大竹蛏(Solen grandis)不同地理群体遗传多样性的AFLP分析

应用AFLP分子标记技术对我国沿海大竹蛏(Solen grandis)群体的遗传多样性进行了分析,利用筛选出的7对AFLP引物,对丹东、烟台、莱州、日照和南通5个地理群体的141只大竹蛏个体进行了扩增,共得到了403个位点,片段大小在100—700bp之间。其中丹东、烟台、莱州、南通4个群体的大竹蛏遗传多样性水平接近,日照群体的多态位点比例高于其它4个群体,结合Shannon’s信息指数(I)和Nei’s基因多样性指数(H)看,日照群体的遗传多样性水平最高,而南通群体的遗传多样性水平最低。AMOVA分析得到群体间遗传分化系数Φst=0.2250(P<0.001),群体间的变异百分率为22.5%,群体内为77.5%,说明群体的遗传变异主要来源于群体内个体间的遗传差异,但群体间也存在一定程度的基因渗透。     

我国沿海大竹蛏(Solen grandis)野生群体及增殖放流群体遗传多样性的ISSR 分析

近年来, 大竹蛏野生资源因过度捕捞等原因急剧减少, 主要通过人工增殖放流方式进行补 充。对我国沿海大竹蛏群体进行遗传多样性研究, 评判增殖放流活动对野生群体遗传结构的影响, 能 够了解大竹蛏当前的种质资源状况, 为合理保护该资源提供科学依据。采用ISSR 分子标记技术, 对 广西北海(BH)、江苏启东(QD)、山东日照(RZ)、辽宁营口(YK)、河北秦皇岛(QH)5 个野生大竹蛏群 体及江苏蒋家沙增殖放流群体(JJ)共150 个样品进行了研究。实验结果表明, 我国沿海大竹蛏遗传多 样性水平高, 但各野生群体间已出现显著的遗传分化; 江苏蒋家沙增殖放流群体较启东野生群体遗 传多样性有所下降, 但两群体间的遗传分化并不明显。所以在苗种培育过程中, 应当保证亲本数量及 品质, 扩大亲本选择区域来提高遗传多样性水平, 同时应加大本地原种保护力度来避免种质混杂。     

厦门文昌鱼遗传多样性研究

运用分子标记技术，对厦门现有文昌鱼(Branchiostoma balcheri Gray)海域(蟹口海域、南线海域、黄厝海域)文昌鱼种群进行遗传多样性研究。通过10个有效引物的RAPD反应，共扩增出238条带，其中多态性条带为121，占总扩增条带的50．84％。Nei指数法分析和UP(小俄统计分析表明：厦门3个海域文昌鱼可分为2个组。平均遗传距离为0．11。南线海域文昌鱼和黄厝海域文昌鱼的遗传距离为0．07，亲缘关系较近，聚类于同一组；蟹口海域文昌鱼与南线海域文昌鱼和黄厝海域文昌鱼的遗传距离分别为0．12和0．14，亲缘关系较远，单独为一组，结论 与3个海域的文昌鱼形态比较结果一致，出现遗传分化。Shannon遗传多样性指数统计结果表明：蟹口海域种群为0．616，南线海域种群为0．497，黄厝海域种群为0．391。厦门文昌鱼种群遗传多样性是各种群的遗传特性与该海域各种环境生态因子长期作用的结果，三元线性相关分析发现目前主要生态因素是底质和海水深度，3个海域中以蟹口海域的自然环境最为优越(其底质为中粗沙或粗中沙、水深8—15m)。根据以上研究结果，本文提出了厦门海域文昌鱼资源的保护建议。     

条斑紫菜(Porphyra yezoensis)遗传多样性的AFLP分析

利用扩增片段长度多态性技术(AFLP)分析了13个条斑紫菜品系,在80对引物中,有11对能得到重复性好的多态性扩增条带,共扩增出619条谱带,每对引物扩增带数为40—77条,并且各对引物扩增结果均显示样品间存在差异。共得到609条多态性条带,多态位点的比例高达98.38%。根据AFLP图谱计算了不同样品间的遗传距离(GD)和相似性系数(GS)。聚类结果显示,品系海安与二室间的遗传相似系数较高而聚合在一起,不同样品间的相似性系数介于0.595—0.845之间。结果表明,条斑紫菜的遗传多样性极为丰富,而部分材料间的遗传距离有随地理间距增大而逐渐增大的趋势。聚类分析结果反映了目前条斑紫菜养殖品种间存在着相互混杂。     

褶皱臂尾轮虫微卫星的分离和遗传多样性分析

褶皱臂尾轮虫(Brachionus plicatilis)是轮虫动物门(Rotifera)中的广盐种。其个体微小、培养容易、营养丰富,是目前唯一能够在海水养殖中进行大规模培养,并用于海产动物人工育苗的物种。褶皱臂尾轮虫生活史为孤雌生殖和有性生殖世代交替进行,是生物学研究的模型生物。本研究用FIASCO法构建了褶皱臂尾轮虫微卫星富集文库,分离了135个微卫星;用PCR-PAGE分型法分析山东半岛褶皱臂尾轮虫群体,获得8个多态微卫星。等位基因数2~4个;观测杂合度和期望杂合度范围分别为0.1471~0.6364和0.3139~0.6559;遗传偏离指数为-0.3624~0.05353;多态信息含量为0.2615~0.5841。无微卫星偏离哈温平衡,但有2个微卫星处于连锁不平衡。本研究筛选的8个微卫星为褶皱臂尾轮虫遗传多样性和种群结构分析提供了标记。     

4种养殖扇贝的群体遗传多样性及特异性AFLP标记研究

应用AFLP技术对我国4种主要养殖扇贝进行了遗传分析.虾夷扇贝、海湾扇贝、华贵栉孔扇贝、栉孔扇贝4种养殖扇贝群体中,种内遗传相似度依次分别为0.841 5,0.786 3,0.719 0和0.673 1,香侬氏指数分别为43.52,58.87,80.16和92.83,栉孔扇贝和华贵栉孔扇贝的遗传多样性水平明显高于海湾扇贝和虾夷扇贝;AFLP标记共享位点分布表明,在4种扇贝中栉孔扇贝与华贵栉孔扇贝之间的共享位点最多,同时4种扇贝的种间遗传相似度也以栉孔扇贝和华贵栉孔扇贝之间为最高(0.769 5),海湾扇贝和虾夷扇贝之间为最低(0.662 6),揭示所研究的几种扇贝中栉孔扇贝和华贵栉孔扇贝的遗传关系最近(遗传距离为0.262 1);找到了21个种内特异性AFLP标记和种间共享标记,可用于种质鉴定和分子辅助分类.     

淇河鲫的RAPD标记及遗传多样性

利用40条随机引物对淇河鲫种群进行了RAPD扫描，并与彭泽鲫、普通野鲫鱼进行了比较；共有31条引物有扩增产物，扩增的DNA片段长度在250～1000bp之间；引物S42、S50和S184对三种群的扩增产物有显著差异，可作为其分子遗传标记。用10条引物对10尾淇河鲫鱼的遗传多样性进行了分析，其平均遗传相似率为0．782。     

三种蛏不同组织同工酶的比较分析

通过对竹蛏科的缢蛏、细长竹蛏、长竹蛏5种组织(鳃、消化腺、外套膜、足、水管)聚丙烯酰氨垂直板状不连续电泳，研究了醇脱氢酶、苹果酸同工酶、苹果酸脱氢酶、超氧化物歧化酶、异柠檬酸脱氢酶等5种同工酶酶谱。结果表明，三种蛏相应的酶带迁移率组成分布有明显种属差异，三种蛏的种属差异明显大于组织间差异。不同种间的个体其酶谱表型有稳定的差异，这些差异是有关基因表达和调控的差异所造成的。可利用其酶谱表型具有种特异性作为一种蛋白分子标记，应用于竹蛏科物种的鉴定上。     

4种石斑鱼的分子遗传多样性和亲缘关系的RAPD分析

采用25个引物,对海南养殖的点带石斑鱼、广东养殖的斜带石斑鱼、南海西沙野生鲑点石斑鱼和蜂巢石斑鱼的基因组DNA进行了RAPD分析,并用UPGMA法对4种石斑鱼进行聚类分析.研究结果表明:(1)野生鲑点石斑鱼和蜂巢石斑鱼群体内遗传多样性较高,多态位点比率分别为58.07%和55.65%,平均遗传杂合度分别为0.1793和0.1622,表明南海野生石斑鱼遗传变异水平较高,种质资源状况良好;而养殖的点带石斑鱼和斜带石斑鱼遗传多样性偏低,多态位点比率分别为49.70%和40.38%,平均遗传杂合度分别为0.1349和0.1135,表明石斑鱼养殖群体遗传多样性水平有所下降,应及时采取适当的保护措施.(2)4种石斑鱼种间遗传距离及聚类分析表明,点带石斑鱼与斜带石斑鱼遗传距离最近(D=0.2570);鲑点石斑鱼与蜂巢石斑鱼遗传距离次之(D=0.5146);斜带石斑鱼与蜂巢石斑鱼的亲缘关系最远(D=0.5810).(3)在8个引物中,有区分4种石斑鱼的特异性片段,可用于这些石斑鱼的鉴定.     

黄颡鱼(Pelteobagrus eupogon)不同生态地理分布群体遗传多样性的微卫星分析

利用40个黄颡鱼微卫星分子标记对吉林省月亮湖野生黄颡鱼(YL,30尾)、四川野生黄颡鱼(SC,30尾)、黑龙江省哈尔滨市松花江段黄颡鱼(SH,18尾)、湖北省荆州市长湖野生黄颡鱼子代(YY,30尾)及其亲本(QQ,30尾)、天津市换新国家级原良种场黄颡鱼1号(TJ,30尾)6个黄颡鱼群体的观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、多态信息含量(PIC)和有效等位基因数(Ae)等进行了遗传检测,根据基因频率计算遗传相似系数和Nei氏标准遗传距离,x2检验估计Hardy-weinberg平衡,采用近交系数(FST)和基因流(Nm)分析群体的遗传分化及其来源.同时,使用PHYLIP3.63软件绘制基于Nei氏标准遗传距离的UPGMA进化树.6个群体共检测到5042个扩增片段,长度在150-650bp,40个基因座扩增出等位基因数从1-8个不等,共计143个等位基因,平均每个基因座扩增得到3.575个等位基因.结果显示:(1)6个黄颡鱼群体的多态性指标均适中,PIC在0.00-0.79之间,平均值为0.40、0.37、0.35、0.39、0.35和0.19,有效等位基因数(Ae)1.00-5.44个不等,平均有效等位基因数依次为2.05、2.30、1.93、2.07、1.93和1.47,无偏期望杂合度(He)在0.00-0.83之间,平均值为0.45、0.46、0.36、0.46、0.41和0.23;(2)遗传相似系数YY与QQ遗传相似度最高(0.9947),TJ与SC遗传相似系数最低(0.4846),聚类结果与地理分布呈一定相关性.     

Assessing genetic diversity of wild populations of Japanese flounderusing AFLP markers

1IntroductionThe Japanese flounder,Paralichthys olivaceus,is one of the most important commercial marine flat-fish that inhabits the coastal waters of China,Japanand Korea.(Tanaka et al.,1989;Masuda andTsukamoto,1998).However,because of overfis-hing durin…     

AFLP analysis revealed differences in genetic diversity of four natural populations of Manila clam(Ruditapes philippinarum) in China

1 IntroductionManila clam (Ruditapes philippinarum) is aworldwide distributed species. In China, it is foundfrom the northern to southern seashores (Wang etal., 1993; Zhuang, 2001). This species is eura-line with the salinity tolerance ranging from 20 to4…     

凡纳滨对虾遗传多样性研究中AFLP体系的建立

凡纳滨对虾是当今世界公认的重要对虾养殖品种之一,然而良种选育研究仍相对落后,亟需采用分子遗传学手段加以解决.本文以凡纳滨对虾为材料,对预扩增体系、选择性扩增体系中的稀释倍数、dNTP浓度、Taq浓度、Mg2+浓度、引物浓度进行比较,结果表明,300 ng基因组DNA采用5U PstI和5UMseI双酶切4 h,16℃连接过夜,连接产物稀释10倍进行预扩增,预扩增产物稀释50倍进行选择性扩增,能够得到稳定丰富的条带,最终建立了适用于凡纳滨对虾的AFLP反应体系.本研究又进一步应用优化后的AFLP反应体系,从64对选择性扩增引物组合中筛选出12对多态性高的引物组合,便于对凡纳滨对虾基因多态性位点进行分析,从而为凡纳滨对虾的遗传多样性研究奠定基础.     

山东沿海菲律宾蛤仔不同地理群体遗传多样性的AFLP分析

利用AFLP技术对山东沿海菲律宾蛤仔（Ruditapes philippinarum）4个野生群体（乳山、无棣、牟平、即墨）进行了遗传多样性分析。采用6对引物组合对4个群体进行扩增,共得到356个位点,乳山群体、无棣群体、牟平群体和即墨群体的多态位点比例依次为74.40%、70.50%、72.80%、74.70%,具有较高的遗传多样性水平。其中,即墨群体多态性比例最高,无棣群体多态性比例最低。聚类分析表明,各群体间的遗传距离在0.0263～0.0448之间,乳山群体和无棣群体间的遗传距离最近(0.0263),两群体首先聚在一起,随后与牟平群体和即墨群体聚在一起。     

Gametogenic development and spawning of the razor clam,Zenatia acinaces in northeastern New Zealand

The potential exists for New Zealand to exploit already established markets for razor clams through development of fisheries or aquaculture industries for the New Zealand razor clam, Zenatia acinaces. However, fishery or aquaculture development for Z. acinaces requires an understanding of the reproductive cycle including the timing of gametogenic development and spawning. The reproductive cycle of Z. acinaces was studied over an 11‐month period from May 2000 to March 2001 at Kennedy Bay, Coromandel Peninsula, using qualitative standard histological analysis and quantitative measures of oocytes. Histological analysis indicated that Z. acinaces is dioecious and gametogenic development was synchronous between the sexes. Gametogenesis began in June with gametes maturing quickly and by August/September (late winter/ early spring) most razor clams were ripe. Spawning began as early as September (spring) although spawning mainly occurred during October. By December (summer), nearly all clams were completely spent. From January 2001 most clams could not be sexed as all residual gametes were resorbed. Razor clams remained in this stage during March 2001. Spawning began when the water temperature was around its lowest, c. 15°C. Monthly mean number of eggs/follicle was sensitive to changes in reproductive development, closely following patterns observed in the qualitative stagings. Patterns of monthly mean oocyte diameters did not adequately describe the spawning events observed in qualitative analyses. Sex ratios were equal over the size range (69–99 mm shell length) of clams that could be sexed. The data presented in this study provide valuable information on the timing of spawning events for Z. acinaces, necessary for developing sustainable management strategies and selecting broodstock for aquaculture.     

方斑东风螺3个选育世代遗传多样性和遗传结构的微卫星分析

采用12个多态性微卫星标记对方斑东风螺(Babylonia areolata)泰国选育系TF₄~TF₆连续3代选育群体的遗传多样性与遗传结构进行了分析。3个群体的多态信息含量分别为0.730、0.717和0.708,均高于0.5,表现出较高的多态性。平均等位基因数(A)、有效等位基因数(A_e)、观测杂合度(H_o)、期望杂合度(H_e)和Shannon’s信息指数(I)的变化范围分别为11.667~12.583、6.334~6.915、0.658~0.672、0.737~0.787和1.837~2.003,整体呈降低趋势,但差异并不显著(P>0.05)。分子方差分析结果显示,群体间的遗传变异仅占总变异的0.95%;群体间的遗传分化系数(F_st)介于0.00569~0.01324,处于低等分化水平(F_st<0.05)。主坐标分析和STRUCTURE分析结果显示,3个群体呈现出相似的遗传背景和遗传结构。以上研究结果表明,经过连续多代的人工选育,方斑东风螺选育群体保持着较高的遗传多样性水平,遗传变异和遗传分化水平较低,遗传结构趋于稳定,仍具有较高的遗传选育潜力。     

基于AFLP技术的海南三亚野生和养殖牡蛎遗传多样性研究

2008年夏季,从海南三亚分别采集26份养殖牡蛎和32份野生牡蛎样品(1份样品代表1个体),开展扩增片断长度多态性(AFLP)和数量性状分析,采用POPGENE 32软件计算多态性位点百分率、遗传多样性指数、Hardy-Weinberg遗传偏离指数、群体遗传相似度和遗传距离。基于AFLP分析获得的遗传距离和线粒体细胞色素氧化酶I亚基(CO I)基因序列,采用邻接法构建养殖和野生牡蛎的系统发育树。结果表明,选择性引物对牡蛎品种具有较好的鉴别效率;相比养殖牡蛎,野生牡蛎多样性丰富、品种间同源性较低、亲缘关系相差较远、遗传基础较宽;通过CO I基因序列分析可知,养殖牡蛎均为香港巨牡蛎Crassostrea hongkongensis,而野生牡蛎属于囊牡蛎属Saccostrea,主要为僧帽牡蛎Saccostrea cucullata。目前海南三亚牡蛎种质资源多样性相对丰富,引种还未对三亚自然环境的牡蛎资源造成明显影响。     

斑节对虾3个野生群体遗传多样性的微卫星标记分析

为探究不同地理条件下斑节对虾天然群体的遗传多样性和遗传分化水平, 选用14对简单重复序列(simple sequence repeat, SSR)特异引物对广东湛江、海南三亚、海南琼海的斑节对虾天然群体共计90尾个体进行微卫星标记分析, 每对引物检测出的等位基因数为2~4不等, 平均2.7。3个群体(湛江、三亚、琼海)平均有效等位基因分别为1.9081、1.9715和2.0185, 平均多态信息含量分别为0.3864、0.3926和0.4078, 总的平均期望杂合度(0.4605 )明显高于观测杂合度(0.4046), 表明3个群体遗传多样性水平为中等, 且存在杂合度缺失的现象。种群分化指数和遗传距离分析表明, 在不同群体间已产生了遗传分化, 但是分化较小; 三亚群体和琼海群体之间的亲缘关系最近, 而与湛江群体的亲缘关系最远。分子方差分析表明, 群体间的遗传变异指数为8%, 群体内个体间的遗传变异指数为92%, 基因分化主要发生在群体内, 而不是群体之间。