浮游病毒遗传多样性的研究进展

浮游病毒是指游离在水体中的各类病毒,被认为是水体微生物群落中的重要成分.浮游病毒在微食物环、生物地球化学循环、群落结构及多样性等方面起着重要作用.浮游病毒的遗传多样性极其丰富,如何对其进行检测和分析是近几年国际上的研究热点.本文综述了浮游病毒主要类群藻病毒、噬藻体和噬菌体的遗传多样性;分析了宿主、水层、季节等对浮游病毒遗传多样性的影响;介绍了浮游病毒遗传多样性研究中常用的DNA聚合酶基因、结构蛋白基因等靶标基因及PFGE、RFLP、DGGE、DNA微阵列和宏基因组等分子生物学分析技术.     

鼠尾藻微卫星标记开发及青岛群体遗传多样性分析

分离了鼠尾藻14个微卫星标记并用这些标记分析了鼠尾藻青岛群体遗传多样性和遗传结构。开发的14个标记在青岛群体中共检测到45个等位基因,各标记位点等位基因数在2和6之间,平均3.2个,平均有效等位基因2.1个,群体香农信息指数、观测杂合度、基因多样性指数、多态信息含量分别为0.799、0.449、0.466和0.406。青岛鼠尾藻种群体遗传多态性中等偏高。青岛4个鼠尾藻采集点的56个鼠尾藻个体在聚类图上无明显聚群和谱系。开发的标记将促进鼠尾藻遗传资源评价、保护和开发利用。     

中国近海外来囊藻(Colpomenia peregrina)种群遗传多样性研究

外来囊藻(Colpomeniaperegrina)是一种在潮间带分布广泛的褐藻,它能附着在牡蛎壳上进行跨海区扩散,因而是研究生物多样性变动和生物地理格局形成的良好模型。外来囊藻在中国沿海虽有分布,但关于其种群遗传多样性和分化研究的报道尚为空白。本研究采集了中国近海13个外来囊藻种群样本。通过扩增301条线粒体cox3序列,发现了26个单倍型;通过重建单倍型网络图和基于最大似然法与贝叶斯法重建系统进化树,发现外来囊藻种内遗传多样性较高, 13个种群划分为3个遗传世系,其中浙江南麂列岛的7个种群组成遗传世系A,辽宁和山东的样本则分化为遗传世系B和C。中国近海外来囊藻的这种种群遗传结构可能源于更新世末次盛冰期黄渤海、东海边缘海的环境变化和海平面的大幅下降。遗传世系A具有的较高单倍型多样性,其原因可能是南麂列岛独特的地理位置和潮间带环境的共同作用。     

我国沿海鼠尾藻（Sargassum thunbergii）遗传资源RAPD分析

采用RAPD分子标记技术分析了我国沿海五个海区（大连、威海、青岛、温州、福州）鼠尾藻种群的遗传多样性。从60条随机引物中筛选出21条引物,对五个鼠尾藻种群共150份DNA样本进行了扩增,共检测到207个有效位点,多态位点达89．5％,Nei基因多样性指数（H）为0．2966,Shannon信息指数（I）为0．4508;...     

大黄鱼种质遗传多样性研究进展

遗传多样性能有效反映大黄鱼的遗传变异,是评判其进化和适应能力的重要标志。目前有关大黄鱼种质遗传多样性的研究已取得丰富的成果;形态学、同工酶和DNA分子等相关研究的结果显示:大黄鱼遗传多样性较低,各群体间的遗传差异较小。综述了有关大黄鱼遗传多样性的研究进展,并就大黄鱼种群的划分、种质资源的管理和恢复问题作了探讨,以期为大黄鱼遗传育种和种质保护工作提供参考。     

海洋微藻后棘藻脂肪酸遗传率的研究

以海洋微藻后棘藻（Ellipsoidion sp.)为材料，利用数量遗传学手段研究了9个品系的脂肪酸的遗传率。研究表明后棘藻脂肪酸含量变化较在，遗传率较低。棕榈酸（16:10）遗传率最高，为0.49。肉豆蔻酸（14:0）的遗传率最低，为0.15.EPA(20:5w3）遗传率较低，为0.19。这表明环境因子可以较大地影响后棘藻EPA的含量，利用生态调控可以有效地提高藻体EPA的含量。     

我国东南沿海坛紫菜遗传多样性研究

利用线粒体COX和叶绿体rbcL基因片段对我国东南沿海坛紫菜(Pyropia haitanensis Chang et Zheng)9个野生群体和2个养殖群体(共125个个体)进行遗传多样性分析。比对分析后得到408 bp的COX基因片断和488 bp的rbcL基因片断。联合分析的基因片断长度为896 bp,其中T、C、A、G的含量分别为34.9%、14.6%、34.2%和16.3%。检测到变异位点128个,其中单碱基变异位点19个,简约信息位点109个。群体的平均核苷酸多样性为0.035 9±0.028 4,单倍型多样性为0.817 0±0.024 0。125个个体共定义了31个单倍型,其中Hap1、Hap10和Hap16是核心单倍型,分别占全部样本的32.8%、12.8%和24.8%。群体遗传距离和地理距离相关性检测显示二者呈线性相关(R²=0.002 2,p=0.735 4),即遗传距离随地理距离的增大而增大,但未形成地理隔离。根据单倍型构建的ML树显示,坛紫菜群体之间没有明显的地理谱系结构,表明各个群体之间存在基因交流。     

物种多样性vs.遗传多样性

在欧洲生物多样性计划框架下,一支由15家实验室研究人员组成的国际研究团队发现,物种越多的地方基因种类不一定越多。生物多样性包含三个层级:遗传多样性、物种多样性和生态系统多样性。然而,人们在设立自然保护区时经常只考虑物种多样性和生态系统多样性,而忽视遗传多样性。这一方面是因为遗传多样性很难测量,另一方面也是由于人们普遍认为物种丰富度越高的地方遗传多样性也越高。为了证实这个假设,     

长江口及邻近海域鮸鱼的遗传多样性分析

为了解长江口及其邻近海域鮸鱼(Miichthys miiuy)的群体遗传多样性,采用线粒体COⅠ基因测序,对长江口(崇明)及邻近海域(舟山)2个鮸鱼群体的遗传变异进行了分析。结果表明,599 bp的COⅠ序列中包含22个变异位点,其中简约信息位点7个。60个个体中,共定义了20个单倍型,平均单倍型多样性指数(Hd)为0.676 8±0.069,核苷酸多样性指数(Pi)为0.002 29±0.000 37,表现为高单倍型多样性和低核苷酸多样性。分子方差分析(AMOVA)表明99.12%的遗传变异出现在种群内,仅有0.88%出现在种群间。群体间的遗传分化系数为FST=0.008 83(P0.05),2个群体间无显著遗传分化。NJ系统树显示,2个地理来源的单倍型没有明显的地理群聚和谱系结构。中性检验和碱基岐点分布(Mismatch distribution)分析结果表明鮸鱼群体可能发生过种群扩张事件。研究结果可为鮸鱼渔业资源的合理开发和利用提供必要的参考。     

海洋浮游植物病毒的研究进展

海洋浮游植物病毒在海洋生态系统中,特别是在赤潮的消亡过程中起了很重要的作用。介绍了海洋浮游植物病毒的种类、多样性和丰度分布及其在海洋生态系统中的主要作用和研究现状。重点介绍和比较了海洋浮游植物病毒多样性、丰度的DNA聚合酶链扩增法(PCR)、透射电镜法、荧光显微镜法和流式细胞仪法等研究方法及其发展状况,以期为今后的研究奠定基础。     

我国海平面上升研究进展及前瞻

从原因、趋势、影响、对策4个方面对我国海平面上升的研究进行回顾和总结,指出了研究中存在的问题,并在此基础上,探讨了我国该区域未来的研究趋向。     

近、现代黄河三角洲发育演变研究进展

系统综述了1980年以来国内有关近、现代黄河三角洲发育演变的研究进展。总结了三角洲变迁对黄河下游近口河段的反馈影响和三角洲发育模式等研究成果。重点评述了黄河三角洲的形成影响因素和冲淤演变过程,肯定了数值计算方法和遥感与GIS技术已经成为定量计算与半定量分析黄河三角洲冲淤演变的重要研究手段。并指出今后研究的主要问题,包括突发性事件在潮滩冲淤变化中的作用、人类活动影响程度的定量表达、岸滩处于不冲不淤时的最佳剖面形态、现有冲淤数值模型的完善和GIS与数值模型系统的集成研究等。     

海洋微生物多样性研究进展

海洋微生物多样性是生物多样性的重要组成部分。由于基础研究薄弱,目前对海洋微生物多样性的了解远远落后于陆地微生物,尤其是其研究方法亟待完善和提高。近年来,随着分子生物学技术的迅速发展和计算机的广泛应用,海洋微生物多样性的研究取得了一系列的研究成果。概述了海洋微生物多样性的概念和研究方法及其资源开发利用的研究进展。     

胶州湾浮游植物分子遗传多样性初步研究

用聚合酶链式反应扩增海洋浮游植物总体的核酮糖 1 ,5 -二磷酸羧化 /氧化酶大亚基基因(rbc L)片段 ,建立该基因变异类型文库 ,并随机测定了 38个 rbc L大亚基基因片段序列 ,初步分析了海洋浮游植物分子遗传多样性。将≥ 97%的氨基酸序列相似性定义为种内变异 ,38个片段分别代表1 3个不同的物种 ,或称为不同的操作分类单元。与数据库序列比较发现 ,PPJZ0 1 ,PPJZ1 1和 PPJZ2 0可能是已报道的 rbc L基因序列代表的物种 ,其它克隆在数据库中没有对应的近缘物种序列存在。系统学分析表明分离的克隆分别属于隐藻门、硅藻门、绿藻门和 streptophyta等的浮游植物 ,极少数克隆来源于异鞭毛藻类、定鞭藻纲和原细菌。根据各操作分类单元克隆数计算得胶州湾浮游植物分子遗传多样性指数为 1 .97。研究结果为利用分子生物学方法剖分海洋浮游植物群落结构、研究海洋浮游植物动力学积累了基础数据     

孢囊及其与赤潮爆发关系的研究进展

某些藻类(特别是甲藻),在不适宜生长的恶劣环境条件下能形成休眠孢囊。孢囊下沉到海底,以渡过不良的生存条件。一旦环境条件适宜,孢囊就大量萌发形成浮游细胞和优势群体,从而诱导赤潮的形成。简述了当前国际上对孢囊研究的最新进展,从孢囊和营养细胞相互转化的角度探索了孢囊与赤潮形成的关系,以及分子生物学技术在赤潮生物及其孢囊的定性、定量及赤潮发生监测中的应用。     

紫彩血蛤的生物扰动对沉积物颗粒垂直分布的影响

以玻璃珠作为示踪颗粒,研究底栖双壳类软体动物紫彩血蛤对沉积物的扰动。室内实验的结果表明,在整个实验周期１０ｄ内,沉积物表层的示踪颗粒有４７％向下迁移,最大迁移深度１２ｃｍ,垂直迁移率为１．８０×１０－５·ｇ－１·ｃｍ－２·ｄ－１。沉积物１０ｃｍ深处的示踪颗粒分别有４５％和１５％向上和向下迁移,向上及向下迁移率分别为１．８９×１０－５·ｇ－１·ｃｍ－２·ｄ－１和０．６３×１０－５·ｇ－１·ｃｍ－２·ｄ－１     

虫黄藻的分类和遗传多样性研究进展

综述了虫黄藻的分类研究,其中与造礁石珊瑚共生的虫黄藻主要是共生藻属(Symbiodinium)的种类,重点概述了共生藻的分类和遗传多样性研究进展,特别综述了分子生物学技术在造礁石珊瑚共生藻的分类和遗传多样性方面的研究近况,并对未来共生藻的分类和遗传多样性研究作了展望.目前多采用分子生物学手段进行共生藻的分类和遗传多样性研究,PCR-RFLP是解决共生藻系群水平分类的有效分子标记,而DNA序列分析是目前进行共生藻分子进化和系统发育研究最有效的方法.目前应用于共生藻分子系统发生研究的DNA信息主要为核糖体RNA.对共生藻进行分类和遗传多样性研究,将有助于理解造礁石珊瑚共生藻共生系统对外界环境变化的生态响应机制.     

^234Th作为海洋学中示踪剂的研究进展

^234Th是海洋中日、周、月时间尺度上和颗粒物运动有关的过程的良好示踪剂,常用于海洋碳循环最为重要的区域——真光层中颗粒物的循环,以及和生物中介有关的及一些相对较快发生的海洋过程的研究。^234Th对我们研究由CO2循环导致的全球变暖问题,了解各种元素和化合物在海洋中的分布行为和最终归宿,促进全球质量平衡归宿模型的构建,研究某海域的生物泵与初级和新生产力,促进我们对海洋的进一步了解并引导它健康可持续地为人类所利用等方面有着重要的意义。简要论述了。^234Th作为海洋学中示踪剂的原理和发展过程,比较了目前所使用的各种采样和测量方法,详细介绍了它在垂直通量、颗粒物循环、水平传输和沉积物动力学等方面的应用,并针对目前存在的问题和不足简要归纳了未来研究的方向。到目前为止,^234Th仍然是最快的自然颗粒物活性计时器,而样品处理、分辨率和处理量等方面的进步则推动了。^234Th在海洋学研究中更广泛的应用。开阔大洋中很多^234Th工作都是在JGOFS计划的支持下进行的,因此,^234Th应用的潜在前景可针对JGOFS计划未完成的问题而进行深入研究。