基于线粒体DNA部分片段探讨石鲽与星突江鲽的亲缘关系

比较分析了石鲽和星突江鲽线粒体基因组COI、Cytb基因以及D-loop片段总长度为1175 bp的核苷酸序列,探讨了石鲽与星突江鲽的亲缘关系。2种间共检测到95处核苷酸替代,蛋白质编码基因上的核苷酸替代主要是第三密码子位点上的同义替换。核苷酸组成分析结果表明:3个目的片段的鸟嘌呤(G)含量普遍较低,在2个蛋白质编码基因第三密码子位点上表现得尤为明显。线粒体COI、Cytb基因和D-loop片段序列分析显示石鲽与星突江鲽间平均遗传距离分别为0.043、0.062和0.153,属于属内种间差异水平。2种鲽鱼在线粒体基因组不同片段上存在明显的遗传分化,核苷酸替代速率由大到小依次为D-loopCytbCOI。贝叶斯法、邻近距离法和最大简约法构建的系统发育树一致,皆显示石鲽与星突江鲽遗传关系很近。基于Cytb基因片段序列的分析结果表明:石鲽与星突江鲽的分歧时间约为185万年,分化事件发生于更新世中期(Middle Pleistocene)。     

中国近海条石鲷(Oplegnathus fasciatus)群体遗传多样性线粒体DNA序列分析

采用线粒体(mtDNA)DNACOI和Cytb基因片段序列分析方法,进行了中国近海条石鲷(Oplegnathus fasciatus)舟山和胶南群体遗传多样性及其遗传结构现状研究。结果表明,基于mtDNACOI分子标记揭示条石鲷舟山群体遗传多样性水平(h=0.814±0.060,π=0.009±0.005,k=5.653±2.789)显著高于胶南群体(h=0.742±0.116,π=0.003±0.002,k=1.970±1.196);MST分析、NJ系统分析和核苷酸不配对分布分析结果皆显示两群体内存在三个显著分化的单倍型类群,支系间的遗传距离为0.018—0.025;遗传分化指数结果(Fst=0.331,P=0.000)和确切P检验结果显示(P=0.000)两群体间存在显著遗传分化。基于mtDNACytb分子标记显示条石鲷群体遗传多样性总体上呈现较低水平(h=0.874±0.023,π=0.006±0.003,k=2.761±1.492),舟山群体核苷酸多样度水平显著高于胶南群体;NJ系统发育和群体遗传分化研究结果显示,条石鲷群体间未检测到显著的遗传分化。     

斑石鲷消化系统形态学与组织学观察

为探明斑石鲷(Oplegnathus punctatus)消化系统的形态特征和组织学结构,助力斑石鲷的人工繁育及养殖技术研发,作者采用形态解剖学和组织学切片技术对斑石鲷消化系统进行了实验研究。研究发现斑石鲷的消化道共由6部分组成,从头至尾依次是口咽腔、食道、胃、幽门盲囊、小肠、直肠。斑石鲷的口咽腔内部空间大,颌齿内部彼此连接、外部愈合,呈现典型的鹦鹉喙状,咽齿呈扁平的圆盾状,于上下颌齿内侧上下对称分布,这样复合结构(喙状颌齿与圆盾状咽齿)使得斑石鲷能够轻易地碾碎甲壳动物的外壳,进而完成摄食。斑石鲷的食道短粗,黏膜层密布具纵褶,内部含有丰富的杯状细胞,能够协助斑石鲷吞咽食物。胃部呈典型的不对称V型,黏膜层下分布着密集的胃腺,幽门部拥有整个消化道最厚实的肌肉层,摄取的食物将在这里完成消化和分解。斑石鲷的小肠分为前肠、中肠、后肠3部分,管径大小逐次递减,黏膜层上肠绒毛的密度和长度也遵同样的规律,从结构可以推断出斑石鲷肠道吸收功能主要集中于前中肠。直肠管径与小肠前肠段接近,长度很短仅为小肠的1/7,相比小肠部分,肠绒毛更加稀疏,绒毛长度也更短,主要承担消化残留物的压缩排泄和水分与微量元素的重吸收,相对简单结构对应着相对简单的功能。     

条石鲷(Oplegnathus fasciatus)养殖群体与野生群体线粒体控制区序列遗传变异研究

采用线粒体(mtDNA)控制区序列分析方法,进行了条石鲷养殖群体(F1代和F2代)与野生群体的遗传变异比较研究.结果表明:在长度为484bp的mtDNA控制区片段中,条石鲷养殖群体F1代单倍型多样度水平(h=0.955±0.047)略低于野生群体(h=1.000±0.034),却显著高于养殖F2代群体(h=0.797±0.070);条石鲷野生群体(π=0.021±0.012)、养殖群体F1代(π=0.018士0.010)和养殖群体F2代(π=0.014±0.008)的核苷酸多样度水平呈现明显的递减趋势;核苷酸不配对分布和两两序列相比较碱基差异结果显示条石鲷野生群体、养殖群体F1代和养殖群体F2代也呈现明显的递减趋势.分子方差分析(AMOVA)、两两群体相比较的ΦsT和确切P检验结果皆显示条石鲷养殖群体F1代和F2代与野生群体存在显著的遗传分化.单倍型最小跨度分析和NJ系统分析结果均未检测到显著的谱系结构.     

基于线粒体控制区的中国东南沿海黄鳍棘鲷群体遗传多样性和遗传分化

本研究通过对线粒体控制区序列进行分析的技术手段,对中国宁德（ND）、厦门（XM）、漳浦（ZP）、南澳岛（NAD）、湛江（ZJ）、海口（HK）与北海（BH）的7个野生黄鳍棘鲷（Acanthopagrus latus）群体的遗传多样性和遗传分化进行比较分析。结果表明：中国东南沿海的野生黄鳍棘鲷群体呈现出中等以上的遗传多样性特征,48个黄鳍棘鲷样品的控制区序列长度为580 bp,单倍型数目为44个,总体的单倍型多样性指数（Hd）和核苷酸多样性指数（Pi）分别为0.996和0.017 30。7个野生黄鳍棘鲷群体间的遗传分化程度较低,各群体间的遗传距离为0.010 28~0.029 87。群体间的遗传分化系数（FST）为-0.068 41~0.545 86,北海群体和其他群体间存在一定程度的遗传分化。AMOVA分析显示群体内的遗传变异占比为83.34%,大部分遗传变异发生在组群内;但北海群体与其他6个群体分为两个组群后,组群间的遗传变异占比为42.66%,两个组群间存在较大程度的遗传变异。基于Kimrua距离法构建的系统进化树中显示北海群体聚为一个分支,另外6个群体聚为一支。基于TCS network构建的单倍型网络图中44个单倍型混杂在一起,未按照水系格局和地理距离进行分布,表明黄鳍棘鲷群体间未形成多个单系群。本研究可为中国东南沿海野生黄鳍棘鲷群体的种质资源利用和保护提供科学依据。     

4种笛鲷的线粒体DNA多样性分析

取红鳍笛鲷(Lutjanus erythopterusBloch)、紫红笛鲷(Lutjanus argentimaculatusFor-skal)、勒氏笛鲷(Lutjanus russelliBleeker)和约氏笛鲷(Lutjanus johniBloch)肝脏组织,分离纯化其线粒体DNA,用限制性内切酶酶切进行了限制性片段长度多态性分析。在红鳍笛鲷共发现4种单倍型,单倍型间的平均遗传距离为0.010 1,其mtDNA多态度为0.002 9。在紫红笛鲷共发现6种单倍型,单倍型间的平均遗传距离为0.015 1,其mtDNA多态度为0.005 5。在勒氏笛鲷共发现3种单倍型,单倍型间的平均遗传距离为0.008 6,其mtDNA多态度为0.001 2。在约氏笛鲷共发现5种单倍型,单倍型间的平均遗传距离为0.008 3,其mtDNA多态度为0.002 0。     

舟山近海条石鲷野生群体与人工放流群体遗传多样性的AFLP 分析

利用AFLP技术对舟山近海条石鲷(Oplegnathus fasciatus)野生和放流群体的遗传多样性进行比较分析,旨在为条石鲷的人工增殖及其种质资源的保护和利用提供遗传学的基础资料.采用8对引物组合在2个群体中共扩增得到位点316个,多态性位点为162个,多态性比例为51.67％.野生群体和放流群体的多态性位点比例(P),Nei's基因多样性指数(H)和Shannon's多样性指数(I)分别为46.75％和44.67％,0.097和0.089,0.16和0.15.野生群体的遗传多样性水平略高于放流群体,但差异并不显著(P＞0.05).两群体间的遗传相似系数(S)和遗传距离(D)分别为0.99和0.0073;基因分化系数(Gst)为0.036,群体间无显著遗传分化(P＞0.05).分子方差(AMOVA)分析表明96.82％的遗传变异来源于群体内的个体间,群体间无显著的遗传差异(P＞0.05).以上研究结果表明条石鲷的放流群体与野生群体间无明显的遗传分化,放流群体的遗传多样性水平尚处于一个合理状态.但为了避免放流群体对野生群体产生负面的遗传效应,应当增加放流群体繁育亲本的数量,并对放流群体的遗传变异水平进行持续监测.     

斑石鲷早期发育的异速生长模式

为研究斑石鲷(Oplegnathus punctatus)早期发育阶段的生长规律及重要器官的异速生长模式,作者运用实验生态学方法,测定了斑石鲷仔稚幼鱼(0~70日龄)全长和体质量随日龄的变化规律。结果显示,全长、体质量与日龄的关系均符合Cubic函数,随日龄的生长曲线表现为S型。斑石鲷全长和体质量的生长可分为3个阶段,不同阶段的生长率存在显著差异(P0.05)。斑石鲷的头长、眼径、吻长、口裂、体高、尾鳍长等重要外部形态学指标均存在异速生长规律,其生长拐点依次为35日龄(全长20.32 mm)、22日龄(全长13.17 mm)、29日龄(全长16.63 mm)、30日龄(全长15.50 mm)、32日龄(全长19.79 mm)、32日龄(全长19.79 mm)。相对于全长,头长、吻长、口裂在拐点前后由正异速生长变为等速生长;眼径、尾鳍由正异速生长转为负异速生长;而体高在0~70日龄为正异速生长,但拐点之后已明显变缓。研究表明斑石鲷通过异速生长,确保与其基本生存能力相关的功能器官优先发育,以适应复杂多变的生存环境,并相应地提高了仔稚鱼的存活率,对鱼苗培育具有重要的指导意义。     

斑石鲷(Oplegnathus punctatus)游泳性能研究

流速作为深远海养殖海区选址的重要依据,也是影响鱼类游泳能力的重要因素之一,为评价深远海养殖良种斑石鲷(Oplegnathus punctatus)的游泳能力,明确最适放养规格,分别以体重50、150、250、350g的斑石鲷为研究对象,利用鱼类游泳能力及运动消耗检测装置,在24℃条件下,解析了不同规格的斑石鲷在四种流速下的续航时间、暴发游泳速度(U_burst)、临界游泳速度(U_crit)和运动耗氧率(MO₂),并计算出其单位位移耗能(COT)和最适游泳速度(U_opt)。结果表明,鱼体规格和流速均会对实验鱼续航时间产生影响显著(P<0.001,F=25.401,df=1),50g斑石鲷在60cm/s流速下续航时间显著小于其他三种规格(P<0.05),在大于60cm/s流速下,四种规格斑石鲷续航时间均小于30min;250g和350g斑石鲷暴发游泳速度显著高于50g与150g(P<0.05);斑石鲷临界游泳速度与体重成正相关(R=0.96),不同规格下临界游泳速度存在显著差异(P<0.05);各规格实验鱼间最适游泳速度无显著差别(P>0.05)。以上结果表明,不同规格斑石鲷游泳能力存在显著差异,其中250g和350g斑石鲷耐流能力显著优于50g和150g。综上所述,斑石鲷在深远海海域进行陆海接力养殖时,建议放养250g以上规格,且养殖海域流速不超过60cm/s。     

条石鲷(Oplegnathus fasciatus)雌核发育的人工诱导与鉴定

条石鲷(Oplegnathus fasciatus)是我国重要的经济鱼类,具有复性染色体性别决定型(X₁X₁X₂X₂/X₁X₂Y)。利用紫外线(UV)灭活的同源精子通过冷休克方法诱导了条石鲷的雌核发育,筛选精子紫外灭活剂量并优化冷休克相关参数。结果表明:条石鲷精子最适的灭活剂量为80 mJ/cm2雌核发育的最适条件为授精后2 min在3～4°C水温下处理10 min。条石鲷雌核发育子代经形态学和流式细胞仪鉴定为二倍体,进一步利用微卫星分析表明雌核发育后代的等位基因完全来自于母本没有父本基因参与。对子代的性比和生长进行了比较,结果表明条石鲷雌核发育后代均为雌性,15月龄后雌核发育后代比普通条石鲷具有更快的生长速度。研究结果为条石鲷单性苗种的培育及其性别决定机制的深入研究提供基础。     

中肋骨条藻与微小亚历山大藻间的他感作用研究

在f/2全营养培养条件下,采用共培养以及滤液交叉培养的方法研究了中肋骨条藻(Skeletonema costatum)和微小亚历山大藻(Alexandrium minutum)之间的竞争作用,结果表明: 微小亚历山大藻指数生长后期的无藻细胞滤液对中肋骨条藻的生长没有抑制作用,但中肋骨条藻滤液明显抑制了微小亚历山大藻的生长,且抑制作用随着中肋骨条藻滤液比例的增大而增大,他感作用是影响这两种微藻间竞争的重要方式之一;通过向培养基中添加自他感物质标准品15S-hydroxy-5Z,8Z,11Z,13E,17Z-eicosapentaenoic acid (15(S)-HEPE)考察其对中肋骨条藻自身以及微小亚历山大藻生长的影响,发现15(S)-HEPE在中肋骨条藻滤液中并不是能够抑制微小亚历山大藻生长的他感物质,今后应进一步深入分析中肋骨条藻释放的抑制微小亚历山大藻生长的他感物质。     

波纹唇鱼mtDNA D-loop 序列变异分析

为研究波纹唇鱼(Cheilinus undulatus)线粒体D-loop 序列遗传多样性, 作者采用聚合酶链式反应和克隆技术对海波纹唇鱼群体(n=25)的mtDNA D-loop 序列进行克隆和测序, 获得长度大约为1 400 bp的产物。用ClustalX 软件进行排序比较, 将结果导入MEGA5.0, 结果显示出在这25 尾个体中, 共检测出66 个变异位点, 包括0 个碱基缺失, 4 个碱基插入, 59 转换位点, 2 颠换位点及1 个转换和颠换同时存在的位点。并用MEGA5.0 软件构建该群25 尾个体的NJ 和UPGMA 系统树。由DNASP 软件计算出该波纹唇鱼群体的多态位点数(S)为62, 核苷酸多样性(P_i)为0.00606, 平均核苷酸差异数为6.907。结果表明波纹唇鱼群体的mtDNA-loop 基因个体差异程度不明显。     

赤点石斑鱼HSP60基因克隆及弧菌应激前后的组织表达特性分析

HSP60(heat shock protein 60,热休克蛋白60)作为高度保守的热休克蛋白家族的一员,不仅可以在应激状态下帮助其他蛋白正确折叠并恢复天然构象,还可作为危险信号作用于天然免疫系统.基于HSP60的EST序列设计特异引物,采用RACE技术成功克隆获得赤点石斑鱼HSP60 cDNA全序列及基因组全序列....     

厚蟹线粒体16S rRNA基因序列分析及系统发育研究

对我国沿海天津厚蟹6个群体、侧足厚蟹4个群体、伍氏仿厚蟹2个群体和日本仿厚蟹1个群体的线粒体16S rRNA基因片段进行了序列测定;结合从GenBank下载的其他厚蟹序列,分析了厚蟹分子系统发育关系.除天津厚蟹丹东群体的2个个体16S rRNA基因片段长度为526 bp外,其他天津厚蟹和侧足厚蟹均为525 bp;除日照...     

漳州西施舌线粒体基因组全序列:腔蛤蜊属存在新种的证据

利用长PCR扩增漳州西施舌线粒体DNA(ZZ-mtDNA),用引物步移法测序,获得线粒体基因组DNA全序列,研究其基因组特点。结合双壳类49个物种线粒体全基因组,分析基因间核苷酸和蛋白质氨基酸序列的差异,构建系统进化树,探讨漳州西施舌系统演化地位。研究结果表明:漳州西施舌线粒体基因组DNA全长17 199 bp,A+T含量为64.2%,编码36个基因,其中12个蛋白质编码基因,22个转运RNA基因(tRNAs),2个核糖体RNA基因(lrRNA 和srRNA),全部基因均位于重链上,tRNASer为单拷贝,tRNAMet为双拷贝;非编码区占10.9%(1 882 bp/17 199 bp),其中,主非编码区为882 bp,与RZ-mtDNA主非编码区差异明显,另有一个较大(400 bp)的非编码区为漳州西施舌特异性非编码区;以双壳纲帘蛤目文蛤属3种贝类、贻贝目贻贝属4种贝类、珍珠贝目牡蛎科的6种贝类为参照,对编码基因的核苷酸序列和蛋白质氨基酸序列进行差异分析显示,漳州西施舌与日照西施舌达到了种间差异水平。线粒体基因组编码的基因、tRNA组成、非编码区均揭示漳州西施舌是腔蛤蜊属的一个新种。     

应用新一代测序技术测定大室别藻苔虫线粒体基因组全序列

线粒体基因组的获得传统上通常是采取长PCR结合鸟枪法或步移法测序。近年来新一代测序技术蓬勃发展,以454,Solexa和SOLiD测序平台为代表。应用新一代高通量测序技术(Solexa)并结合巢式PCR扩增,完成了大室别藻苔虫(Membranipora grandicella)的线粒体基因组全序列。大室别藻苔虫线粒体基因组是目前国际上获得的第一条苔藓动物软壁亚目线粒体基因组全序列,基因组全长为15861 bp,比已完成的4种苔藓动物线粒体基因组略大。大室别藻苔虫线粒体基因组包含13个蛋白质编码基因、2个核糖体RNA基因和20个转运RNA基因。通过与已测得的苔藓动物进行比较,发现目前已完成的5个苔藓动物线粒体基因组的基因排列顺序显著不同。苔藓动物线粒体基因组基因排列的比较,今后可能会成为探讨该类群系统演化关系的重要信息来源。     

日本鼓虾与鲜明鼓虾线粒体基因组全序列的分析比较

首先通过基因组DNA的提取、通用引物PCR扩增和长PCR扩增,从而获得日本鼓虾(Alpheus japonicus)的线粒体DNA;应用鸟枪法和引物步移法测序,获得了日本鼓虾的线粒体基因组全序列。结合GenBank线粒体基因组数据库中鲜明鼓虾(A.distinguendus)的线粒体基因组,比较分析了鼓虾线粒体基因组的基本特征、基因排列、蛋白质编码基因、选择压力和差异位点等。研究结果表明,在日本鼓虾线粒体基因组中共存在9对基因的重叠。日本鼓虾线粒体基因组全长16 487 bp,较鲜明鼓虾线粒体基因组(15 700 bp)长,主要是由于最大非编码区的长度存在差异。日本鼓虾与鲜明鼓虾线粒体基因组均编码37个基因,且37个基因的基因排列完全一致;与泛甲壳动物线粒体基因组的原始排列相比,仅出现1个转运RNA基因(trnE)的易位和倒位。2个鼓虾线粒体基因组蛋白质编码基因的起始密码子和终止密码子存在差异。除了cob基因外,其余12个蛋白质编码基因所编码氨基酸的数目均完全相同。鼓虾线粒体基因组13个线粒体蛋白质编码基因的Ka/Ks比值都远远低于1,显示出较强的负选择。在15个主编码基因中,nad5基因的变异位点数最多,其次是nad4基因和lrRNA基因。因此,nad5,nad4和lrRNA基因可以作为备选的分子标记,用于分析鼓虾不同物种和群体之间的生物多样性。