六味地黄丸治疗糖尿病肾病作用机制的网络药理学研究

目的：通过网络药理学方法建立六味地黄丸“活性成分-靶点-通路”图,初步探讨六味地黄丸治疗糖尿病肾病的药理机制。方法：通过TCMSP获取六味地黄丸各单药的活性成分和潜在靶点,运用Genecard筛选得分≥20分的糖尿病肾病相关靶点,STRING构建蛋白相互作用网络,Cytoscape拓扑分析网络图,R语言进行GO和KEGG通路富集分析。结果：网络分析得出41个活性成分,共涉及21个靶点和63条通路。其中槲皮素和山奈酚是主要化合物,关键靶点AKT、VEGFA、NOS3、IL6、SERPINE1富集在重要通路AGE-RAGE信号中。结论：为进一步研究六味地黄丸治疗糖尿病肾病的潜在活性成分及其可能的作用机制提供了思路和理论基础。     

基于网络药理学探讨六味地黄丸合缩泉丸治疗尿崩症的作用机制

目的：基于网络药理学探讨六味地黄丸合缩泉丸治疗尿崩症（DI）的作用机制。方法：利用TCMSP和 UniProt 数据库获取六味地黄丸合缩泉丸的有效成分和作用靶点,通过GeneCards、OMIM、DrugBank数据库预测疾病靶点,将有效成分靶点与疾病靶点取交集,构建韦恩图获取共同靶点,运用STRING数据库和Cytoscape 3.8.2软件绘制交集靶点的蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络,经拓扑分析得到关键靶点,并进行基因本体（GO）功能和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。结果：共获得六味地黄丸合缩泉丸有效成分 31 个,作用于 185 个靶点,DI靶点共 897 个,六味地黄丸合缩泉丸与DI交集靶点 39 个,主要有效成分有槲皮素、山柰酚、β-谷甾醇、薯蓣皂苷元等,关键靶点包括丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1（AKT1）、白细胞介素-1β（IL-1β）、基质金属蛋白酶（MMP9）、过氧化物酶体增生激活受体（PPARG）、趋化因子（CCL2）、肿瘤蛋白TP53（p53）等。GO功能富集得到1667个条目,包括生物过程1582个、分子功能78个、细胞组分7个;KEGG通路富集得到110条通路,主要涉及动脉粥样硬化信号通路、糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、疟疾、肿瘤坏死因子信号通路等。结论：本研究初步揭示了六味地黄丸合缩泉丸治疗DI的作用机制,并通过数据分析侧面印证了中医辨证论治理论体系的正确性,可为进一步研究提供借鉴。     

基于网络药理学与分子对接探讨六味地黄丸治疗肾阴亏虚型老年性便秘的作用机制

目的：运用网络药理学与分子对接技术探究六味地黄丸治疗肾阴亏虚型老年性便秘的作用机制。方法：通过TCMSP、TCMID、SwissTargetPrediction获取药物的活性成分并筛选,在Genecards、OMIM、TTD、DisGeNET数据库检索与该疾病相关的主要靶点;运用韦恩图获取六味地黄丸与老年性便秘的交集靶点。将以上数据通过STRING获得交集靶点的蛋白网络,构建药物-活性成分-靶点及蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络图,进行基因本体（GO）功能和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析,并对药物有效成分和核心靶点进行分子对接验证。结果：共获得58个有效活性成分和675个对应靶点,主要有效成分有槲皮素、羟基芫花素、泽泻醇B等;药物-疾病交集靶点296个,包括丝氨酸/ 苏氨酸蛋白激酶 1 (AKT1)、肿瘤坏死因子（TNF）、白细胞介素-6（IL-6）等。GO功能富集共有3175个条目,KEGG通路富集得到215条通路,主要有癌症通路、磷脂酰肌醇3-激酶/苏氨酸蛋白激酶信号通路、癌症中的蛋白聚糖、丝裂原活化蛋白激酶信号通路等。分子对接显示该药物主要有效成分和核心靶点蛋白有较好的结合力。结论：该研究在总体上预测了六味地黄丸治疗肾阴亏虚型老年性便秘的活性成分、靶点和信号通路,表明了其多成分-多靶点-多途径的治疗特点。     

基于网络药理学探讨真武汤治疗特发性膜性肾病的作用机制

目的：通过网络药理学及GEO数据库,探讨真武汤治疗特发性膜性肾病(IMN)的作用机制。方法：运用TCMSP检索真武汤有效活性成分及靶点,利用GeneCards等4个数据库获得IMN靶点,采用STRING数据库和Cytoscape软件构建药物-成分-靶点-疾病相互作用网络和蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）核心靶点网络,并进行基因本体（GO）功能和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析,最后进行分子模拟对接,并基于GEO进行核心靶点基因差异表达分析及免疫细胞浸润分析验证。结果：真武汤治疗IMN的关键活性成份是豆甾醇、山柰酚、β-谷甾醇等,其中核心靶点为丝氨酸苏氨酸蛋白激酶-1(AKT1)、转录因子AP-1(JUN)、半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶-3(CASP3)等,KEGG富集分析发现主要作用在流体剪切应力等117条信号通路;分子对接显示山柰酚、β-谷甾醇与前列腺素G/H合成酶-2(PTGS2)、CASP3、AKT1等靶点具有较强结合力;GSE115857数据集中AKT1、细胞间黏附分子-1(ICAM1)、CASP3为上调基因,JUN为下调基因,这些可能与未活化的CD4记忆性T细胞、未活化的自然杀伤细胞等免疫细胞有关。结论：真武汤通过多成份、多靶点、多通路等方式治疗IMN,可为后续研究提供参考。     

基于网络药理学探讨酸枣仁汤的作用机制

目的：采用网络药理学方法探讨酸枣仁汤的作用机制。方法：借助TCMSP平台预测酸枣仁汤中药成分的作用靶点与通路,利用Cytoscape软件分别构建成分-靶点网络、PPI网络,使用DIVID数据库进行GO富集分析和KEGG信号通路富集分析。结果：经筛选获得酸枣仁汤中五味中药酸枣仁、川芎、知母、茯苓、甘草含有的135种活性成分,332个相应靶点;PPI网络包括293个节点;GO条目146个,其中生物过程为94个,分子功能条目34个,细胞组成条目18个;KEGG通路22条。结论：酸枣仁汤不仅可以用于治疗失眠、焦虑等精神系统疾病,还可以用于治疗肿瘤、循环系统等疾病,同时参与5-羟色胺、氮素代谢等生物过程,揭示了酸枣仁汤多成分、多靶点、多通路的药理作用特点。     

基于网络药理学及分子对接研究大黄治疗肠梗阻的作用机制

目的：采用网络药理学及分子对接方法探讨大黄治疗肠梗阻的作用机制,为临床应用大黄治疗肠梗阻提供依据。方法：通过TCMSP数据库获得大黄的活性成分与作用靶基因,通过GeneCards、OMIM数据库获取肠梗阻的潜在作用靶点,取二者交集获得交集基因,运用Cytoscape软件构建大黄-活性成分-肠梗阻-靶基因网络图,在STRING平台制作蛋白互作网络,通过Metascape平台对交集靶点进行富集分析,获得靶点功能及通路。最后运用Vina等软件对大黄的关键活性成分与关键靶点进行分子对接验证。结果：筛选得到大黄7个活性成分（芦荟大黄素、β-谷甾醇、泽兰黄醇等）,涉及47个作用靶点（JUN、CASP3、MYC、PTGS2、ESR1、IL-1B、CDKN1A、CCNB1、CASP8、CASP9等）,主要涉及炎性信号通路、癌症通路。结论：大黄治疗肠梗阻具有多成分、多靶点、多途径的特点。     

基于网络药理学探讨桔梗治疗肺动脉高压的作用机制

目的：运用网络药理学方法研究桔梗治疗肺动脉高压（PH）的作用机制。方法：通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）筛选桔梗有效化合物及其作用靶点,使用Gene Cards数据库筛选疾病候选靶点,利用Cytoscape-v 3.7.2软件构建化合物-靶点-疾病网络,运用String数据平台绘制蛋白相互作用网络,运用R软件分析靶基因的GO功能,使用DAVID数据库分析KEGG通路。结果：桔梗治疗PH的有效化合物包含木犀草素、金合欢素、菠菜甾醇及顺式-二氢槲皮素,相关潜在靶点涉及PTGS1、PTGS2、HSP90AA1等。GO功能富集分析显示预测靶点主要与氧化应激反应、细胞生长增殖等生物过程及细胞因子活性、细胞因子与受体结合情况、氧化还原酶活性等分子功能相关。KEGG富集分析显示潜在基因主要集中在白细胞介素-17、磷脂酰肌醇3-激酶-蛋白激酶B、缺氧诱导因子-1等信号通路。结论：桔梗可能通过抗炎、抗氧化应激、促血管舒张及抑制平滑肌细胞增殖等机制发挥治疗PH的作用。     

基于网络药理学探讨青风藤治疗糖尿病肾病的作用机制

目的：运用网络药理学对青风藤治疗糖尿病肾病（DN）的作用机制进行研究。方法：通过TCMSP数据库筛查出青风藤的活性成分以及作用靶点,并在TTD、DrugBank、DisGeNet数据库中共同筛选出DN的基因靶点,通过Venny 2.1.0得出青风藤和DN基因靶点的交集,运用STRING 11.0数据库和Cytoscape 3.8.2软件制作蛋白互作网络图,运用Web Gestal数据库对相应基因靶点进行GO功能富集分析及KEGG通路富集分析。结果：共筛选出6种有效活性成分,潜在靶点蛋白58个,其中治疗DN有效活性成分4种,潜在作用靶点18个。GO功能以及KEGG通路富集分析发现,青风藤治疗DN与凋亡通路、AGE-RAGE信号通路相关,并通过调控这些通路降低尿蛋白的产生、保护细胞组织、延缓肾小球纤维化及肾脏硬化。结论：青风藤可以通过多靶点、多通路的协同作用,延缓DN的进展,可为临床用药提供依据。     

基于网络药理学探讨生脉散治疗病毒性心肌炎的作用机制

目的：基于网络药理学探讨生脉散治疗病毒性心肌炎（VMC）的主要活性成分及其潜在作用机制。方法：运用本草组鉴数据库（HERB）初步获取生脉散的活性成分,结合SwissADME和SwissTargetPrediction平台筛选其中的主要活性成分,并预测其靶点。通过GeneCards及DisGeNET数据库筛选VMC相关靶点。取药物靶点与疾病靶点交集,获得生脉散治疗VMC的潜在治疗靶点。运用STRING数据库构建潜在治疗靶点蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络图,并通过Cytoscape 3.7.1软件挖掘PPI网络中的核心靶点。运用Cytoscape 3.7.1软件构建“中药-活性成分-靶点-疾病”相互作用网络图,将潜在治疗靶点导入DAVID 6.8数据库进行基因本体（GO）功能及京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。结果：本研究共筛选出生脉散治疗VMC的有效活性成分151个,涉及55个潜在治疗靶点,405个生物过程,36个细胞组分,55个分子功能和147条代谢通路。结论：生脉散可通过调控细胞因子、蛋白激酶、天然免疫基因等多靶点、多途径干预VMC的进程,为其临床应用提供了理论基础。     

基于网络药理学探讨玉屏风散治疗过敏性紫癜的作用机制

目的：基于网络药理学方法探讨玉屏风散治疗过敏性紫癜（HSP)的作用机制。方法：利用TCMSP、Pubchem、Swiss target prediction等数据库平台,对玉屏风散的有效活性成分和有效靶点基因进行检索、收集和筛选。通过Genecards、Disgenet、OMIM数据库查询和挖掘HSP的相关基因和玉屏风散治疗HSP的交集靶点,STRING数据库和Cytoscape 3.9.1 软件构建活性-成分-靶点可视化网络和可视化分析。运用DAVID数据库进行基因本体（GO）功能及京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。结果：筛选出45个玉屏风散活性成分,212个药物靶点,294个疾病靶点和35个交集靶点,对关键靶点进行蛋白质-蛋白质互作（PPI）网络构建,涉及的主要基因有肿瘤坏死因子（TNF）、白细胞介素-6、血管内皮生长因子A、白细胞介素-1β、肿瘤蛋白p53、基质金属蛋白酶-9、趋化因子c-c配体2、白细胞介素-10、丝氨酸蛋白酶抑制因子肽酶抑制因子、CXC趋化因子配体8等。GO功能富集分析得到条目数337个,其中生物过程条目284个,分子功能条目35个,细胞组成条目22个。KEGG通路富集分析得到信号通路101条,主要涉及高级糖基化终末产物-受体信号通路、流体剪切应力和动脉粥样硬化信号通路、脂质和动脉硬化信号通路、疟疾信号通路、白细胞介素-17信号传导通路、TNF信号通路、核因子-κB信号通路等。结论：玉屏风散可能通过多成分、多靶点、多通路治疗HSP。     

基于网络药理学探析水陆二仙丹治疗糖尿病肾病蛋白尿的作用机制

目的：基于网络药理学探讨水陆二仙丹治疗糖尿病肾病（DN）蛋白尿可能的作用机制及原理。方法：通过TCMSP平台检索获取水陆二仙丹中2味药的有效化学成分以及各化合物潜在作用靶点,利用GeneCards数据库筛选DN功能相关的靶标,将药物、有效成分、共同靶标导入Cytoscape 3.6.1。运用Cytoscape软件绘制“药物-疾病-靶点”可视化网络,利用软件分析功能得到主要药效成分及靶点。将药物作用靶点与DN功能相关靶点交集结果导入STRING10.5平台,构建“药物-靶标”蛋白相互作用（PPI）网络,利用DAVID数据库进行GO分析和KEGG富集分析。结果：挖掘出5种活性成分、116个相关靶点与本方治疗DN相互关联,其中PPI 网络图显示核心靶标AKT1、IL6、MAPK8、VEGFA、MAPK1等;KEGG 结果表明主要作用于AGE-RAGE信号等氧化应激相关通路。结论：网络药理学可科学预测水陆二仙丹治疗DN的主要作用机制,水陆二仙丹可能是通过对AGE-RAGE-NF-Кb/Ap-1调控轴为中心等多个靶点的抗氧化应激抑制作用控制DN蛋白尿。     

基于网络药理学和分子对接探讨左金丸治疗肝癌的作用机制

目的：运用网络药理学和分子对接方法探讨左金丸治疗肝癌的作用机制。方法：从TCMSP和BATMAN-TCM数据库获取左金丸的化合物及其相应靶点,检索GeneCards、OMIM和TTD 3个数据库获得肝癌的相关靶基因,取两者靶基因交集得到左金丸治疗肝癌的预测靶基因;运用Cytoscape 3.7.1软件构建左金丸-化合物-靶点-肝癌和PPI网络图;运用R软件对预测靶基因进行GO和KEGG富集分析;最后运用分子对接技术对关键化合物和靶点进行验证。结果：共获取左金丸35个化合物及173个相应靶点,左金丸与肝癌的共同靶点有103个。PPI结果表明AKT1、MAPK1、TP53、JUN和RELA可能为左金丸治疗肝癌的关键靶点。富集分析示左金丸可能通过乙型肝炎、卡波西肉瘤相关疱疹病毒感染、人巨细胞病毒感染、丙型肝炎、MAPK信号通路、肝癌等信号通路抗肝癌。分子对接结果示槲皮素和黄连素均能与AKT1和MAPK1稳定结合。结论：本研究初步揭示了左金丸通过多成分、多靶点、多通路治疗肝癌的作用机制,为后续左金丸治疗肝癌提供理论参考。     

基于网络药理学探讨芎芷地龙汤治疗偏头痛的作用机制

目的：分析芎芷地龙汤的活性成分,预测其治疗偏头痛的作用靶点及信号通路。方法：通过TCMSP平台收集芎芷地龙汤活性成分并进行ADME筛选,收集活性成分潜在靶点;通过GeneCards数据库收集偏头痛的相关疾病靶点,并与药物活性成分靶点取交集得到共同靶点,进行PPI分析;使用Cytoscape构建“药物-靶点-疾病”网络并进行分析,通过DAVID数据库对共同靶点进行GO富集与KEGG富集分析。结果：共筛选出芎芷地龙汤85个潜在活性成分和145个潜在治疗靶点;芎芷地龙汤治疗偏头痛关键靶点为JUN、TNF、MAPK1、AKT1、RELA等;可能参与的通路有Pathway in cancer通路、HIF-1信号、TNF信号通路、TLR信号通路、神经活性配体-受体相互作用、钙信号通路、T细胞受体信号通路等。结论：槲皮素、β-谷甾醇等是芎芷地龙汤中的主要活性成分;TNF、MAPK1、AKT1等基因可能在治疗偏头痛时参与调控;芎芷地龙汤主要通过调节氧化应激反应、低氧反应、炎性因子释放、神经递质传递、血管张力等机制治疗偏头痛。     

基于网络药理学探讨抗病毒颗粒治疗呼吸道感染的作用机制

目的：通过网络药理学探讨抗病毒颗粒治疗呼吸道感染的作用靶点及信号通路,并阐述其作用机制。方法：运用TCMSP、TCMID及BATMAN-TCM数据库筛选抗病毒颗粒中中药的主要化学成分及作用靶点,通过UniProt和PubMed等数据库查询靶点对应的基因,使用DisGeNET数据库获取呼吸道感染相关靶点基因,运用Cytoscape 3.7.2软件构建药材-化合物-靶点（基因）-疾病网络,采用STRING数据库创建蛋白相互作用核心网络（PPI）,再通过DAVID数据库进行GO和KEGG分析。结果：抗病毒颗粒中有槲皮素、木犀草素、汉黄芩素、山柰酚等89个活性成分,作用在PTGS2、TNF、AKT1、NOS2、IL-6等靶点蛋白上,通过肿瘤坏死因子（TNF）、核转录因子κB（NF-κB）、低氧诱导因子1（HIF-1）等信号通路发挥抗病毒的治疗作用。结论：抗病毒颗粒治疗呼吸道感染的作用机制可能与其活性化合物通过多靶点、多通路发挥抗病毒、抗炎、免疫调节等作用有关,这为进一步探讨其作用的物质基础以及作用机制提供了参考。     

基于网络药理学探讨前痛定方治疗慢性前列腺炎的作用机制

目的：利用网络药理学探讨前痛定方治疗慢性前列腺炎（CP）的潜在作用机制。方法：从中药系统药理学分析平台（TCMSP）和中药化学数据库（Neosuite TCMID）收集前痛定方中的有效成分并预测作用靶点,与Genecards、OMIM、DrugBank网站所收集的CP潜在靶点进行相互交集后,筛选出前痛定方治疗CP的潜在靶点,然后利用Cytoscape分析软件（v3.7.2）及其插件Cyto NCA绘制“中药-有效成分-靶点”网络图并分析其核心成分,同时利用R语言进行GO分子功能和KEGG通路富集分析,最后在蛋白质互作网络分析平台STRING数据库构建靶蛋白质互作网络并分析其核心靶点。结果：前痛定方治疗CP的潜在靶点共124个,其核心成分为川陈皮素、黄柏酮酸、黄柏内酯、诺米林、壬基醇-10,核心靶点为磷脂酰肌醇-3-激酶催化亚基α、鸡肉瘤基因、丝裂原活化蛋白激酶1、Harvery鼠肉瘤基因、丝裂原活化蛋白激酶8等,相关通路涉及生长、增殖、血管生成、炎症、免疫防御和耐药性等,其中磷脂酰肌醇3激酶、白细胞介素-17、丝裂原活化蛋白激酶途径可能是其治疗的关键通路。结论：前痛定方治疗CP的作用机制具有多成分、多靶点、多通路的特点,为今后进一步探析前痛定方有效成分与体内靶点之间的作用机制提供了新的思路和理论基础。     

基于网络药理学研究清痹汤治疗痛风性关节炎的作用机制

目的：利用网络药理学分析技术探寻清痹汤治疗痛风性关节炎（GA）的潜在作用机制。方法：采用TCMSP平台挑选出清痹汤主要活性化合物及靶点;利用五大疾病数据库查找GA的对应靶点;借助韦恩图工具构建“药物-疾病靶点”交集图;将交集靶点导入String数据库构建蛋白互作（PPI）图;通过DAVID数据库进行基因功能GO分析、KEGG通路富集分析;依托Cytoscape 3.7.2绘制“中药-活性成分-靶点”“活性成分-交集靶点”“核心靶点-KEGG 通路”网络图。结果：清痹汤有效活性化合物共133个,潜在对应作用靶点125个;GA疾病相关靶点823个;疾病-药物共同靶点41个。通过蛋白互作网络图提示IL-6、VEGFA、CASP3、RELA、MYC、PPARG等可能是清痹汤治疗GA的核心靶基因。GO富集分析共237个,其中生物过程（BP）174条、细胞组成（CC）20条、分子功能(MF)73条。KEGG通路富集分析共73条。结论：清痹汤主要通过调节细胞增殖和凋亡、控制炎症、抑制血管生成等多途径发挥治疗GA的作用,与“多成分-多靶点-多通路”治疗疾病的特点相契合。