锦鲤疱疹病毒实时荧光定量PCR检测方法的建立及应用

研究建立并完善了Taqman实时荧光定量PCR检测锦鲤疱疹病毒（KHV）的方法。首先通过选取KHV病毒TK基因的保守序列（GenBank AB182940）,利用PRIMER EXPRESS 2.0设计引物和探针。其中Taqman探针的5’端标记FAM,3’端标记TAMRA。然后利用梯度稀释的阳性样品克隆质粒进行定量PCR反应,制作标准曲线,得到病毒拷贝数与Ct值的关系为：Ct=-3.45 lgX＋42.73（相关系数R2=0.989）。通过试验检测得到实时荧光定量PCR对KHV的灵敏度为32个病毒核酸拷贝数,同时,设计的引物和探针对于鱼类细胞系和其它鱼类病毒没有扩增反应,表现出较好的特异性。实验结果表明,实时荧光定量PCR检测KHV的方法,具有特异性好、灵敏度高的特点,可以缩短检测时间,提高检测速度,非常适合口岸进出口检验检疫的要求。     

夜光藻配子细胞实时荧光定量PCR检测方法的建立与应用

夜光藻是我国广泛分布的赤潮原因种之一,其有性繁殖在种群增长中的作用尚不明确,定量分析配子细胞是研究夜光藻有性繁殖过程的重要手段。利用实时荧光定量PCR技术,以夜光藻rRNA基因的18S-ITS1为靶区域,建立了定量检测夜光藻配子细胞的方法。以配子细胞基因组DNA和含目的片段的重组质粒分别建立标准工作曲线,二者均呈现良好的线性响应,检出限分别为每反应0.17个细胞和10²个拷贝,满足定量检测应用需求。应用该方法对2015年逐月采集的胶州湾环境样品进行检测,并首次对夜光藻配子细胞的季节变化、水平分布与垂直分布进行了研究。结果表明,调查海域夜光藻配子丰度呈冬末春初、夏季双峰分布,范围为18.12~9.70×10⁵ cells/L;在水深小于10m的湾内近岸站位,配子丰度较低,垂直分布均匀;在湾中心、湾口和湾外的深水站位,配子丰度较高,仅在2~3月、7月和11月出现垂向差异。夜光藻配子细胞对种群增长和存续有潜在的积极意义,其丰度在营养细胞丰度高值期相对较高,在营养细胞丰度极低时仍可普遍检出。丰富了对近岸海域夜光藻配子细胞时空分布的认识,为深入研究夜光藻的种群增长模式、进一步探究其赤潮暴发的内在机理奠定了基础。     

应用FG细胞检测淋巴囊肿病毒中和抗体方法的建立

将提纯的淋巴囊肿病毒(LCDV)接种于牙鲆鳃细胞系(FG),可以观察到明显的细胞病变,半数细胞培养物感染量(TCID50)为22.88/40 μL.微量细胞病变中和实验显示患淋巴囊肿病的牙鲆血清以及通过免疫获得的兔抗LCDV血清对LCDV感染都具有明显的中和作用,具有中和效果的血清最高稀释度分别为1:64和1:160.本文建立的FG细胞检测LCDV中和抗体方法可以作为筛选LCDV中和抗体的有效途径,且重复性和稳定性较好.     

应用单克隆抗体检测牙鲆血清中抗淋巴囊肿病毒

应用杂交瘤单克隆抗体技术制备10株分泌抗牙鲆免疫球蛋白单克隆抗体的杂交瘤细胞。利用单抗2H4，通过间接酶联免疫法（ELISA）对牙鲆血清中抗淋巴囊肿病毒（LCDV）特异性抗体进行了检测。结果表明：无外观症状的牙鲆血清中特异性抗体水平很低（平均OD值为0．092），个别鱼体偏高，证明已感染LCDV，处于潜伏期；患淋巴囊肿病且症状显现的牙鲆血清中特异性抗体水平升高（平均OD值为0．165），患淋巴囊肿病后处于恢复期的牙鲆抗体水平最高（平均OD值为0．231）；健康牙鲆接种LCDV灭活疫苗后，特异性抗体水平显著升高。．     

冬季和春季长江口及其近海水域浮游病毒丰度的分析

采用荧光显微技术,对2006年长江口及近海水域20个站点的表层及10m层或潜水体冬、春两季的浮游病毒丰度进行了检测,对浮游病毒丰度在季节（冬、春两季）、水平分布和垂直分布上的变化进行了探讨.调查区浮游病毒丰度在冬、春季节上并无明显差异,但在水平分布上存在很大差异,河口区浮游病毒直接检测量（Virus Direct Count, VDC）达到10^7个/ml,近海水域VDC为10^6个/ml,河口区的浮游病毒丰度都明显高于近海水域病毒丰度 （P＜0.01）.在垂直分布上,冬、春两季长江口水域水深小于10m的站位,表层浮游病毒丰度与底层病毒丰度无明显差别,水深大于10m的站位,表层水样的浮游病毒丰度都高于10m水层病毒丰度,说明长江口浮游病毒的垂直分布与站位总水深有关.还通过比较各站点VDC与叶绿素a含量的数据,分析了二者之间的相关性：冬季浮游病毒丰度与叶绿素a含量成正相关性;春季浮游病毒丰度与叶绿素a含量成负相关性,但病毒丰度受叶绿素a含量的影响仅为10%-11%.     

利用牙鲆鳃细胞系分离和培养淋巴囊肿病毒

本文利用牙鲆鳃细胞系进行了养殖牙鲆淋巴囊肿病毒的分离及培养 ,并通过电镜对培养细胞中淋巴囊肿病毒的形态及感染循环进行了初步研究。将病鱼的淋巴囊肿组织无菌滤液接种牙鲆细胞系 ,细胞出现了明显的细胞病变 ( Cytopathic effect,CPE)。电镜观察在培养细胞的胞质中有病毒的包涵体 ,胞质中散在 6角形、5角形或圆形的病毒粒子 ,大小为 10 0～ 140 nm之间。在感染细胞的线粒体中也存在大量的病毒颗粒。     

应用单克隆抗体检测牙鲆血清中抗淋巴囊肿病毒的特异性抗体

应用杂交瘤单克隆抗体技术制备10株分泌抗牙鲆免疫球蛋白单克隆抗体的杂交瘤细胞。利用单抗2H4,通过间接酶联免疫法(ELISA)对牙鲆血清中抗淋巴囊肿病毒(LCDV)特异性抗体进行了检测。结果表明:无外观症状的牙鲆血清中特异性抗体水平很低(平均OD值为0.092),个别鱼体偏高,证明已感染LCDV,处于潜伏期;患淋巴囊肿病且症状显现的牙鲆血清中特异性抗体水平升高(平均OD值为0.165),患淋巴囊肿病后处于恢复期的牙鲆抗体水平最高(平均OD值为0.231);健康牙鲆接种LCDV灭活疫苗后,特异性抗体水平显著升高。     

牙鲆淋巴囊肿病毒靶器官上病毒结合蛋白的鉴定

利用抗牙鲆淋巴囊肿病毒单克隆抗体的间接免疫荧光检测技术,在患淋巴囊肿病牙鲆的表皮、鳃、胃、肠及肾中发现淋巴囊肿病毒的感染,以此确定为病毒感染的主要靶器官。用NP-40细胞裂解液分别抽提靶器官的总蛋白,利用病毒铺覆蛋白印迹技术(VOPBA)对靶器官上淋巴囊肿病毒结合蛋白进行鉴定,结果显示在胃、肠及肾的组织蛋白中均有1个分子量为27.8 kDa的蛋白与淋巴囊肿病毒特异结合,在鳃和表皮的组织蛋白中分别存在分子量为37.6 kDa和56.0 kDa的蛋白与淋巴囊肿病毒特异结合。推测在淋巴囊肿病毒靶器官上的这3种病毒结合蛋白有可能是病毒的受体蛋白。     

鱼类淋巴囊肿病毒靶器官的组织病理研究

探讨病毒传播途径,运用组织病理学技术,对患淋巴囊肿病毒病的牙鲆和鲈鱼的组织进行显微观察,并对病毒感染的靶器官进行了研究。结果表明,在牙鲆体表皮下结缔组织中,当大量成纤维细胞膨大、变圆,大小为10~18μm时,细胞膜外未出现囊壁,少数细胞的细胞质中观察到嗜碱性物质;18~20μm的膨大细胞在细胞膜外出现囊壁,细胞质内出现嗜碱性物质;>20μm的细胞具有了淋巴囊肿细胞的典型特征。另外,在牙鲆鳃、肠上皮下结缔组织和粘膜下层中,脾、头肾边缘组织和表面系膜、肝表面系膜,以及鲈鱼的鳃等部位均观察到淋巴囊肿细胞,并在牙鲆和鲈鱼脾内观察到膨大细胞。因此,淋巴囊肿病毒的靶器官主要是鱼体表皮下结缔组织,其次是鳃、体腔膜、肠、脾和头肾。鱼体表皮下结缔组织是淋巴囊肿病毒病的检测、检疫和早期诊断的最佳样品。     

实时定量RT-PCR方法检测太平洋牡蛎中的诺沃克样病毒

建立了Taqman 实时定量RT-PCR方法检测诺沃克样病毒(Norwalk-like Virus,NLV)的方法,并对中国的牡蛎样品进行了分析.选取GⅡ型NLV的RNA聚合酶区域,利用Primer Express 2.0软件设计引物和探针,建立了定量RT-PCR反应体系.将含有NLV扩增片段的质粒10倍梯度稀释,作为标准品进行反应以确定检测灵敏度并制备标准曲线.结果表明,质粒密度在6×106,6×105,6×104,6×103,6×102,6×101,6个拷贝之间,共7个数量级的范围内,定量RT-PCR反应都有"S"型扩增曲线,检测灵敏度为6个拷贝.制备的标准曲线中,病毒拷贝数(X)与Ct值的关系为Ct = -3.36lg X 37.11,相关系数R2=0.998.对中国37批太平洋牡蛎(Crassostrea gigas Thunberg)样品进行了定量检测,有6批样品为阳性,并根据标准曲线测定了NLV的含量.     

凡纳滨对虾卵黄蛋白原和血蓝蛋白mRNA在卵巢不同发育时期的半定量和实时荧光定量PCR分析

卵黄蛋白原和血蓝蛋白是凡纳滨对虾(Litopenaeusvannamei)卵巢和/或肝胰腺合成的重要蛋白。利用半定量和荧光定量PCR技术分别检测了亲虾卵巢不同发育期卵黄蛋白原和血蓝蛋白mRNA在卵巢和肝胰腺的相对表达量。结果显示,卵黄蛋白原mRNA在卵巢和肝胰腺中均有表达,其相对表达量随着卵巢发育持续增加,在第五期达到最高,在恢复期迅速下降。根据卵巢和肝胰腺质量的综合计算,凡纳滨对虾的卵黄蛋白中,卵巢的贡献率占主导地位,约占80%,而肝胰腺仅为卵巢的四分之一。血蓝蛋白mRNA主要在肝胰腺中表达,随着卵巢的发育,表达量呈增加趋势,至第三期达到高峰,其后稍有下降,但仍然维持在较高水平,在第六期恢复到初始水平。血蓝蛋白是否直接或间接参与了卵黄发生和卵巢发育有待进一步探讨研究。     

应用实时定量PCR技术检测秦皇岛近岸海域褐潮原因种——抑食金球藻(Aureococcus anophagefferens)

Aureococcus anophagefferens, a small pelagophyte algae, has caused brown tide blooms in coastal waters of Qinhuangdao in recent years, presenting significant negative impacts on the shellfish mariculture industry. Under standard light microscopy, it is visually indistinguishable from other small algae in field samples due to its extremely small size. In this study, quantitative polymerase chain reaction(q PCR) based on 18 S r DNA sequences was developed and used to detect and enumerate A. anophagefferens. A linear regression(R2 = 0.91) was generated based on cycle thresholds value(Ct) versus known concentrations of A. anophagefferens. Twenty-two field samples collected in coastal waters of Qinhuangdao were subjected to DNA extraction and then analyzed using q PCR. Results showed that A. anophagefferens had a wide distribution in coastal waters along Qinhuangdao. Elevated A. anophagefferens abundance, category 3 brown tide blooms(200 000 cells/m L) occurred at Dongshan Beach and Tiger-stone Beach in August in 2013. In shellfish mariculture areas along coastal waters of Qinhuangdao, 4 stations had category 3 blooms, and 6 stations had category 2 blooms(35 000–200 000 cells/m L) in August and all stations had category 1 blooms(0 to ≤35 000 cells/m L) in October. Quantitative PCR allows for detection of A. anophagefferens cells at low levels in filed samples, which is essential to effective management and prediction of brown tide blooms.     

应用实时荧光定量PCR技术研究九龙江口水域米氏凯伦藻的分布

为快速精确监测九龙江口小型有毒赤潮藻的分布,本工作应用实时荧光定量PCR技术检测了2009年春(5月)、夏(8月)、秋(11月)3个季节九龙江口18个站位水样中米氏凯伦藻(Kareniamikimotoi)的密度.这3个季节分别对应九龙江口水域的丰水期、平水期、枯水期.结果表明,在九龙江口水中米氏凯伦藻的检出范围为未检出至2.3×104cells/dm3;其空间分布差异比较大,主要分布在厦门西港海域,其次是在高潮时的海门岛附近海域;海门岛以西水域几乎未监测到该藻的存在,仅5号站位有1个航次检出.米氏凯伦藻密度的季节分布差异也很明显,春、夏季的密度(最高检出值都达到了2.3×104cells/dm3)明显高于秋季的密度(最高检出值仅为5.4×103cells/dm3).本研究结果可为厦门西港以及九龙江口水域赤潮的研究与监测提供参考.同步进行的显微镜镜检技术没有观测到米氏凯伦藻的存在,可见在藻密度较低(低于103cells/dm3)的情况下,实时荧光定量PCR技术较传统镜检技术(检出限一般在103cells/dm3以上)可能更灵敏.该技术特异性好且操作简便,使对大样本的检测具有可行性,为实现沿岸海域赤潮的动态监测和深入研究奠定了基础.     

花鲈PPARα基因实时荧光定量PCR质粒标准品的构建

利用SYBR荧光定量PCR技术,制备用于花鲈（Lateolabrax japonicus）PPARα基因实时荧光定量PCR检测的质粒标准品．通过PCR扩增出目的片断344-bp,纯化后连接至pMDI8-T载体,转化宿主菌E．coli DH5α．通过PCR鉴定、双酶切鉴定和测序分析后抽提重组质粒,测定其拷贝浓度,10倍梯度稀释成标准品模板10^8～10^4 copy／mm^3,进行荧光定量PCR分析．结果显示,循环阈值（Ct）与起始模板量的对数值之间有着良好的线性关系．     

利用实时荧光定量PCR法测算红螯螯虾实体组织的细胞数量

螯虾是重要的水产养殖动物,也是研究甲壳动物疾病与免疫的一个良好模型.在研究不同组织的功能及受病原感染的影响时,需要了解组织内的细胞数量.但是,目前常用的细胞计数方法仅适用于单细胞悬液,无法用于实体组织.本研究以红螯螯虾( Cherax quadricarinatus)为对象,建立了基于基因拷贝数定量分析的实体组织细胞数...     

实时荧光定量PCR分析中不同铁浓度处理下玛氏骨条藻内参基因的筛选

实时荧光定量PCR(qRT-PCR)是定量分析基因表达的常用方法,选择合适的内参基因对准确分析目的基因表达水平至关重要。本研究以不同铁浓度培养条件下的玛氏骨条藻为材料,定量分析Cytb、EF-1α、HPRT、UBC、GAPDH、β-actin以及β-tubulin 7个内参基因的表达情况,并利用GeNorm、NormFinder和BestKeeper软件对这些内参基因的稳定性进行综合评价。结果表明,Cytb和EF-1α的表达稳定性较好,EF-1α+Cytb组合的稳定性最佳,是玛氏骨条藻基因表达研究的理想内参基因,而其他基因的表达稳定性较差,不适合作为内参基因。本研究为玛氏骨条藻基因表达研究过程中内参基因的选择提供了方法学上的依据。     

沉积物中氨氧化细菌amoA基因荧光定量PCR检测方法的改进

聚合酶链式反应(Polymerase chain reaction,PCR)较容易受到某些抑制成分的影响,尤其是在对复杂环境样品进行的荧光定量PCR反应中,定量结果的准确性更易受到影响。为减轻这种抑制作用,以采自长江口邻近海域沉积物的DNA为研究对象,采用稀释模板法和添加BSA法对荧光定量PCR反应进行了优化。结果表明2种方法都有减轻抑制的作用,但若考虑方法的准确性和检测的便捷性,则以添加BSA的方法更为优越,最适添加浓度为0.1～0.5μg/μL。这一检测方法的改进,为研究沉积物中微生物在硝化过程中的重要作用提供了可靠的技术途径。     

云纹石斑鱼淋巴囊肿病的光镜和电镜研究

本文用光镜和电镜对海水网箱养殖患淋巴囊肿病的云纹石斑鱼(Epinethelus moara)进行了研究.分别观察了其囊肿物、皮肤、肝脏、脾脏、肾脏、心脏和肠管等器官.光镜下,可见囊肿物主要由巨大的囊肿细胞构成,这些细胞的细胞质内含有许多包涵体和空泡;肝脏汇管区炎性细胞浸润、肝细胞肿胀并有胞质嗜碱性小体出现;脾脏内白细胞滞留;肾小管变性、萎缩、坏死并形成大面积无肾小管区;心肌炎和心外膜炎等病理变化.电镜下,可见囊肿细胞含有大量的病毒颗粒,这些病毒颗粒散布于核周区域;病毒颗粒切面多呈6角形,核衣壳外大部分还具有一中等电子密度的囊膜,衣壳由3层构成,核髓有明暗相间的区带.本文还对该病与国外报道有差异的问题、病毒的形态和病鱼慢性死亡的病理学等方面作了讨论.     

溶藻弧菌的PCR快速检测方法

为建立溶藻弧菌(Vibrio alginolyticus)的PCR快速检测方法,本研究根据弧菌toxR基因的高变区序列设计1对扩增片段为161 bp的引物,进行了特异性和敏感性试验.结果表明该方法能特异地检测溶藻弧菌,每个PCR反应检测的敏感度为0.01 pg的DNA和3.7CFU的细菌.用溶藻弧菌人工感染大菱鲆,以建立的PCR方法检测感染鱼的肝、脾、肾阳性检出率为100%.该方法可用于对感染溶藻弧菌的水生动物疾病进行诊断.