一代繁殖,F2和F3之间的遗传分歧平均增加了1%(0.0106);群体间的N-J聚类图显示,8个群体虽然聚成一族,但是F2和F3之间的遗传距离有增大的趋势.以上结果表明,随着人工选育力度的加强,岱衢族和闽-粤东族大黄鱼群体间的遗传距离由近及远,遗传分歧有加大的趋势.     

马氏珠母贝(Pinctada martensii)2个不同地理种群遗传变异的EST-SSR分析

应用17个EST-SSR位点分析表明,马氏珠母贝印度种群和三亚种群的平均FST值为0.486,两个种群的分化程度高;三亚种群的等位基因数为1—6,有效等位基因数为1.0—3.3;印度种群的等位基因数为2—7,有效等位基因数为1.1—3.3;三亚种群和印度种群的平均有效等位基因数分别是1.8和1.9;三亚种群和印度种群的等位基因丰度分别为3.16和3.39;印度种群无论是期望杂合度(HE)还是观察杂合度(HO)都高于三亚种群,印度种群的期望杂合度和观察杂合度分别是0.42和0.16;三亚种群的期望杂合度和观察杂合度分别是0.38和0.15;三亚种群与印度种群的Nei’s遗传距离为1.119。两个种群都保持了中等水平遗传多样性。由于两个种群高度的遗传分化和保持丰富的遗传多样性为开展两个种群间杂交及获得杂种优势奠定了基础。     

文蛤三个野生种群的生化遗传变异

采用聚丙烯酰胺梯度凝胶垂直平板电泳检测和比较了广东电白、南三和广西北海三个文蛤(Meretrix meretrix)野生群体9种同工酶24个基因座位的生化遗传变异。结果表明,三个群体的平均杂合度观察值分别为0.291,0.251和0.290,多态位点比例(P0.95)分别为37.5%,37.5%和41.6%,位点平均有效等位基因数分别为1.476,1.419和1.479,各群体在多个位点上都存在杂合子缺失现象。比较了三个群体之间的遗传相似度(I)和遗传距离(D),其中电白与南三群体间的遗传分歧极微,它们与北海群体间的遗传分歧稍明显,三群体基因分化系数为0.035,预示三地间有着较强的基因流。     

养殖对曼氏无针乌贼(Sepiella maindroni)群体遗传多样性的影响

采用24条随机引物对曼氏无针乌贼1个野生群体和5代养殖群体共120个个体(每个群体20个个体)进行了RAPD群体遗传多样性分析,共扩增出119个位点,片段大小为400-2800bp,平均每条引物的扩增带数为4.96条。各群体的多态位点数19-24个不等,多态位点比例为13.33%-20.16%,Shannon指数为0.0768-0.1018。6个群体的平均杂合度为0.0825-0.1231,期望杂合度为0.1325-0.1524,平均杂合子偏离指数均为负值,表明存在杂合子缺失的现象。乌贼6个群体遗传分化系数FST值在0.0188-0.2436,其中最大出现在野生群体和第5代养殖群体之间。表明6个群体间遗传分化已基本处于遗传分化中等的范围内,而野生群体和第5代养殖群体之间已接近中等分化的底线。分子方差分析(AMOVA)结果表明,6个群体的遗传变异中有29.34%是由不同群体间的基因差异造成的。而如果将养殖后的5代群体作为一个总的群体,养殖群体内部有19.38%是由群体间的差异造成的。由此可见,养殖后的曼氏无针乌贼群体相比野生群体多样性指数有所降低,且随着养殖时间的增长养殖群体内部开始出现分化。     

广东沿海杂色鲍养殖群体遗传多样性的微卫星分析

实验选取的7个杂色鲍(Haliotis diversicolor)养殖群体分别来自广东汕头、汕尾、惠东、湛江和徐闻,深圳野生驯养,利用7对微卫星引物对上述群体进行了遗传多样性和群体遗传结构的分析。结果显示:7个位点产生的等位基因数从7～13个不等,共检测到68个等位基因,平均每个位点的等位基因数为9.71个。有效等位基因数的范围为3.8～8.1,平均观测杂合度范围为0.422～0.906,平均期望杂合度范围为0.748～0.917。7个群体的多态信息含量变化范围为0.657～0.883,PIC值均在0.500以上,表现为高度多态性。与两个野生驯养的养殖群体相比,其他5个养殖群体均存在不同程度的遗传多样性降低。AMOVA分析显示,4.79%的遗传变异来自于群体之间,95.21%的变异来自于群体内的个体之间。研究表明,广东沿岸的杂色鲍具有较高的遗传多样性水平,7个群体之间呈现一定的遗传分化。     

马氏珠母贝金黄壳色选育群体与养殖群体不同组织中矿物质元素的分析与评价

为评估马氏珠母贝金黄壳色选育群体与养殖群体不同组织中矿物质元素的异同,采用电感耦合等离子体原子发射光谱仪(ICP-OES)对以上2个群体的5个组织(外套膜、鳃、闭壳肌、足和性腺-内脏团)中钙(Ca)、铜(Cu)、铁(Fe)、镁(Mg)、锰(Mn)和锌(Zn)含量进行检测分析,并比较2个群体矿物质元素含量的差异及马氏珠母贝各组织间含量的差异。结果发现:(1)外套膜的Ca含量显著高于性腺-内脏团和闭壳肌;足的Cu含量显著高于闭壳肌和外套膜;在外套膜和鳃上的Mg含量显著高于足、性腺-内脏团和闭壳肌;性腺-内脏团和足上的Mn含量显著高于闭壳肌、鳃和外套膜;性腺-内脏团上的Fe和Zn含量显著高于足、鳃和闭壳肌。(2)闭壳肌中Ca、Mn和Zn在金黄壳色选育群体中含量显著高于养殖群体,Cu、Fe和Mg含量在2个群体间不存在显著性差异。(3)性腺-内脏团和足中Zn在金黄壳色选育群体中含量均显著高于养殖群体,Ca、Cu、Fe、Mg和Mn含量在2个群体间均不存在显著性差异。(4)鳃中各矿物质元素含量在2个群体间不存在显著性差异。(5)外套膜中Fe、Mn和Zn在金黄壳色选育群体的含量显著高于养殖群体,Cu在养殖群体含量显著高于金黄壳色选育群体,Ca和Mg含量在2个群体间不存在显著性差异。结果表明,马氏珠母贝金黄壳色选育群体与养殖群体之间在部分矿物质元素含量上已表现出分化,这为马氏珠母贝壳色新品系选育提供了重要的基础资料。     

长牡蛎(Crassostrea gigas)多代近交与自交家系遗传差异及生长性状比较

在良种选育过程中,为了尽快得到稳定可遗传的优良性状,常采用近交方式进行纯系选育,而近交会导致群体的遗传多样性下降。为了解长牡蛎(Crassostrea gigas)多代近交和自交家系的遗传多样性、遗传结构和生长情况,本实验选用长牡蛎近交4代(F4代)、近交5代(F5代)家系和雌性同体自交1代(自交1代)家系,采用8对多态性高的微卫星序列进行分析,同时对其成体的三个时间点生长数据进行了显著性差异分析。实验结果表明,8对微卫星位点在野生对照组中表现出较高的多态性,F4代、F5代和自交1代3个家系的遗传多样性明显下降,平均等位基因数(Na)由17.00下降到2.00,平均观测杂合度(Ho)由0.538下降到0.449,平均多态信息含量(PIC)由0.826下降到0.297;哈迪-温伯格平衡(HWE)检验结果显示,8个位点在三个家系和野生对照组中均不同程度偏离HWE平衡(P0.0062)。F4代、F5代、自交1代和野生对照的生长性状指标分析表明,和野生对照相比,三个家系生长指标明显提高,对于自交一代而言,与自交实验组亲本选择的偶然性有关。同时,三个家系三个时间点的壳长、壳宽生长性状没有显著性差异(除330日龄壳宽和630日龄壳长),F5代生长性状指标壳高和湿重均大于F4代和自交1代,且差异显著;但F4代和自交1代之间没有显著性差异。通过本研究发现,F5代可以继续用来进行生长性状新品系的选育,自交1代多样性降低程度相当于F5代,但多样性的降低对成体的生长性状影响不明显,仍可以用做相关实验材料。     

斜带石斑鱼养殖群体遗传多样性的RAPD分析

利用随机扩增多态DNA(RAPD)技术分析了斜带石斑鱼Epinephelus coioides繁育亲本以及2001、2004年孵育的2批子代群体的遗传多样性。17个引物共扩增出104个位点。应用生物软件POPGENE进行统计分析,3个取样群体的多态位点百分率分别为32.69%(繁育亲本)、30.77%(2001年子代)和24.04%(2004年子代);基因多样性和香侬信息指数均为繁育亲本群体最高(0.110 8和0.167 0)、2004年子代群体最低(0.066 6和0.103 8)。通过t检验检测群体间遗传多样性的差异显著程度并根据Nei公式计算遗传相似度和遗传距离分析群体间的遗传分化。结果表明,RAPD技术具有较高的灵敏性和多态性,是分析评估斜带石斑鱼遗传多样性较为适宜的分子标记之一;人工养殖不仅使斜带石斑鱼遗传多样性逐年下降,而且目前已经降低到显著的程度,近交和遗传漂变可能是导致遗传多样性下降的2个重要因素。最后对保持斜带石斑鱼遗传多样性的养殖策略进行了探讨。     

马氏珠母贝黄壳色家系的生长、壳色分离及总抗氧化能力比较

以马氏珠母贝(Pinctada fucata martensii)黄壳色作为选育指标构建了黄壳家系,对其4个生长性状和黄壳色性状分离比进行了统计分析,并测定了黄壳家系中黄壳、褐壳色个体不同组织中的总抗氧化能力(TAC)。结果发现:黄壳色性状能遗传并发生分离,其分离不完全符合孟德尔遗传分离定律;褐壳色亲本不会产生黄壳色子代,推测褐壳色是纯合子;第一代黄壳家系5、7月龄贝仅壳宽值显著小于褐壳家系(P0.05),壳高、壳长、总质量差异不显著, 11月龄贝仅壳长和壳宽值显著小于褐壳家系, 14、20月龄贝的壳高、壳长、壳宽、总质量这4个生长性状均极显著小于褐壳家系(P0.01);在第一代6个黄壳家系内,黄壳、褐壳色个体的4个生长性状差异不显著;黄壳色贝在足、心、性腺中的TAC显著低于褐壳色贝(P0.05);在鳃、闭壳肌、消化腺组织中TAC高于褐壳色贝,但差异不显著。     

缢蛏(Sinonovacula constricta)EST-SSR标记与生长性状的相关性分析

利用16个微卫星标记对缢蛏F1家系的遗传多样性和标记-性状相关性进行了研究。结果显示,16个SSR位点共检测到39个等位基因,平均等位基因数(Na)和平均有效等位基因数(Ne)分别为2.44和2.09;多态信息含量(PIC)为0.40;平均观测杂合度(Ho)与期望杂合度(He)分别为0.58和0.63,部分位点基因型分布严重偏离孟德尔定律,暗示其可能与适应性基因相连锁,其中YC-8位点附近可能存在杂合不利存活基因。位点YC-96和YC-123与体重呈显著相关(P0.05),YC-96的BC基因型和YC-123的BB基因型均为体重性状的优势基因型,其对应的壳长、壳宽、壳高和体重4个生长性状表型值都最大,可以作为选育快长性状的候选分子标记;YC-1位点与壳宽呈显著相关(P0.05),其中BB型是壳宽的优势基因型;YC-93位点与壳宽、壳高呈极显著相关(P0.01),其中AB型是壳高的优势基因型,BB和BC型是壳宽的优势基因型。对YC-1、YC-93、YC-96和YC-123进行以体重性状为参照的不同基因型组合比较,找到了最优组合(BB/BB(BC)/BC/BB),与4个位点单独分析对应的最优基因型基本完全一致,符合加性作用模型。筛选出的与生长性状相关的标记可为标记辅助选择育种(MAS)提供参考依据。     

基于微卫星标记的三疣梭子蟹家系系谱认证

用6个微卫星标记对三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)的6个家系进行系谱鉴别和遗传多样性研究。6个微卫星标记在6个家系中显示了高度的遗传差异,6个位点的多态信息含量(PIC)分别为Pot09位点0.6045,Pot14位点0.6072,Pot17位点0.8130,Pot18位点0.6870,Pot25位点0.7839,Pot42位点0.6330。6个多态性位点共发现了32个等位基因,每个位点的等位基因数在4～8个之间。不同位点共发现7个家系特异性等位基因,2#和3#家系中各发现2个,1#、5#、6#家系中各发现1个,4#家系未发现特异性等位基因。根据已知亲本及子代基因型,可推断出6个家系中全部亲本的基因型,据此鉴别各家系。在Pot18位点可将1#家系和6#家系与其他家系相区别;Pot14位点和Pot17位点可将3#家系与其他家系相区别;Pot42位点可将5#与其他家系相区别;Pot17位点和Pot25可将2#家系与其他家系相区别。因此,Pot18位点、Pot14位点和Pot17位点、Pot42位点、Pot17位点和Pot25位点可分别用于鉴别1#和6#家系、3#、5#、2#家系的特异性标记。研究表明,在选用的6个微卫星标记中,最少选用3个标记可鉴别6个三疣梭子蟹家系。     

Genetic variation and population structure in the New Zealand snapper

Fifteen proteins encoded by 23 gene loci were electrophoretically surveyed in two samples of snapper Chrysophrys auratus (Forster) from Wellington Harbour and the Hauraki Gulf. Between 17% and 26% of the loci examined were found to be polymorphic and the proportion of heterozygous loci per individual was 7.9% to 8.4%. Using Rogers’ genetic distance coefficient an overall similarity of 0.98 was calculated between the two samples.

Three polymorphic loci Est‐4, Gpi‐1, and Idh were examined in an additional 10 samples from around New Zealand. Two genetically distinct stocks were apparent: one along the west coast, the other along the east coast of the North Island. There was an indication of stock mixing at Ninety Mile Beach and in the Bay of Plenty and East Cape. The distribution of alleles at the Est‐4 locus revealed a third stock in Hawke Bay that is genetically more similar to the west coast than the east coast stock. Hydrological conditions in Hawke Bay are more similar to those of the west coast than to those of the north east coast of the North Island. Thus it is possible that Est‐4 alleles are selectively maintained in response to an environmental factor.     

海湾扇贝南部亚种(Argopecten irradians concentricus)选育系F5的生长及SSR分析

采用现场测量和11对微卫星标记引物对海湾扇贝南部亚种选育系F5与普通养殖群体的生产性能、遗传差异及遗传多样性现状进行分析。结果表明:在生产性能上,选育系的壳高、壳长、壳宽、体重、壳重、软体重、肉柱重、肉柱率、成活率和笼产量等性状较对照组分别提高了17.02%、16.67%、15.02%、43.71%、35.86%、58.74%、81.18%、29.46%、17.94%和69.47%。在遗传差异的SSR分析上,选育系和普通群体的平均等位基因数(Na)、平均有效等位基因数(Ne)、平均观测杂合度(Ho)、平均期望杂合度(He)、多态信息含量(PIC)分别为3.2727、3.3636;2.3366、2.3203;0.3152、0.3545;0.5326、0.5441;0.4622、0.4693;群体间遗传距离(Dxy)为0.1161,遗传分化指数(Fst)为0.0465。结果表明,选育系生产性能明显优于普通群体,遗传多样性指数较普通群体有所降低,两群体间出现了显著的遗传分化,选育系F5获得了显著的遗传进展。同时,选育系群体仍具有较高的遗传多样性,为进一步的选育利用提供了空间。     

海带微卫星引物对裙带菜群体分析适用性的初步研究

为获得用于裙带菜种质结构和遗传多样性研究的微卫星标记,采用近缘物种转移法分析了15个海带微卫星引物在裙带菜中的应用情况。对38个裙带菜个体进行多样性分析,结果显示:标记SSR002和SSR115不能扩增裙带菜基因组,位点SSR194能扩增,但不具有多态性,其他12个标记均能扩增裙带菜DNA,且都具有检出多态性,其中9个符合哈迪-温伯格平衡。这9个海带微卫星标记检出的等位基因数为34个,从3～5个不等,平均每个位点扩增得到3.8个等位基因。观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)及多态性信息含量值(PIC)的范围分别为0.238～1.000、0.500～0.692、0.413～0.780,9个位点提供的多态性较高,适用于裙带菜遗传学研究。